南イタリアの都市、ネアポリス。風光明媚な観光地だが、ギャングが支配する街でもある。ジョースター家の宿敵・DIOの息子と思しき人物「汐華初流乃」を探すため、この街を訪れた広瀬康一は、青年ジョルノ・ジョバァーナと出会い、荷物を盗まれてしまう。その際、康一はジョルノこそが探していた「汐華初流乃」であり、同時に彼がスタンド使いであることを知る。一方、ジョルノはギャングの「涙目のルカ」から因縁をつけられてトラブルになり、それが原因で同じくギャングのブローノ・ブチャラティから狙われることになる…。

涙目のルカに重傷を負わせた犯人を探るブチャラティは、スタンド「スティッキィ・フィンガーズ」の攻撃でジョルノを追い詰める。対するジョルノは、スタンド「ゴールド・エクスペリエンス」で応戦。ジョルノは戦いのなかで、ゴールド・エクスペリエンスに「生命を与える」能力だけでなく、攻撃した相手の「感覚だけを暴走させる」能力があることを知る。

「パッショーネ」に入団するというジョルノの覚悟を理解したブチャラティは、ジョルノに入団試験を受けさせる。試験を出すのは刑務所に収監中の幹部・ポルポ。ポルポはジョルノに炎が灯ったライターを渡し、24時間、炎を消さないよう命じる。しかし試験に臨むジョルノの前に、盗まれたパスポートを取り返すため、康一が現れた。

ライターの炎を再点火すると、突如、ポルポのスタンド「ブラック・サバス」が出現し、攻撃してきた。ジョルノは苦戦するも「ブラック・サバス」の弱点を見抜き、追ってきた康一と共に立ち向かう。その戦いの中で康一が「矢」の存在に気付き、ポルポの課した試験の狙いがスタンド能力の発現にあることを知る。

「パッショーネ」の入団試験に合格したジョルノは、ブチャラティの部下であるレオーネ・アバッキオ、グイード・ミスタ、ナランチャ・ギルガ、パンナコッタ・フーゴ と出会う。ジョルノを迎え入れたブチャラティチームの一行は、ポルポの隠し財産の100億リラを回収するため、カプリ島へと向かう。一方、噂を聞きつけた「パッショーネ」のギャング達も、ポルポの遺産を狙い動き始めていた。

カプリ島へ向かう船の上で、何者かからスタンド攻撃を受けたブチャラティ一行。ひとり、またひとりと船から消える中、隠れた敵の正体を暴くために、ジョルノは自ら攻撃を受ける。新入りを信用していないアバッキオだったが、ジョルノが覚悟を証明したことで、アバッキオはスタンド「ムーディー・ブルース」を発動。ナランチャに起こった出来事を「再生(リプレイ)」させ、ブチャラティと共に敵の能力の謎へと迫る。

ポルポの遺産を狙っていた組織の一員、ズッケェロを倒し、捕らえられていた仲間を救出したブチャラティ。しかしズッケェロは戦いに敗れる前に、ブチャラティたちがカプリ島へ向かっていることを仲間の男に無線で連絡していた。ムーディー・ブルースの能力でその男がすでにカプリ島で待ち伏せしていることを知ったジョルノとミスタは、船より先に島に上陸し、その男を始末すると提案する。

ジョルノと共にカプリ島に上陸したミスタは、ズッケェロの仲間・サーレーを発見。ミスタはスタンド「セックス・ピストルズ」の能力で撃った弾丸を操作し攻撃するが、サーレーのスタンド「クラフト・ワーク」の前に苦戦を強いられる。なんとか反撃を試みるミスタだったが、彼の手元には弾丸が「4発」しか残っておらず…。

ポルポの隠し財産である100億リラの回収に成功したブチャラティたち。そんな彼らの前に、組織の幹部ペリーコロが現れる。ブチャラティから100億リラを受け取ったペリーコロは、ブチャラティを幹部に昇進させ、さっそくボスからの命令を伝える。その内容は、ボスの娘トリッシュ・ウナを組織の裏切り者たちから護衛することだった。

ホルマジオのスタンド「リトル・フィート」の攻撃を受けたナランチャの身体は、少しずつ小さくなっていた。しかしナランチャはスタンド「エアロスミス」のレーダーを駆使し反撃。エアロスミスの激しい攻撃に追い詰められる中、ホルマジオは「暗殺者チーム」がボスから受けた屈辱の記憶を思い出していた…。

