Elliot realiseert zich dat ze helemaal niet samen met Keith wil zijn en J.D. vindt dat hij zichzelf niet meer moet saboteren. Dokter Cox en Turk vinden een patiënt die ze allebei mogen die eruit gezet dreigt te worden.

Kim gaat bevallen en J.D. twijfelt of hij haar moet vertellen wat hij echt over hun relatie denkt. Turk wil iets doen waar geen baby's bij betrokken zijn en wil een videogame spelen. Dokter Cox gaat op zoek naar iemand die hij vertrouwt om zijn dochter te helpen.

Dan, de broer van J.D., keert terug en vertelt J.D. de waarheid over een aantal zaken. Elliot en dokter Cox hebben een discussie over moraliteit en het personeel van Sacred Heart vindt het gedrag van de conciërge maar vreemd.

Turk probeert de bezorgde Carla gerust te stellen wanneer zij vreest dat hun dochtertje haar Latijns-Amerikaanse achtergrond niet zal erkennen. De conciërge daagt J.D. uit om iedereen in het ziekenhuis te benoemen bij naam.

J.D. en Turk herinneren zich hun eerste grapjes. Dokter Cox heeft een tienjarig patiëntje dat leukemie heeft en dokter Kelso viert zijn verjaardag.

Elliot schept op dat ze via haar werk in een privékliniek haar patiënten echt kan leren kennen maar het boeit niemand wat. Carla snapt niet dat de conciërge een erg knappe vriendin heeft. De dokteren worden ondertussen beoordeeld door hun patiënten op een website en doen nu extra hard hun best.

J.D. heeft een tiener patiënt die ernstig verbrand is maar hem vraagt of hij naar zijn schoolbal mag. Turk wil niet dat Carla weet dat hij in het geheim Spaans heeft geleerd. Dokter Cox heeft in de gaten dat dokter Kelso steeds meer aankomt in gewicht.

Dokter Kelso laat de conciërge weten dat het niemand wat kan interesseren wat hij denkt. De conciërge besluit daarop een tijdschrift uit te brengen om het tegendeel te bewijzen. J.D. en Turk krijgen ruzie over mannelijkheid.

Dokter Cox heeft al twee jaar een patiënt die hij maar niet krijgt gediagnosticeerd en deze patiënt keert weer terug. De ware leeftijd van dokter Kelso wordt bekend en hij moet voor een commissie verschijnen om zijn pensioen te bespreken.

Elliot en J.D. ontdekken een enorme verandering in hun relatie wanneer ze wat tijd samen doorbrengen. Carla en Turk bespreken een mogelijke tweede baby en de conciërge claimt het kantoor van dokter Kelso.

Dokter Cox heeft er weer een zware werkdag opzitten en wanneer hij thuiskomt wil Jack dat hij voorgelezen wordt. Dokter Cox besluit zijn dag om te vormen tot sprookje waarin hij zelf uiteraard als dappere ridder in fungeert.

Dokter Maddox, de aantrekkelijke maar onethische vervangster van dokter Kelso, zorgt voor veel ophef in Sacred Heart. J.D. heeft ondertussen moeite met de nieuwe stagiaires en Carla helpt Elliot met haar ego.

J.D. en Turk moeten hun traditionele steakavond die ze al jarenlang hebben opgeven voor een stervende patiënt. Dokter Maddox toont ondertussen haar ware aard.

Dokter Kelso en dokter Cox moeten samenwerken om zo snel mogelijk van dokter Maddox af te komen. Carla moet ondertussen zien om te gaan met een incompetente stagiaire.

De relatie tussen J.D. en Elliot lijkt er weer wat bovenop te krabbelen wanneer ze samenwerken om dokter Kelso te helpen. Hij moet namelijk op zoek naar zijn eigen geluk.

J.D. leert een belangrijke les omtrent compassie. Elliot wordt ondertussen opgelicht door Katie de stagiaire die op deze manier een plek in het chirurgen team van Turk weet te bemachtigen.

Dokter Cox is de belangrijkste kandidaat voor de functie van hoofdarts maar hij weet niet of hij dit wel wil. J.D. confronteert zijn stagiaire en Elliot vraagt Turk om hulp bij haar liefdesleven met J.D.

De taken als hoofdarts worden dokter Cox af en toe wat te veel en wanneer hij zijn breekpunt bereikt gebeurt het ondenkbare: dokter Cox zoekt hulp bij dokter Kelso.

Het is een goede dag voor Ted wanneer hij hopeloos verliefd wordt op een ukelele speler. Dokter Cox begint zich te realiseren dat hij niet overal controle over heeft en niet met alles om kan gaan dat hem gevraagd wordt.

J.D. krijgt het klaargespeeld om dokter Cox nog steeds lastig te vallen ook al is hij op vakantie en niet aanwezig in Sacred Heart. Turk en Carla hebben ondertussen belangrijk nieuws.

