AG115年…故乡欧华遭到来历不明的敌人『UE』袭击，因而成为孤儿的菲利特被诺拉的联邦军基地阿灵斯顿的军队收养。菲利特深信，总有一天向UE反击的时机一定会到来，因此按照从母亲手中接到的AGE装置里的设计图，制造出被称为救世主的MS『钢弹』。随後UE的MS型机体终於也向诺拉侵袭而来。菲利特为了拯救诺拉的人民，亲自启动了钢弹！

诺拉遭到UE的攻击而逐渐毁坏。司令官布鲁萨焦急於居民们的避难，副司令库尔迪克则为了拯救殖民地的逃亡计划，而启航新造船舰歌姬号。菲利特也操作钢弹试著要逃出殖民地，却在此时发现一名躲避不及的少女。菲利特将这名少女救起并前往宇宙时，遭到UE的MS型机体袭击。为了对抗强敌，菲利特和凡格斯联手使用了搭载在钢弹上称为『AGE系统』的力量！

毁灭的时限正步步逼近诺拉。菲利特将逃避不及的少女载上钢弹，顺利前往宇宙。然而，却在那遭遇到新的黑色MS型敌人。另一方面，库尔迪克舰长利用歌姬号控制殖民地，使众多的人们从毁灭中逃出的策略也有所进展。基地司令官布鲁萨一人独自留在诺拉，执行分离殖民地的最後工作。大家各自拼命，为了生存下来全力以赴。在钢弹和黑色敌人战斗之际，那名少女向菲利特开口说了一句意外的话…。

诺拉毁灭後，菲利特一行人搭乘歌姬号前往『法丹』。据说那里有通往殖民地图迪亚的接驳船。正在此时，使用歌姬号中音乐疗愈安眠装置的主力驾驶员『沃尔夫』甦醒了过来。有著『白狼』的奇特封号，主张自己应当驾驶白色MS，并向菲利特提议来一场争夺钢弹驾驶员宝座的模拟战。菲利特和沃尔夫的一决胜负之战即将掀起高潮。然而，就在此时一架UE巨大战舰突然出现！

歌姬号将入境法丹。迄今为止，菲利特虽然还不习惯却也反覆有过好几次的战斗经验，他希望自己能够变得更强。边想事情边驾驶气垫机车的菲利特竟把法丹路上的少年德席尔给弄受伤了。菲利特为了帮他包扎治疗便邀请他到歌姬号一趟，可是德席尔却别有居心。另一方面，钢弹迎向了侵袭法丹的UE，但驾驶钢弹的人却是…！？

法丹的城市中，菲利特和艾蜜莉卷入了一场MS之战，并一同逃到地下街道避难。在那里他们遇见了一位拼命求生的男子伊瓦克布利亚。从他口中得知法丹是由萨拉姆和艾华这两大势力不断地相互争夺主权。就在此时，伊瓦克的女儿莉莉雅跑到地面上卷入了这场战斗，伊瓦克见状便搭上作业用的MS前去救助。而菲利特为了要将两人救出於是驾驶了钢弹出击。然而在这场MS激战之际，突然出现了UE的新敌人…。

以破坏城市街道为由，菲利特遭到萨拉姆逮捕。随後被带往萨拉姆的首领唐娠驓基面前。菲利特对於法丹一再发生的萨拉姆与艾华抗争提出了抗议，然而博亚基却完全不予理会。此时艾华的老大拉克特縠法麦已率领部队著手进行攻击，殖民地内的战斗又将一触击发。对此菲利特想驾驶钢弹制止，再加上UE的来袭，形成了三国鼎立的战斗状态。由於殖民地内无法使用光束武器，为了对抗UE，钢弹只好以新形态的样貌出现。

为了要击退入侵法丹的UE，菲利特以钢弹的新形态『重击型』出击。重击型可以在无法使用光束武器的殖民地内发挥压倒性的强大力量。萨拉姆和艾华随即统一战线迎战UE，然而心存芥蒂的两派人马却在战场发生了内哄。在如此不利的状况之下，菲利特依旧坚持己见，为了将反目成仇的萨拉姆和艾华合二为一而奋战。就在此时，出现了新的MS。驾驭那架白色机体的是…。

