Alors que Logan est en plein isolement dans les montagnes Rocheuses, il est témoin de l'attérissage d'un vaisseau spatial vivant, un Acantis. Serval est attaqué par ses occupants : des extraterrestres belliqueux, les Broods. A l'Institut, Malicia est une fois de plus en mal d'amour, jusqu'a ce qu'elle reçoive un appel.

Les Force Armée US récupèrent Omega Red et lui proposent un marché : il doit neutraliser un sous-marin nucléaire russe transportant des têtes nucléaires et en échange, il pourra redevenir un humain normal. Le soviétique accepte le marché à une seule condition : être secondé par Serval et Tornade, les responsables directs de son emprisonnement dans la glace.

Magnéto attaque le siège de l’ONU, et annonce qu’il a fondé une station spatiale pour les mutants, l’astéroïde M. Magnéto va libérer les mutants de Génosha.

Des mutants du monde entier rejoignent Magnéto, dont Amélia Voght, une ancienne compagne de Xavier. Fauve dit à Gambit que Xavier a perdu ses jambes durant un combat contre Magnéto, mais dans l’épisode précédent l’accent est mis sur la guerre.

Cortez veut que les États libèrent les mutants prisonniers sinon il bombarde la Terre.

Amélia peut changer son corps en fumée. Amélia change d’avis sur Cortez car il va trop loin. Amélia découvre la vérité sur Cortez. Magnéto retombe sur Terre. Amélia dévoile la vérité à tout le monde. Les X-Men découvrent que Magnéto est vivant. L’Astéroïde M est détruit. Les mutants reviennent sur Terre. Cortez est sauvé par Apocalypse et Deathbird, la sœur de Lilandra.

Le professeur Xavier est malmené dans son sommeil et son double astral est tiraillé entre ses souvenirs et un adversaire inconnu. Son " cauchemar " le met en danger physiquement mais l'écho psychique se révèle être rapidement un vieil ennemi : le Roi des Ombres.

Moira soigne Morphe qui rejoint les X-Men. Une Sentinelle vole du matériel scientifique très avancé qui pourrait être utilisé contre les mutants. Les Sentinelles n’agissent plus pour le gouvernement mais pour le Master Mold. Les Sentinelles enlèvent Xavier, Gyrich et Trask pour qu’ils améliorent le Master Mold. Morphe détruit le Master Mold, et quitte les X-Men.

Scott va rencontrer à Skull Mesa le docteur Taylor Prescott qui a aidé la cause mutante, pour lui donner un cadeau. Il découvre que Solarr, un mutant a enlevé Prescott pour s’accaparer l’or de la mine. Les mutants se soulèvent contre Solarr.

11 mai 1959. Une scène montre Bishop et Wolverine affrontent Nimrod; Xavier marche et sort pendant le combat.

En 2055, Forge envoie Bishop et Shard dans le temps. Dans le présent, Xavier, Wolverine et Tornade sont dans le jardin, quand un événement fait disparaître Xavier et place Wolverine et Tornade dans une époque alternative (leurs mémoires passées sont effacées).

Xavier est mort. Les 4 mutants repartent en 2055 dans le futur de Bishop, pour pouvoir repartir en 1959 avant la mort de Xavier, mais leur futur a changé.

Dans ce monde, Forge sert le Master Mold (la Sentinelle qui fabrique des Sentinelles). Master Mold se débarrasse de Fitzroy. Shard et Forge sont tués par Nimrod.

Moira aide Kévin à contrôler ses pouvoirs de mutants (il peut modifier l’aspect des gens et des objets, et infiltrer des corps). Mais Kévin refuse d’être aidé.

Xavier repense à l’époque où il vivait avec Moira. Ils devaient se marier, mais Xavier part à la guerre, devient handicapé. Moira épouse Joe, puis ils divorcent. Moira a gardé son nom de mariage.

Joe ne veut pas que les gens sachent qu’il a un fils mutant. Kévin attaque son père. Kévin et Joe se réconcilient.

