Demony przeszłości powracają. Kirito zostaje zaatakowany przez towarzysza XaXy, który po incydencie z Death Gunem zdołał zbiec policji - Kanamoto. Zabójcza trucizna zaczyna rozchodzić się po ciele. Wydaje się, że jest już za późno... Czy lekarze zdołają uratować chłopaka zrozpaczonej Asuny? Kto tak naprawdę stoi za tajemniczą firmą RATH, rzekomo pracującą dla japońskiego rządu?

Kilka miesięcy minęło od upadku Administratora. Po wydarzeniach z pierwszego sezonu, przypływ energii w Ocean Żółw został uszkodzony Kirito za Fluctlight, powodując, że stają się katatonii, ledwo reaguje na bodźce zewnętrzne. Obawiając się o bezpieczeństwo i życie Kirito, tak jak on jest znany jako jeden z ludzi, którzy pokonali administrator, Alice podjęła go z powrotem do Rulid Wsi jeżdżąc Amayori smoka, jej towarzysz. Alicja w międzyczasie zbudowano drewniany domek i rozliczane w Kirito z zewnątrz Rulid, gdzie opiekuje się nim na co dzień. Bo ona jest nadal uważany za przestępcę, ona nie może żyć w obrębie wsi. Pomimo tego, że jest regularnie odwiedzane przez Selka, jej młodsza siostra, a często stosowane do zmniejszania szczególnie trudnych drzew przez Barbossa, egocentrycznego ziemianina, który wraz ze swymi cięcia drzew, patrzy w dół na Alice.

Z Rulid pod atakiem goblinów i orków, Alice szybko wyposaża swoją zbroję, ale ukrywa IT pod jej ubrania i leci do wsi na Amayori. Dowiaduje niewielką grupę mieszkańców próbujących walczyć z goblinami natomiast pozostałe mieszkańcy odsunąć przygotowanie do montażu obrony.Z odkrytą determinacją jej oko regeneruje siłą woli, a ona szybko pokonuje inwazję. Tymczasem w świecie rzeczywistym, Gabriel Miller i jego zespół podejście Rath na łodzi podwodnej. On i jego siła inwazja przejęli kontrolę nad głównym pomieszczeniu kontrolnym Ocean Żółw ale są obecnie zablokowane. Asuna, Kikuoka, a pozostały personel Rath dostać odczyt na ich obecną sytuację i zdecydować ich następny przebieg działania jest odzyskać kontrolę nad Ocean Żółw i zapobiec ALICE przed wpadnięciem w ręce wroga.