太古の昔に絶滅したとされる恐竜が生き延びて、地底に巨大帝国を築いていた。恐竜帝国は、長年の念願だった地上世界の征服に乗り出す。人類最後の砦となったのは、恐竜を地下に追いやったゲッター線を研究する早乙女博士の研究所だった。博士の息子の達人が、プロトタイプのゲッターロボに乗り込んで迎撃するが…。

高校生のリョウは達人の仇を討つため、ハヤトやムサシと共にゲッターロボに乗り込んで恐竜帝国と戦うことを決意した。恐竜帝国の刺客である、新たなメカザウルスが出現。三人は出動するが、ムサシのハ虫類恐怖症のせいで敵前逃亡という失態を招いてしまう。ムサシは名誉挽回のため、恐怖症を克服する特訓に挑む。

メカザウルス・バジが都市部に出現。バジはばらまかれた七色の気球に誘導され、建造物を見る間に食い尽くしてゆく。このままでは大都市が丸ごと砂漠化してしまう。ゲッターチームが出動するが、バジは攻撃するたびに分裂を繰り返して手に負えない。しかもリョウの致命的な弱点が判明する。彼は高所恐怖症だったのだ。

ウーロン島の島民が、一晩で忽然と姿を消す事件が発生。調査に赴いたミチルが、突然現れたメカザウルス・ゴルに連れ去られてしまった。ゲッターチームに出動命令が下るものの、なぜかハヤトが姿を現さない。リョウとムサシは彼を欠いたままやむなく出撃、敗北したうえに、ゲッターロボに損傷を与えられてしまう。

ゲットマシンの操縦シミュレーションで赤点を取ってしまったムサシは、パイロットとしての自信を喪失してしまった。焦れば焦るほどマシンの操縦は荒くなり、ムサシはスランプの悪循環に。ハヤトまで早乙女博士の指示を無視するなど、三人のチームワークは崩壊寸前だ。最悪の状況の中、メカザウルス・ギガが出現する。

メカザウルス・リボが断続的に大地震を起こし、日本各地に大きな被害が出た。調査に出ていたミチルも負傷して帰還。断線によって電話が通じなくなると、リョウとハヤトはどちらが先に医者を呼んでくるかで意地の張り合いを始めてしまう。リボが姿を現すと、二人はいったん研究所に戻ってゲッターロボで出撃する。

ムサシがバイクの練習をしているうちに緊急招集がかかり、彼だけが出遅れてしまった。メカザウルス・ベラに立ち向かったリョウとハヤトは、そのせいで撤退を余儀なくされてしまう。ムサシは性懲りもなく、今度はラッパの練習に夢中。再びかかった緊急招集に今度は間に合うが、ベラの巧みな作戦の前に苦戦を強いられる。

リョウの所属する浅間学園サッカー部が、ライバルの白樺高校に逆転勝利をおさめた。白樺高校のエース・滝はこの結果に納得がいかず、リョウに一対一の勝負を申し込む。断られると彼は逆上し、ミチルを人質に取って対決の場に呼び出そうとする。事態を知ったハヤトは、リョウの代わりにミチルを取り戻そうと試みる。

恐竜帝国随一の勇士・キャプテンラドラに、帝王ゴールから直々に出撃命令が下った。メカザウルス・ジグに搭乗し、正々堂々とゲッターロボに立ち向かうラドラ。彼は恐竜帝国には珍しい、廉直な義侠心の持ち主だった。敗北して崖から転落しそうになったキャプテンラドラを、リョウが思わず手を差し伸べて助けてしまう。

何者かに航空機が撃墜される事件が続発していた。制空権を確保しようと企む恐竜帝国が、メカザウルス・バズに空中戦の模擬訓練を繰り返させていたのだ。その頃、ゲッター１にばかりに活躍されるのが悔しくてならないムサシは、ゲッター３が主役になるために飛行能力を身につけさせようと、延々と実験を繰り返していた。

