在《盧利特村》長大的少年──桐人，與幼年好友尤吉歐背負著相同的天職，就是將巨大的黑樹「基家斯西達」砍倒。今天他們也為了砍倒巨樹而揮著斧頭，與他們倆青梅竹馬一起長大的愛麗絲，帶著她親手做的派來慰勞他們。在吃午餐的時候，三人決定遠行，前去英雄傳說中「盡頭山脈」的洞窟。尤吉歐雖然有點不安，害怕那會違反這世界的規則「禁忌目錄」，但是桐人和愛麗絲都說沒問題，於是出發的日子到來了。

桐人和尤吉歐認為賽魯卡一定是一個人跑去「盡頭山脈」，所以也跟著她一起去了。然而，他們在洞窟裡卻遇到了從「黑暗領域」來的哥布林，不得不與他們搏鬥。桐人拿戰與哥布林戰鬥，但是尤吉歐卻因為第一次見到的「黑暗世界生物」而身體僵硬，無法動彈。桐人勇敢地戰鬥，但是哥布林的反擊，讓他產生了無法想像是虛擬世界的疼痛，使他因為恐懼而無法起身。桐人陷入絕境，而正當哥布林打算繼續揮刀時……

桐人和尤吉歐的「隨侍」緹潔與羅妮耶晚歸，桐人為了尋找她們而從房間的窗戶跳出去。芙蕾妮卡剛好和桐人交錯而過，到他們的房間尋找尤吉歐，她告訴尤吉歐，溫貝爾對她的羞辱，以及緹潔和羅妮耶去向溫貝爾抗議卻一直沒有回來。尤吉歐心裡有一種不好的預感，急忙趕到溫貝爾的房間，但是最糟糕的情況現在才正要發生。

桐人和尤吉歐成了違犯「禁忌目錄」的罪人，而出現在他們面前的是其中一名整合騎士愛麗絲·辛賽西斯·薩提，她確實是以前受到處罰的，與尤吉歐青梅竹馬一起長大的少女愛麗絲愛麗絲‧滋貝魯庫，然而她卻不記得與桐人和尤吉歐一起生活時的記憶，簡直就像另一個人一樣。桐人和尤吉歐雖然感到困惑，但兩人還是以重刑犯的身份被關到「中央聖堂」的地牢裡。另一方面，在現實世界的「海龜Ocean Turtle」，明日奈在看望著正在接受治療的和人時，在她前面出現了一架奇妙的機器人。

桐人在滿身瘡痍之中，總算是發動了「武裝完全支配術」，結束與整合騎士法那提歐的對戰。桐人與尤吉歐再次朝著「中央聖堂」的最頂層前進，他們來到了一座奇妙的升降機前面，在少女升降員的引導下，他們來到了第80層的「雲上庭園」，而這時出現在兩人面前的，正是尤吉歐在尋找的少女，拿著神器「金木樨之劍」的整合騎士愛麗絲．辛賽西斯．薩提。

在「雲上庭園」，桐人與愛麗絲兩人施有「武裝完全支配術」的劍互相碰撞，結果使得應該不可能會毀壞的「中央聖堂」外牆粉碎，桐人和愛麗絲掉出塔外。之後，桐人立刻把劍插進外牆的縫隙，也拯救了往下掉的愛麗絲。可是，兩人身為敵人，在這種命懸一線的情況下，也仍是彼此理念不合，於是桐人向愛麗絲提議，在回到塔內之前暫時停戰。

尤吉歐來到了「中央聖堂」的第90層，那裡是熱氣蒸騰的大浴場，感到困惑的尤吉歐，遇到了整合騎士貝爾庫利．辛賽西斯．汪，他正泡在熱水中舒緩因漫長旅途而導致的疲勞。貝爾庫利的身影沉穩平靜，卻擁有深不可測的威勢，尤吉歐雖然感到震憾，卻仍是獨自向他挑戰。另一方面，桐人與愛麗絲繼續攀爬「中央聖堂」的外牆。

桐人在與愛麗絲談話時，無意中說出了賽魯卡的名字，聽到那名字，愛麗絲的神情為之一變，桐人看到她那樣，就把整合騎士的真相告訴她。可是，愛麗絲沒法完全接受桐人所說的話，情緒極為激動。這時，在與貝爾庫利的生死決戰中昏迷過去的尤吉歐，被元老長裘迪魯金帶到了最頂層，在那裡等待著尤吉歐的是……

桐人與打破右眼封印的愛麗絲一起來到第90層的大浴場，在那裡發現已經被裘迪魯金化為石頭的整合騎士長貝爾庫利的身影──。愛麗絲為自己師父的悲慘的際遇流淚，但是恢復意識的貝爾庫利從迷濛當中使盡力氣，將尤吉歐的行蹤告訴兩人，聽到這件事之後，桐人揹起丟在那裡的藍薔薇之劍，前去追擊裘迪魯金，並在抵達元老院之後，看到了驚人的一幕。

