Wir schreiben das Jahr 2202. Fast drei Jahre nach der Wiederherstellung des Planeten Erde sehen sich die Menschen, inzwischen alliiert mit den Gamilas, der wachsenden Bedrohung durch das Reich Gatlantis ausgesetzt! Dieses strebt nach absoluter universeller Herrschaft. Genügt die neue Allianz mit Gamilas, um diesem Feind gegenüberzutreten?

Die Spannungen zwischen den Fronten nehmen spürbar zu. Während auf der Erde vier neue Schlachtschiffe der Andromeda-Klasse enthüllt werden, eine pure Machtdemonstration, findet die ehemalige Besatzung der Yamato wieder zusammen, um ihrem alten Kommandanten Okita zu gedenken. Doch das alles beherrschende Thema ist das weitere Vorgehen der Crew: Wer oder was ist Teresa?

Kodai folgt der Einladung von Gamilas-Botschafter Varel auf den Mond. Die Gamilas haben ihre eigene Theorie über das Wesen Teresa und dessen Beweggründe. Zurück auf der Erde trifft Kodai auf den Gamilas-Leutnant Klaus Keyman, der ihn in eine geheime Untergrundbasis der Erdstreitkräfte mitnimmt. Was Kodai dort vorfindet, beantwortet einige Fragen, schockiert ihn jedoch zutiefst!

Die Yamato macht sich auf ins All, jedoch muss erst ein Schaden behoben werden: Warp ist noch nicht möglich. Sogar die ehemaligen Piloten des Cosmo Tiger-Jagdgeschwaders stoßen noch zur Crew und begehen somit ebenfalls Meuterei. Das kann die Kommandantur der Erdstreitkräfte nicht länger auf sich sitzen lassen: das neue Schlachtschiff Andromeda macht sich auf, die Yamato zurückzuholen.

Auf dem elften Planeten des Sonnensystems kämpft ein Regiment der Cosmo Marines tapfer gegen die gatlantischen Invasoren. Doch die Schlacht scheint aussichtslos, denn Gatlantis kennt nur Sieg oder Tod! Truppführer Saito schickt einen verzweifelten Notruf aus und die Yamato ist ganz in der Nähe. Doch kann sie ihre Mission nach Telezart aufschieben? Kodai muss eine Entscheidung treffen.

Eine riesige Flotte von Gatlantis-Kriegsschiffen tritt über dem elften Planeten aus dem Warp. Sie beginnen, sich zu einer seltsamen, konischen Form zu vereinen. Währenddessen entwirft die immer noch im Untergrund des Planeten gefangene Yamato einen Fluchtplan. Sanada erkennt mit Analyzers Hilfe, dass die kegelförmige Form eine gigantische Kanone bildet und direkt auf die Erde zielt!

Die Yamato begibt sich auf einen Rendezvouskurs mit mehreren Gamilas-Schiffen zum Planeten Stravase. Sie sollen die Flüchtlinge vom elften Planeten aufnehmen und zur Erde zurückbringen. Auf Stravase selbst befinden sich außerdem Überreste der antiken Aquarius-Kultur. Ein starrsinniger Archäologe macht sich eigenmächtig auf, diese zu erkunden.

In der antiken Aquarius-Ruine kommt es zum ersten „Zusammentreffen“ von Kodai und Kaiser Zordar: Er enthüllt Kodai die wahre Natur des Gatlantischen Imperiums und zwingt ihn zu einer schrecklichen Wahl, um ihm die Minderwertigkeit menschlicher Gefühle aufzuzeigen. Ist Kodai bereit, ein derart großes Opfer zu bringen?

Nach dem Abenteuer auf Stravase nimmt die Yamato wieder Kurs auf Telezart. Unterwegs begegnet sie seltsamen, in der Leere geborenen Organismen, die in das Schiff eindringen: Sie werden „Weltraum-Glühwürmchen“ getauft und die Crew erfreut sich an ihrem beruhigenden Licht. Allerdings hat diese Wirkung auch einen unerwarteten und hochgefährlichen Nebeneffekt.

Er ist wieder zurück von den Toten: Abelt Desler, der ehemalige Präsident von „Groß-Gamilas“! Kaiser Zordar gibt ihm eine neue Chance, die Yamato endgültig zu vernichten! Doch zunächst soll er sich mit der Gatlantis-Flotte beschäftigen, die beim elften Planeten versagt hatte. Desler hat nicht vor, ebenfalls zu versagen.

