全身の怠さと右肩の痛みを訴えていた入院患者・平林芙美江（佐津川愛美）が精密検査の結果、悪性腫瘍の一種である肝血管肉腫を発症していることが判明する。このまま何もしなければ平均生存期間は6ヶ月。相良（沢村一樹）は一刻も早い手術が必要だと判断する。一方、森山（高嶋政伸）はバカンス旅行中の院長・たまき（野際陽子）から院長代理を指名され、ますます調子に乗っていた。自分一人では手術を成功させることが難しいと判断した相良は、森山に手術の許可と外科医全員によるサポートを願い出るが、森山はリスクの高さを理由に、申し出を却下する。相良は不安になる芙美江を励ましつつ、MRの翔子（滝沢沙織）に元厚労省の代議士・田部（中村靖日）とコンタクトを取って欲しいと依頼する。はたして相良の“企み”とは……。

院長代理の肩書きをふりかざす森山（高嶋政伸）の怒りに触れ、他のドクターたちの目の前で土下座させられた相良（沢村一樹）。だが、そんな森山の暴走も彼の想定内だった。いったい相良は何を企んでいるのか。　その夜、心窩部の痛みを訴えて平松（西岡德馬）という男性が救急搬送されてくる。だが、武藤（志賀廣太郎）という入院患者を目撃したとたん、平松の態度に異変が！担当医である相良は彼らの間に何かあると直感。案の定、平松は佐知（比嘉愛未）に武藤が小学校の同級生だったことを打ち明ける。二人は親友だったが、中学校に上がるとイジメに遭った平松を武藤は見捨ててしまう。平松は親友に裏切られたことを50年間、恨みに思っていたのだ。武藤の死を願い、手術の失敗を望む平松。相良の執刀のもと、武藤の手術が始まった。しかし、直腸ガンを患った彼の血管は放射線治療の影響でかなり脆くなっていた。はたして武藤は手術に耐えきれるのだろうか……。

「この病院に来られても、必ずしも病気が治るとは限りません」という告知を患者に行うという森山院長代理（高嶋政伸）の突拍子もないアイデアによって、医療トラブルや患者からのクレームは激減。「究極のリスク管理は何もしないこと！」と、ますます図に乗る森山。一方、相良（沢村一樹）は、前の病院で手術を断られたS状結腸ガン患者・堀口晴子（西田尚美）の手術を担当。「責任はすべて自分一人が負う」と宣言し、千住（斉藤陽一郎）や瀬戸（浅利陽介）の協力のもと困難な手術に立ち向かう。患者の気持ちに全力で応えるという、医師として本来あるべきその姿に、和枝（伊藤蘭）や佐知（比嘉愛未）、看護師たちも気持ちを一つにする。過去の事故が原因で全身麻酔が出来ず、意識のある晴子を励ましながら手術を進める相良。はたして手術の行方は？　そして森山の院長代理としての采配の結果は……!?

森山院長代理（高嶋政伸）の身勝手な振る舞いのせいで患者が激減してしまった堂上総合病院。バカンスから帰って来た院長のたまき（野際陽子）は、自分が守ってきた病院の惨憺たる有様に激怒するが、当の森山はまったく堪えていない様子。そんな彼を見て佐々井（正名僕蔵）らチーム森山の面々はこのまま病院にいても良いのか真剣に悩み始める。彼らの葛藤を察知した相良（沢村一樹）はチーム森山の後釜探しに動き出す。どうしても名誉を回復したい森山は突然、潰瘍性大腸炎を発症した高校生・幹生（山本涼介）の手術を担当すると言い出す。だが、それは中国から見学に来たギャラリーのために自分が得意な腹腔鏡手術の腕を見せることが目的だった。助手としてついた相良の心配をよそに森山は腹腔鏡手術を強行し、順調に手術を進めるが、そこには思わぬ落とし穴があった！　はたして手術は無事成功するのか。そしてチーム森山はどうなってしまうのか……!?

自分が不在の間にすっかり落ちぶれた堂上総合病院を立て直すべく、たまき（野際陽子）は幹部の給料カット、医師のマイカー通勤や豪勢な出前の禁止など、本格的な病院改革に乗り出す。だが、肝心の森山（高嶋政伸）だけはどこ吹く風で、まったく変化の兆しが見られない。そんな中、森山は突然、腹痛で倒れてしまい、手術を受けることに！　一方、病院では、クリーニング店を経営している小金沢芳雄（市川勇）が救急搬送され、直腸にガンが見つかる。相良（沢村一樹）は病気の確実な根治のために時間をかけた治療を進めるが、経済的理由から小金沢はそれを拒否。相良は小金沢の息子・春樹（柏原収史）に経済的な援助を依頼するも、春樹は不仲を理由に拒絶する。このままではたとえガンを切除できても、再発の不安は拭えない。患者にとって本当に大切な医療について考えた佐知（比嘉愛未）ら看護師たちが、小金沢の治療方針についての見直しを医師たちに提案する。さらに相良と佐知は春樹の職場を訪れ、堂上総合病院のスタッフが一丸となって立てた入院療養計画書を見せて彼を説得する。はたして春樹はどんな決断を下すのか……。

