在广告公司担当制作人的坪井良多是个子高大而性格软弱的男人，因为对客户和上司总是唯唯诺诺，所以在下属心中很没有地位。在自己也是对上学四年级的女儿萌江一点辙没有。某天，他接到父亲荣辅的秘书的电话，对方告之荣辅在打高尔夫时意外发病昏迷不醒，现在在故乡长野的医院。良多和母亲敏子、姐姐多希子赶到偏僻的长野乡下，他们对荣国辅为何会病倒在这里感到困惑。在照顾父亲时，良多意外发现一个神秘的漂亮女人也悄悄来看望荣辅。他们一家从荣辅的记事本中找到了那女人的姓名和地址，良多奉母命来到长野打探情况。原来，那个叫菜穗的女人是荣辅的幼年好友鸟居治的女儿，荣辅近年来瞒着家人，经常在她陪伴下到家乡的森林里寻找一种叫库纳的小神仙。良多对父亲的行动感到不解。

　　良多部门的巧克力推广计划进展顺利，但客户指定由他的部下真田隼负责后续计划，上司劝良多回家带薪休假。而女儿萌江亦因为推倒同学、卖妈妈给自己做的便当给同学等一系列反常行动，被学校处以休学一周的惩罚。担任料理造型师的妻子沙江则因为参加电影拍摄要赴外地工作。于是良多带萌江到长野照顾仍在昏迷中的父亲。在萌江的提议下，父女来到菜穗办的“库纳事务局”，其后，他们受菜穗的儿子大地的邀请，到森林里去寻找库纳。萌江在一株大树上找到了一个小到只能套在小拇指上的红色三角帽。

　　良多对在森林找到的三角帽十分挂怀，以找鸟居治看牙为借口一个人来到设在牙医诊所的“库纳事务局”，阿治不但否定库纳的存在，而且随口打趣说荣辅找库纳可能是为了借灵异事件发财。然而，良多在那里找到父亲的一本笔记。在笔记中，除了一张某块地皮的照片，他还发现父亲年轻时曾和一个叫久实的人一起找库纳，而她就是菜穗的母亲、阿治的亡妻、荣辅的初恋。萌江也来到“库纲事务局”，向阿治寻问库纳的有无，阿治对她说不寻找就不会知道有没有。临走时萌江拿走了库纳玩偶。在村中举行的万圣节晚会上，菜穗告诉良多，荣辅其实是在和大地踢球时发病的。萌江向良多提起爷爷曾给她讲过许多次库纳的故事。这时，在医院，一直昏迷的荣辅突然睁开了眼睛。

　　听说荣辅恢复了意识，敏子、多希子、希子的丈夫健次、良多、萌江，还有一直没来探过病的沙江都来医院集合了。不过，看到围在身边的一群人，刚刚清醒的荣辅只记得良多一个人的名字，这让多希子备觉失落，母亲敏子劝慰她说因为越是让人操心的孩子越忘不了，良多听了感到脸上无光。这时，菜穗带大地前来探视荣辅，与曾怀疑她是荣辅的情人的多希子和敏子初次见面。见到菜穗时，荣辅错把她当成了久实，把大地当成了良多，病房里气氛顿时变得微妙起来。与此同时，听说荣辅苏醒后，阿治独自来到当年他们见到库纳的森林，恍惚间好像看到了少年时代的自己、荣辅和久实。病房中，荣辅给良多讲起库纳的故事，说他们能连通阴阳两界，并交给良多一张千元纸币。菜穗每年举办寻找库纳活动，但是今年赞助商退出，眼看活动难以为继。

　　自从听父亲讲了库纳的事以后，良多越来越对这种不知是否真的存在的精灵着迷。一周过去了，萌江重新上学，良多也回公司复职，参与他自己策划的高田纯次的巧克力广告的拍摄。但是，在拍摄现场，部下真田隼已经可以独当一面，良多变得没有存在感。对于接下来的工作完全失掉兴趣的良多，向真田谈起为寻找库纳的活动拉赞助的事，而且拿出父亲给的千元纸钞博得了真田隼的同情。经二人游说，年迈的巧克力公司社长同意拿出一亿元作为赞助，条件是——如果真的找到库纳，让库纳帮他与在战争去世的母亲见一面。另一方面，沙江在百忙之中受母亲时子之托给时子交往的男人做便当。沙江一边做便当，一边回忆起小时候时子从来没有给自己做过便当，不禁吐露了心声。在学校，萌江把已去世的同学小惠的课桌重新搬回教室，引起一阵骚乱。