ボスの娘・トリッシュを狙うホルマジオは、リトル・フィートの能力でナランチャの身体を数センチまで縮ませ、捕獲。蜘蛛の入った瓶にナランチャを閉じ込め、トリッシュの居場所を問い詰める。絶体絶命の状況の中、『トリッシュを守る』という決意のもと、ナランチャはエアロスミスの銃弾を放ち、反撃を図る。

「暗殺者チーム」からトリッシュを守り安全に逃げるため、ブチャラティ達に下ったボスからの第二指令は、ポンペイ遺跡に隠されたある「乗り物」の鍵(キー)を回収することだった。指令に従い、ポンペイ遺跡へ回収に向かうジョルノ、アバッキオ、フーゴの3人。そしてフーゴは、遺跡の壁に不自然に掛けられた鏡の中に、怪しい人影を見つける…。

鏡の中に潜んでいたのは、暗殺者チームの一員、イルーゾォだった。イルーゾォのスタンド「マン・イン・ザ・ミラー」によって鏡の中に引きずり込まれたフーゴは、スタンド「パープル・ヘイズ」を発動し、応戦を試みる。一方、任務の遂行を第一に考えるアバッキオは、フーゴを探すよう主張するジョルノを残し「犬の床絵」へと向かう。しかし、アバッキオが鍵を回収しようとした瞬間、彼も鏡の中へと引きずり込まれてしまう…。

「ヴェネツィアまでトリッシュを連れて行く」。ボスからの次なる指令に従いブチャラティ達はネアポリス駅へ向かう。「6番ホーム、『亀』のいる水飲み場で『鍵』を使え」。メッセージに従い水飲み場を探すが、鍵穴がみつからない。一方、暗殺者チームのプロシュートとペッシがネアポリス駅までブチャラティ達に迫っていた。鍵穴の謎を解いてフィレンツェ行きの超特急へ飛び乗るブチャラティ。追いすがる暗殺者チーム。そして、列車が発車する。

列車の中で姿を隠したブチャラティ達をあぶり出すため、プロシュートは、スタンド「ザ・グレイトフル・デッド」の能力で、車中の人間を無差別に老化させはじめる。亀の中に隠れていたブチャラティ達だったが、次第に老化が始まり危機に陥る。ミスタが外に反撃へ向かうが、罠を張っていたペッシのスタンド「ビーチ・ボーイ」に捕らえられてしまう。プロシュートとペッシ、ふたりの暗殺者にミスタは追い詰められる。

セックス・ピストルズNo.6の知らせを受け反撃に出たブチャラティだったが、ザ・グレイトフル・デッドの強力な能力の前に苦戦を強いられる。『覚悟』を決めたブチャラティは、プロシュートを道連れに時速150kmの列車の外へと身を投げ出した。激闘の末、最後の力を振り絞りザ・グレイトフル・デッドを発動するプロシュート。その姿に、彼の覚悟を「言葉」ではなく「心」で理解したペッシ。ブチャラティとペッシの『覚悟』がぶつかり合う。

プロシュートとペッシを打ち倒したブチャラティ達は、車でヴェネツィアへと向かっていた。暗殺者チームのメローネは、現場に残されていたブチャラティの血液を採取しスタンド「ベイビィ・フェイス」を発動。列車にいた女性を襲い生み出されたスタンドは、ブチャラティが発するエネルギーを自動追跡する遠隔パワー型スタンドだった

ベイビィ・フェイスが生み出したスタンドの「人間を別の物体に組み替える」能力をヒントに、ゴールド・エクスペリエンスの能力で「身体の部品を作る」方法を見出したジョルノ。奪われた身体を復元し、反撃に出る。一方トリッシュを狙う暗殺者チームのギアッチョは、メローネと合流するため、ジョルノ達のもとへ車を走らせていた。

空気中の水分を超低温で凝結させ、スーツのように身に纏うギアッチョのスタンド「ホワイト・アルバム」。走行中の車内で低温による攻撃を受けながらもなんとかヴェネツィアに到着したジョルノとミスタだったが、運河へ車ごと飛び込んだ結果、窮地に陥ってしまう。自らの犠牲を厭わない様子のミスタに、ジョルノは犠牲の心でなく『覚悟』が必要であることを示す。