La Sorcière Rouge et Vif argent sont au chevet de leur père mourant. Dans ses derniers souffles, l'homme leur avoue qu'une créature mi-humaine mi-bête les a recueillis lorsqu'ils étaient bébés et que leur destin est profondément lié à celui de Magneto. L'enquête des jumeaux Maximoff les mène dans un pays lointain à la rencontre du Maître de l'Evolution.

Logan est tiraillé entre son passé tumultueux et sa place au sein des X-Men. Il décide de partir une fois de plus afin de retrouver la paix intérieure avec pour destination le Japon. Là bas, Serval est rapidement rattrapé par ses problèmes : un gang de loubars mené par le Samouraï d'argent terrorise les habitants et le monastère ou le X-Man a pris pension.

Jubilee's first Christmas with the X-Men doesn't go exactly as she expected, when she, Storm, and Wolverine become involved with a mission to save the Morlock child known as Leech.

En 3999 au Caire, des mutants dirigés par Cable attaquent la chambre régénératrice d’Apocalypse. Mais le tyran est là, et Apocalypse vole la machine temporelle de Cable. Pendant 5000 ans Apocalypse a été un tyran.

Après l’épisode de 1959, Bishop repart en 2055, mais le voyage a un problème et Bishop reste coincé dans les couloirs du temps, et rencontre Bender, qui est là depuis 10000 ans.

Apocalypse enlève Oracle, une femme au service de Lilandra. Deathbird trahit Lilandra pour prendre le trône impérial. Xavier déduit que Apocalypse enlève des personnes avec de grands pouvoirs psychiques. Psylocke cambriole le château de Waren qui se met à sa poursuite.

Cable part dans le passé pour détruire la chambre de régénération d’Apocalypse. Mais le voyage échoue et Cable se retrouve à l’école des X-Men. Cable dit qu’en 3999 il a détruit la chambre de régénération d’Apocalypse, où il va tous les 100 ans. Tornade a grandi en Égypte où ses parents sont morts. Les X-Men vont en Égypte pour détruire la chambre de stase, et sont attaqués par les 4 cavaliers de l’Apocalypse. Apocalypse et Mystique ont piégé les mutants.

Les X-Men ont été envoyés en -1200. Apocalypse veut utiliser les mutants psys (dont Rachel Summers) pour contrôler le temps et créer un nouvel univers. Magnéto, Mystique trahissent Apocalypse car il va trop loin.

Dents de Sabre fait une fois de plus parler de lui en attaquant les humains. Le Fauve et jubilée le neutralise et le ramène à l'Institut. Mais il s'avère que derrière l'apparence du mutant bestial se cache une entité techno-organique qui prend rapidement contrôle de l'institut et neutralise tout les X-Men à l'exception du Fauve. Dans sa fuite, ce dernier fait la connaissance de Warlock lui aussi poursuivi par l'agresseur appelé Phalanx.

Le Fauve, Forge et Sinistre cherchent un moyen pour combattre et détruire le Phalanx et leur quête les amène jusqu'à l'île de Muir. Après avoir trouvé un virus ayant un effet dévastateur, ils sont attaqués à nouveau et l'île de Muir est assimilée. Ils s'enfuient vers l'Arctique et espèrent rallier Magneto pour le combat de la dernière chance.

Les éléments se déchaînent et deviennent incontrôlables. Tornade semble très perturbée et perd le contrôle. Elle est sauvée par un beau jeune homme du nom d'Arkon qui l'emmène avec lui sur sa planète, Polémachus. Mais les X-Men n'abandonnent pas un des leurs et partent à la poursuite du " ravisseur ".

Tornade vient à bout des éléments et des tempêtes sur Polémachus. Elle tombe amoureuse de son ravisseur et leur mariage est organisé en grande pompe. Toutefois les autres X-Men constatent des dysfonctionnement chez leurs hôtes et ils finissent par voir l'envers du décor.

Graydon Creed est traduit devant ses pairs des Amis de l'Humanité qui le mettent face à son passé. Pendant ce temps, Kurt Wagner va demander de l'aide et des conseils aux X-Men pour trouver sa mère. Alors que Jubilée et Serval doivent rapidement combattre des fanatiques anti-mutants, Rogue et Diablo se retrouvent en face d'une connaissance familière.