恐竜帝国のキャプテンバルキは、頑固なうえにせっかちな男。自分がゲッターロボを倒してみせると帝王ゴールに言い放ち、勝手に出撃してしまう。彼はメカザウルス・ギリを使って陽動作戦を行ったりと、なかなかの策士でもあった。スパイに仕立てられたバルキの部下が、ゲットマシン破壊を狙って研究所に潜入してくる。

深夜の都心上空に飛行船の大編隊が現れ、メカザウルスのパーツが格納されたコンテナを次々と降下させた。パーツが合体し、不死身のメカザウルス・ウルが出現。攻撃目標の発電所に向かって進撃を開始する。ゲッターチームは果敢に立ち向かうものの、ウルはトマホークを容易にキャッチ。ゲッターロボを全く寄せつけない。

浅間学園柔道部に、他校の主将・岩倉が道場破りにやって来た。ムサシが相手になろうと名乗り出るが、勝負の始まる寸前にゲッターチームの緊急招集がかかる。卑怯者呼ばわりされながらその場を離れ、ゲットマシンに乗り込んだ彼は、柔道のことが気にかかって仕方がない。しかも度重なる招集に、彼はうんざりしてしまう。

恐竜帝国の誇る武人・バット将軍と、驚異の頭脳を誇る科学者・ガレリィ長官が戦列に加わることになった。バット将軍はキャプテンガルマに出撃命令を下し、ガレリィ長官はガルマに搭乗させるため、自信作のメカザウルス・ギイを提供する。トレーニングの最中にムサシが負傷してしまった折も折、ギイが現れて暴れ始める。

ミチルの弟・元気が、恐竜帝国に誘拐されてしまった。しかも心臓に重大な病気を持つ少女・悠子が一緒だ。悠子の命を支える薬は、あと一回の服用分を残すのみ。ゲッターチームは決死の覚悟で奪還作戦に乗り出すが、強力なメカザウルス・シバに阻まれてしまう。少しずつ絶望に沈んでゆく一同。刻一刻と少女の死が迫る。

“ゲッター計画”を、ついに実行に移す時がやって来た。早乙女博士が長年暖めてきた、一大宇宙開発プロジェクトだ。博士は恐竜帝国撃退に使おうと、ゲッター線を収集しようとしているに違いない…邪推した帝王ゴールは、計画を阻止するために、労働施設に閉じ込めていた地竜族の一人・シックを解き放つ。

メカザウルス・ジカの襲撃現場で、ミチルが逃げ遅れていた美少女を助けた。彼女の名前はルミ子。怪我が治るまで研究所で世話になることになった。ミチルと違って大人しく、どこかミステリアスな雰囲気をまとった彼女には、実は重大な秘密があった。ゲッターロボの設計図を狙って潜入した、恐竜帝国のスパイだったのだ。

ガレリィ長官が、ネジそっくりの超小型時限爆弾を開発した。ゲットマシンにネジ爆弾を取り付ける困難な任務には、バット将軍の甥・ザンキが当たることになった。メカザウルス・ゼンを与えられたザンキは、亡き達人の親友だった右京哲に変装して研究所に潜入。任務を成功させる。ところが彼は、それだけで満足出来ず…。

ゲッター線を効果的に採取するため、ゲッター線キャッチャーという人工衛星が打ち上げられることになった。打ち上げを間近に控えたある日、リョウの父が研究所に訪ねてくる。母親が倒れたので、故郷の九州に帰ってこいというのだ。早乙女博士の説得にも耳を貸さず、リョウは言いつけ通り実家に帰ることを決心する。

ミチルと元気の母・和子が、墓参りのため故郷に帰ることになった。夏が来る度に和子の脳裏には、大空襲に怯えた戦時中の記憶が甦る。空一面を埋め尽くした戦闘機の大群。劫火に包まれた生家。そして目の前で死んでいった父の姿。現れたメカザウルス・ヨグと戦闘機軍団の姿は、あの夏に見た光景とあまりにも似ていた…。

