未来のデュエル・チャンピオンを目指す九十九遊馬は、「かっとビング！」を合言葉に、自分の可能性を信じて何事にも挑み続ける元気な少年。しかし、肝心のデュエルの腕前は初心者レベルで、連敗記録のチャンピオンになりつつあった。

ある日、悪友・鉄男のデッキが学校一の不良・シャークに奪われてしまう。恐れず果敢に立ち向かう遊馬だったが、お守りとして大切にしていた「鍵」を壊された上に、全国大会レベルの腕前をもつシャークとデュエルで勝負することになってしまう！

強力なモンスターの召喚方法「エクシーズ召喚」を駆使するシャークを前に、遊馬は・・・！？

シャークとのデュエル中、突然、遊馬の前に現れた謎の生命体、その名は「アストラル」。自らをデュエリストと名乗り、様々な助言をしてくるが、遊馬は全く聞く耳を持たない。一方、敵のナンバーズ・モンスター「リバイス・ドラゴン」の猛攻はやむことを知らず、ますますピンチに追い込まれる遊馬。しかし、持ち前の「かっとビング！」で反撃するべく立ち向かう!!

デュエルが終わっても、謎の生命体アストラルは遊馬のそばから離れない。二人の奇妙な共同生活?が始まった。

そんな中、パソコンのデータが突然消えてしまい怒る明里からにげるように街に出た遊馬だったが、なんと街全体がとんでもない大騒動に!!街を混乱させる原因となったのは、コンピューターウィルス。いったいこれは誰の仕業なのか!?犯人を捕まえようとのりだす遊馬だが・・・！

街を混乱させた犯人は、なんと遊馬の尊敬する担任、右京先生だった！デュエルで勝負する2人だが、右京先生のナンバーズ・モンスター「テラ・バイト」に追い詰められる遊馬。アストラルも、遊馬のライフが減るごとに姿が薄れ消えかけていく。さらに右京によって仕掛けられたウィルス爆弾の爆発まであとわずか・・・！

この絶体絶命のピンチに、遊馬は勝利することができるのか!?

アストラルが現われてからというもの連勝を続ける遊馬。そんな彼に近づいて来たのは、常に物事のウラを読む隣のクラスの徳之助だった・・。遊馬のナンバーズを奪うべく、あの手この手を使う徳之助。まんまと罠にはまりデュエルをすることになった遊馬は、大切なホープを奪われてしまう！

徳之助の策略にはまり、ホープを奪われてしまった遊馬、それが原因で消えかかるアストラル。なんとか応戦しようとする遊馬だが、敵のリバース効果によって絶体絶命のピンチに!!そんな中、消滅寸前のアストラルが指示したのはランク1のモンスターを守ること・・。はたしてこのピンチをどうやって切り抜けるのか？

遊馬と行動をともにし始めて少し経った頃、アストラルはTV番組のヒーロー「異次元エスパー・ロビン」に夢中になっていた。ある日、ロビンの撮影がやってくると街中が大騒ぎ！アストラルと小鳥にせがまれ撮影現場にやってきた遊馬は、ロビンを演じている風也に出会うが、彼には意外な一面が!?

街を混乱に陥れた犯人は風也だった。彼を止めるため、遊馬ｖｓロビンのデュエルが始まる。ロビンはNo.83ギャラクシー・クイーンをはじめとするモンスターを続々召喚し遊馬に襲いかかるが、アストラルにはその効果が手に取るようにわかっていた・・・！

遊馬のクラスの目立たない少女・キャットちゃんの罠にはまった遊馬と小鳥。捕われた小鳥を救うため、アストラルも不気味な雰囲気に警戒するキャットちゃんとデュエルで対決する遊馬！次々と繰り出される戦略はまるで「化け猫デッキ」！彼女の目的とはいったい!?

これまでのデュエルの勝利は、アストラルのおかげだと言われた遊馬は、自分の実力を証明するため再びシャークに挑む！なかなかデュエルに応じないシャークだったが、ついに２人のデュエルが始まる。ナンバーズを持たないシャークに対し、自分もナンバーズを使わずに挑むと宣言する遊馬だが!?

「自分の居場所」へ戻ったシャークは、不良仲間と悪事に手を染めようとしていた。それを知った遊馬はシャークを止めるため、最強と恐れられる陸王・海王の不良２人を相手にデュエルを挑むが、シャークは２対２で戦う「タッグデュエル」を提案する・・・！

陸王・海王は２体目のＮｏ．を召喚し２人を追い詰めるが、シャークの残り少ないLPを

守るため、自らを犠牲にしてシャークを守ろうとする遊馬。絶体絶命の状況の中、遊馬の熱い想いを感じたシャークは、１枚のカードを遊馬に託すのだった！！

「ナンバーズ・ハンター」というまだ見ぬ存在に警戒するアストラルだが、遊馬は気にするそぶりもない。そんな２人のまわりで不思議な現象が起きる。それは紛れもなく、「ナンバーズ・ハンター」を名乗るカイトの訪れを示すものであり、その瞬間ナンバーズを賭けた危険なデュエルが始まった・・・！

たった１ターンの間に、２体ものNo.（ナンバーズ）を召喚したカイト。遊馬はこの猛攻を必死に耐えようとするが、瞬く間にモンスターを全滅にまで追い込まれてしまう・・・！

さらにカイトは、これまでに見たこともない最強モンスター「銀河眼の光子竜（ギャラクシーアイズ・フォトン・ドラゴン）」を召喚するのだった！！

カイトの前に、手も足も出なかったことに落ち込む遊馬とアストラル。そんな時、遊馬は祖母からお使いを頼まれる。行く先である「決闘庵」では六十朗という謎の老人と伝説のモンスターが、遊馬たちを待ちかまえていた！強くなりたいと願う遊馬に課せられた修行とは・・・！？

反発する六十郎の元弟子・闇川とのデュエルが始まった！闇川の繰り出す忍者モンスターに追い込まれる遊馬だが、モンスターという仲間の力を信じ、必死の攻防を続ける。しかし、ついに闇川は切り札であるナンバーズ・モンスター「機甲忍者クリムゾンシャドー」を召還するのだった！

ナンバーズの情報を得るため、占い師の館を訪れた小鳥たち。しかし、その占い師はカイトの下でナンバーズを収集しているという者だった！捕らわれた小鳥たちを救うため占い師・ジンに対峙する遊馬とアストラルだが、カイトとのデュエルの記憶がよみがえり、その幻影に苦しめられるのだった・・・！

ナンバーズを懸けてジンと戦う遊馬。遊馬のＬＰが減る度に、小鳥たちの命も危険にさらされる状況で、ジンは追い討ちをかけるように２体目のナンバーズを召喚する！絶体絶命のピンチの中、カイトの影に怯えていたアストラルは、あきらめない遊馬の姿を見て、闘志を取り戻す！そんな２人の気持ちにより、ホープは新たな力を手にするのだった！！

両親の形見として大切にしている「皇の鍵」をなくしてしまった遊馬。アストラルとともに懸命に探すものの、なかなか見つからない。そんな中、「皇の鍵」と遊馬の父の関係に興味をもったアストラルに、遊馬は自分が小さかった頃の様々な父との思い出を語り始める。

ある男にとりついたNo.96ブラック・ミストを無事手に入れた遊馬。しかし、そのデュエルを見ていた鉄男は、遊馬の戦略の荒さを忠告するが、それがきっかけでケンカになってしまう。しかし突然、No.96が溢れ出し、アストラルそして遊馬を次々と飲み込んでしまう！！

２人を救うため、鉄男は初めてのNo,戦に挑むのだった！

下校中、１台のオボットに出会う遊馬たち。故障したそのオボットを修理すると、たちまち遊馬とデュエルをするまでに友情を深めていった。しかし突然、遊馬の前から姿を消すオボミ…、彼女はある事件の犯人に操られていたのだ。

遊馬はデュエルで戦うことで、かつてのオボミの記憶を取り戻そうとするが！？

ナンバーズのハンティングを続けるカイトは、遊馬の「皇の鍵」の不思議な力に目を付ける。しかし、シャークによって行く手を阻まれ、ついにカイトとシャークはデュエルで対決する!!

