Le sventure del dr. Benton continuano: dopo aver scoperto che diventerà padre, aver perso l'allievo Carter (entrato nel team della dr.ssa Hicks) e non aver ancora del tutto superato la morte di Dennis Gant, il medico avverte un fastidioso dolore all'addome. Si tratta di appendicite, e ad operarlo saranno proprio due festosi John Carter e Maggie Doyle. Per festeggiare l'intervento, Carter invita ad uscire la collega, ma durante l'appuntamento lei gli rivela di essere omosessuale. Doug deve curare un ragazzo, malato terminale di fibrosi cistica, ormai all'ultima fase del male: il diciassettenne rifiuta di essere intubato e rianimato, ma ad avere l'ultima parola è ancora la madre. Proprio quando il dr. Ross convince la donna a lasciare che il ragazzo decida dei suoi ultimi mesi di vita, il paziente ha una crisi: a Doug non resta che assecondare le implorazioni della madre, ed intuba il figlio ancora una volta. Il dr. Fischer invita nuovamente Jeanie ad uscire: dopo aver superato tutte le perplessità, la donna si lancia in quello che potrebbe diventare un nuovo rapporto sentimentale. Anche il dr. Greene è ormai lanciato in una burrascosa vita amorosa, ed esce con tre donne: ovviamente la resa dei conti si avrà quando tutte si ritrovano al County General in cerca di quello che credono essere il loro uomo. Haleh si trova alle prese con tutti i compiti normalmente affidati a Carol, combinando un sacco di guai.

Al County General arriva una paziente cardiopatica, Louise Cupertino, affetta da sindrome di Down: la donna ha immediatamente bisogno di un trapianto di cuore. Mark Greene e Maggie Doyle restano sconvolti quando scoprono che Louise non è stata inserita nella lista d'attesa: il medico mobilita tutto l'ospedale, vincendo le resistenze di alcuni colleghi che vedono la situazione della donna come un impedimento al trapianto. Quando, finalmente, i due riescono ad ottenere il loro scopo, la madre di Louise rifiuta di firmare il consenso, sostenendo che lei non sarà per sempre accanto alla figlia e che non vuole vederla finire in una casa di accoglienza. Carol viene reintegrata a tutti gli effetti nel suo ruolo di capo infermiera: le colleghe hanno ottenuto il contratto desiderato, e nonostante la brutta esperienza della rapina la donna si sente bene. Su consiglio del dr. Ross, l'infermiera sostiene il test d'ammissione per entrare alla facoltà di medicina; nel mentre, il dr. Benton decide di prendere posizione e cerca in tutti i modi di raggiungere Carla, per dirle che è disposto ad assumersi tutte le responsabilità nella crescita del bambino. La donna, tuttavia, lo rifugge. Doug si ritrova ad avere a che fare con il ragazzo malato di fibrosi cistica che qualche tempo prima aveva salvato mediante intubazione: il ragazzo è ora maggiorenne e chiede di essere staccato dalla macchina. Il medico lo asseconda, e l'adolescente se ne va dall'ospedale, rifiutando ogni altro aiuto.