雷雨の夜、馬車事故に遭った英国貴族のジョースター卿。偶然その場に居合わせたブランドーは、自分が命を救ったふりをして恩を売る。12年が過ぎ、ブランドーの死後、その息子・ディオがジョースター家に招かれた。

大学生になり、ジョースター家の正式な養子となっていたディオは、ジョースター家の乗っ取りとジョースター卿の毒殺を目論む。ジョナサンはブランドーの手紙を発見し、父が衰弱していく原因が毒ではないかと疑う。

解毒剤を入手して屋敷に戻ったジョナサン。ディオの悪事を暴き彼を追及すると反省の色を示すが、ジョナサンに同行していた暗黒街出身の男・スピードワゴンはディオに対し、「こいつは生まれついての悪だ」と断じる。

ディオとの戦いで重傷を負ったジョナサンは、再会したエリナの看護で身も心も癒やされていた。ある日、惨劇の現場である屋敷跡を訪ねたジョナサンは、発見されなかった石仮面を案じながらも事件を忘れようとする。

ウインドナイツ・ロットに到着したジョナサン一行は、町の外れでスリの少年・ポコと出会い、ついにディオ本人との対面を果たす。暴帝としての貫録を見せるディオに、ツェペリとジョナサンは波紋攻撃を繰り出すが…。

ジョナサンとブラフォードの闘いが続き、ブラフォードはジョナサンに勇者の素質を感じる。死闘の末、ジョナサンの波紋で人間としての高潔な魂を取り戻したブラフォードは、「幸運と勇気の剣」を彼に託して消滅した。

ポコの勇気ある行動により、ジョナサンがとらわれた双首竜の間への扉は開かれた。ツェペリはすぐにジョナサンの救出に向かうが、その脳裏にあったのは、かつての師・トンペティから告げられた「死の運命」だった。

ツェペリの師・トンペティとその弟子たちと合流したジョナサン一行は、町民たちのゾンビ化が進んでいることに焦りを隠せない。一方、ゾンビによる制圧を待つディオは、仲間になるようポコの姉を誘うが…。

ついにディオとジョナサンの長かった因縁に終止符が打たれた。死闘を終えたジョナサンは、献身的に支えてくれた愛する女性・エリナとの結婚を迎え、2人はアメリカ行きの蒸気船でハネムーンに出発する。

1938年のアメリカ。亡き祖父の知己、スピードワゴンの誘いで祖母・エリナと共にロンドンからニューヨークに越してきたジョセフ・ジョースターは、すぐさま生まれつき備わる波紋の力と誇り高き血統の片鱗を見せた。

ジョセフの前に吸血鬼となったストレイツォが現れた。機先を制して機関銃を撃つも全くダメージを与えられず戦慄する。対するストレイツォは必殺の一撃で決着を狙うが、ジョセフの思わぬトリッキーな反撃に遭う。

ストレイツォが遺したメッセージ「柱の男」の謎を探るべく、メキシコを訪れたジョセフ。その頃、スピードワゴンがとらわれている地下実験室では、ドイツ軍による「柱の男」の研究が行われていた。

ついにジョセフはメキシコの地下研究所にたどり着き、「柱の男・サンタナ」との対面を果たして互いに戦闘態勢へ突入。しかし、ジョセフの波紋エネルギーをサンタナははじき返し、外部からの攻撃を受け付けない。

サンタナ以外にも「柱の男」は存在するという事実を知ったジョセフは、シュトロハイムの遺言に従いスピードワゴンと共にローマへと飛び立つ。そこで待っていたのはウィル・A・ツェペリの孫、シーザーだった。

復活した「柱の男」、ワムウ、エシディシ、カーズの3人に友を殺され、怒りに震えるシーザー。満を持して必殺技「シャボン・ランチャー」を放つが、ワムウの対波紋ワイヤーによってはじかれてしまう。

ジョセフは再戦の誓いとして心臓と喉に「毒の指輪」をはめられた。33日以内にワムウとエシディシに勝たなければ指輪の呪縛から解放されないが、シーザーは現時点の実力ではワムウたちに敵わないと悟った。

ジョセフに課せられた最終試練は師範代・ロギンズとの戦いに勝利することだが、彼が向かった試練場で待っていたのはロギンズではなく「柱の男」、エシディシだった。予想外の展開を迎え、ジョセフは必死で応戦する。

エシディシに勝ったジョセフが報告のためリサリサを訪ねると、使用人のスージーQが彼女を襲おうとしていた。倒したはずのエシディシが彼女についていることを知ったジョセフは、シーザーとの合体技で立ち向かう。

「赤石」の送り先には、サンタナ戦で木っ端みじんにされたはずのドイツ軍人・シュトロハイムの姿があった。全身を機械化したシュトロハイムは、「エイジャの赤石」を求めて現れたカーズと闘い始める。

シーザーの秘められた過去とはすなわち、彼の父・マリオを襲った悲劇の物語でもあった。ツェペリ一族の長年の恨みを晴らそうと意気込むシーザーは、父の敵であるカーズを倒すべく単身敵の拠点に侵入する。

ジョセフとリサリサはカーズとワムウが待つ部屋に来た。そこにはほかに100体もの吸血鬼がいた。圧倒的な数の敵を前に焦りを隠せないジョセフだが、リサリサはカーズに「エイジャの赤石」を懸けた決闘を申し出る。

古代環状列石の闘技場を舞台に、ついにジョセフ対ワムウの戦車戦が始まった。さまざまな小細工でワムウを出し抜いたジョセフは、第1レースでの武器である大型スレッジ・ハンマーの獲得に成功する。

ジョセフとワムウの死闘も佳境に入る。ジョセフの巧みな策略により致命的な一撃を受けたワムウは、最後の切り札として最終流法・渾楔颯を放つが、ジョセフはその攻撃をも逆手に取ることでワムウに勝利した。

瀕死のリサリサを餌にし、カーズはジョセフを心身共に追い詰めようとする。しかしだまされるよりだますことを得意とするジョセフは絶妙な奇策を練り、死力を尽くした波紋攻撃でカーズを打ち破った。

「エイジャの赤石」をはめ込んだ石仮面の力で復活したカーズは、「究極の生命体」となりもはや無敵状態だった。圧倒的な実力差を感じて一目散に逃走し始めたジョセフたちは、その最中にドイツ軍の戦闘機を発見した。

ジョセフの特攻で溶岩の中へと落ちたカーズだったが、それでもなお復活を果たしたためジョセフは腕を切り落とされ、絶望の叫びを上げる。死を覚悟したジョセフに、カーズがとどめを刺そうとするが…。