Le docteur Cox déprime et se met à boire suite au décès de ses trois patients greffés. Carla mobilise ses collègues pour le soutenir. Étonnamment, JD est le seul à s'y soustraire. En chirurgie, Turk a des difficultés à se faire au sentimentalisme du docteur Stone...

J.D. prévoit de sortir un soir avec le docteur Kim Briggs, mais Elliot n'arrête pas de lui mettre des bâtons dans les roues. De leur côté, Perry et Jordan donnent toutes les anciennes affaires de Jack à Carla. Plus tard, quelqu'un annonce une grossesse totalement inattendue

J.D. dit à tout le monde qu'il va être papa. Quant au Dr Cox, il se prépare pour un second bébé. Turk et Carla attendent eux aussi un enfant, alors qu'Elliott se lamente car elle est la seule de l'hôpital à ne pas en avoir

Carla est en plein travail et Turk est très excité car son bébé va naître. Mais manque de rater la naissance... Pendant ce temps, J.D. et Kim imaginent leur avenir et celui de leur futur bébé...

Après s'être laissé convaincre, J.D. va à Tacoma pour les premières séances d'ultrasons de Kim. Au cours d'une de ces séances, Jordan et le Dr Cox découvrent que leur bébé aura besoin de chirurgie.

Suite à un accident de la route, l'infirmière Laverne tombe dans le coma.

J.D. et Turk se rendent à une convention en Arizona. Là-bas J.D. rencontre son ex, Kim, qui a une surprise pour lui.

Elliott et J.D. se demandent s'ils ne font pas une erreur en ne vivant pas l'un avec l'autre.

Depuis qu'elle ne rêve plus en espagnol, Carla a peur de perdre toutes ses racines latines et de ne pas pouvoir les transmettre à sa fille. De son côté, le concierge, exaspéré par le fait que J.D donne des surnoms aux personnes qu'il ne connait pas, le défie de retenir le vrai nom de tout le personnel de l'hôpital. Le Dr Cox, lui, est persuadé que sa femme Jordan ne lui manquera pas pendant qu'elle partira en week-end.

Elliot tient à organiser une fête d'anniversaire pour le Dr Kelso, mais elle ne connait pas son âge. Le Dr Cox diagnostique une leucémie chez son jeune patient Josh, mais ses parents ne veulent pas le mettre au courant. J.D décide de ne plus se comporter comme un enfant, au grand dam de Turk...

Un journée au Sacré-Cœur racontée par le docteur Cox à son fils, sous forme d'un conte de fée : J.D est l'idiot du village, Elliot est une princesse, Turk et Carla sont une sorcière à deux têtes... Ensemble, ils tentent de guérir une servante souffrant d'un mal inconnu.

Le concierge tente de comprendre ce qui ne va pas dans son couple. Cox et Jordan sont eux en désaccord. Pendant ce temps, Turk tente une procédure expérimentale sur un patient.

C'est la dernière journée de J.D. au Sacré-Cœur. Le docteur Dorian fait ses adieux au personnel et rêve du futur qu'il voudrait avoir