カイトの強力なフォトン・モンスターを前に、ナンバーズを持たないシャークは果敢に立ち向かう!!

皇の鍵とアストラルを奪われた遊馬は、クラスメイトと協力し、カイトの行方を追っていた！

一方、「皇の鍵」を手に入れたカイトは、ついに鍵の中への侵入に成功する。

カイトと対面したアストラルは、ナンバーズを守るためカイトとのデュエルを決意するのだった・・・！

ギャラクシーアイズの力に成す術もないアストラルだったが、「かっとビング」を胸に、必死の攻防を続けていた。しかし容赦なく攻め続けるカイトの前に絶望を見たその時、遊馬が姿を現す。二人の想いが一つになった時、新たなエクシーズ召喚に成功し、激闘は思いもよらない方向へ！

ある朝遊馬が目覚めると、あたりは不思議な光に包まれ、時が止まっていた。

そして空に輝く３つの太陽・・・、これはナンバーズの危機を知らせるものなのか!?

まだ見ぬ恐怖を感じるアストラルとともに、遊馬は原因究明に走る。その頃、カイトはナンバーズの情報を得るため、フォトンの力を使いアストラルの記憶を辿っていた。

世界中のデュエリストが熱き闘いを繰り広げる「ワールド・デュエル・カーニバル」の開催が近づいた。

遊馬も自分の夢である「デュエル・チャンピオン」という自分の夢をつかむため、これから始まる戦いに意気込んでいた。ところが、ＷＤＣ参加証「ハートピース」が遊馬には届かない!?

遊馬ＷＤＣ初戦の相手は、サッカー少年・国立カケル。カケルのフィールド魔法によって、辺りはスタジアムに変化し、いよいよデュエルキックオフ！「オフサイド・トラップ」をはじめとする、カケルの見事な戦略に手も足も出ない遊馬だが、仲間モンスターとのチームプレーで勝利を目指す！

遊馬の命を狙う謎の人物…、その正体はアンナという少女だった。彼女は遊馬へ復讐を果たすためデュエルを挑んでくる。しかも彼女の繰り出す鉄道デッキはどれもパワー全開、脅威的な攻撃力で遊馬に襲い掛かる!!　アストラルすら予測不可能なデュエルに打つ手もない遊馬だが!?

ＷＤＣ開催中、遊馬は野菜作りに命を懸ける矢最豊作に出会う。すぐに意気投合したが、

ＷＤＣ優勝を目指す2人はデュエルで戦うことに。しかも今回の特別ルールは、攻撃する度に野菜を食べなくてはいけない「野菜デスマッチ」！このデュエル、遊馬にとってとんでもない試練が待ち受けていた！

美術館からナンバーズが盗まれた！明里の命令で犯人・チャーリーに接触した遊馬とアストラル。チャーリーは盗んだ「No.7」の威力を確かめるためだと、遊馬のハートピースを賭けてデュエルを始めてしまう！しかし、遊馬とアストラルが目にしたのは「No.7」のもつ強運を味方にしたデュエルだった！

逃亡するチャーリーを乗せたモノレールで、ナンバーズをかけた遊馬のデュエルが始まった。

しかし、チャーリーの切り札「No.7 ラッキー・ストライプ」の強運は凄まじく、気が付けばチャーリーのライフポイントは「10万」という想像を絶する数値になっていた…！

ＷＤＣ2日目が始まった！鉄男と委員長は、極東エリア・チャンピオンであり、デュエリスト憧れの存在・Ⅳ（フォー）との対戦が決まり、はりきっていた。遊馬とアストラルが見守る中、Ⅳvs鉄男・委員長のタッグデュエルが始まると、誰も知らないⅣの素顔があらわになっていくのだった…!!

不気味なナンバーズを操り、鉄男と委員長を地獄に追い詰めたⅣ。そこにⅣへの復讐に燃えるシャークが現れるが、弟Ⅲが立ちふさがり、２人のデュエルが始まる。しかしこのデュエルには、シャークの決闘者としての運命を左右する危険な罠が仕組まれていた。

未来が見えるというカメラマン・秀太が現れ、多くのデュエリストを恐怖に陥れていた。しかも秀太が写した写真には、小鳥が大事故にあう未来が写っていたのだった!!　危険な未来を変えるべく、遊馬はナンバーズに心を支配された秀太とのデュエルに挑む！

ついに秀太は「No.25フォーカス・フォース」を召喚。ホープを呼ばなければ勝てない、しかしホープを呼べば遊馬はこのデュエルに負けると予言されていた！小鳥も危険にさらされた絶体絶命の状況下、遊馬は自らの手で未来を掴むべく、思い切った作戦に出る!!

「ズル」でハートピースを集めた徳之助は、大会運営委員のドロワ＆ゴーシュに見つかり、罰として、この２人とのデュエルをすることに。しかも勝たなければ失格になってしまうという。恐怖におののく徳之助を見て、遊馬は自分が身代わりとして、この１vs２の変則タッグデュエルを受けるのだった!!

WDC大会運営委員ドロワ＆ゴーシュと戦う遊馬。一方、アストラルは「皇の鍵」の中でNo.96による危機に遭遇していた！守備を固めるだけで精一杯の遊馬だったが、ついにホープが姿を現す！しかしこの瞬間、ドロワ＆ゴーシューによるナンバーズ狩りが始まり、フォトンの力がさく裂するのだった！

予選を勝ち抜いている遊馬とキャットちゃんは、お互いの健闘ぶりを称えあっていた。そんな時、遊馬のハートピースが野良犬に奪われてしまう！後を追う遊馬とキャットちゃん、そんな2人を待ち構えていたのはなんと犬の集団!?　ついに史上初、猫VS犬のデュエルが始まる！

弟・ハルトの病気を治すため、過酷なナンバーズ・ハントを続けるカイト。疲れ切った兄を見たハルトは何かを求めハートランドを抜け出し、偶然にも遊馬とアストラルに出会う。アストラルの強い希望により、ハルトを九十九家に連れて帰る遊馬だったが…!?

ハートランドシティをさまよっていたハルトは、後を追う遊馬の前で謎の男とともに姿を消してしまう。

ハルトの行方を追い、新たな敵トロンの城に潜入する遊馬とカイトの前に、シャークの復讐相手Ⅳ（フォー）とその弟Ⅲ（スリー）という強敵が立ちふさがり!?

ハルト救出のため、遊馬とカイトはタッグを組みⅣとⅢのデュエルに挑む！カイトは独自のデュエルを貫き攻める一方だが、遊馬はカイトのダメージを防ごうとサポートに徹する。そして勝負を決するべくカイトは銀河眼の光子竜を召喚するが、敵のナンバーズに力を封じられてしまう…！

トロンの儀式によって奪われていくハルトの力。さすがのカイトも劣勢の気配を見せ始めたその時、ハルトの想いによってカイトは新たな力に覚醒する！！フィールドに現れた史上最強のモンスター、それは兄弟の強い絆が生み出した「超銀河眼の光子龍」だった！！

アストラルとカイト、ナンバーズを求める２人の間で、遊馬は自分が何をするべきか悩んでいた。そんな時、Ⅴから父・一馬が生存している事を聞いた遊馬は、父が目指した「世界の果て」にひとり旅立とうとする。しかし、かつて「決闘庵」で出会った師匠・六十郎が姿を現し…!?

