Nell'anno 2022 viene pubblicato, in tiratura estremamente limitata, l'atteso e rivoluzionario VRMMORPG (Virtual Reality MMORPG) Sword Art Online, in cui i giocatori possono interagire in un ambiente di realtà virtuale con la più totale libertà. I giocatori sono in grado di controllare realisticamente il corpo del proprio alter ego, grazie ad una visuale in prima persona, e di interagire attivamente con il mondo digitale circostante tramite un fittizio ausilio dei cinque sensi, ma senza aver modo di provar dolore, per ovvie ragioni. Questa vera e propria "full immersion" è resa possibile grazie al nuovo hardware denominato "NerveGear", un elmetto agente con le sinapsi. Il 6 novembre 2022, il giorno d'apertura ufficiale del VRMMORPG, porta con sé un evento tragico ed inaspettato quando Akihiko Kayaba, il geniale creatore di Sword Art Online, impedisce ai giocatori di effettuare volontariamente il log out. Kayaba, il quale non motiva inizialmente le sue azioni, offre tuttavia ai giocatori la possibilità di sfuggire al pericoloso mondo in cui sono intrappolati per tornare in quello reale, ora più desiderato che mai. Il modo è solo uno: terminare il gioco riuscendo a raggiungere ed a completare l'ultimo piano del gigantesco mondo fluttuante di Aincrad. La storia vede come protagonista Kirito, un beta tester che, il primo giorno d'apertura ufficiale dei server, incontra e stringe amicizia con Klein, al quale insegna le basi di gioco sotto sua richiesta. I due si vedono costretti ad intraprendere strade separate e si salutano, con la promessa di incontrarsi nuovamente. Alla fine del primo mese 2000 persone muoiono senza aver ancora superato il primo piano. ~ Corrisponde a: Intro Vol.01 - storia principale

11 aprile 2024, Kirito ed altri hardcore player fanno fronte al 59 piano. Sotto supervisione e guida del sub-leader dei Knights of Blood, Asuna, essi pianificano una strategia per avere la meglio contro il boss del luogo. Asuna ha tenuto a mente il consiglio di Kirito di unirsi ad una gilda, facendo grandi progressi. Nonostante ciò, i due si trovano spesso in disaccordo, ma cominciano lentamente ad accantonare le loro divergenze, soprattutto a seguito di una collaborazione volta a far luce s'un misterioso assassinio avvenuto nella città di Marten. Tutti i giocatori sono consci che i player killer, per quanto rari, approfittino spesso dello stato di sonno delle loro vittime per eliminarle senza dover ricorrere ad un regolare duello, ma prima di allora i loro omicidi erano sempre stati consumati all'infuori delle mura. Il caso si complica scoprendo che la vittima in questione, Kains, è stata colta in uno stato di veglia, senza nessun decretato vincitore e, quindi, nessun duello aperto, neanche slealmente. Kirito e Asuna riescono tuttavia ad ottenere un indizio grazie all'aiuto di Agil, il quale, avvalendosi delle sue skill di venditore d'armi, può visualizzare il nome del possessore dell'arma con cui è stato consumato l'omicidio. Grazie alle informazioni ottenute da una conoscente diretta della vittima, Yoruko, i due realizzano che, con gran probabilità, si tratta di una vendetta personale. La ragazza e la vittima facevano infatti parte di un gilda ch'era entrata in possesso di un oggetto raro, e la maggioranza di essa aveva votato a favore della sua vendita. Tuttavia, uno dei loro membri ha assassinato il leader per impadronirsene, ed ora, desideroso di vendetta, un altro membro intende eliminare tutti coloro che si opposero alla vendita dell'oggetto nella votazione, ovvero i sospettati principali. Sarà mentre avvisano Schmit, una delle potenziali vittime, che Yoruko, anche lei parte degli oppositori alla vendita, perde la vita a causa di un attacco a distanza presumibilmente partito da fuori una finestra, senza l'attivazione di alcun duello. ~ Corrisponde a: Vol.08 Ch.01, stesso titolo - side story