菲利特不断地向沃尔夫追问新型MS『G-艾格杰斯』的来源。沃尔夫坦白，并带他去熟悉的马度纳工房。菲利特在那看到了许多被制造出的MS而兴奋不已。但却在其中看到了UE的MS，如此冲击性的场景也使得菲利特等人十分惊愕。就在此时，UE的MS突然动了起来，并开始破坏工房内的MS。虽然菲利特和沃尔夫两人联手迎战，却无法招架敌方的猛烈攻击…。

UE的大型部队向法丹侵袭而来。萨拉姆和艾华设置了守护殖民地居民的统一战线，歌姬号也再度加入了战局。但接著又出现了UE的巨大战舰。由於敌方兵力实在太过强大，我方士兵们也开始胆怯了起来。率领著萨拉姆的唐娠驓基见状便豁出性命来鼓舞我军…。怒火中烧的菲利特将钢弹换装成由AGE系统所制造出的新外装『速战型』，一场壮烈的战斗就此展开。究竟菲利特等人是否能防卫法丹到最後呢？

歌姬号抵达中立殖民地『明斯理』。菲利特一行人为了要暗地里举行针对UE的宇宙要塞攻略会议，而造访支配明斯理的大富豪伯明格斯的豪宅。菲利特在那里与被伯明格斯领养的尤琳重逢。在持续进行作战会议的日子里，尤琳对於与自己有著相同遭遇的菲利特日渐敞开心房。终於到了一行人要返回歌姬号的时候了，在此同时却受到联邦MS部队的阻挠。理由竟是要逮捕造反者库尔迪克，而菲利特一行人也将与联邦军为敌…。

攻打宇宙要塞安巴特的准备告一段落，歌姬号正要启航离开明斯理，但是去路却被联邦军中校盖瓦兰所率领，追捕叛乱犯库尔迪克的舰队所阻拦。歌姬号陷入困境之时，UE突然发动了袭击，联邦军舰队在预料之外的UE猛攻下阵脚大乱，无暇进行原本的追捕任务，歌姬号舰长库尔迪克面临了抉择：是要趁机指挥歌姬号逃出明斯里？还是要下令救援追捕自己的盖瓦兰舰队呢？

载著乘组员各自复杂的思绪，歌姬号航向最终决战之地「宇宙要塞安巴特」。攻略战第一阵遭遇的是UE巨大战舰以及MS型部队。在这场前所未有的激战中，歌姬号与萨拉姆艾华联军克服心中的恐惧，拼死奋战。菲利特也发挥了X巡游者的能力，英勇地对抗UE的强力MS型。为了压制UE的气势，歌姬号展开变形，使用了新武器。这道光芒将会导引人类获得胜利吗？

安巴特攻略战仍在进行。菲利特与黑色MS型展开激战，随即惊讶地发现敌机其实是德席尔在驾驶。而且菲利特也逐渐不敌早就惯於使用X巡游者能力的德席尔。此时战场上又出现了一架紫色的机体，菲利特被迫必须同时对抗两架敌机，紫色机体的驾驶员身份更是出人意表。菲利特向对方提出了交战理由的质问，得到的回答是……

库尔迪克等人，冲入了宇宙要塞安巴特。安巴特司令官基拉．佐伊驾驶最新锐机体「迪凡斯」迎击钢弹。在要塞内部演变为钢弹与迪凡斯的一对一决斗，菲利特在对UE强烈的恨意驱使下，逐渐将基拉逼处下风。此时基拉道出了惊人的真相！关於地球被诅咒的历史，还有UE的真面目，终於要揭晓了！

历经了25年的时光，历史由新世代所继承。地球联邦与以前称为UE的组织「维根」之间的战争，仍旧在持续著。如今已经成为联邦军司令的菲利特明日野在儿子阿瑟姆17岁生日时，将AGE装置交给了他。此时，阿瑟姆居住的殖民地「图迪亚」遭到了维根的攻击，阿瑟姆为了要保护殖民地居民，启动了秘藏的钢弹。