互いに示した『覚悟』により、強敵ギアッチョを倒したミスタとジョルノ。入手したDISCの中に収められていたメッセージは、「サン・ジョルジョ・マジョーレ島の教会にある大鐘楼、その塔の上にトリッシュを連れて行く」というボスからの最終指令だった。トリッシュを連れ、塔を昇るブチャラティ。しかしエレベーターの中から突如としてトリッシュが姿を消す。ブチャラティはエレベーター内に残された痕跡を見て、ボスの真の狙いに気付く―。

ボスの真の狙いが自らの正体を完全に消し去るためにトリッシュを始末することだと悟ったブチャラティは、信じた正義を再び裏切ったボスを倒し、トリッシュを救い出すことを決意する。一方、ボートでブチャラティの戻りを待つジョルノは、ただならぬ異変を感じていた。『空の雲はちぎれ飛んだ事に気づかず、消えた炎は消えた瞬間を炎自身さえ認識しない』。ボスのスタンド「キング・クリムゾン」が立ちはだかる。

それぞれの『正義』、それぞれの『意志』により、組織を裏切る道を歩み出したブチャラティ達。トリッシュも自らの意志で「自分は何者から生まれたのか」を知るために、「母は『サルディニア島』で父と出会った」と話す。ヴェネツィアで様子を伺っていた一行だったが、レストランでの食事中、ナランチャがスタンド攻撃を受ける。ボス直属の親衛隊が、動きを見せ始めた。

ナランチャに攻撃したのは、親衛隊のスクアーロのスタンド「クラッシュ」だった。さらに、スクアーロの相棒・ティッツァーノのスタンド「トーキング・ヘッド」の能力により、考えていることの逆を言ってしまうナランチャ。スクアーロとティッツァーノはナランチャを利用してチームを撹乱し確実に追い詰めていく。二人の親衛隊を相手に危機に陥るナランチャだが、無事ヴェネツィアを脱出するため、臆することなく立ち向かっていく。

スクアーロとティッツァーノを倒したブチャラティたちは、ボスの過去を探るためサルディニア島へ出発する。ジェット機を確保するためマルコ・ポーロ空港へ向かったところ、一人の不気味な男が近づいてきた。スタンドを発動しようとしたそのスタンド使いを、ミスタは攻撃される前に射殺。あまりのあっけなさに違和感を抱きながらも飛び立った一行だったが、ジェット機の中、ジョルノは戸棚から不審な物音を聞く…。

空港でミスタが殺害した男・カルネのスタンドは、自らが死んで初めて発現するスタンド「ノトーリアス・B・I・G」だった。『動き』に反応し次々に襲い掛かるノトーリアス・B・I・G。ジョルノは両腕を失い、ゴールド・エクスペリエンスの能力が使えなくなったかのように思われたが、ブローチに生命を与え左手を創り出していた。トリッシュはその左手を守ると決心し、ブローチに向かうが、動きを感知されてしまう。絶体絶命かと思われたそのとき、トリッシュのスタンド「スパイス・ガール」が発現した。

1965年、夏。アドリア海に浮かぶ女子刑務所の中で一人の女性が男児を出産した。奇妙なことだが、彼女は女性しかいない環境下で2年前から服役していたにも関わらず妊娠していたのだった…。時が経ち現在、サルディニア島に一人の若い青年が訪れていた。彼の名はドッピオ。時を同じくして暗殺者チームのリーダー、リゾットもトリッシュとブチャラティたちの行方を追ってサルディニア島に到着する。ドッピオとリゾットが、コスタ・ズメラルダで出会う。

スタンドの音を聞き取った仕草から、ドッピオがボスから信頼されたスタンド使いであると判断したリゾットは、磁力を操るスタンド「メタリカ」によりドッピオを攻撃する。ドッピオはボスからの電話により与えられた「キング・クリムゾン」の能力の一部「エピタフ」を使い応戦。戦いの最中、ドッピオの様子が徐々に変化していることに気付いたリゾットは、ドッピオの正体を悟る。

リゾットの猛攻により窮地に陥ったドッピオだが、崖の下にいたナランチャのエアロスミスによる銃撃を誘い込み、リゾットに致命傷を負わせる。ブチャラティとナランチャはエアロスミスが察知した敵を確認するため崖の上へと向かい、アバッキオはトリッシュの母親を撮影した人物の正体を暴くため、ムーディー・ブルースで15年前の海岸を再生(リプレイ)する。

