Wolverine viene attirato nelle fogne (assieme a Gambit e Jubilee) da Yuriko Oyama, una sua vecchia fiamma, solo per scoprire che ora lei si è fatta trasformare in un cyborg, facendosi chiamare Lady Deathstrike, ed è intenzionata a ucciderlo in quanto crede che lui abbia a sua volta assassinato suo padre, essendo stato lui a far sì che gli venisse inserito dell'adamantio in corpo. Prima di fare ciò Deathstrike ha però intenzione di costringere Wolverine ad aprire un'astronave aliena che è finita nelle fogne. Dopo un iniziale rifiuto, Wolverine finisce involontariamente col danneggiare la parete dell'astronave.

Dall'astronave danneggiata esce Spirit Drinker, un essere mostruoso che può assorbire lo spirito delle persone e che assorbe quello di Jubilee, di alcuni uomini che accompagnavano Deathstrike e dei Morlock. Accortosi del pericolo tramite i suoi poteri mentali, Xavier fa radunare gli X-Men (escluse Tempesta e Rogue) nelle fogne. Qui Xavier, dopo essere entrato nell'astronave, scopre che si tratta di una sorta di prigione nella quale era stato confinato Spirit Drinker. Gli X-Men riescono a sconfiggere il mostro e a liberare le anime imprigionate, dopodiché Yuriko decide di andarsene, rinunciando temporaneamente alla sua vendetta, ripromettendosi però di tornare.

Xavier viene contattato telepaticamente da una misteriosa entità aliena. Raduna così gli X-Men, e li manda in missione facendoli infiltrare in uno Space Shuttle capitanato dal dottor Corbeau, in quanto sostiene che la vita dell'equipaggio sia in pericolo. Gli X-Men (escluse Tempesta, Jubilee e Rogue) sostituiscono l'equipaggio, lasciando tuttavia Corbeau come pilota. Dopo aver raggiunto la stazione spaziale Eagle 1, il gruppo si ritrova faccia a faccia con Erik il Rosso, emissario degli alieni Shi'ar. Il suo compito è quello di fermare l'aliena ribelle Lilandra, e per farlo vuole utilizzare la stazione spaziale. Gli X-Men riescono a fermarlo temporaneamente e ad abbandonare la stazione a bordo dello Shuttle, ma, per via della vicinanza col velivolo di Erik il Rosso, si ritroverebbero a dover affrontare un calore troppo alto perfino per lo Shuttle. Il gruppo decide quindi di ripararsi all'interno di una sonda solare, mentre Jean pilota lo Shuttle proteggendosi grazie ai suoi poteri.

Jean viene colpita da una misteriosa energia, grazie alla quale riesce a portare in salvo i suoi compagni, per poi subire una misteriosa mutazione che la trasforma in Fenice, una potente supereroina in grado di volare. Dopodiché sviene e viene portata in ospedale. Xavier viene poi nuovamente contattato dall'entità aliena, ma ciò fa sì che il suo lato malvagio fuoriesca dal suo corpo, provocando danni agli X-Men, ma venendo poi fermato da Jean. Visto l'accaduto, Xavier decide di separarsi temporaneamente dagli X-Men per non provocare altri danni, e va così all'isola di Muir, dove incontra nuovamente Moira MacTaggert, stavolta in compagnia del suo fidanzato, Sean Cassidy. Qui il professore riceve la visita dell'aliena, che si rivela essere Lilandra, che gli rivela di essere la sorella di D'ken, l'imperatore degli alieni Shi'ar, intenzionato a recuperare il cristallo M'kraan, in grado di assicurargli un enorme potere. In quel momento i due vengono inaspettatamente raggiunti da Fenomeno.

Xavier viene attaccato da Fenomeno e dal suo compare Black Tom, venendo salvato da Sean, che si rivela essere in grado di volare. Lilandra viene tuttavia rapita, e Xavier percepisce delle immagini del luogo in cui si trova. Descrivendolo, Sean capisce che si tratta di un castello che appartiene alla sua famiglia, e perciò, insieme agli X-Men, raggiunge il luogo, dove, oltre a Fenomeno e Black Tom, trova Erik il Rosso, che è arrivato per prendere Lilandra dopo aver negoziato. Successivamente Erik il Rosso viene raggiunto da uno Shi'ar noto come Gladiatore, che lo rimprovera per non essere riuscito a trovare il cristallo. Fenice riesce temporaneamente a sconfiggere gli alieni, ma D'ken è sempre in agguato.