加入MS社团，阿瑟姆与朋友享受和乐的学园生活。途中出现了一名叫做「哲哈特」的转学生，想要加入MS社团。虽然哲哈特带著几许令人费解的神秘感，阿瑟姆还是让他一同制作MS，好参加即将到来的MS大赛，但哲哈特其实隐藏著阿瑟姆所不知道的秘密身份。到了大赛当天，维根又发动了攻势，阿瑟姆驾驶钢弹迎击，但是出现的新MS明显拥有凌驾於钢弹的力量，而且那架MS的驾驶员居然是……

阿瑟姆和哲哈特迎来了毕业典礼。与共度青春岁月的朋友告别。毕业後，面对宣布即将加入联邦军的阿瑟姆，哲哈特表明了意外的秘密。好朋友的话动摇了阿瑟姆。毕业典礼之时，殖民地受到了维根的攻击，状况发生了巨变。战斗愈发激烈，沃尔夫的新型MS也加入了战斗。阿瑟姆也驾驶钢弹对抗维根。激战之中，阿瑟姆看到了敌方驾驶员的面孔。阿瑟姆被对方的真实身份震惊了。

加入地球联邦军的阿瑟姆。在那里，他结识了众多同伴。另一边，哲哈特也在维根迈出了全新的步伐。宇宙战舰歌姬号，载着阿瑟姆等人前往联邦军总司令部。拦在他们面前的是维根的MS部队。进入交战状态的阿瑟姆，驾驶着进化後的全新钢弹AGE-2出战。

维根一方也在加紧制造能够最大限度发挥哲哈特能力的新型机体。为了对抗钢弹，哲哈特争分夺秒地将机体整备完成。另一边，歌姬号为了回避维根的袭击，选择进入危险的暗礁宙域。可是，看穿了他们意图的哲哈特早已埋伏在该区，发起突袭。最终，哲哈特所驾驶的新型红色机体和阿瑟姆的钢弹发生激烈冲突。

联邦军总司令部「巨轮」遭到维根进攻。哲哈特担任地球制压军的司令官，动员全军发动攻势。相对的，巨轮司令官菲利特也针对这波攻击布置了周密的防卫计画。在维根的巨轮攻略作战正式发动，维根在此战投入X巡游者部队「八大法师」。而且德席尔和哲哈特也参战，逐渐把联邦军逼入绝境。对於这战况，菲利特发挥身为司令官的才华来对抗维根。

工业殖民地「梭伦市」的企业「梭伦科技」有私下协助维根的可能性，梭伦科技有提供工厂来制造部分维根MS的嫌疑。菲利特等人为了掌握确实证据，决定派人潜入梭伦科技。阿瑟姆对於可能会对一般民众造成危险的行动内容存有质疑，向菲利特提出异议，却被驳回。对父亲如此做法不满，阿瑟姆擅自离开歌姬号。

菲利特与库尔迪克暌违25年再度聚首，库尔迪克揭露联邦军内潜伏有维根的内应。另一方面，阿瑟姆总算自禁闭室中释放出来，为了抒解情绪，前往梭伦市的闹区散心。看到嬉闹玩乐的年轻人，让阿瑟姆不禁回忆起自己愉快的学生时代。就在此时，哲哈特出现在阿瑟姆的面前，他试图说服阿瑟姆远离战场，但是阿瑟姆却坚持自己有非战不可的理由，两人彼此的想法明显产生了冲突……。

菲利特等人在破坏的维根MS中，发现了让欠缺资质的人也能具备X巡游者能力的装置「强化头盔」。在分析强化头盔的过程中，维根的科技水准再度震惊了歌姬号组员。但是，强化头盔却也具有会对使用者脑部造成巨大负担的风险存在。另一方面，维根的首领伊杰康特对哲哈特下达了新一波攻击行动命令。面对这波攻势，阿瑟姆决定戴上强化头盔出击。

维根终於对地球发动正式的大规模攻击作战。首先利用移动要塞达尼斯攻击距离地球最近的殖民地「诺特拉姆」，联邦军舰队以最新锐兵器「光子环射线」迎击来犯敌军。在这场激烈的战斗中，阿瑟姆与沃尔夫面前出现了哲哈特与德席尔，阿瑟姆在两人的X巡游者能力下陷入苦战。然而就在此时，地球轨道之前，有一场重大悲剧就要发生。