死の間際、アバッキオはムーディー・ブルースの再生(リプレイ)を終え、ボスの顔と指紋をデスマスクとして仲間たちに残した。アバッキオの意志を継ぎ、残された指紋からボスを探し出そうとするブチャラティ達に、突然何者からか通話が入る。謎の男は、ボスの名は「ディアボロ」であると明かし、ディアボロを倒す可能性が『矢』にあると話す。ブチャラティたちは男に会うため、男が待つローマのコロッセオへと向かう。

ブチャラティたちを待ち受けていたのはボスの差し向けた追手、チョコラータとセッコだった。チョコラータはスタンド「グリーン・ディ」を発動。生物を腐らせるカビによりブチャラティたちが到着した漁村の人々諸共、無差別に攻撃を始める。ブチャラティたちは攻撃を避けコロッセオを目指そうとするが、セッコがスタンド「オアシス」で行く手を阻む。

チョコラータがヘリコプターに乗り上昇を始めると、「グリーン・ディ」は能力により殺傷範囲を拡大。そのままローマへと向かい、ローマの街全体に殺人カビを撒き散らそうとする。チョコラータの狙いを阻止しようとするブチャラティたちの前に、セッコが立ちはだかる。ジョルノとミスタはチョコラータ、ブチャラティはセッコと対峙することを決意する。

激戦の末、チョコラータを打ち破ったジョルノとミスタ。しかしチョコラータが最期に残した留守番電話を受け取ったセッコは、コロッセオにボスを倒す秘密があることを知る。チョコラータの敗北を悟り、秘密を求めコロッセオへ向かおうとするセッコ。セッコを阻止するためブチャラティは攻撃を仕掛けるが、「オアシス」の強力な能力に苦戦する。

コロッセオを目前に熾烈な戦いが繰り広げられる。

セッコとの戦いに勝利したブチャラティだが、その身体は限界に近づいていた。既にローマに到着していたボスは、ドッピオの姿でブチャラティに声をかけ接近。ブチャラティの様態を察し、自らがトリッシュであるかのように振る舞うことで存在を偽装する。コロッセオにはボスを倒す秘密を握る男が待っていた。そして時が飛び、ボスの真の姿が明らかになる。

ボスを倒す秘密を握る男ジャン・ピエール・ポルナレフ。彼の前に現れたのはブチャラティたちではなく、パッショーネを統べるボスの真の姿、ディアボロだった。ポルナレフを始末しようとディアボロがキング・クリムゾンを発動したその時、ポルナレフのスタンド「シルバーチャリオッツ」が「矢」に貫かれた。ディアボロ、そしてコロッセオに近づいていたジョルノたちの身体に異変が起き始める。次第に力が入らなくなった彼らは倒れ、眠りにつく。深い眠りから覚めた彼らの精神には、ある変化が現れていた。

「矢」に貫かれた「シルバーチャリオッツ」は、「チャリオッツ・レクイエム」となり暴走を始め、辺り一帯にいる者の精神をそれぞれ入れ替えてしまった。混乱するジョルノたちの前にポルナレフが姿を現す。「力のある者が『矢』を使えば、その者はすべての生き物の精神を支配する力を持つことになる」―。ポルナレフからスタンド力(パワー)には「先」があると知らされたジョルノたちはブチャラティと合流し、レクイエムから「矢」を奪おうとする。

暴走した「チャリオッツ・レクイエム」の真の能力により、ポルナレフの身体が異形のモノへと変貌を始めた。異常な事態に、一刻も早くレクイエムから「矢」を取り上げようと追うブチャラティたち。しかしジョルノは「ディアボロの精神が、この中の誰かに取り憑いている」と告げる。身体と精神が入れ替わったジョルノたちに潜む、ディアボロの精神。鎮魂歌が奏でられる中、ジョルノたちとディアボロ、どちらが先にレクイエムから「矢」を奪うか。そして遂に、ディアボロが姿を現す。

トリッシュの精神に取り憑いていたディアボロは、レクイエムの謎を解き「矢」を奪うことに成功。ジョルノ達は矢を取り返そうと攻撃を繰り出すが、時を飛ばすキング・クリムゾン、そして未来を予知するエピタフの能力を前に、攻撃は届かない。そしてディアボロが自身のスタンドに「矢」を突き立てようとしたその時、ブチャラティは、レクイエムを完全に破壊する。圧倒的な力を持つディアボロに、ジョルノ達は立ち向かっていく。

