天才と称される音大生・千秋真一（ちあきしんいち）は、世界的な指揮者を目指すも様々な壁にぶつかり将来を思い悩む日々が続く。すっかり自暴自棄になっていたある日、千秋は一風変わったピアノソナタを耳にしながら目を覚ます。そこで千秋が目にした光景は、ゴミだらけの部屋でピアノを弾く野田恵（のだめぐみ 通称：のだめ）だった。のだめとの出会いで、エリートコースを歩む千秋の未来が少しずつ不協和音を奏ではじめる。

正確性が問われるクラシック音楽に反発する峰龍太郎（みねりゅうたろう）は、独特の理念とバイオリン奏法のせいで千秋から試験のピアノ伴奏者役を断られてしまう。偶然にものだめと出会った峰は、彼女に伴奏を依頼することに…。キャラが合うせいか二人の演奏も息がピタッリと思いきや、デタラメな演奏に峰だけが自己満足しているだけだった。このままでは峰の留年も確定かと思われたその時、千秋がのだめにあることを告げるのだった。

近頃、のだめに次々と不幸が降りかかる。歩いているとバケツの水や黒板消しが落ちてきたり、不幸の手紙が舞い込んだり、と…。犯人を捕まえようと峰たちが罠を仕掛けると、アフロヘアー姿の犯人が捜査線上に上がる。正体を突き詰めると、いたずらの犯人はなんと千秋を想うが故に東京の大学に残っている自称・打楽器の女王、奥山真澄（おくやまますみ）だった…!?

のだめは街で道に迷った観光客、ミルヒ・ホルスタインさんの世話をする。しかし千秋は、いかにもスケベで怪しそうなミルヒからのだめを引き離してしまう。指揮者を目指す千秋は、ピアノ科から指揮科へと転科することを決意する。時を同じくして大学にビックニュースが舞い込む。新しい指揮科の先生としてドイツの巨匠、シュトレーゼマンが来日することに。意気揚々とする千秋の目の前に現れたその人物とは…?!

のだめは、千秋の転科願いを受け入れる代わりに、のだめにキッスを要求するミルヒーを勢いあまって気絶させてしまう。シュトレーゼマンを待つオケのメンバーたちは、なかなか現れないシュトレーゼマンに対して偽者疑惑までが浮上して、しびれを切らせて帰りそうになる。のだめの提案で急遽千秋が、シュトレーゼマンの代役として彼のスペシャル・オーケストラで指揮を振ることとなる。願ってもないチャンスと千秋は指揮に挑むが、オケの演奏の下手さに愕然として…。

シュトレーゼマンはS(スペシャル)オケのメンバーたちに来月の定期公演に出演することを発表する。また、千秋を副指揮に任命し、シュトレーゼマンはどこかにいなくなってしまう。公式にオケの指揮が振れることに意気込む千秋は、デタラメなメンバーたちとも次第に打ち解けていくのだが、公演一週間前にしてシュトレーゼマンはささいなことで千秋に腹を立ててSオケを脱退してしまう…。相変わらずハチャメチャな演奏をするメンバーたちを押し付けられた千秋に、残こされた時間はあまりにも少ない！

Sオケを脱退したシュトレーゼマンは、Aオケの専任指揮者となり、公演での打倒Sオケを宣言する。一方、Sオケを任された千秋は、まとまらないオケの演奏に徹底的なダメ出しを行いメンバーたちとの間に確執が生じてしまう。苛立つ千秋に、のだめは「プリごろ太」のアニメ映画を見せ、千秋はアニメキャラの「カズオ」に似ていると告げる。さらに混乱してしまう千秋だったが、そんなのだめを見ているうちにメンバーたちの個性を生かした演奏を心がけようと思えるようになる。

シュトレーゼマンは、いつものように陽気に合コンを開催している。すっかり日本の大学に溶け込んだ彼の元に突然ヘリコプターが降下し、彼の秘書エリーゼが現れる。今まで失踪していた世界的巨匠を秘書たちは必死に捜索していたらしい。強制的にドイツへ送還されるシュトレーゼマンを見送るのだめと千秋は、彼が何故日本にやって来たのかを今更ながら不思議に思う。どうやら大学の理事長であるミーナと再会することが目的だったとか…。そして、二日後ミルヒーはのだめたちの前にふたたび姿を現す…？！

