En Taiga Kagami i en Tetsuya Kuroko s'inscriuen en el club de bàsquet de l'Institut Seirin. Durant un mini partit del primer entrenament, en Kagami demostra tenir un talent innat mentre que en Kuroko no sembla tenir gaires aptituds fins que descobreixen que ell és el sisè jugador fantasma de la Generació miraculosa de l'Institut Teiko!

En Kuroko es compromet a fer que en Kagami i els Seirin siguin els millors del Japó. L'entrenadora organitza un partit amistós contra l'Institut Kaijo, l'equip d'en Ryota Kise de la Generació miraculosa. En Kise es presenta a l'Institut Seirin per saludar en Kuroko, i en Kagami no se'n pot estar de desafiar-lo a un duel.

Comença el partit amistós entre l'Institut Seirin i l'Institut Kaijo. Els Kaijo estan convençuts que guanyaran però en Kagami i en Kuroko no els ho posaran fàcil. La intensitat del partit fa que en Kuroko perdi eficiència i durant un temps mort, en Kise aprofitarà per revelar el punt feble d'en Kuroko al seu equip. Mentrestant, en Kagami també creu haver descobert el punt feble d'en Kise.

Comença el segon quart en el partit amistós entre els Seirin i els Kaijo. Els Seirin van escurçant la diferència en el marcador. En Kuroko i en Kagami coordinen les seves jugades fent créixer les opcions d'atac, però en Kuroko rep un cop i es veu obligat a retirar-se. A la quarta part, en Kuroko es reincorpora i duu el seu equip fins l'empat però llavors, la mirada d'en Kise canvia...

El partit amistós entre els Seirin i els Kaijo finalitza amb la victòria dels Seirin. En Kise, que no havia perdut mai un partit no pot contenir les llàgrimes. En Shintaro Midorima, membre de la Generació miraculosa, ha vingut a veure el partit perquè el seu equip jugarà contra els Seirin a les eliminatòries. De camí a casa en Kuroko desapareix. Mentre tot l'equip el busca, en Kagami el troba a punt de ficar-se en un bon embolic.

Comença la primera ronda de les eliminatòries pel Campionat Interescolar. Per arribar a la Lliga Final no es pot perdre ni un sol partit. Els Seirin s'enfronten contra l'Acadèmia Shinkyo que ha pujat de nivell gràcies al fitxatge de Papa Mbaye Siki, un estudiant d'intercanvi del Senegal de dos metres que no està disposat a perdre.

Els Seirin s'enfronten contra els Shinkyo a la primera ronda de les eliminatòries. En Kuroko se sent ofès perquè en Papa l'ha tractat com un nen i aconsegueix amb les seves passades marcar una diferència en el marcador del primer quart. A partir del segon quart, amb l'absència d'en Kuroko, en Kagami s'encarrega d'aplacar en Papa per tal que aquests dos metres d'alçada no els impedeixin la victòria.

Els Seiho es classifiquen per la semifinal de la fase eliminatòria del Campionat Interescolar. El seu següent rival és l'Institut Seiho, conegut per ser un dels tres Reis de Tòquio. Per en Hyuga i els altres veterans dels Seirin es tracta del rival contra el que van patir una derrota humiliant l'any anterior. Per poder superar el passat, en Kuroko i en Kagami es proposen guanyar com sigui. Però només començar el partit, la defensa implacable dels Seiho i les tècniques d'arts marcials ancestrals que han incorporat fan que sigui gairebé impossible marcar.

Els Seirin s'enfronten contra els Seiho en el partit de la semifinal de la fase eliminatòria del Campionat Interescolar. Gràcies a les esmaixades d'en Kagami i les passades d'en Kuroko empaten el primer quart. Però davant la defensa infranquejable dels Seiho, en Kagami acaba marcant la quarta falta. Per evitar que sigui expulsat, canvien en Kagami i en Kuroko. Malgrat la difícil situació, els veterans de l'equip es comprometen a guanyar als Seiho.

El partit de la semifinal de les eliminatòries entre els Seirin i els Seiho està a punt d'acabar. En Kuroko torna a la pista decidit a guanyar per tal de recuperar l'orgull dels veterans de l'equip. Els Seiho lluiten per mantenir el títol de Rei però finalment acaben perdent de forma dramàtica. Després d'una curta pausa comença la final entre els Seirin i els Shutoku d'en Midorima. El partit comença molt equilibrat. Qui serà el primer de marcar i prendre el control?

A la final de les eliminatòries, els Shutoku marquen el primer punt però tot seguit en Kuroko fa una llarga passada a en Kagami i encistella. Veient el risc que suposa en Kuroko, els Shutoku canvien la posició d'en Takao perquè el marqui i així eviti les seves passades doncs resulta tenir una habilitat que fa que la tècnica de distracció d'en Kuroko no tingui efecte sobre ell.

Al final del segon quart, els Shutoku tenen una avantatge de gairebé 20 punts. En Midorima demostra tenir un rang de tir que s'estén per tota la pista. En Kuroko roman a la banqueta posat que a en Takao no li fa efecte la seva tècnica de distracció. En Kagami s'adona que no pot dependre d'en Kuroko i els veterans de l'equip per guanyar i comença a explotar al màxim les seves habilitats innates duent el pes del partit.

