L'estate è finita, ma l'internato di Carter in Pronto Soccorso sta per iniziare. Il giovane medico torna di corsa al County General, dopo essere stato bloccato nel traffico, direttamente dall'aeroporto: ha infatti trascorso una rilassante vacanza ai Caraibi e ha portato dei regali ai suoi vecchi colleghi. Ma l'inferno è appena iniziato: il suo supervisore è ancora una volta il dr. Benton, che si mostra dispotico e freddo come sempre. Ritroviamo anche il dr. Greene, diventato aiuto-primario, alle prese con la nomina di un supervisore per gli assistenti: la dottoressa Lewis gli fa il nome di una brava collega, ma il medico le preferisce alla fine l'altra candidata, dottoressa Kerry Weaver. Donna dalla disciplina ferrea e dalla rigida organizzazione, si distingue subito per il suo atteggiamento severo. Mentre Mark, ancora stabilito a Milwaukee, fa i conti con la dura vita del pendolare, Susan si divide fra il lavoro, la sorella e la piccola Suzie. In ospedale arrivano anche quattro studenti di Medicina, per il loro tirocinio: la più spregiudicata di loro, Harper Tracy, fa immediatamente amicizia con Carter. Manca anche il dr. Swift: dopo aver terminato le sue ricerche, il dr. Morgenstern è rientrato in servizio a pieno regime. La relazione tra Benton e Jeanie Boulet prosegue, nonostante lei sia sposata: le ultime scene li mostrano a letto insieme.

Casualmente, Mark Greene scopre Harper e Doug a letto insieme, dopo la serata di "consolazione". Infuriato, il medico se ne va: se la cosa trapelasse, dal momento che la ragazza è ancora una studentessa, sarebbero guai per tutti, lui incluso. La posizione di Doug è sempre più precaria: dopo un litigio con il primario di Pediatria, viene a sapere che la borsa di studio non gli sarà rinnovata e che con tutta probabilità entro qualche mese dovrà cercarsi un nuovo lavoro. Nonostante gli ultimi screzi, Greene si batte strenuamente per lui, ma invano. È in questo momento che comincia la riconciliazione fra Doug e la dottoressa Weaver. Carol tenta di avvicinare il dr. Ross per spingerlo a confidarsi, ma il medico non si apre nemmeno con il suo vecchio amore: intanto, Harper confessa a Carter di aver fatto sesso con Doug. Il giovane non riesce a perdonarli e decide di prendere le distanze da entrambi per un periodo. In Pronto Soccorso ci sono nuovi arrivi: Miranda, detta Randi, nuova e sconvolgente receptionist che si veste come vuole nonostante il divieto della Weaver, e Jeanie Boulet, che comincia il suo tirocinio da infermiera proprio al County General. Benton si mostra con lei freddo e scorbutico, segno che non ha ancora dimenticato la loro vecchia relazione. Carol ha comprato una casa, ma il notaio sopraggiunto in ospedale per farle firmare le carte ha un attacco di cuore.