Fenice utilizza i propri poteri per portare Lilandra e la maggior parte degli X-Men nello spazio, dove raggiungono il cristallo M'kraan. Vengono tuttavia raggiunti dai Predoni Stellari, un gruppo di alieni (ad eccezione di Corsaro, il loro capo, che è un terrestre), che rubano il cristallo e rapiscono Ciclope. Il piano di Corsaro è di fingere di voler consegnare il cristallo a D'ken, per poi colpirlo con un raggio di Ciclope e ucciderlo. In mancanza di alternative, il comandante degli X-Men accetta ma, al momento dell'incontro con l'imperatore Shi'ar, Fenice riesce a portare sul luogo gli X-Men, che attaccano l'imperatore e i suoi scagnozzi.

D'ken diventa un tutt'uno con il cristallo, che comincia a sprigionare la propria potenza. L'unica che può avere una minima speranza di fermarlo è Fenice, che utilizza i propri poteri sul cristallo mentre tutti gli altri presenti tentano di fuggire utilizzando un altro veicolo spaziale. Il cristallo sprigiona però il suo enorme potere, causando gravi calamità sulla Terra, mettendo il mondo in subbuglio. Alla fine Fenice decide di utilizzare tutti i suoi poteri su D'ken, pur sapendo che le probabilità di sopravvivenza sono pressoché inesistenti. Riesce perciò a sconfiggere definitivamente l'imperatore sacrificandosi, salvando il mondo ma rendendo profondamente tristi gli X-Men per la perdita della loro compagna. Xavier tenta tuttavia di consolare Ciclope ricordandogli che, secondo la leggenda, la fenice risorge sempre dalle proprie ceneri.

Ciclope, troppo sconsolato per la perdita di Jean, decide di abbandonare gli X-Men e di tornare all'orfanotrofio nel quale è cresciuto. Lì incontra la sua amica Sarah, che ora dirige il luogo, e lei gli spiega che il ricco Zebediah Killgrave ha adottato quattro ragazzi mutanti che alloggiavano all'orfanotrofio. Ciclope riesce tuttavia a capire che in realtà Killgrave ha intenzione di ipnotizzare i quattro ragazzi tramite dei superpoteri, e di far sì che compiano azioni criminali. Killgrave si rende conto del fatto che Ciclope lo abbia scoperto e, dopo essere salito su un elicottero, comincia a sparargli. Ciclope riesce a sconfiggerlo, e il tutto viene mandato in onda in televisione, rivelando la verità su Killgrave. Dopo l'accaduto, Ciclope torna dagli X-Men, dove Cerebro dà una sorprendente notizia al gruppo: Jean è ancora viva.

Warren Worthington III, alias Arcangelo, è ossessionato dall'idea di volersi vendicare di Apocalisse, dato che l'ha reso un mostro, ma il suddetto sembra essere immortale. Quando crede (a torto) di aver trovato il suo punto debole, lo attacca, rischiando la vita e venendo quindi soccorso dagli X-Men, ma lui vuole ugualmente attaccare il suo rivale. Intanto gli X-Men individuano l'astronave di Apocalisse, che risulta contenere una tecnologia molto avanzata ed è dotata di un'intelligenza artificiale. Il gruppo ci entra e, essendo l'astronave di indole buona, li aiuta. Bestia riesce così a programmare una trappola che, seppur non sconfiggendolo, riuscirebbe a imprigionare Apocalisse. Quest'ultimo ci cade, ma riesce a uscirci tramite un comando vocale preimpostato. Alla fine l'astronave, avendo fatto amicizia con gli X-Men, lo rinchiude nuovamente e lo spedisce nello spazio, finendo però con l'andare in pezzi.