Kirito corre alla finestra, dalla quale vede il corpo di Yoruko dissolversi poco prima di notare una figura ammantata di nero sui tetti, che individua subito come l'aggressore. Il colpevole si dilegua con l'ausilio di una pietra per il teletrasporto, svanendo d'innanzi ad un Kirito appena lanciatosi all'inseguimento. Sempre più incredulo dell'accaduto, Kirito cerca di scovare un'altra logica che permetta di uccidere in una safe-zone, ma non ne trova poiché è il sistema stesso di SAO ad impedirlo. Ormai fuori dalla locanda, in seguito ad una semplice discussione con Asuna, che gli offre il pasto per ricambiare il gesto di lui al loro primo incontro, Kirito coglie fortuitamente un indizio che lo porta alla realizzazione dell'accaduto, compreso il meccanismo utilizzato per simulare la morte. Le presunte vittime non sono quindi tali, ma è una loro messa in scena per scoprire chi fra i rimanenti sia il vero assassino, inducendolo alla paranoia sulla possibile vendetta del fantasma di Griselda, la defunta leader. Yoruko e Kains ascoltano e registrano la confessione d'innocenza di Schmit davanti alla lapide di Griselda, prima di rivelare anche a lui la verità. Inaspettatamente sopraggiungono i membri di una gilda di player killer, i Laughing Coffin, coinvolti nell'assassinio di Griselda sotto richiesta di Grimrock, membro dell'ormai distrutta gilda e marito della defunta, anche nel mondo reale. È Grimrock il mandante dell'omicidio. L'uomo non era riuscito a sopportare il repentino cambiamento di sua moglie, che, immersa in quel nuovo e pericoloso mondo, aveva mostrato un nuovo lato di sé, rivelandosi forte e coraggiosa, a dispetto di lui ch'era rimasto paralizzato dalla paura. Grimrock ha fatto quindi uccidere sua moglie per immortalare il ricordo della precedente lei, che sarebbe presto svanito, non era quindi interessato all'oggetto raro, che aveva solo offerto ai pk per i loro servizi. Grimrock viene catturato da Asuna, mentre Kirito giunge in salvo di Yoruko, Kains e Schmit, spingendo i player killer a ritirarsi grazie ad un bluff. Quando Asuna rinfaccia a Grimrock che il suo non era amore ma solo desiderio di possessione, quest'ultimo, già instabile, viene preso dallo sconforto e dal pentimento, e portato via dai suoi ex compagni. Kirito ed Asuna decidono di tornare al fronte, dopo la proposta della ragazza di aggiungersi reciprocamente alla loro lista amici per tenersi in contatto. ~ Corrisponde a: Vol.08 Ch.01, stesso titolo - side story

Il duello tra Kirito e Heathcliff si svolge in un'arena in cui vi è radunata una gran folla. Asuna avverte Kirito della forza di Heathcliff che, come lui, ha una skill unica, chiamata “lama divina” che gli fornisce la massima potenza di attacco e difesa. Heathcliff in un primo momento è in grado di sopraffare Kirito, ma i ruoli cambiano quando Kirito “costringe” Heathcliff sulla difensiva. Proprio nel momento in cui Kirito sta per affondare il colpo vincente, Heathcliff riesce misteriosamente a schivare e sconfiggere Kirito. Asuna chiede a Kirito, ormai membro dei Cavalieri del patto di Sangue, perché non vuole mai unirsi alle gilde e lui le rivela quello che è successo alla sua vecchia gilda. Asuna conforta Kirito e gli dice che lo proteggerà. Più tardi, Kirito fa un “test” al dungeon del 55 ° piano con Godfrey e il suo compagno Kuradeel, il quale sembra apparentemente pentito. Mentre i tre si prendono una pausa per il pranzo, Kirito si accorge troppo tardi che l'acqua che bevevano lui e Godfrey conteneva un effetto di paralisi. Kuradeel rivela che è un membro dei “ Laughing Coffins” e ha intenzione di uccidere sia Godfrey che Kirito; dopo aver ucciso Godfrey, Kuradeel tenta di uccidere Kirito ma viene salvato da morte certa dall'arrivo di Asuna che li ha rintracciati sulla sua mappa. Asuna decima rapidamente gli HP di Kuradeel fino alle fasi critiche. Kuradeel, implorando il perdono, con uno stratagemma attacca Asuna ma Kirito riesce ad ucciderlo sacrificando un braccio. Asuna si sente in colpa per quello che è successo, ma Kirito, baciandola, la rassicura dicendole che si vuol prendere cura di lei e proteggerla. Essi decidono di prendersi una pausa insieme e più tardi, Kirito, le racconta di un luogo in cui possono stare insieme da soli. Dopodiché le chiede di sposarlo e lei accetta volentieri.

Dopo che il gruppo sconfigge il boss, subendo 14 morti nella battaglia, Kirito deduce che Heathcliff, l'unico giocatore che non mostra segni di stanchezza, è Akihiko Kayaba. Akihiko paralizza tutti tranne Kirito, e gli offre la possibilità di affrontarlo in un duello uno-contro-uno in cui, se Kirito vince riuscirà a liberare tutti i giocatori rimanenti da SAO. Dopo aver dato i suoi migliori auguri agli altri, Kirito accetta la sfida, ma non è in grado di superare la difesa assoluta di Akihiko. Quando Akihiko prepara il colpo di grazia, Asuna supera la sua paralisi e prende il colpo perdendo tutti i suoi HP e scomparendo. Affranto dalla morte di Asuna, Kirito perde la volontà di combattere e riceve una coltellata mortale da Akihiko. Tuttavia, in punto di morte, Kirito ricorda la convinzione di Asuna in lui e riesce a riconquistare volontà sufficiente per sconfiggere Akihiko con la spada della defunta Asuna. Essi sono uccisi entrambi contemporaneamente e il gioco è dichiarato finito il 7 novembre 2024 alle 14.44. Kirito poi si risveglia tra le nubi sopra Aincrad, dove trovano sia Asuna e Akihiko. Akihiko informa Kirito e Asuna di aver disconnesso tutti gli altri giocatori, come promesso, e spiega anche le sue motivazioni per la creazione di SAO prima di scomparire. Kirito e Asuna si dicono l'un l'altro i loro veri nomi: Kazuto Kirigaya e Asuna Yuki. Alla fine scompaiono con Aincrad senza lasciare traccia. Con sua sorpresa, Kazuto si risveglia in un ospedale nel mondo reale e, pur essendo fisicamente debole, si mette alla ricerca della vera Asuna.