ブチャラティ達が繋いだ「矢」を受け取ったジョルノは、ディアボロとの死闘の末、ゴールド・エクスペリエンスを矢で貫いた。「真実から出た『誠の行動』は決して滅びはしない」。進化したジョルノのスタンド「ゴールド・エクスペリエンス・レクイエム」は、ディアボロを「死ぬ」という真実へさえも辿り着かない、終わりのない「終わり」へと葬る。

ジョルノがブチャラティ達に出会う前、ブチャラティの元へある花屋の店主が訪れた。店主は、数か月前に『奇妙な形の石』を持ったまま娘がマンションから飛び降りて亡くなった事件の、真相を突き止めて欲しいと依頼する。捜査を任されたミスタは、疑いのある娘のボーイフレンドだった彫刻家・スコリッピを見つける。スコリッピはミスタに「われわれは皆『運命の奴隷』だ」と告げ、ミスタの前に現れた奇妙な石は、ブチャラティのある『運命』を告げていた。

恋人とのドライブ中に起きた不慮の事故により、窃盗とひき逃げの罪で起訴された空条徐倫。無実を訴えたものの、恋人と弁護士に裏切られ「州立グリーン・ドルフィン・ストリート重警備刑務所」に収容される。15年の実刑に絶望する徐倫だったが、父から贈られたペンダントに触れたことにより、不思議な力が目覚めていて…

徐倫の刑務所生活が始まった。しかし、同じ監房の囚人・グェスの常軌を逸した行動によって、徐倫は窮地に追い詰められていく。グェスは徐倫のペンダントによって、不思議な力・スタンド能力が目覚めていたのだ！グェスの能力で身体を小さくされた徐倫は、自らのスタンド「ストーン・フリー」の能力でグェスに立ち向かうが…

徐倫は刑務所内で、野球帽をかぶった謎の少年と出会う。少年は徐倫に「面会人と会ってはならない」と警告する。刑務所内にいるはずのない少年の存在に違和感を覚える徐倫だったが、翌日、少年の言葉通り面会人が訪れる。その人物こそ、徐倫の父・空条承太郎だった…

数年ぶりに再会した父・承太郎から、すべてはDIOの元部下であるジョンガリ・Aによって仕組まれた事件だったと聞かされた徐倫。承太郎の話に戸惑う暇もなく、ジョンガリ・Aのスタンド「マンハッタン・トランスファー」が徐倫を襲撃する。

面会室で目を覚ました徐倫と承太郎。二人は敵のスタンドに夢を見させられながら、ゆっくりと身体を溶かされていた。どこまでが現実で、どこからが夢だったのか。承太郎のスタンド「スタープラチナ」の能力で面会室から脱出した二人に、新たな敵の影が忍び寄る。

謎のスタンド「ホワイトスネイク」の能力によって、承太郎は自身のスタンドと記憶を具現化した2枚の「DISC」を奪われ、仮死状態となってしまった。徐倫は父の命を救うため、刑務所内に戻りDISCを取り戻すことを決意する。一方そのころ、スタンド能力に目覚めたエルメェス・コステロの前に、異常な男囚・マックイイーンが現れる。

農場で二人の囚人が行方不明になった。徐倫とエルメェスは捜索チームに立候補する。徐倫たちの目的は、農場のトラクターのタイヤに隠されているホワイトスネイクのDISC。しかし捜索中、エルメェスが奇妙なことに気づく。5人いたはずの捜索チームに、なぜか6人いるのだ。チームに違和感が広がるなか、やがて看守の姿も消え…

突如湿地帯に現れ、徐倫たちに襲いかかる正体不明のスタンド。徐倫とエルメェスは本体を突き止めるため、ほかの3人の囚人たちを問い詰めるが、どこか様子がおかしい…。スタンドの正体は、ホワイトスネイクによって知性を与えられたプランクトンの集合体「フー・ファイターズ」だった。高い知性をもつ強敵に、徐倫とエルメェスが挑む。