夏休み、千秋たちはシュトレーゼマンの命令で長野のニナ・ルッツ音楽祭のセミナーに参加することになった。音楽祭は若手音楽家の育成が目的で、全国から応募してきた優秀な学生たちが参加するのだが、二日酔いの師匠の代わりに弟子の千秋がオケの指揮を任されることに…。学生たちのレベルの高い演奏に感銘する千秋。取材に来ていた音楽ジャーナリストはそんな千秋の可能性を秘めた指揮に注目する。一方、峰とのだめは千秋の凄さを再認識するも自分たちの練習不足に不甲斐なさを感じてしまう…。

秋、学園祭の季節の到来。龍太郎たちSオケは、有志を集い学園祭前夜祭で仮装オーケストラを披露することに。のだめも仮装用にと自分の衣装の制作に勤しむ。一方、千秋は、シュトレーゼマンが指揮するＡオケとのピアノ共演に向け、ピアノ協奏曲の練習に没頭する。しかし、千秋の演奏は色気のない演奏だとシュトレーゼマンに切り捨てられる。ひとり納得のいかない千秋…。前夜祭の当日、のだめたちの仮装オケは意外な演出でステージに登場する。それを見ていた千秋は、あることに気が付くのだが…。

学園祭最終日。満席のホールで、観客たちはシュトレーゼマン率いるAオケの登場を待ちわびている。真一は、数日後に日本を去るシュトレーゼマンに対して、もっと教わりたいと思いつつも最高の演奏を披露する。シュトレーゼマンもまた本物の巨匠の指揮でオーケストラを奏でる。そんなＡオケと千秋の美しい演奏を目の当たりにしたのだめは、強い衝撃を受けてしまう。寝食を忘れ、取りつかれたようにピアノを弾くのだめだが、今のままではオーケストラと合わせられないとシュトレーゼマンに宣告される！？

真一みたいにピアノを弾きたい！ のだめの熱意にほだされ、ピアノの練習に付き合おうと決意する真一。ものすごい速さで鍵盤を叩き奏でる二人の演奏は、練習室の周囲の人々の足を止め、いつの間にか人垣を作るほどに。その凄まじいまでのピアノとのだめの存在にショックを受ける彩子だが、自分に残されたものは何かをふたたび考えはじめる。年が明けて、音楽雑誌の編集者と評論家が真一の取材にやってくる。真一は将来の展望を問われ、自分の目標をあらためて考えさせられることに…。

真一たち４年生が卒業を迎える春。龍太郎は、真一に学外のメンバーを集めた新しいアマチュア・オーケストラを作ろうと進言するも、非現実的でないと一蹴されてしまう。しかし、日本で自分に出来ることは何か？と未だに思い迷う真一。そんな時、真一の前に長野の音楽祭で知り合った三木清良（みききよら）が現れる。今年から桃ヶ岡音楽大学の大学院に通うことになった彼女は、真一にオーケストラを作って一緒にやらない？と話を持ちかける…。Ｓオケのメンバーたちにそれぞれの卒業シーズンが到来する。

真一の携帯に母方の叔父からすぐに家に来いと連絡があった。そこは、真一が小さい頃からお世話になっている三善家。なぜかのだめも一緒について行くことに…。真一の母親が海外に行っている間に、叔父の三善竹彦が、世界的有名な催眠療法のカウンセラーに看てもらうために真一を呼びつけたのだ。しかし、真一は三善家が、祖父が生きていた頃のような仲良しの家庭ではなくなっていることに違和感を覚える。そして、のだめはそこで真一が海外に行けない本当の理由を知ることに…。

ついに真一は新しいオケの練習を始めることに。選抜したメンバーだけあってみんな上手い。指揮棒を振る真一は、確かな手ごたえを感じていた。そんな時、オーボエ奏者の黒木泰則（くろきやすのり）は、差し入れを持って来たのだめを一目見て、恋に落ちてしまう？！ ずっと江藤のレッスンを受けていないのだめ。のだめの夢は幼稚園の先生になることなのに、江藤はもっと上を目指せと言う。しかし、黒木と話しているうちに、ピアノの楽しさを思い出したのだめは、レッスンを再開する代わりに江藤にある交換条件を突きつけるのだった！