Leafa si crea dei nemici quando lascia che il suo gruppo si unisca a Kirito.

La determinazione di Kirito a salvare Asuna rischia di trasformarsi in pura follia, ma tutto torna alla normalità quando Leafa se ne va all'improvviso.

Le qualifiche per il Bullet of Bullets proseguono. Alla fine Kirito e Sinon finiranno per essere nemici?

Il passato di SAO torna a galla e i ricordi perseguitano Kirito, specialmente quelli relativi all'agguato alla gilda delle Bare Sorridenti, che si era concluso con l'uccisione di alcuni giocatori avversari, anche per mano sua.

Lo scontro finale fra con Death Gun ha inizio, mentre Asuna si reca in ospedale da Kirito.

Kirito affronta Death Gun e proprio quando è sul punto di soccombere riesce a ricordarne il nome e a sconfiggerlo. Così il BOB si conclude vedendo per la seconda volta nella storia due vincitori. Ma come predetto da Death Gun, non è ancora finita e i pericoli si celano ancora nel mondo reale.

Dopo il lavoro di routine per l'abbattimento del Gigas Cedar, Kirito ed Eugeo si ritrovano coinvolti con Alice in un viaggio decisivo dentro una vicina caverna.

Kirito si risveglia in un luogo sconosciuto e, anche se sospetta di essere in un gioco virtuale, non è capace di uscirne. Dopo poco incontra Eugeo, un suo coetaneo.

Le condizioni di Kirito non sembrano buone e Kikuoka lo trasferisce in un'altra clinica. Quando però Asuna e Suguha vanno a visitarlo, non le lasciano entrare.

Asuna e Rinko premono per avere risposte da Kikuoka, che rivela il vero scopo dell'esperimento di Underworld e i motivi del coinvolgimento di Kirito.

Senpai Liena avverte Kirito che la richiesta di duello da parte di Volo nasconde un secondo fine. Più tardi, Kirito scopre che i suoi fiori sono stati distrutti.

Dopo la promozione Eugeo continua a cercare un modo per essere più forte. L'occasione si presenta nelle vesti di Humbert, uno dei migliori allievi.

Eugeo e Kirito affrontano il Cavaliere Integratore Eldrie, un nome che suona familiare. Eugeo approfitta di una sua conoscenza del mondo reale.

La salvatrice di Kirito racconta la storia tra lei e l'Administrator e spiega come, aiutandola nel suo piano, lui ed Eugeo possono far recuperare la memoria ad Alice.

Kirito si ritrova con Alice in una situazione precaria e cerca di convincerla a collaborare almeno temporaneamente. Lei però lo considera sempre un criminale.

Bercoulli Synthesis One dichiara che non ucciderà Eugeo appena incroceranno le spade, ma quando Eugeo attacca di nuovo la promessa non è più valida.

Alice decide di ascoltare Kirito, ma credere alla sua verità non è una scelta facile. Nel frattempo, Eugeo si risveglia al centesimo piano dell'edificio.

Ora che ha ripreso conoscenza, Alice accenna a una deviazione fino al novantesimo piano. Subito lei e Kirito ritrovano Bercoulli, che però è stato trasformato in pietra.

Alice assiste al duello tra i suoi amici d'infanzia. Kirito cerca di arrivare al vero Eugeo ma lo scontro ha un finale inatteso.

Dopo centinaia di anni, Cardinal ritorna per sistemare le cose una volta per tutte. L'Administrator rivela una scioccante verità sul golem di spade.

Eugeo e Alice sono fuori combattimento e Kirito deve affrontare da solo la potente Administrator che ha ancora qualche sorpresa in serbo per lui.

Shaster, il capo dei cavalieri oscuri del Dark Territory, era intenzionato a portare la pace dopo la morte di Administrator. Tuttavia, i suoi sogni vengono infranti dal ritorno dell'imperatore Vecta nel mondo delle tenebre.

L'armata delle tenebre si sta avvicinando al grande portale ad Est, la barriera che separa il mondo umano dal Dark Territory. Alice, determinata a combattere per proteggere il popolo innocente, si unisce all'esercito di difesa del mondo umano insieme a Kirito.

Il Final Load Test ha inizio e il Grande Portale a Est è distrutto. L'esercito delle tenebre, guidato da Gabriel, diventato l’Imperatore Vecta, avanza verso il mondo umano. Le truppe di difesa del mondo umano si preparano allo scontro.