　　拉来赞助的良多带真田隼来到长野。对于突然出现的一亿元悬赏，菜穗虽然感到迷惑，担心寻找库纳的活动变了味儿，但是为了让人口急剧减少的村镇兴旺起来，终于答应了此事。良多对于活动很热心，提出拍摄当地人目击库纳的证据传到网页上。他和真田隼及当地记者畠中知二收集到了很多有关库纳的情报，有的是亲身体验，有的是来自祖父母的传说，拍摄中良多兴致越来越高。在新广告的拍摄现场，广告主请沙江营造出真正的家庭气氛而非完美却没有生活气息的画面。虽然沙江一开始有点困惑，但是，一想到要制作通过看得见的料理展现“人眼看不到的感受”，她就不禁斗志昂扬。此时，来看望荣辅的菜穗听说了失踪多时的丈夫惠的下落。另一方面，在访问号称库纳研究家的锦织时，良多听说红帽子其实是锦织放在森林里吸引库纳的诱饵。真田隼建议让沙江参与活动，以她的名气吸引参与者。同时，为了安慰得知真相后很失望的萌江和大地，良多与阿治不约而同地来到废弃的学校里制造库纳的脚印，却被警察逮个正着。

　　荣辅出院回东京之日，阿治来到病房，恳求他别再回镇上，因为荣辅每次出现都让阿治感到自责，另外，阿治也为自己没能让久实幸福感到内疚。这时偶然闯进屋来的良多感到荣辅与阿治之间微妙的气氛。同时，在良多家里，沙江教萌江做汉堡肉饼，萌江说出在同学小惠去世的前一天，曾和小惠发生争吵而没来得及把书还给小惠，她希望找到库纳后请库纳帮忙还书。在长野，菜穗、真田隼、畠中继续进行寻找库纳的活动，但是自从良多回东京后，真田隼、畠中常发生口角，菜穗不禁感叹良多是人际关系的润滑油，对于良多的认识有所改观。为庆祝荣辅出院，敏子做了很多好菜，把多希子、良多两家人叫来聚会。良多拿出从父亲的旧笔记里找到的土地照片，荣辅坦言那是他用退休金买的土地，准备有朝一日叶落归根。听到荣辅擅自作主买地后，良多不禁为母亲叫屈，没法理解父亲的行动。

　　离寻找库的活动举行的日期越来越近了，沙江和同事讨论了为参与者准备的菜单。沙江提出早些到当地以便选定食材，良多虽然嘴上对妻子说抱歉，心里却乐开了花。多希子的丈夫健次忽然打电话给良多，告诉他多希子离家出走了。焦急的良多赶到姐姐家，得知姐姐留下字条后多日未归，也不和家里连络，而且这已经是多希子第四次离家出走。告别姐夫后，良多接到姐姐的电话，两人在咖啡厅见面。听了姐姐出走的理由后，良多认为多希子应该多替孩子着想，多希子却指出良多不应把女性为家人的付出视为理所当然。不久后，良多带着沙江、萌江来到长野，和菜穗等人在库纳事务局一起商谈活动事宜。看到良多一家三口亲密无间的样子，菜穗不禁想起丈夫失踪前自己一家快乐的日子。她拿着荣辅给的地址，找到了丈夫阿惠所在的农场。面对她的质问，阿惠只说自己不后悔。村中的老人百濑要搬到东京去和儿子一起住，阿治将去世的百濑太太的牙齿模型送给他，然后，有感而发的阿治和菜穗回忆起久实生前的趣事。

　　“寻找库纳”活动举行的前几天，为了给参加者准备饭团，沙江与良多一起参观长野当地做味噌的过程，沙江受到很大启发。而良多在做抓库纳的陷阱时，发现萌江在森林里找到的帽子与库纳研究家锦织放置的帽子，气味不太一样，连锦织也认为那个不是他做的帽子。良多不禁想也许真的能找到库纳。萌江悄悄把库纳塑像还回库纳事务局。良多和菜穗准备活动用的东西时，菜穗问良多想没想过库纳塑像的右手握的什么。原来这个问题萌江以前也问过，所以菜穗曾查过资料，传说库纳去世后，遗体会拿着象征幸运的四片叶子的三叶草。良多回忆起荣辅的话，忍不住说“也许什么东西也没拿，或是握着人类的眼睛看不到的东西”。在举办活动的当天，良多、沙江、萌江、菜穗、阿治、绵织、真田隼、畠中等人出发到森林中寻找库纳。众人各显神通，让良多哭笑不得。这时，良多布下的陷阱那边突然发出了奇怪的声响。

　　举办寻找库纳活动的当天，荣辅在东京的家中去世。在荣辅的丧礼上，荣辅的弟弟与良多的同学等人一起悼念荣辅。当被同学问及是否与父亲和好时，良多辩称当年他和父亲不是吵架。但是，他自己也感到与父亲之间有很多话没还得及说出来。沙江按当初与荣辅的约定，为丧礼准备了素斋，时子与萌江来打下手。菜穗与阿治也从长野赶来参加丧礼。好不容易从吊唁客的盘问中脱身的良多，向棺材内看了一眼，注意到荣辅的嘴大张着，欲将其合上，而触碰到父亲的遗体时，他回忆起小时候与父亲相处的点滴往事，禁不住泪流满面。在和父亲诀别的最后时刻，良多重又感到了自己与父亲之间的羁绊。