ＷＤＣ予選最終日。決勝トーナメント出場までに必要なハートピースがあと１つとなった遊馬だが、

偶然にも「ロビン」こと風也と、大会運営委員を退き真のデュエリストの姿となったゴーシュのデュエルを目にする！２人は、見る者の心までも熱くする攻防を繰り広げるのだった!!

遊馬は復讐に染まった凌牙と再び対決する。大ダメージを受けながらも、凌牙の復讐を止めるために遊馬は必死で立ち向かう。ところが、家に戻った遊馬を待っていたのは、凌牙とのデュエルの一部始終を観察していたⅢだった！彼の目的とは!?

笑顔が消えた自分の家族を取り戻すため、Ⅲは自らを強化し、遊馬とのデュエルに挑む！

早くもNo.33 超兵器マシュ=マックを召喚するⅢ、一方遊馬もアストラルとともに必死の攻防を続けるが、Ⅲは遊馬を闇の世界へと誘うのだった!!

Ⅲの力により「かっとビング！」を忘れてしまった遊馬。一方のアストラルもⅢによって捕われの身となり、身体だけではなく心までも離れてしまった２人は窮地に追い込まれる。この状況を打破しようとするアストラルだが、遊馬への最後の希望を残しついに消滅してしまう…!!

「かっとビング！」を取り戻した遊馬は、アストラルが残したホープ、ホープレイと共に劣勢を逆転しようとするが、悪魔と化した強敵Ⅲの前では全く歯が立たない。Ⅲが家族のために得た新たな力は、自分ですらも抑えることができないほど凶暴化し、この世界を破滅へと導く…！

アストラルを失った遊馬には、デュエルで奇跡を起こすしか生きる道は残されていなかった。

決勝トーナメントへの出場が決まり、絶好調の遊馬。そんな時、Mr.ハートランドが主催するパーティーの招待状が届く。小鳥たちと会場に乗り込んだ遊馬を待っていたのは、カイトや凌牙、そしてⅣ・Ⅴといったいずれ戦うであろう強敵たち。そしてついに悪魔の首謀・トロンが姿を現わす!!

予選を勝ち抜いた最強デュエリストたちが、デュエル・コースターに乗り込む！次なる対戦相手はこのコースターの行方次第。遊馬も意気込み新たにスタートを切ろうとするが、肝心のハートピースを忘れてしまうというとんでもない凡ミスを犯してしまう。遅れをとり焦る遊馬だが、その背後には思わぬ刺客が迫っていた。

「フォール・ガイズ」という謎の賞金稼ぎに襲われる遊馬。相手の３人の強力なチームワークは、容赦ない攻撃を遊馬に浴びせる。コースターをレーンチェンジさせ難を逃れようとするが、３人のフォーメーションに動きを固められ絶体絶命の大ピンチ！そんな遊馬を救ったのは、鉄道デッキを操る「アイツ」だった！

デュエル・コースターは次のステージで一騎打ちとなる相手を決める地下セクションへ。デュエリストたちは、それぞれの敵に狙いを定め、コースターのスピードを上げる。遊馬はこれからの闘いに備え、ギリギリまで削られたLPを取り戻そうと、罠ポイントで一か八かの賭けに出る！一方カイトは、弟ハルトを苦しめた憎き悪魔トロンのコースターを追うが、そこに思わぬ邪魔が入ってしまう。

カイトの身を案じたドロワは、トロンをジャングルフィールドに誘い込み、8,000のLPでデュエルを挑む！ドロワが操る蝶デッキにはこの上なく好都合なこのフィールド効果は、トロンのLPを徐々に蝕んでいく。「カイトを守る」その誓いを胸に、攻め続けるドロワ。しかし、そんなドロワの気持ちをあざわらうかのように、静かにトロンの反撃が始まる…！

ドロワの想いを伝えようと、カイトのもとへ急ぐ遊馬。その頃カイトは、敵方であり、かつての師であるⅤとのデュエルを始める。早くもNo.9 ダイソン・スフィアを召喚するⅤ。しかし召喚したはずのダイソン・スフィアは姿を現さないばかりか、攻撃すら届かない。まだ見ぬ敵に苦戦するカイトに追い討ちをかけるかのように、ⅤはトロンとDr.フェイカー、そして一馬の過去を語り始める。

圧倒的な能力を誇るダイソン・スフィアに対し、必死の攻防を続けるカイト。しかし、エースモンスター「銀河眼の光子竜」の攻撃さえ歯が立たず、更なる窮地に追い込まれる。遊馬、カイトそしてⅤ、それぞれの家族への想いが複雑に交差するこのデュエル、闘いの行方は未来へと進もうとする者が手にする運命のカードにかかっていた。

遊馬たちが見守る中、ついに凌牙とⅣの闘いが始まった。互いにナンバーズを召喚し、それぞれの復讐に燃える2人のデュエルは、ターンを追うごとに激しさを増していく、しかし、Ⅳが繰り出したNo.「ヘブンズ・ストリングス」が驚異の猛攻撃を見せ、凌牙は大ダメージを受け、倒れてしまう…！

トロンの野望が渦巻くフィールドで、このまま凌牙の想いは断たれてしまうのか!?

全ては復讐のため…闘志に燃えたぎるⅣが痛恨のプレイングミス。フィールドに現われたトロンの幻影に追い詰められさらなる狂気に満ちていくⅣは新たなNo.「ディスティニー・レオ」を召喚する！オーバーレイ・ユニットが０となったとき、勝利を手にする圧倒的効果をもつモンスターを前に成すすべもない凌牙。その時、凌牙の心の中に突き刺さったあの「爪」がうずき始めるのだった。

決勝トーナメントも大詰め、デンジャラス・キャニオンのフィールドに降り立った遊馬とゴーシュ。自分のデュエル魂を呼び起こした遊馬のかっとビングに魅せられ、念願の戦いに闘志を燃やすゴーシュ。一方、遊馬は何としても次のステージに進むため守りを固めるのだった。そんな遊馬に失意を覚えたゴーシュは、遊馬の真のデュエル魂を取り戻すため、全身全霊のデュエルを仕掛ける！

大切なデッキを失くしたことに気付き、遊馬と仲間たちはデッキの在りかハートランドへの潜入を決行する。その時、ハルトの気配を感じたアストラルは遊馬とともに眠ったままのハルトの部屋へと向かう。しかし、そこに現われたのはカイトとハルトの父であり、ハートランドの創設者Dr.フェイカーだった！

Ⅳとの決闘で、CNo.（カオスナンバーズ）という新たなる闇の力を手にした凌牙。そんな凌牙の身を案じる遊馬だが、ついに２人の決戦の日が訪れた。しかし、遊馬の前に現れた凌牙はトロンの紋章の力に操られ、自らの手で復讐を終わらせるべく遊馬に猛攻をしかける！

Dr.フェイカー、トロンといったこの哀しき戦いの首謀者が見守る中、彼らの思惑通り、ついに凌牙のフィールドに「シャーク・ドレイク・バイス」が召喚される！その力に圧倒されつつも、凌牙の心から消えた絆を取り戻すため、遊馬は希望皇ホープを召喚し無謀ともいえる策に打って出る！

