Le lycée Ashinaka est connu pour son cadre unique : tout le campus est construit sur une île. Yashiro Isana, alias Shiro, déjeune avec un chat sur l’un des toits de l’école. Après sa pause déjeuner, Shiro va faire une course pour son camarade de classe Kukuri afin de préparer leur prochain festival scolaire, smais il se trouve être poursuivi par des hommes louches.

Shiro commence à remettre en question sa propre identité après avoir réalisé qu’il y a une incohérence entre ce dont il se souvient et ce qui s’est réellement passé. Pendant ce temps, le lieutenant Seri Awashima de SCEPTER 4 rend visite au bar appartenant à Izumo Kusanagi, où elle en apprend davantage sur l’histoire de HOMRA et le lien fort qu’ils partagent.