アメリカのスーパーロボット・テキサスマックが、早乙女研究所を訪れた。テキサスマックの優れた性能に、パイロットであるジャックとメリー鼻高々。二人の態度にリョウたちは反感を強める。メカザウルス・ゴルが出現すると、研究所は戦闘態勢に。実力を見せつけようと出撃したゲッターロボは、敗北を喫してしまう。

行方不明になっていたミチルの姉・ミユキが、突然早乙女家に帰ってきた。元々彼女は早乙女家に保護された孤児で、ミチルと直接の血のつながりはない。実は彼女の正体は、帝王ゴールの娘・ゴーラだった。もう一体のゲッターロボであるゲッタークイーンの設計図を盗み出すため、長きに渡って早乙女家に潜伏していたのだ。

素人発明家の大枯文次が、お手伝いロボットの浅太郎を連れて早乙女研究所に怒鳴り込んできた。ゲットマシンの引き起こす騒音や振動を何とかしろというのだ。文次が怒りに任せて暴れまわったせいで、研究所内は一触即発の険悪な雰囲気に。ところがゲットチームの絶体絶命の危機を救ったのも、その文次だった。

メカザウルス・ギギが出現。ムサシの出動が遅れたために研究所が総攻撃を受け、ミチルが恐竜帝国の捕虜になってしまった。罪の意識にかられたムサシは、後輩のジョーホーに頭を下げて協力を頼む。ジョーホーは完成させた鳥形ロボットをムサシに託す。修理中のゲッターロボの代わりに、ギギに反撃する手段を得たのだ。

メカザウルス・バムが早乙女研究所を襲った。文次は攻撃の余波の振動をゲッターロボのせいだと勘違いし、またもや研究所に怒鳴り込んでくる。ところがミチルの姿を目にした途端に態度は軟化。どうやら一目で心を奪われてしまったらしい。文次は彼女のために恐竜帝国と戦うのだと息巻いて、勝手にメカの開発に着手する。

恐竜帝国の建国記念日が間近に迫っていた。その日までに早乙女研究所を攻略しようと、バット将軍やガレリィ長官自らがパイロットとしてメカザウルスに搭乗し、火山噴火を起こして研究所を巻き込むという大作戦に乗り出す。一方の研究所では、ムサシと文次がミチルを巡って恋のさや当てを繰り広げていて…。

地底深くに君臨する、大魔人ユラー。マグマの神と呼ばれる彼こそ、恐竜帝国真の支配者だった。ユラーは地上世界の征服が完了しないことに苛立ち、帝王ゴールを叱責。焦ったゴールはメカザウルス・バボを放ち、ゲッターチームのベアー号に手痛いダメージを負わせる。ゲッターロボは猛攻の前に、出撃不能に陥ってしまった！

ゲッター線を利用した発電所建設に協力してもらうため、電子工学の権威である勝田博士が招かれた。ゲッター線は、人類に多大な恩恵を与える理想的なエネルギーになるのだ。恐竜帝国は発電所建設を阻もうと、地竜族三人衆を送り込んでゲッター線収集装置の設計図を奪う。設計図を取り戻すため、ゲッターチームが出動する。

早乙女博士は極秘で第二のゲッター線発電所を建設し、完成寸前にまでこぎつけていた。後はゲッター線収集装置を組み込むだけ。だが、建設計画を察知した恐竜帝国の攻撃が始まってしまう。博士はリョウたちにゲッター線収集装置の運搬を任せ、ゲッターロボを自動操縦で動かしてメカザウルスの注意をそらそうとするが…。

ゲッターロボには意外な弱点があった。合体した後は視界の確保をモニターに頼り切ってしまうため、肉眼での目視が不可能になるのだ。それはつまり、モニターが壊れたら盲目同然になってしまうことに他ならない。それに気付いたガレリィ長官は、妨害電波を放つメカザウルス・ダグを差し向け、ゲッタロボを追いつめる。