準決勝2回戦、カイトとトロンの決闘が始まる。トロンの心はDr.フェイカーへの復讐心で満たされ、その息子カイトへとぶつけられた。序盤から銀河眼（ギャラクシー・アイズ）を召喚し、トロンに猛攻をしかけるカイト。しかしトロンの卑劣な戦略は、カイトの弟・ハルトにまで及んでいくのだった…！

卑劣な手段でデュエルを進めるトロン。カイトを案じた遊馬は、ハルトのもとに駆け付け、トロンとのつながりを断ち切る。怒りに満ちたカイトは、ついに超銀河眼の光子龍を召喚！一気に形勢逆転を狙うが、トロンにも更なる切り札が…！

数々の激闘が繰り広げられてきたＷＤＣもついに決勝戦。悪魔・トロンを野望を止めるため、遊馬は決勝戦が行われる「スフィア・フィールド」に立つ！No.（ナンバーズ）の力を最大限に引き出すというこの「スフィア・フィールド」で、遊馬vsトロンの最後の死闘がついに幕を開けるのだった！

ナンバーズによる激闘が繰り広げられる中、ついにトロンがNo.69紋章王コート・オブ・アームズを召喚する！カイトの力でも及ばなかったこの自らの復讐の化身ともいえるモンスターを従え、ついにトロンが仮面を脱ぎ、その正体をさらす！遊馬とアストラルも心をひとつに、ゼアルの力で立ち向かう。

トロンが操るナンバーズ「コート・オブ・アームズ」の攻撃は勢いを増すばかりで、ついにはホープレイの効果までも奪われてしまう！トロンに追い詰められ、いよいよ絶体絶命となったその時、決して諦めない遊馬の想いが、このデュエルに奇跡を呼ぶ…!!

WDCでの闘いを終えた遊馬たちを待っていたのは、これまでの悪事の根源・Dr.フェイカーだった！スフィア・フィールドの中で苦しむ遊馬とアストラル、捕われたハルトを救おうとするカイト、そして遊馬を救おうとする凌牙の新たな戦いが始まるのだった…！

スフィア・フィールド砲に捕われたアストラルとハルトを救うため、遊馬、カイト、凌牙の３人がDr.フェイカーにデュエルで挑む！フェイカー自ら最強と豪語する「No.53偽骸神（ぎがいしん）ハートアース」に恐れることなく斬りかかるホープ！この攻撃をきっかけに死闘が幕を開けるのだった！

フェイカーのモンスターの激しい攻撃に、３人のライフポイントは残りわずか、アストラルの体も消え始めていく！苦境の中、３人はそれぞれのエース・モンスターを召喚し必死の攻防を続けるが、それをあざ笑うかのようにフェイカーの猛攻は激しさを増すばかりだった！

遊馬、カイト、凌牙、この戦いを通して生まれた3人の絆が、ついにDr.フェイカーのNo.「Heart-eartH Dragon（ハートアース・ドラゴン）」を撃退！しかし喜びもつかの間、モンスターが復活するだけでなく、フェイカーの体は何者かにのっとられ最強の力を得ていた…!!　そして遊馬たちは、このフェイカーを操る者の正体を知り、驚愕するのだった。彼の目的とはいったい…!?

ＷＤＣ全ての闘いが終わり、残るは遊馬の願い「カイトとのデュエル」のみとなった！

華麗な戦略を魅せるカイト、そして勝つことを信じ、全身でデュエルを楽しもうとする遊馬。

ところがそんなカイトの表情にはいつものデュエルに対する情熱、激しさが感じられない。まるで輝きを失ったようなカイトに遊馬とアストラルは…！

カイトの心の奥底に眠る葛藤を解き放った遊馬。２人は息をつく暇もないほどの激しいデュエルを展開し、それぞれのエースモンスターとともに全身全霊でぶつかりあうデュエルが続く。

結末が見えない闘いの中、フィールドには奇跡ともいえる光景が広がるのだった!!　

勝つか負けるか、そしてこのデュエルの先に待つものとは…。

遊馬とアストラルが優勝を手にしたWDCが幕を閉じ、平和が訪れたハートランド・シティ。しかしアストラル世界と敵対するバリアン世界の使者たちが最強の「切り札」を手に暗躍していた…！狙いはアストラルと、彼の記憶であるナンバーズ。カードの力で人々を洗脳し、遊馬たちに襲い掛かる！この危機に今までライバルとして闘ってきた遊馬、カイト、凌牙が再び手を取り立ち上がる!!

バリアン世界の切り札「RUM バリアンズ・フォース」を使い、カオス・エクシーズを召喚した風魔。

ホープの効果も封じられ、遊馬は絶対的なピンチに陥っていた。そんな時、バリアンからアストラルを守ろうとする遊馬の想いを知ったアストラルは、傷だらけになって闘う友のもとへと急ぐ！

遊馬のクラスに転校生がやってきた！その名は「真月零」。ＷＤＣで優勝した遊馬の大ファンだという。一方、学園ではみんなが憧れるプロデュエリスト・片桐の特別授業が行われていた。この特別授業を受けられずに悔しがる遊馬を見て、真月はサインをもらいに走り出す!!しかし、そんな真月を待っていたのは、バリアンに洗脳された片桐の「熱血指導」だった！

なんと、遊馬がクラス委員長に！やる気まんまんの遊馬だが、「委員長」こと等々力は複雑な心境…。そんな等々力の前に憧れの生徒会長が現れ「特命風紀コマンダー」に任命する。風紀コマンダーは生徒たちの校則違反を厳しく取り締まり、学園中の生徒たちは大迷惑で…!?

ハートランド学園で最も影が薄い漫画研究部、通称「漫研」。唯一の部員・有賀が遊馬をモデルに漫画を描きたいと申し出る。抜群に格好良いヒーローを想像した遊馬は大喜び！一方、まだ病状が回復しない妹を心配する凌牙に、妹がいなくなったとの知らせが入り…!?

凌牙の妹「璃緒」が学園復帰！途端に学園中の注目を浴び、各部は璃緒をマネージャーにと争奪戦を繰り広げる。そんな中、璃緒と遊馬たちは華道部を見学すると、バリアンに支配された部長の愛華が遊馬にデュエルを仕掛けてくるのだった…！

バリアン世界の七皇に新たな動きが出ていた。なかなか成果を出せないギラグの前に現れたアリト。しかしこのアリト、人間界で出会った小鳥に恋をしてしまう。しかも良いタイミングでジャマに入る遊馬を「恋のライバル」として敵視し、デュエルを仕掛けてくるのだった！

ナンバーズ倶楽部、最大の危機到来!!誰が「マスコットガール」になるかを巡り、メンバーみんなが大ゲンカ。困惑した遊馬は真月と解決策を考えるが、そこへ正体を隠したギラグが現れ、「スポーツデュエル大会」を提案する！ギラグの企みとは…？

バリアンの強力な力を目の当たりにした遊馬は、アストラルを守ることへの不安を感じ始める。一方、目的の成果を出せないギラグたちに業を煮やしたバリアン世界のドルベは新たな使者「ミザエル」を送り込む。荒ぶるドラゴンを操り、圧倒的な力をもつミザエルが、遊馬に襲いかかる！

107番目のNo.を操るミザエルの猛攻に呆然とする遊馬とアストラル。このミザエルが召喚した「銀河眼」には、ホープすらも太刀打ちできず、もはや遊馬には成す術もなかった。もはや気力のみでデュエルを続ける遊馬の前に現れたのは、なんとカイトだった!!すると2人の「銀河眼」が共鳴し…!?