「危機感がチームを強くする」。相良の作戦が奏功し、ドクターたちの意識は少しずつ高まっていた。だが、たまき（野際陽子）や桃井（小野武彦）の願いもむなしく、相変わらず森山（高嶋政伸）だけは一人蚊帳の外。大人げなく拗ねるだけの森山に、佐々井（正名僕蔵）らチーム森山の面々もお手上げ状態だ。そんなある日、関西を拠点とする満潤会グループの会長・満堂潤三郎（大和田伸也）が、たまきを訪ねてくる。挨拶もそこそこに提携話を持ちかける満堂。巨大な満潤会の傘下に入ることは大きなメリットだが同時に経営権の譲渡を意味する。病院を守りたいたまきは申し出を拒否。しかし、満堂はあきらめていない様子。先天性胆道拡張症で入院していた孝子（遠藤久美子）が腹膜炎を発症する。相良（沢村一樹）はすぐさま手術を行うが、ちょうど手術中のタイミングで病院に救急患者が運び込まれてくる。手が離せない相良に代わって森山がとった行動とは……。

巨大医療グループ・満潤会の満堂潤三郎（大和田伸也）から「50億円で堂上総合病院を売って欲しい」と持ちかけられた森山（高嶋政伸）は高級料亭で接待を受け、ますますその気になっていく。相良（沢村一樹）はたまき（野際陽子）に自分が堂上を去る意志があると伝えると共に、翔子（滝沢沙織）から入手した森山と満堂の密会の写真を見せ、さらなる危機感をあおる。悪びれる様子もなく世代交代をつきつける森山に、たまきは最終テストとして「いいドクターになること」を要求する。はたして「いいドクター」とはどのようなドクターなのか。森山は自分を省みながら頭を悩ませるが、なかなか答えが出ない。そんな折、通勤途中のバスの中で急に容態が悪くなった乗客の淵森拓郎（金井勇太）を助け、堂上総合病院へ入院させる。相良は胃がんを発症した入院患者・安藤紀代子（丘みつ子）の手術に臨むが、思いのほか腫瘍が浸潤しており、一気に取り除くことはかなり難しい。しかし、相良は再発のリスクを下げるためにも手術の続行を決断する。一方、森山が自分勝手な淵森に説教をしていると、突然、淵森が痛みを訴え、容態が悪化してしまう。相良と森山はそれぞれの患者を救うことが出来るのだろうか!?　そして堂上総合病院の行方は……!?

買収されるまでもはや待ったなしの堂上総合病院。相良（沢村一樹）は生体ドミノ肝移植の準備のために北海道の病院へと向かうが、アクシデントにより堂上で手術を行うことになる。超ハイレベルな手術だけに成功すれば病院の信頼はたちまち回復するだろう。思いがけないチャンスに沸き立つ医局だったが、ただ一人、森山（高嶋政伸）だけは反対する。一方、相良は翔子（滝沢沙織）に依頼し、手術の情報を満堂（大和田伸也）が知るように仕向ける。だが、今回の難手術に森山の協力は不可欠だ。思い余った佐々井（正名僕蔵）は孤立を続ける森山を訪ね、チーム森山の一員としての想いを彼に伝えるが……。ついに運命の日が来た。たまき（野際陽子）らが見守る中、相良の先輩・青柳（升毅）による最初の手術が始まろうとしていた。手術室で待つ相良のもとに無事、肝臓は運び込まれるのか？　3人同時の最難関手術！　移植リレーは無事成功するのか？　そして堂上総合病院はどうなってしまうのか!?

まもなく創立100周年を迎える堂上総合病院。長きに渡り院長を務めた堂上たまき（野際陽子）は再び現役の医師として患者を診るため、幸せの国・ブータンに診療所の開業を決意。そのあとを継ぎ、森山卓（高嶋政伸）が院長に就任していた。 診療所開業の手伝いでブータンに行っていた相良浩介（沢村一樹）が帰国すると、堂上総合病院は森山“新”院長と、彼が連れてきたうさん臭い経営コンサルタント・猿渡圭介（手塚とおる）の手により、大混乱に陥っていた。関東病院長会の会合で伴財日出彦（石橋蓮司）ら他病院の院長からバカにされ、なんとか見返してやろうと躍起になる森山は、スタッフたちの声にも耳を貸さず、おかしな方向へと暴走しようとしていた…。

堂上総合病院の創立100周年を翌年に控え、院長の森山卓（高嶋政伸）は広告会社と記念式典についての協議を進めていた。国会議員に都知事、果ては人気芸人まで呼んで盛大に催そうとする森山に事務長の桃井正一（小野武彦）は渋い顔。案の定、東京よつば銀行の融資課課長・花村玲子（石田ひかり）からも、式典のための融資、総額1400万円は無下に断られてしまう。実は2年前、周囲の反対を押し切って温泉を掘ろうとした森山。結局温泉は出ず、多額の損失を出した結果、堂上総合病院は2期連続の赤字経営となっていたのだ。玲子から「根本的な“体質改善”が必要なのでは」と問われ、森山は“体質改善”＝経営改革に取り組むことに。しかし、いつものことながら的外れな方向に進んでいく森山の“体質改善”に、相良浩介（沢村一樹）や皆川和枝（伊藤蘭）は面倒が起こりそうな予感を抱くのだった。