Jean et Scott se marient, au grand désespoir de Wolverine. Alors qu'ils partent en voyage de noces, un soulèvement anti-mutant s'organise et Morph fait son retour. Torturé et obsédé par la vengeance, il oeuvre dans l'ombre et sème la zizanie chez les X-Men pour le compte d'un malfaisant et mystérieux personnage.

Mister Sinistre a monté un complot pour diviser les X-Men en utilisant Morph, mais son but véritable est de capturer Scott et Jean. Il envoit son équipe combattre les deux tourtereaux afin de pouvoir récupérer leur ADN. Mais Morph a de plus en plus de scrupules à s'en prendre à ses anciens amis.

Tornade s'est remise de ses blessures mais part sur le champ en Afrique avec Rogue pour combattre un vieil ennemi : Le Roi des Ombres. Ce dernier a pris possession du corps d'une personne proche d'Ororo et compte s'en servir comme appât.

En Terre Sauvage, Xavier et Magneto luttent pour leur survie sans leurs pouvoirs. Pendant ce temps, un coup d'état a eu lieu en ex-URSS et les généraux renégats ont libéré Omega Red de sa prison de glace pour servir leur dessein. Colossus se rend à l'Institut pour demander l'aide des X-Men.

Serval est combattu et capturé par son ancienne unité Canadienne : le Commando Alfa. Le Général responsable de la division veut à tout prix réaliser une série d'expériences sur Logan pour découvrir le secret de sa résistance aux processus d'implantation à l'adamantium.

Alors qu'il supervise l'entrainement des X-Men, Gambit reçoit un coup de téléphone d'un ami lui disant que son frère et la ligue des Voleurs sont en danger. Désemparé, Rémy manque de provoquer un accident et se rend immédiatement en Louisiane pour s'opposer à la lutte fratricide entre son ancien clan et la ligue des Assassins

Alors qu'il croyait son futur sauvé, Bishop doit faire face à un nouvel avenir chaotique : les mutant ont été décimés par un maladie nano-technologique et le seul espoir réside une nouvel fois dans un retour dans le passé. Bishop revient dans le présent et espère détruire la source du virus avec l'aide des X-Men.

Cable et la Résistance combattent Apocalypse et ses troupes dans un futur lointain lorsque qu'une distorsion du temps se met en place et fait disparaître ses compagnons et sa réalité. Désespéré, il fait un saut dans le temps et poursuit Bishop dans le présent pour le neutraliser sans le tuer et l'empêcher de détruire le virus mais aussi l'avenir.

Mystique veux à tout prix reconquérir sa fille adoptive et la manipule pour parvenir à ses fins. Dans un désordre psychologique total, Malicia doit faire face à l'esprit de Miss Marvel /Carol Denver, dont elle a non seulement absorbé le pouvoir de force surhumaine et de vol mais aussi la conscience.

Beast falls in love with his patient, a blind woman named Carly, and though the feelings are mutual, her mutant-hating father and anti-mutant sentiment drive a split between the pair. Meanwhile, Wolverine seeks to take down the Friends of Humanity from the inside out.

An alien being named Mojo abducts the X-Men to use as forced action stars of television programming.

Le Professeur Xavier et Magneto essayent tant bien que mal et sans leurs pouvoirs de regagner leur appareil et de s'évader de la Terre Sauvage. Malgré leurs efforts, ils sont rattrapés et capturés par les mutants de Sauron. Alors que tout semble perdu, les deux leaders mutants sont délivrés par un homme du nom de Ka-Zar et son tigre Zabu.

Les X-Men privés de leurs capacités sont battus par les sbires de Sinistre et ses mutants de la Terre. Seul et blessé, Serval réussi à s'échapper. En fuyant ses adversaires, Logan rencontre Ka-Zar et les deux hommes vont allier leurs efforts pour libérer leurs amis respectifs.