ミザエルとのデュエルで身も心も傷ついた遊馬は、凌牙とともにケガの治療で入院していた。いつもの元気がない遊馬にイラ立つ凌牙。一方、アストラルも「バリアンズ・スフィア・キューブ」の影響によって傷つき、バリアンに対する脅威を感じていた。そんな時、「皇の鍵」が何者かに奪われてしまい!?

いつものように真月と登校する遊馬。そんな二人の前に、バリアンに洗脳された無数のデュエリストが襲い掛かる！真月を守りながら必死に応戦する遊馬だが、なんと真月まで洗脳されてしまう。そんな最大のピンチに、バリアンの使者アリトが現れる！彼の目的とはいったい…!?

遊馬とアリト、全力でデュエルを楽しもうとする２人。バリアンズ・スフィア・キューブの影響を受け、弱り始めていたアストラルだったが、遊馬と心をひとつにゼアルへと姿を変える！遊馬・アストラルの本気の姿に胸を打たれたアリトも本来のバリアンの姿となり、カオス・エクシーズを召喚する！

遊馬とのデュエルを終えたアリトが何者かに襲われた！怒りのギラグは、その犯人が真月であると考え、残りの「バリアンズ・スフィア・キューブ」を手に、真月にデュエルを挑む。しかし、遊馬は仲間である真月を守るため、一人でギラグへのデュエルへと向うのだった！

ギラグが使った「バリアンズ・スフィア・キューブ」の力で倒れたアストラル。遊馬は真月と２人、ギラグに挑む。しかしギラグの秘孔デッキの効果で、ホープまでもが内側からダメージを受け破壊されてしまう。そんな時、自分を信じ守ってくれた遊馬のため、真月が想像を絶する奇跡を起こす!!

バリアンズ・ガーディアンという真月の正体を知った遊馬は、アストラルに秘密にしたまま２人でバリアンの調査を進める。一方、皇の鍵の中でバリアンに関わる記憶を探るアストラルの前に、あのブラック・ミストが現われる！「アストラルには悪が必要」だと言うブラック・ミストを受け入れないアストラルに近づく巨大な黒い影。その声の主は「汝を試す」と、アストラルにデュエルを挑んでくるのだった。

カイトに命じられ、バリアンの調査を続けるオービタル７。ひと息ついたその瞬間、運命の出会いが訪れる！相手はオボミ！しかし、オボミが遊馬の家でこき使われていると勘違いしたオービタルは、カイトに内緒で遊馬とのデュエルを決意する！愛しのオボミを悪から救うため、カイトに匹敵するデッキを手に、遊馬とアストラルに全力で挑むオービタル。その熱い恋心に、勝利の女神は微笑むのか!?

登校中にケガをした鉄男に優しく手を差し伸べたのは、凌牙の妹・璃緒だった。恐れ多くも璃緒の優しさに恋してしまった鉄男。遊馬とナンバーズ倶楽部のメンバーは、鉄男の初恋に大騒ぎ！まずは兄である凌牙に認めてもらおうとデュエルを挑む鉄男だったが、あっさり断られてしまう。それを見ていた委員長＆徳之助の発言が誤解を生み、ついに凌牙と璃緒、史上最悪の兄妹ゲンカデュエルが始まるのだった!!

今日はハートランド学園の文化祭！遊馬たちのクラスも「モンスターカフェ」で忙しく働いていた。モンスターに扮装して楽しんでいた小鳥とキャットちゃんの顔を曇らせたのは…遊馬に会いにやってきたあのお騒がせ娘・アンナだった！ちょうどその場に、真月が「カップル・デュエル大会」の知らせをもってやってくる。相手になるプロ・デュエリスト夫婦の名前を聞いたアンナは、遊馬とペアを組み強引に出場するが…。

プロデュエリストのラブラブ夫婦とタッグ・デュエルで戦う遊馬とアンナ。自分にデュエルを教えてくれた海美がデュエルをやめることに激怒するアンナと遊馬のペアは、華麗な連携を見せる羽原ペアにどんどん追い詰められていく。しかし、海美はバリアンの力に洗脳されていた…！操られるがままに、遊馬とアンナに猛攻を仕掛ける海美。その時、アンナが昔海美に教えてもらった大切な何かに気付くのだった。

真月からの緊急連絡に駆けつけた遊馬。なんと真月がバリアンとデュエルで闘っていた。勝負がつけられないまま身を引いたそのバリアンの名はベクター。真月たちバリアンズ・ガーディアンを長年悩ませていた凶悪バリアンだという。そんなバリアンの出現に身を引き締めるが、ついに遊馬とベクターがデュエルで対峙する！しかも、この2人は以前対決したことがあったというが…!?

凶悪なバリアン・ベクターに、自分の身代わりとなってさらわれた真月にショックを受ける遊馬。消えたベクターから「マスター・キー・ビートル」のカードを受け取ったアストラルは、このカードから不思議な力を感じるのだった。そんな時、遊馬のもとへ駆けつけたカイトと凌牙はこの事件にバリアンが絡んでいることを知り、すぐにでもバリアン世界へ乗り込もうとするが、その方法が見つからないでいた。

異次元飛行艇でサルガッソにやってきた遊馬たちを待っていた、ベクターたちバリアン。そしてベクターへの怒りが頂点に達した遊馬のデュエルが始まった。同時に、カイトvsミザエル、そして凌牙vsドルベとのデュエルも始まる！このサルガッソに仕組まれたフィールド魔法「異次元の古戦場」は、遊馬たちのLPをどんどん削っていく。身も心も傷つく遊馬に、ベクターは衝撃的な事実で更なる追い討ちをかける！

ベクターの卑劣な罠により、身動きがとれなくなった遊馬とアストラル。何の疑いもなく信じてしまったことが、アストラルたちみんなを傷つける結果となり、悔しさが増すばかり…！そんな遊馬を、小鳥たちNo.倶楽部のメンバーは懸命に応援する。アストラルも遊馬の過ちを受け入れ、2人はゼアルへと姿を変え攻撃を仕掛けるが、ベクターの発した言葉でアストラルの様子が一変してしまう…!!

悪に染まったアストラルに主導権を奪われたダーク・ゼアル。驚異の攻撃力でベクターに大ダメージを与えるが、その戦いぶりは自らもダメージを受ける危険なものだった。自分のせいでこんな姿になったアストラルにショックを受ける遊馬だが、このままではデュエルに負けてしまう…しかし遊馬の声は、もはやアストラルには届かない。ベクターが決定的な攻撃を放った時、アストラルを守るため、遊馬が決死の行動に出る！

サルガッソの戦いで敗れたベクターは、遊馬に対する憎悪から次なる脅威を引き起こす。それは、バリアン世界の「神」の復活！一方、遊馬とアストラルは、異次元飛行船に示された一馬からのメッセージから謎の遺跡に眠るNo.の存在を知り、仲間たちとともに遺跡を巡る冒険へ旅立つことに。最初の遺跡に向かう道中「ナッシュ」と名乗る謎の少年と出会う。果たして彼の正体とは…!?