プロにも負けないオケを目指して真一が結成した新オーケストラは、近く開催される初公演のための練習に追われていた。しかし、メンバーのほとんどが大手新聞社主催の音楽コンクールの本選に残っているためか、なかなか練習に集中できない。海外に行かれない真一は、今後も日本でこのオケを続けたいと思っているが、そうではない周囲のメンバーとの温度差を感じ落ち込んでしまう…。そんな真一を励まそうと、のだめは真一の世話を焼くべく奮闘するのだが…？！　一方、菊地、黒木、清良たちはついにコンクールの本選のステージに立つことになる。

音楽コンクールが終わり、うまく結果が残せなかった黒木や清良たちも、もう一度音楽に向き合いたいと決意する。再び集まって練習を始める真一のオーケストラ。真一は、まだ目指している音のレベルに達していないと厳しい要求をオケに突き付ける。そんな真一の熱意に触発され、いつしかメンバーたちも真剣に練習に励むことに…。いつの間にか「Ｒ☆Ｓ（ライジングスター）オーケストラ」に名前が決まっていた真一のオケだが、前評判も高くチケットの売れ行きもまずまずの様子。そんな折、のだめは真一から初公演のチケットを直接手渡される。ついにＲ☆Ｓオケの初公演が幕を開ける！！

全霊をこめて指揮をする真一と、それに応えるＲ☆Ｓオケのメンバーたち。圧倒されるのだめの頬をひとすじの涙が伝う。かくして、Ｒ☆Ｓオケの初公演は大成功のうちに幕を閉じた。数日後、のだめは一大決心をして、真一の部屋を訪れる。のだめは真一にプレゼントを渡し一人マンションから去っていく。そして、今度のピアノコンクールに出場するために、のだめは江藤の家に泊り込みでピアノの特訓合宿に挑むことになる。その頃、真一はなぜか北海道に行きたくなり、札幌行きの飛行機の機上にいた…！？

コンクールの予選に向けて江藤の家で必死にピアノの練習に打ち込むのだめ。自信だけは一人前だが、のだめは苦手なシューベルトに苦戦している。一方、真一はＲ☆Ｓオケの再公演に向けてリハーサルに励んでいる。そこで世界的なコンマスのカイ・ドゥーンと出会い、あらためて世界の広さを体感することに…。いよいよマラドーナ・ピアノ・コンクールが始まり、観客たちはのだめの不思議な演奏に魅せられる。一方、真一のＲ☆Ｓオケも素晴らしい公演を終え、楽屋には次々をオケ参加希望者が現れる？！

Ｒ☆Ｓオケに感銘を受け、国際コンクール入賞経歴のある高橋紀之が入団オーディションに現れる。彼の演奏技術の高さに聴き惚れるメンバーたち。しかし、高橋は清良のコンマスの代わりでないと入団しないという条件を提示してくる…？！　一方コンクール本選に残ったのだめは、無理なレッスンを続けたためか、突然の発熱で寝込んでしまう。本選の課題曲の練習が満足にできないまま、のだめは本選のステージに上がることに。そして、真一も見ているコンクール中に、のだめの演奏にある異変が起こる…。

途中で止まったピアノを即興で弾き続けたのだめだったが、当然コンクールは失格。「一緒にヨーロッパに留学しよう」と言ってくれた真一に対して、のだめは思わずきつい言葉をぶつけ、くやしさを紛らわす。そして、のだめは逃げるように郷里へ帰省してしまう。お正月、家で一度もピアノを弾かないのだめを家族が心配する。一方、Ｒ☆Ｓオケは、主要メンバーを入れ換えてニューイヤーズコンサートを行う。すでに海外への留学を決めている真一は日本での学生生活最後のステージに挑む。

真一は、ステージでベートーヴェンの「交響曲第７番」を指揮し始める。それは、かつてシュトレーゼマンの代わりに初めて指揮棒を振った曲でもあり、挫折を味わった曲でもある。真一の脳裏に様々な思い出が甦ってくる。公演後、Ｒ☆Ｓオケの打ち上げの場で、日本でやるべきことを終えた気がした真一はみんなにあることを告げる。そして、真一は忽然と姿を消し音信不通となったのだめを探しに、数少ない手がかりからのだめの実家のある福岡県の大川に向かうことに——。