诺特拉姆的联邦守军和维根移动要塞达尼斯的激战仍在继续。阿瑟姆和哲哈特背负着各自的使命，展开最後的决战。战斗走向尾声，按照联邦军的秘密策划，严重破损的战舰冲入达尼斯。受此冲击达尼斯开始向着大气圈下坠。被卷入其中的歌姬号也面临着危机。这时，阿瑟姆和哲哈特突入达尼斯。而那里，则是被称为有去无回的要塞内部…。

被称为“勇气之日”的祭日。在地球首都布鲁西亚，地球联邦首相佛洛伊．奥菲诺亚正在发表演说。而曾经侵略地球的维根指挥官梅德帠祸，基於某种使命，计划袭击演说会场。另一边，在准备迎击的联邦军机动战士部队中，有阿瑟姆的身影。而这时，走入演说会场的联邦军总司令菲利特明日野却开始了对奥菲诺亚的强烈抨击。

阿瑟姆之子奇欧已成为善良的13岁少年。维根袭击了奇欧所居住的奥利佛诺兹，而总司令部被敌方要塞毁坏。这时维根首领伊杰康特在这时发表了全面侵略宣言。维根的袭击涵盖了整个地球区域，联邦也因此陷入混乱。危机之中，奇欧和菲利特发动了全新的钢弹AGE-3。奇欧被钢弹的藏身之处惊呆了。

成为战场一片混乱的城市。紧急事态之下，已退役的菲利特命令驻留在奥利佛诺兹的老军舰歌姬号出动。可对菲利特心怀不满的基地司令却草率的找了些人凑成了歌姬号的成员。机动战士之间的激战，奇欧和哲哈特正面交锋。激战之中，带著各种的疑惑，歌姬号出航了。但维根的陆地战舰却挡在了前方。

歌姬号前往洛斯托兰的途中，遇到了司令部通称沙漠亡灵的谜之部队「三魅影」的袭击。歌姬号和机动战士部队被敌方狡猾的沙漠战法陷入苦战。这时，AGE系统创造出了沙漠战模式的钢弹新形态，打破僵局。战场上，AGE-3开始与刚完成的新型机器G气垫战机组合。

到达南美联邦军总司令部之时，歌姬号成员之中存在奸细的事情曝光了。被发现的叛徒全力逃亡。洛斯托兰也受到了维根大部队的袭击。奇欧放不下曾以为是同伴的叛徒，驾驶AGE-3追了上去。但听完叛徒的讲述，他却得知了战争中存活之人的残酷现实。

由於维根发动的攻击行动，导致新的联邦军总司令部洛斯托兰沦为战场。在战况越演越烈的乱局中，哲哈特策划要以电浆粒子炸弹破坏整座基地。随著时限逐渐逼近，歌姬号MS队担负起排除炸弹、解救基地的重责大任。在最後关头之际，命运托付到了身为X巡游者的奇欧身上……。

歌姬号航向月球上的联邦军基地「月神基地」。此时，奇欧察觉到了有不明人士正在等待他们来临。在歌姬号行经暗礁宙域萨尔加索时，恶名昭彰的宇宙海盗「比西迪安」发动了袭击。这批不隶属於维根或是联邦，总是恣意进行劫掠与破坏的海盗，扬言要劫下歌姬号。偏偏此时维根也发动了攻击，形成三方混战的局面。奇欧陷入危机之时，居然被一架比西迪安的MS搭救……。

比西迪安留下的谜之信息胶囊。从中得知关系战争的“被诅咒的秘宝”之真面目。维根所持有的高端军事技术以及关于此事联邦所隐藏的惊人事实，震惊了歌姬号。另外，维根方面，杰哈特和扎那鲁多也确定了新的作战计划。驾驶AGE-3轨道模式的奇奥，对上了装载新型武器的杰哈特与扎那鲁多的机体……

为了夺取敢达而出动的杰哈特以及扎那鲁多两批部队。奇奥驾驶AGE-3迎击，而杰哈特和扎那鲁多出于竞争之心竭力压制敢达，暴雨般的攻击使得敢达陷入困境。为了营救奇奥，菲利特驾驶AGE-1出击。面对强力的对手，菲利特顽强抵抗。但等待他们的却是扎那鲁多和杰哈特的陷阱。