死んだ女囚・エートロの姿を借り、徐倫たちと行動を共にすることになったF・F（フー・ファイターズ）。ある日、運動場で徐倫とF・F（フー・ファイターズ）がキャッチボールをしていると、女囚・ミラションが現れ、「100回まで続かない方に100ドル」と賭けを持ちかけてくる。徐倫たちは警戒しながらもその誘いに乗るが…

農場で手に入れた承太郎の「スタンドのDISC」をスピードワゴン財団に渡すためには、警備の目をかいくぐり中庭へ向かわなくてはならない。徐倫に与えられたタイムリミットは20分。そこに現れたエンポリオ少年によって、徐倫はとある部屋へ案内される。部屋にいたのは、見知らぬ二人の男。そのうちの一人、寡黙な男、ウェザー・リポートが徐倫の護衛につくと言い…

新たな敵、ラング・ラングラーのスタンド「ジャンピン・ジャック・フラッシュ」の攻撃を受け、身体が無重力状態となってしまった徐倫とウェザー・リポート。無重力はさらに真空状態を作り、二人を絶体絶命のピンチに陥れる。ウェザー・リポートの天候を操る能力で雲のスーツを作り、それを纏うことでなんとか耐えしのぐが……。

ラング・ラングラーを退けた徐倫とウェザー・リポート。しかし徐倫は目的地である中庭を目前にして、プッチ神父と遭遇してしまう。プッチ神父が黒幕だと知らない徐倫は、彼に中庭へ行かせてほしいと懇願する。仲間の存在を警戒したプッチ神父は徐倫を見逃すが、すでに新たな追手を中庭に向かわせていた。残り時間はあとわずか。徐倫はスピードワゴン財団にDISCを渡すことができるのか？

サヴェジ・ガ―デン作戦の成功以後、エルメェスの姿を見かけないことが気になった徐倫は、彼女の過去を調べ始める。どうやら、彼女はある目的を果たすため、自ら刑務所に入ってきたらしい。一方、当のエルメェスは数日来ある男を監視していた。徐倫はF・F（フー・ファイターズ）とともにエルメェスに真意を尋ねるが、取りつく島もなく追い返されてしまう。

エルメェスは姉・グロリアを殺したスポーツ・マックスに復讐をするため、スタンド『キッス』を使い、奇襲をかける。しかしマックスのスタンド『リンプ・ビズキット』の反撃を受け、防戦一方に。徐倫とF・F（フー・ファイターズ）があらわれ、エルメェスに加勢するも、リンプ・ビズキットの能力である『みえない死骸』を前に、３人は次第に追い詰められていく。

スポーツ・マックスを倒した徐倫は、騒ぎを起こしたことを理由に、『厳正懲罰隔離房』に収監されてしまう。しかし、徐倫はホワイトスネイクに関係する『骨』の行方を追うため、わざと罰を利用して懲罰房に潜入していたのだった。F・F（フー・ファイターズ）は、危険な状況に置かれている徐倫を助けに行くべく、『屋敷幽霊』にいるもう一人の男・『ナルシソ・アナスイ』に目を向けるが……

厳正懲罰隔離房で『骨』を探す徐倫。しかしスポーツ・マックスが倒され、DISCを見られたことに感づいたプッチ神父から、スタンド使いが送り込まれる。スタンド『サバイバー』の能力で闘争心を上げられた看守と囚人により、懲罰房は『ファイトクラブ』と化し、各所で戦闘が始まる。看守・ウエストウッドに襲われる徐倫だが、戦闘中に相手もスタンド使いであることに気がつくも、謎の能力を相手に防戦一方に……

ウエストウッドに辛くも勝利した徐倫。周りを見渡すと既に他の囚人同士の戦闘も終わっていた。異様な形で倒れている囚人と、勝ち残っていた数名の囚人。そのうちの一人『ケンゾー』は、ホワイトスネイクに送りこまれたスタンド使いだと自ら明かす。徐倫が戦闘態勢に入ったその時、忍び寄っていたF・F（フー・ファイターズ）がケンゾーに奇襲をかける。

プッチ神父に送り込まれたケンゾー VS F・F（フー・ファイターズ）の戦いが始まった。ケンゾーのスタンド『ドラゴンズ・ドリーム』の能力がわからず、一方的に攻撃を受けるF・F。戦うにつれ生命線の水分が、少しずつ削られていることに気が付いた徐倫は、アナスイに助けを求めるも断られてしまう。『ドラゴンズ・ドリーム』の突破口を見つけたF・Fは戦いに必要な水分の補給を試みるも……