Dopo essersi rivoltato contro Mojo, Longshot, fugge dal suo mondo, venendo trasportato sulla Terra. Mojo decide di seguirlo, arrivando anche lui in tal pianeta (che decide di ribattezzare "Terrorland"). Dopo aver rapito Jubilee, Mojo fa sfidare gli X-Men e Longshot contro alcuni suoi uomini, trasmettendo il tutto nel suo mondo, ma Rogue riesce ugualmente a liberare Jubilee. A seguito di ciò, gli ascolti della battaglia calano drasticamente e, quando Longshot è vicino al riuscire a uccidere Mojo, quest'ultimo interrompe la sfida, decidendo di fare ritorno al suo mondo. Longshot lo segue, dovendo continuare la rivolta.

Un mutante con poteri legati al ghiaccio attacca il magazzino federale Kirby Glen, e Cerebro identifica il suddetto: si tratta di Bobby Drake, alias Uomo Ghiaccio, un ex membro degli X-Men, molto difficile da gestire, che ha lasciato il gruppo dopo che Lorna Dane, la ragazza di cui è innamorato, ha rischiato di morire durante una loro missione.

Sauron, il mostro presente nella Terra Selvaggia, è in realtà un comune essere umano di nome Karl Lykos, che tuttavia è stato utilizzato come cavia da laboratorio da Sinistro, col risultato che, per sopravvivere, è costretto ad assorbire l'energia da altri esseri viventi. Quando però prende l'energia di un mutante, si trasforma nel malvagio Sauron, che non riesce a controllare. Zalandane, malvagia sacerdotessa di Garokk (un'entità che viene venerata come un dio) lo convince a fuggire dalla Terra Selvaggia, ma lui finisce col trasformarsi nuovamente in Sauron e rapire Tempesta, portandola da Zaladane e ipnotizzandola, facendola impazzire. Gli X-Men la raggiungono ma, dopo aver salvato Lykos, si ritrovano a dover affrontare la loro compagna.

Per fermare Tempesta, Lykos decide di assorbire la sua energia, fermandola ma trasformandosi nuovamente in Sauron. La pazzia di Tempesta era tuttavia voluta da Garokk che, dopo che la suddetta ha scatenato i suoi poteri, può ritornare in azione dopo secoli. Garokk si ritrova tuttavia a doversi scontrare con Sauron, che ha la meglio su di lui, sconfiggendolo. Dopo che gli X-Men se ne vanno dalla Terra Selvaggia, Lykos è libero dalla minaccia di Sauron, dato che lì non sono presenti mutanti.

Dopo aver lasciato il cristallo M'kraan nel Sole, Fenice è tornata sulla Terra, lasciando lì Jean, che è stata ritrovata dagli X-Men. Intanto un misterioso gruppo, la Cerchia Interna, pianifica di rapire Jean per sfruttare i suoi poteri. Per fare ciò Wyngarde, un membro del gruppo, la ipnotizza facendole credere di essere suo marito, riuscendo così ad attirarla a lui. Gli X-Men tentano di salvarla, ma vengono presto catturati grazie all'aiuto della stessa Fenice.

Wyngarde ipnotizza Ciclope facendolo combattere contro di lui in un duello mentale, nella quale l'x-man ne esce perdente. Gli X-Men riescono poi a fuggire, ma Fenice finisce per impazzire, attaccando la Cerchia Interna e subendo una nuova trasformazione, divenendo la malvagia Fenice Nera.

Dopo aver causato dei violenti sbalzi atmosferici, Fenice Nera vola nello spazio distruggendo in breve tempo un intero sistema planetario disabitato. Dopo aver fatto ciò torna sulla Terra, a casa dei suoi genitori, dove tuttavia gli X-Men le hanno teso una trappola. Xavier, dopo una dura lotta cerebrale, riesce a sconfiggerla, facendola tornare la Jean Grey di un tempo ma, proprio in quel momento, giunge da loro Lilandra, ora imperatrice degli Shi'ar, che sostiene che, per la salvezza dell'universo, Jean debba essere uccisa.