謎の少年とともに遺跡に眠るNo.を探しに行く遊馬たちは、最深部でNo.を守る精霊と出会う。No.を得るため精霊とのデュエルを決意する遊馬だが、このデュエルにはからくりが仕組まれていて、凌牙と少年が捕らわれの身となってしまう。何とか2人を助けようとする遊馬、しかし罠を解くヒントは古代文字で描かれた遺跡の壁画に隠されていた。そんな絶体絶命の中、少年が驚くべき能力を発揮する…！

バリアンに対する気持ちがすれ違い始めた遊馬とアストラル。それぞれの想いを抱えたまま、次のNo.があるとされる遺跡の場所を目指すのだった。一方、ベクターは、彼の体内で復活を待つドン・サウザンドの命により、新たな力を得るべくNo.96のもとへ向かうのだった。一足早く遺跡のナンバーズを手に入れたベクターとNo.96は、この力を手に遊馬たちを待ち構えるのだった。

ベクターを拒むかのように異様な空気をかもし出す遺跡で、No.を賭けたデュエルに応じるアストラルは、No.96にダメージを与えると捕らわれた遊馬に危険が迫るという、デュエルと連動した罠に苦しめられていた。遊馬の身を案じてか守りに徹するアストラルをあざ笑うかのように、No.96はこの遺跡で手にした強大な力で「CNo.（カオスナンバーズ）」のモンスターを召喚する!!しかし、CNo.が出現するとNo.96の体に異変が起こり、遊馬たちは驚愕の状況に遭遇する！

遊馬たちは次なるNo.を求め、拳闘士の伝説がある町へ。なんとこの地では、かつて熱いデュエリスト魂をぶつけあった好敵手ゴーシュと再会する！プロデュエリストとして、子供たちのヒーローになったゴーシュを見て感激する遊馬は、マネージャーを務めるドロワから拳闘士の伝説を聞くが、No.が眠る遺跡は湖の底だという。ちょうど同じ頃、かつて遊馬との闘いで力尽きたアリトがバリアン世界で復活を遂げ、No.を手に入れるべくこの遺跡に向かっていた…。

遊馬・ドロワvsアリト・ゴーシュのデュエルが始まった。「RUM」によってアリトに洗脳されたゴーシュは、まるで闘う意思を失くした操り人形のようにデュエルを続ける。そんなゴーシュ、そして卑劣な手を使うアリトという変わり果てた2人に驚く遊馬。しかし、ドロワとともになんとかゴーシュの目を覚まさせようとあらゆる手段を試みるが、その想いが届かずにいた。そんな遊馬とドロワをあざ笑うかのように、アリトとゴーシュは切り札を手に更なる追い込みをかけるのだった…！

４つ目の遺跡に到着した遊馬たち。そこでは、不気味なドラゴンの鳴き声が響き渡っていた。冒険家・一馬の息子である遊馬は、登山を楽しみながらも、凌牙やカイトと共に山頂を目指す。たどり着いた先には竜の精霊を名乗るジンロンの姿があった。カイトは彼を見るなりドラゴンの気配を感じ、ジンロンもまたカイトに興味を示す。ジンロンはカイトを試すかのようにデュエルを始める。しかし開始早々「銀河眼の光子竜」が封印されてしまい…!?

ジンロンが手にする圧倒的な攻撃力を放つドラゴンによって、窮地に追い詰められるカイト！しかし、劣勢ながらも「ドラゴン使い」としてのプライドと、ジンロンが語る「伝説のドラゴン使い」への対抗心を胸に、驚異的な反撃を見せるのだった。遊馬、アストラル、凌牙も息を飲む激しい攻防が続くデュエルの中で、ジンロンに次々と難題を突き付けられるカイト、果たしてこのデュエルの先にある衝撃の事実とは…!?

遺跡を巡る冒険から、久しぶりに自分の家へと戻った遊馬。ホッとしたのも束の間、約500年前の戦国武将を祀ったという地蔵が、六十郎が暮らすデュエル庵で発見されたというニュースが飛び込む。急いでデュエル庵に向かう遊馬とアストラルだが、そこには先回りしたバリアンの戦士ギラグの姿が！No.を守るため、ギラグにデュエルを挑む遊馬、しかし彼は何かにとりつかれているようで…!?

遊馬たちは異次元飛行船で大海原へ！しかし嵐に巻き込まれ、璃緒が行方不明になってしまう！

海底から誘われるように姿を消した璃緒の後を追う凌牙、そして遊馬とアストラルが辿り着いた先には探し求めていた遺跡が！凌牙も何者かに導かれ遺跡の奥に向かうが、なんとそこには、No.の精霊「アビス」に操られた璃緒が待っていた…！

No.の精霊「アビス」に操られた璃緒とデュエルで闘う凌牙。一方、バリアン世界の使者ドルベもまた七皇の残り2人の伝説が眠るこの遺跡を目指し、遊馬と対峙する！

凌牙は、闘いの中、何度も現れる幻覚に戸惑いながらも、璃緒を救うためのデュエルを続ける。

激しい攻防の中、璃緒は「No.73激瀧神（げきろうしん）アビス・スプラッシュ」を召喚する！その衝撃に巻き込まれたアストラルとドルベは、凌牙を苦しめる幻覚を垣間見るのだった。

カオスの力を手に入れたNo.96は、アストラル世界を破壊すべく攻撃を開始する。バリアン世界の危機をも感じたベクターは、その暴走を止めようとデュエルを仕掛ける。

一方、波動の異変を感じたアストラルは、遊馬とともにNo.96のもとへと急ぐ…！

No.96が展開する「カオス・フィールド」に苦しめられる遊馬とアストラル。圧倒的に不利な状況にもかかわらずデュエルを続けようとする遊馬だったが、残ったのは気力のみ…すでに極限状態にまで追い詰められていた。その隣で「仲間を信じることの大切さ」を訴える遊馬の熱い想いを受け止めたアストラルは、遊馬と共にゼアルへと姿を変える!!

そんな二人の熱いデュエル魂がこのデュエルを勝利へと導くかに見えたが…!?

アストラルがいなくなった喪失感で塞ぎ込んでしまった遊馬。そんな遊馬に、なんとか元気を取り戻してもらおうと、ナンバーズ倶楽部の面々がバリアン捜査に繰り出す！しかし、謎の男「蝉丸」によってみんなの記憶が奪われてしまう！蝉丸は奪った記憶とNo.をかけて、遊馬にデュエルを挑む！アストラルがいない自分で、このデュエルに勝てるのか…、そんな弱気な遊馬に救いの手を差し伸べたのは…!?

大切な仲間たちを救うため、Ⅲと共にバリアンの手下・蝉丸に挑む遊馬！必死に立ち向かうその姿に、蝉丸に記憶を奪われてしまった小鳥たちまでもが、無意識の中で遊馬を応援し始め、そしてかつては敵として闘ったⅢも遊馬を全力で支えようとするのだった！そんな絆で結ばれた仲間たちに支えられて、自分は一人じゃないと気付いた遊馬は、アストラルの意思を継ぐためにも、全身全霊で蝉丸とのデュエルに立ち向かうのだった！

璃緒の意識が戻らない中、遺跡で見た記憶から自分がバリアンかもしれないという疑念を払拭することができない凌牙に怪しい影が迫る！デュエルでの闘いを余儀なくされた凌牙は毒をもられ、一気に危機的状況へと追い詰められてしまうのだった。しかし、そこにかつてのライバル・Ⅳが現れる…！

敵デュエリストに仕掛けられた毒は、次第に凌牙と璃緒の体を蝕んでいく…！それを嘲笑うかのように、敵の強大な攻撃は激しさを増し、凌牙とⅣのライフポイントは大きく削られてしまう。しかし、自分の存在に疑念を持っている凌牙は思うように力を発揮できない。追い詰められる中、遺跡で手に入れた切り札であるNo.を召喚できずにいた。

アストラルがいない寂しさを紛らわすように、遊馬はⅢとともにバリアンとの闘いに備える。

その頃、カイトはバリアン世界の猛攻からアストラル世界と人間界を守るため、かつての師匠Ⅴとともにアストラル世界への行き方を模索していた。一馬が遺跡に残した「覇者のコイン」、これが異世界への扉を開ける鍵となり…!?