ゲッター線の貯蔵施設が、原因不明の爆発事故を起こした。負傷した研究員を助けたハヤトが、変異したゲッター線を浴びて被爆してしまう。爆発を起こしたのは、メカザウルス・ヤバが放つものと同じウラン系の放射線だった。ヤバに立ち向かうゲッターロボ。だが、被爆したハヤトは弱り切り、生命の危機に陥っていた…。

メカザウルス・ブルが、放射性のウラン液を霧状にしてまき散らし始めた。恐竜帝国によるレッドシャドウ作戦だ。人々は死の霧にまかれ、リョウやムサシまで被爆。抗放射線治療を受けていたリョウだけは影響を受けず、中和液を散布するために出撃する。幸い戦闘になることもなく、無事に任務を済ませて帰還するが…。

恐竜帝国が早乙女研究所を叩き潰すため、片道切符を携えた特攻隊の大軍を送り込んできた。立ち向かうリョウは、ハヤトのスタンドプレーにチームワークの危機を感じる。バリア発生装置が破壊され、次の襲撃に備えて修理が急がれる中、二人の対立は決定的に。とうとう拳を交えて決着をつけることになってしまう。

リョウは非常招集に応じて研究所へ向かう途中、がれきの下敷きになった少女を助けた。彼女は事故で亡くなったリョウの妹と瓜二つで、片桐ジュンという名前まで同じだった。その正体は、女竜戦士ユンケ。研究所が建設中の巨大砲・ゲッターナバロンを破壊するため、恐竜帝国が送り込んできたスパイだったのだ。

ゲッターナバロンがついに完成し、早乙女博士は文次に専任の砲手になってくれるよう要請する。だが、強情な文次は協力に消極的。説得が難航しているうちに、恐竜帝国がメカザウルス・ザリを送り込んでくる。ザリは次々と海底火山を噴火させ、関東地方に大震災を起こそうとしているらしい。首都圏の危機に、文次は…。

ゲッターナバロンの威力を目の当たりにした帝王ゴールは、バット将軍に砲を破壊するよう命じた。将軍は破壊されたメカザウルスのパーツ内に身を隠し、別働隊が気を引いているうちに研究所に潜入。まんまとナバロン砲の乗っ取りに成功する。その結果、出撃したゲッターロボは背後から砲撃を受けることになってしまった！

早乙女博士が世界エネルギー会議に出席することになった。ゲッターチームは博士の留守中に研究所が狙われることを予測して守りを固めるが、大魔人ユラーと帝王ゴールはその裏をかく作戦に出た。直接博士を狙って誘拐し、恐竜帝国に連れ去ってしまったのだ。文次とミチルが、急遽ドリルタンクで救出に向かうが…。

魔の海と呼ばれるサルガッソー海域に、突如として火山島が出現した。その島に生息するシャコ貝の殻は、ゲッタートマホークですら叩き割ることが出来ない。ゲッターロボが両手足を貝に食いつかれて身動き出来ない隙に、メカザウルスが研究所に襲いかかる。ゲッターナバロンで撃退しようと、文次が急ぎ駆けつけるが…。

大星山の地震観測装置がデータを送ってこなくなったため、ハヤトが現地へ調査に向かった。登山にとりかかった彼は、さおりという少女と彼女の祖父に出会う。脳腫瘍に冒されたさおりは余命わずか。この世で最後の願いは、大星山の頂上にある亡き父の墓に手を合わせることだった。そんな彼女に、恐竜帝国が目をつける。

日本全国が猛烈な寒波に見舞われた。暖房器具でも寒さを和らげることは出来ず、人々はただ凍えるばかり。恐竜帝国のキャプテン・ギルバが、シベリア寒気流を利用して人類を絶滅させようと企んでいたのだ。出撃したゲッターロボも、予想を遥かに超える低温に機体が凍りつき、身動きが取れなくなってしまう。