ケンゾーを退け、『骨』をもって逃げた小男を追う徐倫たち。小男を見つけ『骨』を奪い取ろうとするも、辺りには囚人たちが倒れており、その体からは『植物』が生えていた。そして、そばに近づこうとする徐倫の顔にも……。一方、隠れてその様子をうかがっていたDアンGは、『植物』の原因は『骨』に関係しているのではないかと考えていた……

懲罰房から脱出する際に徐倫が見つけた異形の生命体、『緑色の子供』。そして、それを飲み込んだ敵スタンドらしき『ヨーヨーマッ』。一見従順な素振りを見せるヨーヨーマッと徐倫たちを乗せたボートは湿地帯を進んでいく。だが、徐倫たちが本当に恐れるべきは看守たちの追手ではなく、ヨーヨーマッの見えないスタンド攻撃だった……

スタンド『ヨーヨーマッ』を倒すために、徐倫・アナスイと別行動をし、本体のDアンGを追っていたF・F（フー・ファイターズ）。そこでDアンGを見張っていたプッチ神父を発見し、彼が『ホワイトスネイク』の本体だと知る。ホワイトスネイクの妨害を受けながらもDアンGを撃破するF・F。ヨーヨーマッが消滅すると共に、飲み込んでいた卵が割れて……

『緑の赤ん坊』の捕獲に成功した徐倫とアナスイ。一方、ホワイトスネイクとの戦闘で消滅したように見えたF・F（フー・ファイターズ）だったが、窮地に現れたウェザー・リポートの雨によって間一髪生き延びる。F・Fとウェザー・リポートは徐倫とアナスイのもとに向かい、４人は無事に合流を果たすが…

ウェザー・リポートに扮していたプッチ神父の襲撃から承太郎の記憶DISCとアナスイの命を守り、F・F（フー・ファイターズ）は消滅した。逃げたプッチ神父の野望を阻止するため、徐倫はグリーン・ドルフィン島からの脱獄を決意する。そこに『ミューミュー』と名乗る看守が、ホワイトスネイクからの伝言を持って現れて……

ミューミューのスタンド『ジェイル・ハウス・ロック』の能力で「覚えられる物事が３つまで」になってしまう徐倫。手に縫い付けた『エンポリオに会え』という文字を頼りに動き出す。だが、一方のエンポリオもミューミューのスタンド能力で窮地に陥っていた。記憶を失いながらも警備の目をかいくぐり、徐倫はエンポリオのいる隠し部屋までたどり着くが、それもまたミューミューの思惑通りであった。

プッチ神父を追ってグリーン・ドルフィン島からの脱獄に成功した徐倫たち。脱獄を知ったプッチ神父は、次の「新月」までの5日間、徐倫たちから遠ざかるため北へ向かうも、病院で起こった人質事件に巻き込まれてしまう。一方、徐倫たちに続き、脱獄に成功したアナスイ、ウェザー・リポートは何者かのスタンド攻撃を受けていることに気付く。

スタンド「自由人の狂想曲(ボヘミアン・ラプソディー)」の攻撃を受け体と心が分離してしまったアナスイは、自らの肉体を取り戻すべく、ウェザー・リポートとは別行動をとる。だが、ウェザー・リポートにも「自由人の狂想曲(ボヘミアン・ラプソディー)」は襲い掛かる。町から離れつつあるスタンド本体の位置を察知したウェザー・リポートは雨で道路を封鎖するも……

元恋人のロメオと再会した徐倫は、許しを請う彼からヘリコプターのキーを受け取り、プッチ神父が目指すケープ・カナベラルへと向かっていた。その道中、プッチ神父の存在を西の方角に感じ取る徐倫。進路を変更しようとしたその時、自分の意思とは無関係にまぶたがおりてくる奇妙な症状に襲われる。それはDIOの息子、リキエルのスタンド能力「スカイ・ハイ」の攻撃であった。

リキエルとの死闘を制した徐倫は、ウェザー・リポートがプッチ神父の実の弟という驚愕の事実を知る。その後、プッチ神父の気配を追って救急病院へとたどり着くが、そこで徐倫たちが見たものは、病室に深く掘られた巨大な穴。この中にプッチ神父が潜んでいると確信した徐倫は、それが罠であると知りつつ穴に飛び込む……

