高級外車を乗り回し、「患者を救う」という本来の目的を見失ってしまい、自分たちのことしか考えない医師たちのせいで慢性的な赤字経営に悩む堂上総合病院。そこへ一人の外科医がやって来た。彼の名前は相良浩介（沢村一樹）。12年間勤めた大学病院を辞め、１年間休んだ後に復職したという彼は「給料は自分の仕事ぶりを見てから上げてくれればいい」と赴任早々、院長である堂上たまき（野際陽子）に宣言する。その言葉に多少の違和感を抱きつつも彼女は採用を受け入れるが、たまきの甥でこの病院の後継者でもある外科医の森山卓（高嶋政伸）は、自分のオペ中に遠慮なく口を挟んできた相良が気に入らない。そんなある夜、２日後に手術を控えた患者が突然、痛みを訴える。しかし、執刀医の佐々井（正名僕蔵）とは連絡がまったく取れない。偶然居合わせた相良はオペに挑むが……。

自分が裏から手を回して転職話を潰したことを伏せたまま、偶然を装って失業中の和枝（伊藤蘭）に近づく相良（沢村一樹）。彼はたまき（野際陽子）に「総合診療科」を新たに設立し、和枝を責任者として迎え入れることを提案。そんなある日、一人の女性が病院を訪れる。病名は「腹膜偽粘液腫（ふくまくぎねんえきしゅ）」。その病気は100万人に1人の難病だった。相良は森山（高嶋政伸）に執刀医を依頼。しかし、森山は相良が何か企んでいると主張する。そんな中、内科・外科での合同カンファレンスが開かれる。そこで、森山から相良の過去が暴露され・・・。「僕は、一番大事な人を助けられなかった」。相良の胸の内を思い沈黙する和枝。偶然、相良と和枝の会話を聞いてしまった佐知（比嘉愛未）。はたして難しい手術は成功するのだろうか……。

ある日、激しい腹痛を訴えた一人の男性・野々村（浅野和之）が搬送されてくる。同じ頃、腹部に痛みを感じる中学生・俊（西山潤）が病院を訪れ、和枝（伊藤蘭）は胆のう炎と診断。二人は同室になるが、野々村がホームレスであることを知った俊の母親は息子を別の部屋に移すよう訴える。しかし、相良（沢村一樹）は「その必要はない」と却下する。桃井（小野武彦）が野々村の妻に治療費の支払いを求める電話をかけるが、まったく応じる気配はない。森山（高嶋政伸）も相良の患者の受け入れ体制について反発する。一方、俊は野々村と自分の間に意外な共通点があることを知り、複雑な心境に陥る。二人を同じ病室にすることにこだわった相良の真意とは？二人の手術の日がやって来た。野々村の執刀医は相良、俊を執刀するのは森山。はたして手術はうまくいくのだろうか……。

ある日、急性膵（すい）炎を発症した坂口（鶴見辰吾）が手術のために入院してくる。広告代理店で働く彼は妻と高校生の娘の３人家族。個室の病室には行きつけの料理店から花が所狭しと届いていたが、妻の貴子はどこか他人事のような表情だ。坂口を担当する亜美（黒川智花）は担当医の佐々井（正名僕蔵）に、坂口の退院を急がず術後のケアを検討した方がよいと提案するが一蹴される。さらに彼女が佐々井に処方箋の間違いを指摘したところ「そんな指示をするわけがない！」と逆ギレされ、「ナースが口答えするな！」っと怒鳴られた上、責任を押しつけられてしまう。たまらず看護師長の戸紀子（宮地雅子）がたまき（野際陽子）へ直談判するが、そんな彼女を鼻で笑う森山（高嶋政伸）。ナースとドクターの間に不穏な空気が流れつつある中、なぜか相良（沢村一樹）は佐知（比嘉愛未）を夕食に誘い、食事をしているところを翔子（滝沢沙織）に目撃されてしまう。翌日、森山からキツい嫌味を言われる相良。相良が佐知を誘った理由は……？

ある日、相良（沢村一樹）は浜岡ゆき乃（加藤貴子）という患者の胆嚢（のう）摘出手術を行う。その様子を見学室から興味深く見つめていたのは医療専門誌・編集者の糸川（近江谷太朗）。彼は同誌で「日本のスーパー外科医100人」を選出するべく堂上総合病院を訪れていたのだ。もし誰か選ばれれば病院の大きな宣伝になると色めき立つ桃井（小野武彦）とたまき（野際陽子）。相良は糸川に、「森山先生も立派なドクターですよ」と推薦。さらに相良は森山（高嶋政伸）たちに糸川の他にもスタッフ数名が引き続き覆面取材をしていると話す。それを聞いた森山たちは……。一方、ゆき乃の手術は無事成功したかに思えたが、どういうわけか術後の経過が芳しくない。彼女の熱が一向に下がらない原因が分からず困惑する相良と和枝（伊藤蘭）。術後合併症もなく、特にアレルギーもないというゆき乃だったが、実は相良や娘の菜緒（柴田杏花）にも話していない、ある秘密を抱えており…？

ある日、堂上総合病院に重度の肝硬変を患った10歳の少年・光太郎（澁谷武尊）が入院してくる。これまで大学病院などで治療を受けてきたがどこもお手上げで、このまま症状が進めば肝機能が低下し死に至る可能性はかなり高い。そこで相良（沢村一樹）は生体肝移植手術を提案するが、森山（高嶋政伸）たちから猛反対される。もし手術をする場合、臓器を提供するドナーが重要になってくる。だが、光太郎の母・美佐（秋本祐希）は以前に肝炎を患っており、父・孝史（松尾諭）は実の父親ではなかった。「僕は君を元気な体にする」。光太郎にそう誓った相良。しかし、ドナー探しに院内の意志統一と、越えなければいけない問題は山積みだ。さらに相良にも最大の危機が訪れようとしていた……。ステージ２の胃がんが発覚した相良（沢村一樹）は、その手術を森山（高嶋政伸）に依頼する。森山の腕を信じて自分の命を託す相良だったが、森山は相良を救うべきか否か、葛藤する。「相良さえいなくなれば堂上総合病院は自分のものになる」という気持ちから、揺れ動く森山。そしてついに運命の手術の日を迎え…？一方、重度の肝硬変で入院し、生体肝移植を目指していた光太郎（渋谷武尊）のドナー探しも難航していた。光太郎に「自分が戻ってくるまでいい子で待っているように」と言い残し、手術に向かった相良。その間も佐知（比嘉愛未）らは必死の看護を続ける。だが、光太郎の生体肝移植手術は相良が戻らなければ実現するはずもなく…。　果たして相良の手術は成功するのか？　そして光太郎の運命は？

ステージ２の胃がんが発覚した相良（沢村一樹）は、その手術を森山（高嶋政伸）に依頼する。森山の腕を信じて自分の命を託す相良だったが、森山は相良を救うべきか否か、葛藤する。「相良さえいなくなれば堂上総合病院は自分のものになる」という気持ちから、揺れ動く森山。そしてついに運命の手術の日を迎え…？一方、重度の肝硬変で入院し、生体肝移植を目指していた光太郎（渋谷武尊）のドナー探しも難航していた。光太郎に「自分が戻ってくるまでいい子で待っているように」と言い残し、手術に向かった相良。その間も佐知（比嘉愛未）らは必死の看護を続ける。だが、光太郎の生体肝移植手術は相良が戻らなければ実現するはずもなく…。果たして相良の手術は成功するのか？　そして光太郎の運命は？