An Bord der "Yamato" befindet sich offenbar eine Person, die womöglich die Mission sabotieren will. Derweil steuert das Schlachtschiff auf den weißen Kometen zu – bis es zu einem seltsamen Zwischenfall kommt, der alles verändern könnte.

Die "Yamato" nähert sich Telezart. Doch bevor das Schiff dort landen können, muss erst die Flotte von Gatlantis außer Gefecht gesetzt werden. Kodai hat einen Plan, aber der Feind scheint über jeden Schritt bestens informiert zu sein.

Die "Yamato" konnte einen Großteil der Streitmacht der Gatlantis mithilfe der Wellenkanone außer Gefecht setzen. Doch auf dem Weg nach Telezart und zu Teresa warten noch weitere Hindernisse auf Kodai und seine Leute - und eine unangenehme Überraschung.

Neben Kodai und seiner Mannschaft ist auch Desler auf Telezart bei Teresa angekommen – und er führt nichts Gutes im Schilde. Keyman muss endlich offenbaren, auf wessen Seite er steht und seine wahre Identität preisgeben.

Keyman hat endlich sein wahres Gesicht gezeigt. Er hat nicht nur Kodai verraten, sondern auch den Wellenantrieb der "Yamato" sabotiert. Präsident Desler will Teresa nutzen, um Kaiser Zodar einen Handel zu unterbreiten. Doch das Schicksal nimmt einen anderen Lauf …

Die "Yamato" macht sich auf den Weg zurück zur Erde, um die Menschheit vor Gatlantis zu retten. Oder wird das Wellenkanonen-Geschwader rechtzeitig fertig und kann die feindliche Armee aufhalten? Eines ist sicher: Die Zeit drängt.

Das Wellenkanonen-Geschwader schenit der Armee von Gatlantis überlegen. Doch noch ist der Kaiser nicht geschlagen: Er will den gesamten weißen Planeten nutzen, um die Erde zu zerstören – und nichts kann ihn aufhalten, nicht einmal die Wellenkanone.

Der Wellenantrieb der "Yamato" ist ausgefallen und das Schiff wird in das Gravitationsfeld des weißen Kometen gezogen. Es bleibt nur eine Option: Die "Yamato" muss aufgegeben werden. Die Vernichtung der Erde scheint damit unvermeidbar.

Die "Yamato" ist auf dem Planeten Semoria abgestürzt und kann aus eigener Kraft nicht mehr starten. Die Besatzung untersucht die Umgebung und stößt auf das Geheimnis von Gatlantis und seiner Bewohner. Yuki hat derweil ein ganz anderes Problem …

Kaiser Zordar ist mit der Arche der Zerstörung auf dem Weg in Richtung Erde. Doch es scheint Hoffnung zu geben: Ein Golem soll Gatlantis aufhalten. Dies will der Kaiser mit allen Mitteln verhindern und will den Planeten Semoria sprengen - samt der "Yamato".

Mit Teilen der Ginga wird die "Yamato" wieder auf Vordermann gebracht und will mit der Transit-Wellenkanone Gatlantis aufgehalten. Kodai bringt einen anderen Vorschlag ins Spiel, doch zuvor spielt Präsident Desler seinen letzten Trumpf aus.

Präsident Desler scheint von seinen gatlantischen Verbündeten verraten worden zu sein. Kodai appelliert an Zordar, endlich Frieden mit den Menschen zu schließen. Die Antwort des Kaisers lässt nicht lange auf sich warten.

Für die Menschheit gibt es nur noch eine Hoffnung: Die Transit-Wellenkanone der "Yamato". Doch Kodai und seine Crew sind nicht allein im Kampf gegen Zordar: Die Gamilas kämpfen Seite an Seite mit den Menschen für die Freiheit.

Zordar trifft eine letzte Entscheidung, die den Krieg zwischen Gatlantis und den Menschen entscheidet: Er zerstört Golem und vollendet damit die Arche der Zerstörung, die alles und jeden verschlingen wird.

Die Menschheit kann aufatmen: Gatlantis ist geschlagen. Hat Teresa geholfen die Arche der Zerstörung aufzuhalten? Als die "Yamato" plötzlich wieder auftaucht, gibt es mehr Fragen als Antworten - aber auch neue Hoffnung.