Xavier decide di sfidare Lilandra a un duello d'onore a nome degli X-Men e così, dopo che i suddetti vengono teletrasportati in un'astronave Shi'ar, viene stabilito che se gli X-Men vinceranno la battaglia contro le guardie imperiali Jean verrà risparmiata, mentre in caso contrario verrà uccisa. Durante la battaglia, proprio quando gli X-Men sembrano avere la peggio, Jean si trasforma temporaneamente in Fenice Nera e così, resasi conto di quanto sia pericolosa, una volta tornata normale si fa volontariamente colpire da un raggio sparato da una navicella Shi'ar, morendo. In quel momento Fenice esce da Jean, rivelando di esserle entrata in corpo per poter proteggere il cristallo M'kraan, finendo però per impazzire. A quel punto gli X-Men decidono di offrire parte del loro spirito vitale perché Jean torni in vita, e così la loro amica resuscita e il gruppo può fare ritorno a casa, senza doversi più preoccupare di Fenice.

La nave spaziale dei Predoni Stellari giunge sulla Terra, venendo però inseguita dal comandante Shi'ar Raknar. Ciclope e Tempesta incontrano così Corsaro, per scoprire che questi è in realtà il padre di Ciclope. Il suddetto credeva infatti che i suoi genitori fossero morti in un incidente in aereo, ma sono in realtà stati rapiti da D'ken, che in seguito a fatto uccidere la madre. Il padre è invece sopravvissuto diventando Corsaro. Quest'ultimo è tuttavia accusato di aver liberato la Shi'ar Jandra con lo scopo che le rivelasse la posizione di un tesoro, e quando Ciclope scopre tale accusa decide di consegnare suo padre agli Shi'ar. L'x-man scopre tuttavia che in realtà lo stesso Raknar ha intenzione di uccidere Jandra, e che Corsaro ha soltanto tentato di aiutarla e, scoperto ciò, libera suo padre. Corsaro decide così di tornare nello spazio, ma suo figlio lo convince a rimanere sulla Terra per qualche ora.

Fenomeno ha acquisito la sua forza grazie a un cristallo mistico, ma quando il suddetto viene ritrovato da un altro uomo, il suddetto ne acquisisce i poteri, mentre Fenomeno perde i suoi, e poco dopo rimane gravemente ferito. Xavier, essendo il suo fratellastro, è deciso a salvarlo e ordina agli X-Men di ritrovare il cristallo e questi, seppur riluttanti, partono alla ricerca del suddetto, ritrovandolo. Dopo averlo dato a Fenomeno, questo riacquista i suoi poteri e scaglia il cristallo nello spazio così che non possa essere preso da nessun altro. Pur odiando ancora Xavier, Fenomeno decide di andarsene senza combattere, in segno di ringraziamento.

Mentre sono in vacanza sulle Alpi tedesche, Gambit, Rogue e Wolverine vengono a sapere che nei pressi di un villaggio non molto distante sembra si aggiri un demonio. Indagando, vengono soccorsi da un gruppo di monaci dopo essere rimasti vittime di una valanga, e qui scoprono che il succitato demone è in realtà un mutante, Nightcrawler, che tuttavia, per motivi misteriosi, ha avuto un aspetto ben poco umano sin da appena nato.

Wolverine riceve una busta con delle foto che gli rievocano ricordi confusi. Decide quindi di seguire delle coordinate presenti su una delle foto, venendo seguito da Bestia, ritrovandosi in Canadà. Qui incontra Sabretooth, anche lui richiamato sul luogo, e i due incontrano Volpe d'Argento e Maverick, due loro ex colleghi. I quattro, grazie all’aiuto di Bestia, hanno modo di guardare alcuni video che rivelano che loro sono stati le cavie di un esperimento atto a modificare i loro ricordi e che, per questo motivo, molti dei fatti che loro ricordano come parte della loro vita non sono in realtà mai accaduti. I quattro finiscono poi inavvertitamente per risvegliare il robot Talos, programmato per modificare loro nuovamente la memoria in caso scoprissero la verità, ma riescono a distruggerlo. Successivamente il gruppo si divide.