In Heartland, Yuma Tsukumo aspires to be the world's best Duelist. Despite this, he is not a good Duelist. When he ends up Dueling, Shark, a student known to have pro-level skills, odd things begin to happen and Yuma's story begins.

Yuma Tsukumo è uno studente scarso sia a scuola che nei duelli, ma non rifiuta mai una sfida. Un giorno, lui e la sua amica Tori scoprono che il loro amico Bronk viene sconfitto in un duello contro Reginald, soprannominato "Shark" che poi prende il suo deck. Quando Yuma gli propone di duellare per recuperare il deck dell'amico, Shark rompe la chiave di Yuma ricevuta dai suoi genitori e prende a calci metà della chiave rotta, e gli dà la possibilità di mettere in gioco il suo mazzo in un duello per recuperare il mazzo di Bronk. Quest'ultimo riesce a recuperare la metà persa della chiave e gliela restituisce. Arriva il giorno del duello tra Yuma e Shark, le scarse abilità di duello di Yuma lo mettono in svantaggio contro il deck "Squalo" di Shark. Mentre Yuma si difende dagli attacchi di Shark, la sua chiave improvvisamente si ripara da sola e il ragazzo si ritrova davanti a una strana porta, che apre con la sua chiave.

以未来决斗冠军作为目标的九十九游马，是个以“毅飞冲天！”为口号，相信自己的可能性并对任何事都持续挑战、精力充沛的少年。可是，在热爱的决斗方面的水平却是初学者等级，而且还是连败纪录冠军。某一天，好朋友·武田铁男的卡组被外号“鲨鱼”学校头号不良少年·神代凌牙给夺去了。游马不畏强敌果敢地对抗，但不仅重要的护身符“皇之键”被弄坏，还要跟全国大会等级的鲨鱼以决斗分个胜负！在驱使强力怪兽召唤方法“超量召唤”的鲨鱼面前，游马会…！？

未来のデュエル・チャンピオンを目指す九十九遊馬は、「かっとビング！」を合言葉に、自分の可能性を信じて何事にも挑み続ける元気な少年。しかし、肝心のデュエルの腕前は初心者レベルで、連敗記録のチャンピオンになりつつあった。

ある日、悪友・鉄男のデッキが学校一の不良・シャークに奪われてしまう。恐れず果敢に立ち向かう遊馬だったが、お守りとして大切にしていた「鍵」を壊された上に、全国大会レベルの腕前をもつシャークとデュエルで勝負することになってしまう！

強力なモンスターの召喚方法「エクシーズ召喚」を駆使するシャークを前に、遊馬は・・・！？