Comença l'últim quart de la final de les eliminatòries entre els Seirin i els Shutoku. En Kuroko torna a la pista amb un estricte marcatge d'en Takao. Però en Kuroko té una idea per desfer-se d'ell. Mentrestant, en Kagami s'està quedant sense energia i el número de salts que li queden per fer és limitat. Els dos equips arribaran als últims segons del partit molt renyits i tot dependrà d'una única cistella.

Després d'una dura batalla, els Seirin guanyen als Shutoku i es classifiquen per la Lliga Final de les eliminatòries pel Campionat Interescolar. Els Seirin continuen entrenant. En un dels entrenament que fan a la piscina, apareix la Momoi, l'ajudant de l'equip de l'Acadèmia Tôô on juga l'Aomine, un altre membre de la Generació miraculosa amb qui s'hauran d'enfrontar a la Lliga Final. Mentrestant, l'Aomine es presentarà davant d'en Kagami per posar-lo a prova.

A punt de començar el primer partir de la Lliga Final, l'Aomine decideix passar de l'entrenament. En Kagami, que ha perdut en un u contra u amb l'Aomine, sent per boca d'en Kuroko que a l'Aomine li agradava jugar a bàsquet més que ningú però com això va anar canviant degut al seu gran talent. Llavors en Kagami promet derrotar-lo per tal d'obrir-li els ulls. El partit comença i l'Aomine no apareix...

El partit dels Tôô i els Seirin comença sense l'Aomine. Tot i l'absència de l'Aomine, els Tôô demostren un gran nivell jugant de forma individual, gran part gràcies a les indicacions de la Momoi que s'ha encarregat d'obtenir gran quantitat d'informació dels jugadors del Seirin i és capaç de predir els seus moviments, de tots, menys d'en Kuroko que resulta imprevisible.

A punt d'acabar el segon quart, amb deu punts de diferència en el marcador a favor dels Tôô, arriba l'Aomine que s'incorpora al partit enfrontant-se contra en Kuroko i en Kagami. Després de la mitja part, els Seirin decideixen fer descansar en Kuroko i en Kagami ha d'enfrontar-se sol contra l'Aomine que ha començat la segona part disposat a jugar de debò.

L'estil de bàsquet de carrer de l'Aomine, lliure i imprevisible, desconcerta els Seirin. Les seves jugades imparables fins i tot per en Kagami fan que la diferència en el marcador sigui cada cop més gran i els Seirin decideixen treure en Kuroko a la pista però les seves passades són interceptades per l'Aomine, doncs ningú millor que ell coneix la seva manera de jugar a bàsquet.

Els Seirin pateixen una gran derrota contra els Tôô. La lesió d'en Kagami l'impedeix jugar els dos partits restants i en Kuroko perd efectivitat. Finalment, els Seirin queden eliminats de la Lliga Final i es queden sense opcions de participar al Campionat Interescolar. Però els Seirin comencen a preparar-se pel seu següent objectiu, la Copa d'Hivern. I llavors, apareix en Kiyoshi, el fundador dels Seirin i l'as de l'equip.

Només arribar, en Kiyoshi desafia a un u contra u a en Kagami en el que es juguen la titularitat. En un partit amistós, en Kiyoshi insisteix en fer jugar només els membres de primer curs. El seu objectiu no és tant fer veure en Kagami que tot sol no pot guanyar, sinó fer conèixer els límits del seu estil de joc en Kuroko.

Els Seirin es preparen per la Copa d'Hivern i durant les vacances d'estiu faran dues concentracions d'entrenaments. La primera de les concentracions és a la platja. Sobre la sorra, la Riko ha planejat que cadascú dels jugadors millori les seves habilitats individuals. A l'alberg coincideixen amb els membre de l'equip dels Shutoku amb qui hauran de compartir el pavelló.

En els entrenaments de la concentració d'estiu, els Seirin acaben perdent els tres partits amistosos contra els Shutoku. En Kagami s'ha passat la concentració corrents sol per la platja i se sent frustrat, però la Riko li farà veure quin era el seu objectiu. Després d'un u contra u, en Midorima li donarà pistes sobre quin camí ha de segui per millorar. Finalitzada la concentració, els Seirin aniran a veure el partit del Campionat Interescolar entre els Kaijo i els Tôô.

El partit de quarts de final del Campionat Interescolar entre els Kaijo i els Tôô comença amb un duel entre en Kise i en Midorima, dos membres de la Generació miraculosa. Gràcies en Kise i l'ajuda del capità de l'equip, en Kasamatsu, els Kaijô s'imposen al primer quart. Però a partir del segon quart, l'Aomine comença a desplegar el seu veritable potencial...

Fins i tot en Kise, que té la prodigiosa habilitat de copiar les jugades que ha vist una vegada, no pot imitar l'estil únic de l'Aomine. Però per tal de vèncer els Tôô, en Kise accepta el repte de copiar-lo. Mentre la resta dels membres del seu equip intenten contenir la diferència del marcador, en Kise sembla aprendre més ràpid del que s'esperava.

El partit dels quarts de final entre els Kaijo i els Tôô arriba a l'últim quart. El duel entre l'Aomine i en Kise arriba a l'últim minut de partit sense que cap dels dos faci un pas enrere. Després de veure l'espectacular partit, els membres del Seirin així com en Midorima i en Takao dels Shutoku, comencen a pensar en la Copa d'Hivern.