En pleine crise d'adolescence, Jubilée Lee peine à s'accepter alors qu'elle doit faire face en plus à sa mutation destructrice et sans contrôle. Elle se rend au centre commercial où elle passe son temps devant les arcades. Là bas, elle est attaquée par un robot gigantesque.

Les X-Men se sont introduits dans un bâtiment fédéral afin de détruire les fichiers de fichage des mutants. Mais malgré leurs pouvoirs, ils sont tombés dans un piège. L'équipe de Cyclope est repoussée par les Sentinelles et ils ont laissé Morph et le Fauve pour mort.

Hawk MacCoy reçoit une visite inopinée dans sa prison : Magneto, un mutant puissant qui contrôle les énergies magnétiques. Il demande à MacCoy de le rejoindre dans son combat contre l'humanité. Fidèle aux idées de Charles Xavier, le Fauve refuse et préfère faire face à la justice.

Le professeur Xavier tente tant bien que mal d'entrer dans l'esprit de Dent de Sabre et comprendre sa colère et sa fureur. Alors que son pire ennemi semble se réhabiliter, Serval cri haut et fort sa colère. Pendant ce temps, Magneto prépare une catastrophe afin de se confronter directement au professeur et à ses X-men.

Au cours d'un entrainement dans la salle des Dangers, Tornade est victime de sa claustrophobie et manque de provoquer un accident. Elle discute avec le professeur Xavier en essayant de le convaincre qu'elle n'est pas un bon leader, mais ce dernier n'est pas de cet avis.

Serval est de retour dans le Grand Nord. Aspirant au calme et à la tranquillité loin de l'Institut Xavier, le X-Man est rattrapé et vaincu par Dent de Sabre. Logan est alors recueilli par les Inuits et se fait doucement à la vie de la tribu. Mais son vieil ennemi reste dans l'ombre.

Le paradis pour mutant de Genosha s'avère être un traquenard dirigé par Bolivar Trask pour capturer et réduire en esclavage les mutants. Le scientifique fou et fanatique de la condition humaine fait construire un barrage pour alimenter en énergie sa dernière création : le Moule Initial.

Au retour de Genosha, les X-Men trouvent l'institut Xavier en ruine. Le professeur étant en voyage, Cyclope, Serval, Jubilée et les autres décident d'enquêter. Une piste les mènent jusqu'à un mutant d'une force surhumaine et pouvant également changer sa peau en métal.

Câble prend à parti Warren Worthington et tente en vain de lui soutirer des informations sur son financement des recherches d'un certain docteur Adler. Le scientifique prétend en effet avoir découvert un traitement qui supprime le gène X. Chez les X-Men, Malicia souffre de plus en plus de son pouvoir. Elle décide de se rendre à l'île Muir et de rencontrer le fameux docteur.

Derrière le docteur Adler et son mystérieux traitement se cache un complot d'Apocalypse. Il parvient à tromper Angel et trois autres mutants et à les transformer en messagers de la haine et de la destruction : les quatre cavaliers d'Apocalypse.

Dans un avenir proche, les Sentinelles sont les maîtres sur Terre. Tous les X-Men sont morts à l'exception de Serval et de Forge. Dans ce cauchemar, une lueur d'espoir apparaît : retourner dans le passé et empêcher l'assassinat qui va provoquer le chaos. Un mutant et chasseur de prime appelé Bishop se porte volontaire pour cette dangereuse mission.

De retour à l'Institut après avoir renvoyé Nemrod dans le futur, le chasseur de primes reconnaît Gambit comme étant l'assassin de l'avenir terrible des mutants. Le professeur Xavier écoute attentivement l'histoire de Bishop avant de se rendre à Washington avec une partie des X-Men, alors que Serval et Bishop restent avec Gambit pour le surveiller.

Magneto a capturé le sénateur Kelly et espère terminer le complot mis en place par Apocalypse et Mystique. Le sénateur est mis hors de danger par les Sentinelles de Trask. Mais le scientifique fanatique voit le Moule Initial se rebeller avec un sentiment bien à lui: la plus grande menace de l'humanité, c'est l'humanité elle-même.