アストラル世界への扉を開く手段を見つけたカイトとⅤは、遊馬をアストラル世界へ送り出す準備をしていた。そんな時、アストラルの復活を阻止すべく、再びハートランドの仲間が現れる！カイトとⅤは、タッグ・デュエルで立ち向かう。しかし、敵の卑怯な罠によりカイトが幻覚に侵され、さらに「銀河眼の光子竜」までもが幻覚により混乱してしまう…！開きかけたアストラル世界への扉を前に、カイトとⅤのタッグは、遊馬を旅立たせることができるのか!?

カイトたちの後押しを受け、アストラル世界へと旅立った遊馬。辿りついた何もない世界に驚きつつも、アストラルを探そうと歩き出した遊馬のもとに、突然５つの光が衝撃とともに現れる！純潔なアストラル世界のカオス的存在である遊馬は、アストラル世界の意思に狙われるのだった。そんな遊馬を救ったのは、かつて一馬のデッキに入っていた「虹クリボー」！前途多難な冒険の幕開けとなってしまった遊馬は、虹クリボーとともにアストラル世界の意思に立ち向かう。

遊馬に度々襲いかかり、アストラル世界の意思・エリファスとのデュエルが始まった！ランクアップを目指すアストラル世界のデュエルは、全てがシャイニング・ドローだと言う。エリファスは次々とランクアップ・モンスターを召喚し、遊馬を追い詰める！遊馬と出会ったことによって消滅される運命にあるアストラルを救うため、必死に攻防を繰り広げる遊馬だが、エリファスのランクアップ・モンスターの猛攻から逃れられず…!?

エリファスが召喚するランクアップ・モンスターを前に、尻込みせず闘い続ける遊馬。その想いはアストラルを救いたいということだけだった！その遊馬の想いを後押しするように危機を救う「虹クリボー」。

一方、ドルベは凌牙に過去の記憶を取り戻させようと近づく。ベクターとデュエルで闘った過去の記憶を取り戻していく凌牙は自分の運命に混乱するのだった…！

エリファスとのデュエルで苦戦を強いられている遊馬の前に、なんとランク１３「ニューオーダーズ・エーテリック・アメン」が現れる!!

圧倒的強さのモンスター効果を放ち、遊馬を絶望の淵に追い詰める…！アストラルを救いたい一心で必死に闘う遊馬は、すでに満身創痍で倒れる寸前…しかし、熱く燃える「かっとビング」精神が新たな奇跡を生み出そうとするのだった！カオスの力をもつ遊馬に対するアストラル世界の答えは…!?

遊馬がアストラル世界で闘いを繰り広げる最中、地上の世界各地では暴動が起きていた。100万枚にも及ぶNo.が世界中に散らばり、そのNo.を手にした人々から発せられる禍々しいオーラで世界が満ち溢れる。この状況をバリアンの仕業だと推測するⅢたちの前に、かつてカイトやハルトを苦しめたMr.ハートランドが姿を現す！遊馬とアストラルの代わりにこの世界を守ろうとするカイトは、Mr.ハートランドとの因縁デュエルを受け入れる…！しかしMr.ハートランドの手には、新たなNo.が握られていた。

バリアン世界と人間世界の融合が始まり、「バリアンズフィールド」の負荷を全身に受けるカイト！さらに、バリアンの罠によって、その数百倍もの衝撃を食らい、もはや立ち上がることさえできなくなってしまう…。その時、アストラルの復活を達成した遊馬が現われる！驚きを隠せないMr.ハートランド。遊馬はかつて自分のデュエルをカイトが救ってくれたように、このデュエルをアストラルとともに引き継ぎ、Mr.ハートランドとの最終決戦に挑むのだった…！

衝撃とともに遊馬たちの前に現れたバリアン七皇。そこにはベクターやドルべたちの横には、仲間として共に闘ってきた凌牙と璃緒が肩を並べていた…！この事態に混乱する遊馬は、凌牙に必死に訴えかけるが、そこにはかつての凌牙の姿はなく、ナッシュという七皇が立っているのだった。皇の鍵が凌牙のペンダントと共鳴した時、凌牙の過去の記憶を見た遊馬は、あまりの衝撃に気を失ってしまう！退却を余儀なくされた遊馬たちを救うため、かつて激闘を繰り広げたデュエリストたちが集結する…！そしてナッシュとなった凌牙の前には、ライバル・Ⅳが立ちはだかるのだった!

ナッシュが七皇に手渡した、バリアンの切り札「ザ・セブンス・フォース」。かつてないほどの脅威的な効果を切り札に、バリアン七皇がⅣたちに猛攻を仕掛ける！その強さに圧倒されるⅣたちだったが、遊馬を守るため、そして凌牙を目覚めさせるために、それぞれが渾身の力を振り絞って立ち向かうのだった。そして、ⅣはⅤに授けられた切り札を手に、ナッシュを追い詰める戦略を繰り広げる…！

Ⅳとナッシュによる白熱デュエルに終止符が打たれた頃、遊馬たちは秘密基地へと到着していた。自分を守るために命がけで闘ってくれた仲間たちを想い、胸を痛める遊馬。しかし、凌牙がバリアン七皇のリーダー・ナッシュとして復活した今となっては、感傷にひたっている時間など残されていない。自分たちの跡を追うバリアン七皇がすぐそこまで迫ってきている危機的状況で、遊馬はついに幕を開ける最終決戦を前に、闘う決意をするのだった…!!

世界の終わりを感じさせるかのように、暗雲が立ち込めるハートランドシティ。バリアンによる猛攻は激しさを増すばかりで、オボットたちはシステムエラーを起こし、街からは人の気配が消えていた。この非常事態を脱するべく、遊馬とアストラルはバリアン世界へと旅立とうとしていた！一方、ⅢとⅤの前には遊馬とカイトの行方を追うミザエルが姿を現す。遊馬にこの世界の未来を託したⅢ・Ⅴは、ミザエルを足止めするため決死のデュエルを仕掛けるのだった…!!

バリアンの切り札「ザ・セブンス・ワン」を封じる策に出たⅢとⅤは、ミザエルのエースモンスター「銀河眼の時空竜」を奪い取ることに成功する！さらに、Ⅴが開発した「アージェント・カオス・フォース」によって自身のNo.を次々とランクアップさせ、ミザエルを極限まで追い詰めていくのだった!!しかし、ドラゴン使いとしてのプライドを傷つけられたミザエルが新たな戦略で反撃に出る…！

命懸けで闘った仲間たちの想いを受け継いだ遊馬。宿敵ドン・サウザンドを倒すべく、アストラルと共にバリアン世界へと向かう。しかしその途中、かつて熱きデュエリストとして遊馬と決闘を重ね、絆で結ばれたはずのアリトが現れる！しかし今のアリトにはその面影はなく、何かに憑りつかれているかのようにその表情は邪悪に満ちていた。遊馬は本来のアリトというデュエリストを取り戻すため、デュエルで立ち向かうのだった！

アリトにかけられた呪いをなんとか解きたい遊馬は、その方法を模索していた。遺跡のNo.はバリアン七皇の記憶そのものであり、このNo.が本来のアリトを取り戻すカギになるのではと考える遊馬は、自身に降りかかるであろう危険を顧みず、「No.54反骨の闘士ライオンハート」を召喚する！一方、さらに凶悪さを増すアリトは新たなNo.を召喚し、遊馬を窮地にまで追い詰める…!!