J.D. en Turk zijn van plan hun jaarlijkse, totaal niet grappige, sketch show te organiseren. Ze gaan op zoek naar een groep stagiaires om te helpen bij het opzetten van deze show.

Turk kijkt naar een inspirerend programma op SportsCenter en komt op deze manier tot een nieuwe handelswijze om een patiënt van hem te helpen. Dokter Cox en de conciërge kampen ondertussen allebei met problemen van romantische aard.

Het ego van J.D. blaast verder op wanneer hij eindelijk de erkenning van dokter Cox krijgt waar hij al zolang naar verlangt. Ondertussen krijgen de bazen informatie doorgespeeld van de stagiaires.

De combinatie van een volle maan en een boel pech zorgt ervoor dat de nieuwe stagiaires van Sacred Heart hun lastigste taak tot nu toe hebben. Elliot maakt een belangrijke beslissing omtrent haar toekomst als dokter.

De conciërge en Lady nodigen het personeel van Sacred Heart uit naar haar nep bruiloft op de Bahama's in de hoop er wat aan te kunnen verdienen. Hun plannetje pakt heel anders uit.

De bruiloft op de Bahama's gaat alsnog door zoals gepland en de conciërge en Lady trouwen in het bijzijn van hun collega's. De bruiloft bevestigt tevens de relatie van een ander koppel.

J.D. probeert dichter bij Sam te komen en komt hierdoor achter de identiteit van de nieuwe man van Kim en dit zorgt voor een gênante situatie. Turk begint ondertussen een campagne om zo promotie te kunnen maken.

J.D. denkt erover te verhuizen om zo dichter bij zijn zoon te kunnen zijn. De rest van het personeel en zijn vrienden vinden dit maar lastig. Ted en Gooch bereiken een nieuw punt in hun relatie.

J.D. rondt zijn laatste dag op het Sacred Heart ziekenhuis af en hoopt nog steeds stiekem op een knallend afscheid waarbij hij al zijn vrienden nog één laatste keer kan treffen.

J.D., Turk, dokter Cox, dokter Kelso en Denise de stagiaire keren terug naar Sacred Heart om lessen te geven. De nieuwe studenten Lucy, Drew, Cole en Maya moeten hun eerste dag zien te overleven.

Lucy leert een harde les over wat het betekent om dokter te zijn. J.D. en Turk zien een mogelijke relatie tussen Denise en Drew. Samen met dokter Kelso proberen ze de twee te koppelen.

J.D. en Drew leren een harde les over mentor zijn wanneer dokter Cox en Lucy bewijzen dat de student soms de docent blijkt te zijn. J.D. en Drew hebben duidelijk nog wat te leren.

J.D. en Turk gaan naar een feestje van een medicijnen student nu hun vrouwen niet in de buurt zijn. Kelso neemt ondertussen afscheid van Ted en Gooch.

J.D. bereikt zijn laatste dag als docent op Sacred Heart en hij zoekt nog steeds de bevestiging van Turk. Lucy zoekt naar kracht van binnenin om een basale medische procedure uit te voeren.

Turk heeft moeite met het vinden van een nieuwe beste vriend nu J.D. niet meer in de buurt is. Elliot biedt de overwerkte en uitgeputte Lucy goed advies.

Voordat de studenten van Winston University hun witte jas ontvangen moeten ze duidelijk zien te maken waarom ze dokter willen worden. Denise krijgt relatiehulp van Elliot.

Lucy wil niet toegeven dat ze Cole leuk vindt. De rivaliteit tussen dokter Cox en Turk wordt op pauze gezet ten faveure van een zeer zieke patiënt. Denise haalt een grap uit met de beveiliging van het ziekenhuis.

De realiteit van de naderende baby wordt steeds duidelijker voor J.D. en Elliot. Lucy moet ondertussen zien om te gaan dat ze daadwerkelijk echte mensen zal gaan opereren als dokter.

Een student pleegt fraude tijdens een examen en de rest van de klas weet niet goed wat ze ermee moeten want dokter Cox neemt het de hele klas schuldig. Denise doet een onverwachte ontdekking over zichzelf.

Lucy is aangesteld als teamleider tijdens de hel week, maar ze neemt haar taken veel te serieus. Turk voelt zich bedreigd wanneer er een wereldberoemde chirurg langskomt.

Cole is depressief wanneer alleen Lucy aanwezig is wanneer hij een ingreep moet uitvoeren. Drew ontdekt dat dokter Mahoney hetzelfde karakter als dokter Cox heeft. Dokter Kelso doet een vervelende ontdekking.

De studenten medicijnen van de Winston University hebben eindelijk iets om dankbaar voor te zijn wanneer Cole zijn ware roeping heeft gevonden in chirurgie. Drew vindt de liefde van zijn leven en Lucy vindt de inspiratie om dokter te worden.