从移住至宇宙殖民地开始经过了几百年后的宇宙时代。人们皆以为争夺地球圈霸权的战争结束，和平的时代已经到来，但和平却无常地脆弱瓦解。被宇宙殖民地「诺拉」的联邦军基地阿林斯顿收留，菲利特平安成长到14岁。与基地的工程师一起研究了7年的菲利特终于成功开发出「敢达」。开发成功的敢达搭载了能让机体自行进化的划时代机能「AGE系统」。但是恐惧的时刻即将来临，UE的魔掌终于逼近了和平的宇宙殖民地「诺...

Kio helps Ezelcant to complete his own Gundam in exchange for medicine for his new friend Lu. He then spends his days at Vagan happily besides Lu and her brother Deen until the Visidians infiltrate the colony to rescue him and retrieve the Gundam AGE-3.

Asemu and Kio's escape from the Vagans is halted by Ezelcant, piloting the recently completed Gundam Legilis and they find themselves surrounded by the enemy until the Bisidian pirates join the fight to assist them. During their fight, Ezelcant reveals to Kio the true nature of his master plan, the "Project Eden".

After a brief reunion with his family, Kio takes part in a mission to recapture the Federation Lunar base from the Vagans while determined to follow his will to protect everyone, regardless of side, piloting the AGE System's ultimate creation, the Gundam AGE-FX.

The battle for the Lunar base intensifies as Zeheart and his aide Fram Nara set for the frontlines. Kio attempts to dissuade Fram without success and just when he finds himself in a pinch, Asemu joins the fight and confronts Zeheart about Ezelcant's true intentions.

联邦和维根的战斗愈发激烈。元联邦驾驶员吉拉德.斯布里根参战。奇奥得知吉拉德了解维根和联邦双方的情况，因此尝试着与他进行结束战争的通话。但吉拉德却置若罔闻，凭着优异的驾驶技术和天赐一般的X-rounder能力，对奇奥穷追猛打。为什么吉拉德背叛了联邦？原因很快明了.

The Federal Forces break the enemy's defense lines and infiltrate the Lunar base. While Seric Abis convinces the Vagans to admit defeat, Girard's X-Rounder powers go berserk and she starts attacking both allies and foes alike.

Having successfully taken over the Lunar Base, the Federation Forces turn their attentions to La Gramis, the Vagan's main fortress. Kio and Asemu confronts Flit about his urge to take revenge on the entire Vagan race for all the friends and loved ones he lost during the war and after revealing to Zeheart all the truth about Project Eden, Ezelcant nominates him his sucessor, entrusting him with the Gundam Legilis.

Zeheart confronts the mobile armor SID determined to master the full power of the Gundam Legilis and reclaim the EXA-DB. The Bisidian take heed of the battle and also launch an attack against SID, but it proves more powerful than Asemu and Zeheart can handle until they end up joining forces to defeat it.

维根打算以第二月和拉.格拉米斯为基地展开大规模侵略战争。联邦也发出了作战命令，攻略宇宙要塞拉.格拉米斯。终于进入决战阶段的两军，各怀心事。最终，战斗将去往何方。决定地球命运的战斗，进入白热化阶段。

Within the pitched battle for La Gramis, Kio finds he's fighting Deen, a Vagan he had previously befriended. For Kio, the attack by the X-Rounder-power-enhanced Deen is the worst enemy he could possibly face.

Zeheart knows that if the Dig-Magellan were to fire, it would kill many of his comrades, but steeling his heart, he gives the command to fire. Flit, having predicted the attack and the destruction of Diva works to save Gundam and the Diva's crew. If that attack fails, Zeheart will be driven from the Vagan forces, and what will Asemu do…?

The siege of the Space Fortress La Gramis grinds into its final stages, and despite the tremendous losses to both the Vagan and Federation sides, the atrocities of war only seem to be on the increase. As the long struggle reaches its end, can Flit, Asemu and Kio reach any kind of agreement with Ezelcant?