攔在桐人和愛麗絲面前的，是接受了整合秘儀成為整合騎士的尤吉歐。桐人有所動搖，但受到愛麗絲的呵斥，桐人決定無論如何也要和他全力戰鬥。兩人輪流使出艾恩葛朗特流的劍技，桐人和尤吉歐的交鋒逐漸激化。戰鬥中，桐人拼命向尤吉歐訴說著……

在「中央聖堂」的最頂層，桐人和尤吉歐、愛麗絲終於來到亞多米尼‧史特蕾達所在之處。然而，用神聖術幻化成巨大小丑的裘迪魯金向三人發動攻擊，愛麗絲用「金木樨之劍」擋下裘迪魯金釋放出的火焰，桐人和尤吉歐趁機聯手攻擊他。亞多米尼‧史特蕾達在一旁鉅細靡遺地觀看這一切，同時對桐人他們提問。

為了與恩怨糾纏了幾百年的對手亞多米尼‧史特蕾達做個了斷，卡迪娜爾出現在「中央聖堂」的最頂層，身為負責維持秩序的程式，她是為了抹除亞多米尼‧史特蕾達而展開行動，但是巨劍魔像卻再度起身阻擋在她面前。而卡迪娜爾聽完亞多米尼‧史特蕾達所說的話，發現隱藏在巨劍魔像裡的真相，感到非常激動。

桐人帶著傳承自卡迪娜爾、尤吉歐，以及愛麗絲的意念，再次站起身。為了打倒「人界」最強大的存在亞多米尼．史特蕾達，桐人加強自己的意志，腦中展現的意象是以往攻略《SAO》的頂級玩家「黑色劍士」的姿態。桐人帶著在這世界相遇的所有人的心意，舉著兩把劍一個人奮勇挑戰亞多米尼．史特蕾達。

Recap of Sword Art Online: Alicization, aired one week before Sword Art Online: Alicization - War of Underworld.

雖然這幾個月有些辛苦，愛麗絲與桐人在鄉下建立起平靜的生活。一位訪客卻可能破壞他們的新生活。

哥布林和半獸人發動強大攻勢，威脅盧利特村的生存。愛麗絲飛身前往救援，卻被迫做出痛苦的選擇。

加百列掌控了黑暗領域的軍隊，準備與人界開戰。同一時間，真正的貝庫達則面對來自四面八方的威脅。

愛麗絲和桐人與軍隊會合，但他仍尚未恢復。而面對敵方的龐大軍力，東大門無法抵禦多久。

東大門倒下，黑暗領域大軍竭盡所能入侵人界，逐步擊敗組織相對完善的對手。

連利臨陣脫逃，遇到羅妮耶與緹潔，獲得彌補的機會。此時，愛麗絲繼續醞釀她的爆炸性光束。

在愛麗絲的招數大敗敵軍後，她發現一名階層頗高的倖存者。人界軍聲東擊西以吸引貝庫達的注意力。

貝庫達命其大軍追捕愛麗絲，進而導致一場對決，由能夠斬斷一切的騎士對上肉體不畏刀刃的鬥士。

亞絲娜化身超強大的史提西亞，她穩定局勢並與桐人重逢。然而當愛麗絲見到兩人在一起，情況卻變得有些不明朗。

誘軍發現貝庫達派軍穿越峽谷。此時，克里達則以騙局招募大量美國玩家。

兩邊屠殺與混戰之際，亞絲娜極力試圖阻止大量美國玩家，而貝庫達則準備好要捕捉他的目標。

隨著越來越多朋友加入，亞絲娜準備一舉擊退外國玩家。另一方面，比嘉想到方法幫助桐人，但他需要支援。

詩音抵達後告訴悲痛的愛麗絲，她必須繼續往南前往世界盡頭的祭壇。另一方面，亞絲娜發現上頭出現一個神秘人物。

桐人緊握夜空之劍和斷掉的藍薔薇之劍，與手持大刀的瓦沙克對峙，但隨即有人伸出援手。

亞絲娜和愛麗絲要在世界盡頭的祭壇關閉前抵達，而桐人為了保證她們的安全，留在後頭與加百列纏鬥。

凛子召開記者會，將世界第一個真正泛用人工智慧公諸於世。愛麗絲巧妙地回答記者各種刁鑽的提問。

和人得知愛麗絲失蹤後慌張出門，卻因為一個意外的包裹停下腳步：一個大紙箱裝著意想不到的東西。