Kirito, Eugeo et Alice. Six mois ont passé depuis que nos deux disciples et le Chevalier de l’Intégrité ont causé la chute de l'archevêque suprême Administrator. Depuis la fin des combats, Alice vit à Rulid, son village natal en compagnie de Kirito qui a non seulement perdu son bras et son âme, mais aussi son cher ami. Alice se dévoue entièrement à prendre soin de Kirito, ayant perdu elle aussi toute volonté de se battre. « Dis-moi, Kirito… Que dois-je faire ? » Cependant, l’heure de l'ultime test de charge, celui qui plongera l’Underworld tout entier dans la tragédie, approche de manière inéluctable. Pendant ce temps, dans les recoins les plus sombres du Dark Territory, le dieu des Ténèbres Vector a ressuscité, comme s’il avait attendu ce moment précis. À la tête des forces des ténèbres, il envahit le Monde des Hommes afin de ravir la Prêtresse de Lumière. Le Chevalier de l'Intégrité Bercouli, commandant des forces du Monde des Hommes, se prépare à une guerre sans précédent contre celles du Dark Territory. Mais alors, Alice est introuvable, tout comme les deux héros sauveurs du Monde des Hommes…