ヴェルサスのスタンド「アンダー・ワールド」の能力で、徐倫とエルメェスは墜落する飛行機の記憶の中に捕らわれていた。墜落まであと2分――刻一刻と迫る運命の時。徐倫が飛行機から飛び出して攻撃を仕掛けるも、記憶の外側にいるヴェルサスには届かない。外部からの助けを求めるため、徐倫はエンポリオへ連絡を取った。

ヴェルサスにより記憶がよみがえったウェザー・リポートは、本来の荒々しい性格も取り戻していた。そして、無意識下で発動する彼の恐ろしい能力、悪魔の虹「ヘビー・ウェザー」が現れ、巻き込まれた人間はカタツムリへと姿を変えていく。一方、徐倫たちから逃げ切ったヴェルサスは、プッチ神父の求める「天国へ行く方法」を自分のものとするため、エンポリオを探し出し、承太郎のDISCを奪うことを目論む。

1972年、生まれたばかりのエンリコ・プッチには双子の弟がいた。しかしその弟は死んだ赤ん坊とすり替えられ、兄弟は他人として別々の人生を歩むこととなる。時は流れ、神学の道に進んだ若きプッチの前に現れた、DIOと名乗る不思議な男。この奇妙な邂逅の翌年、プッチは実の弟、ウェス・ブルーマリン（ウェザー・リポート）が生きていることを知る……

「ヘビー・ウェザー」によるカタツムリ化を止めるため、ウェザー・リポートのもとへ急ぐ徐倫たち一方、ウェザー・リポートはプッチ神父によってもたらされた悲劇に決着をつけることを考えていた。プッチ神父の接近を感じ取り、警戒するウェザー・リポートとアナスイだったが、「ヘビー・ウェザー」の対処法を知るプッチ神父は思わぬところから二人に奇襲をかける。

ウェザー・リポートのスタンド能力を封じ込めたDISCを託された徐倫は、プッチ神父を追ってケープ・カナベラルへとたどり着く。スペース・シャトルの打ち上げ施設があるこのエリアは、地球上でも「引力」が弱い場所。新月まであと2日――『天国の時』を待つプッチ神父の身体には異変が起こりはじめていた……

重力に逆らいながら進む徐倫たちを急襲する「ホワイトスネイク」と「緑色の赤んぼう」が合わさったようなスタンド。それは、プッチ神父に目覚めた新しい能力「C-MOON」。触れた物が裏返る能力に、徐倫たちは苦戦を強いられる。重力の底へ落とされるアナスイを救うため窮地に飛び込んだ徐倫の前に現れたのは……

「C-MOON」の一撃必殺のパンチを受け、裏返りながら姿を消した徐倫。しかし、徐倫の気配に気づいたプッチ神父は、「ジョースターの血統」と確実に決着をつけるため消えた徐倫の後を追う。そして、プッチ神父は確かに感じ取っていた。徐倫の生存だけでなく、もう一人のジョースター、空条承太郎がまもなくここに現れることを……

承太郎、エルメェスと合流した徐倫は、ついにプッチ神父を追い詰めた。しかし、承太郎の放った銛が神父を射貫こうとするその瞬間、「天国の時」がついに訪れる。プッチ神父から漏れ出す幾つものまばゆい光線。徐倫が気が付くと、神父の姿は消え、ケープ・カナベラルを混乱に陥れた重力の逆転は元に戻っていた。

プッチ神父の能力は完成した。新たなスタンド「メイド・イン・ヘブン」による超スピードの攻撃から戦況を立て直すため、「海(オーシャン)」へ決死の移動を図る徐倫たち。アナスイが囮となり、承太郎が「スタープラチナ」で時を止め攻撃を仕掛ける。しかし、プッチ神父の行動がわずかに早く、承太郎が目にしたのは徐倫に今にも突き刺さらんとする大量のナイフ……

全てを巻き込む「時の加速」は止まらない。やがて宇宙は一巡して……目を覚ましたエンポリオがいたのはグリーン・ドルフィン・ストリート刑務所。人類は世界の終点に到着し、新しい世界を迎えた。以前の世界からの因縁を断ち切るために現れるプッチ神父。絶体絶命の窮地に陥ったエンポリオは、徐倫が授けてくれたDISCを頭へ押し込んだ……