季節はずれの積乱雲が発生し、大量の爆弾をばらまき始めた。驚いたゲッターチームは、早乙女博士の指示で出撃。雲の中から現れた戦闘機に襲われ、ミチルがコマンドマシンごと連れ去られてしまう。積乱雲の中には恐ろしく巨大なメカザウルスが潜んでいるらしい。早乙女博士は娘の安否を気遣いつつ、反撃の機会を窺う。

人体に有害なガスを放つ隕石が落下。放置すれば、周辺地域はもちろん世界中の人間が危機に見舞われる。ゲッターチームが防護ケースに隕石を収めて北極に運び、ゲッター線を照射してガスを中和することになった。タイムリミットは、ケースの防護作用が続く２時間。ところが、恐竜帝国が作業を妨害しようと企てる。

恐竜帝国のエリートであるイザナ、ロナン、ハガチの三人が、ゲッターロボを奪って研究所を破壊するための作戦を開始した。彼らはまずミチルを捕虜にすると、心配してゲットマシンから降りてきたリョウたちを襲い、まんまと機体を乗っ取ってしまう。しかもミチルに催眠術をかけ、合体方法まで聞き出してしまった！

ある日、元気と遊園地に出かけたムサシは、弘という少年と知り合った。弘は建設中の絶叫マシン・スーパージェットコースターに乗るために、必死にお金を稼ごうとしていた。ところがそのスーパージェットコースターには、恐ろしい罠が仕掛けられていた。マシンそのものが、偽装したメカザウルスだったのだ。

When a UFO appears over Japan, both the heroes of Great Mazinger and Getter Robo want to investigate it first, out of a sense of rivalry. Getter finds it first since the Mazinger robot is being repaired. However they are unable to defeat the apparently living vehicle. It had already dropped a metal-eating monster on Japan named Gilgilgan and Great Mazinger confronts it only to be badly beaten. Later, despite the robot pilots' protests, their two bases decide to join forces to stop Gilgilgan as he starts becoming more powerful and begins to change. They make a plan to lure it to an empty island where they can battle it without causing collateral damage. They get Boss to lure the monster there where it eats Boss Borot in the process. The combined heroes almost defeat Gilgilgan until the UFO returns and allows itself to be eaten to cause its own creation to grow to its final form. During the intense battle the heroes manage to find its weak points and destroy Gilgilgan. Afterward they promise to be friends from then on.

帝王ゴールのミサイルが、宇宙から早乙女研究所に降り注いだ。早乙女博士は、民間の通信衛星からミサイルが発射されていることを突き止める。その衛星の所有者こそ、ハヤトが憎み続ける父・大造の経営する会社だった。ハヤトは大造のために働くわけにはいかないと、出撃を拒否。世界の平和に危機が訪れる。

市街地に姿を現した宇宙人は、人類への報復攻撃を予告して息絶えた。氷竜族のサウスとスノウが、人々に恐怖心を植え付けるために芝居を打ったのだ。彼らの目論見は成功。宇宙人の復讐を恐れる人々は研究所に圧力をかけ、ゲッター線収集装置を没収してしまう。ゲッターロボはエネルギー確保の術を失ってしまった。

帝王ゴールが自ら地上に乗り出してきた。彼は東京にマグマを流し込んで壊滅させる作戦を立てる。不穏な動きを察知していた研究所は、雪山で遭難していたところを助けた早田青年の証言を頼りに、ゲッターチームを偵察に向かわせる。しかし敵の姿は発見できず、彼らはマグマ流に飲まれて窮地に陥ってしまう。

早乙女博士がゲッター線レントゲン装置を完成させた。地中深くに潜む恐竜帝国の位置をつかむための機能を備え、攻撃をしかけるための足がかりとなりうるマシンだ。ゲッターチームは帝国内部への突入を図り、ゴールらの本拠地である移動基地・マシンランドに脚を踏み入れる。しかしそこにハ虫人類の姿はなく…。