遊馬たちを乗せた異次元飛行船がバリアン世界へ突入しようとしていたちょうどその頃、バリアン世界ではドルべ・メラグとベクターが対峙していた。No.96を自身に取り込み更なる邪悪な力を手にしたベクターは、２人を倒し、その力を吸収しようと企んでいた。そして、捕らわれの身となったナッシュとメラグに隠された衝撃の事実が明らかになる…。

ベクターから語られた衝撃の事実によってドルべ・メラグの怒りは最高潮に！決死の覚悟でベクターを倒そうとする２人に、さらなる衝撃、永続魔法『ドン・サウザンドの玉座』の恐ろしい効果が襲いかかる。一方、全ての記憶を取り戻したアリトは、洗脳されたままのギラグを救うべく、遺跡のNo.を手にギラグとの決闘に挑むが…!?

バリアンの力を失ったアリトだったが、本来のギラグを取り戻したいという熱い想いを胸に、必死の攻防を繰り広げる！そんな激闘を前に遊馬は、仲間を取り戻すためにどんな犠牲をもいとわないという真の決闘者魂に感銘を受けるのだった。その頃「ヌメロン・コード」のカギを探るべく月へと旅立ったカイトは、同じ「銀河眼」使いのミザエルと対峙し、２体の「銀河眼」の起源を知る…！

２人の「銀河眼」使い、カイトとミザエルの決戦の舞台は月。それぞれが操る「銀河眼」は怒涛の光を放ち、咆哮を鳴り響かせ、かつてない激しい攻防を重ねていた！カイトは、かつてジンロンが話していた遺跡の伝説になぞらえ、ついに新たな「銀河眼」を生み出すことに成功する!!このカイトの「新銀河眼」とミザエルの「時空竜」の対峙は、世界を希望へと導いていけるのか―――。

カイトとミザエルによる決闘は激しさを増していく。カイトはオービタル７の支え無くして立つこともできぬ状況で、自身が背負う宿命を全うさせるべく、満身創痍でミザエルに立ち向かう！しかし、ミザエルが放つ「超銀河眼の時空龍」の圧倒的効果により、極限へと追い詰められていく…！2人の様々な想いが交差する中、今ここに真の「龍（ドラゴン）使い」が誕生する!!

ドルべとメラグの力を吸収し、脅威的な力を手に入れたベクター。彼が次に狙うのは、メラグたちを失った怒りに燃えるナッシュだった！問答無用にベクターとの決闘を受け入れるナッシュだが、ベクターの卑怯な策により早々に不利な状況へと追い詰められてしまう…。その時、未だ解明されていなかった自分たちの真の記憶が蘇り始め…!?

ナッシュとの因縁デュエルの最中、ベクターは自身に潜んでいた真実の記憶を知る。ベクターをはじめ、バリアン七皇の記憶を操作していたドン・サウザンド。自分の運命を変えた諸悪の根源ドン・サウザンドに敵意を向けるベクターは、ナッシュに思いも寄らない言葉を口にするのだった！ その時、ナッシュは…。

卑劣な戦略でナッシュを苦しめるベクター。怒りに震えるナッシュは、猛攻撃でベクターを窮地へと追い込む！すると、消滅したはずのドン・サウザンドの力が再び蘇り、ベクターの体から完全に独立してしまう…。全てはドン・サウザンドの陰謀通りとなり、自由の身となった体でベクター、そして遊馬までも吸収しようとするのだった。その時、カイトとの激闘を繰り広げたミザエルが現れる！

ついに正体を現したバリアンの神ドン・サウザンドは、バリアン七皇の力を吸収して我が物とし、脅威的な力を得てしまうのだった…！そして「ヌメロン・コード」を手に入れるため、バリアン七皇最後の一人、ナッシュを取り込もうと企む。この世界中を巻き込んだ危機の中、遊馬はナッシュと共に最強と化したドン・サウザンドを相手に立ち上がるのだった！

地球上に眠る「ヌメロン・コード」の力を利用した、フィールド魔法「ヌメロン・ネットワーク」で遊馬たちを追い詰めるドン・サウザンド。攻撃力「10000」という脅威的モンスター「夢幻虚神(むげんきょじん）ヌメロニアス」まで召喚し、全世界を手中に収めようとしていた！この窮地を脱するべく、遊馬とアストラルはゼアルとなって必死の攻防を繰り返す！

そしてこの闘いの最中、謎に包まれていたNo.の起源がついに明かされる…！

激しい攻防を終えた遊馬とナッシュ。しかし、ドン・サウザンドが残したNo.はアストラルには吸収することができず、邪悪な瘴気とともにナッシュの手に渡ってしまう…！心をひとつに激闘をともにしたはずの遊馬とナッシュは、地上世界とアストラル世界を背負う遊馬と、バリアン世界を背負うナッシュとして対峙するのだった。ドン・サウザンドの力を得たナッシュは、オーバーハンドレッドNo.を次々と召喚していく…！

七皇たちの想いを継いだナッシュは、彼らの夢の化身であり、最後の切り札となる「CX冀望皇（きぼうおう）バリアン」を召喚する！その効果は、想像を絶する最強かつ凶悪なものであった！そして、その効果を完璧に使いこなすナッシュを前に、遊馬は圧倒されながらも必死に応戦し、白熱したデュエルを展開するのだった！

満身創痍の体を奮い立たせる遊馬と凌牙。二人のフィールドには、「希望皇ホープ」と「ブラックレイランサー」が対峙していた。それは、彼らが初めて出会った時に闘ったモンスターであり、懐かしい記憶を呼び覚ました。目の前に立つ凌牙がバリアンだとしても、わかりあえるはずだと強く信じる遊馬だが、バリアン七皇のリーダーとして仲間の意思を継ぐ凌牙は、「ヌメロン・コード」を手に入れるべく、遊馬に容赦ない猛攻を仕掛ける！姿は違っても、かつて絆で結ばれていた凌牙にとどめを刺せない遊馬に対して凌牙がとった行動とは…!?

ナッシュとの激闘に終止符が打たれ、バリアン世界に捕らわれていた無数の魂が地上へと降り注ぐ！この世界の未来を命がけで守ろうとした仲間たちと遊馬は喜びの再会を果たす！しかし、全てのNo.(ナンバーズ)を手にしたアストラルがついに「ヌメロン・コード」を出現させ、状況が一変する！自身に託された使命を果たすため、アストラルは遊馬とのラストデュエルに挑む…!!

全てのＮｏ.（ナンバーズ）を手にしたアストラルは、5体の「ホープ」を召喚し、容赦なくその力を遊馬に見せつける！その猛威に圧倒される遊馬だが、怯むことなく、むしろ全身全霊でアストラルとのデュエルを楽しんでいた。そんな２人のデュエルには、遊馬とアストラルの間で交わされたある重大な条件が隠されていて…!?

最凶の敵によって危機的状況へと追い詰められても、遊馬はいつもアストラルと力を合わせて勝利をつかんできた。数々の闘いの中で、仲間との出会いや別れなど様々な経験を重ね、デュエリストとして大きな成長を遂げた遊馬は、全力で相棒・アストラルと激突する！一方、アストラルは、遊馬への想いをある策略へと込めるのだった。

固い絆で結ばれた２人が交わしたラスト・デュエルの結末とは…!?