リョウたちゲッターチームは、文次の言葉をヒントに大胆な作戦を思いついた。土の下に隠れているマシンランドを、ゲッター線の降り注ぐ地上に引っ張り出そうというのだ。ミチルからマシンランド発見の報告を受け、一同はさっそく出撃。だが、妨害に出てきたメカザウルスに捕らわれて、絶体絶命の危機に陥ってしまう。

もはや後のなくなった帝王ゴールは、ガレリィやバット将軍と共に総力戦に乗り出してきた。ミチルの誕生パーティーを開いていた研究所は、かつてない爆撃にさらされて大混乱に陥る。ミチルはコマンドマシンを撃墜されて重傷を負い、研究所も崩壊。ゲッターチームはバット将軍自ら搭乗するメカザウルスとの直接対決に挑む。

恐竜帝国と決着をつける日が来た。しかし敵の戦力は圧倒的で、国防軍の抵抗空しく都市部は火の海と化してしまう。勝利のため、ゲッターチームに残された最後のチャンスは一度きり。一瞬の隙をつき、無敵戦艦ダイを内部から破壊するしかない。だが、作戦はあえなく失敗。ゲットマシンが３機とも破壊されてしまう…。

恐竜帝国が壊滅して一ヶ月、新ゲッターロボが完成した。ドラゴン号に搭乗するリョウとライガー号のハヤトは、シミュレーター訓練を開始。旧ゲッターの十倍のパワーに音を上げる。早乙女博士はポセイドン号のパイロットを、元気が知り合ったタフで豪胆な男ベンケイに依頼するが、争いを好まぬベンケイはそれを断る。

ブライ大帝率いる百鬼帝国は、メカ角を移植して人間を奴隷化し、兵士としていた。奴隷兵士には月に一度のエネルギーの補充が不可欠。その問題を解決するとともに、より強力なロボットを建造するため、百鬼帝国は早乙女研究所のゲッター線増幅装置を狙っているのだ。ブライ大帝の命を受け、メカ独眼鬼が姿を現す！

百鬼帝国の牛面鬼はタンカー四隻を奪取、飛行可能に改造し、グラー博士立案のスカイタンカー作戦を決行する。早乙女研究所の周囲は、特殊添加物を加えたオイルを散布されて火の海と化し、その煙でゲッター線が遮断されてしまう。リョウとハヤトは残り少ないエネルギーで出撃するが、ベンケイは動物たちの救助を優先する。

ベンケイはボールを探しに入った花畑で、花の精のような少女と出会う。彼女から、リョウとハヤトの二人が「ベンケイは生意気だ。痛い目に合わせてやる」と話していたと聞かされて間もなく、身の回りで不可解な嫌がらせが起こり始める。ベンケイはリョウとハヤトを疑うが、実は少女の正体は百鬼一族の白髪鬼だった。

百鬼帝国のヒドラー元帥指揮のもと、暗黒鬼が濃縮ウランを強奪した。彼らは水爆地雷を製造して早乙女研究所近くに埋め、ゲッター線増幅装置を渡さなければ爆発させると脅迫してくる。早乙女博士は脅迫に屈すると見せかけ、リョウとハヤトをメカ暗黒鬼に潜入させ、操縦席の起爆スイッチを破壊する作戦に打って出る。

ハヤトの姉アスカと婚約者の坂崎が、早乙女研究所を訪れた。ハヤトは二人を祝福するが、幸せも束の間、山岳写真家である坂崎は崖から落ちて重傷を負ってしまう。その深夜、坂崎は密かにゲッター線増幅装置に近付く。百鬼帝国の小竜鬼が彼を奴隷に変え、増幅装置強奪のためのポイントゲージを仕掛けさせたのだ。

東京国際空港に着陸態勢に入った旅客機と、謎の黒いジェット機がニアミスを起こした。操縦ミスを疑われた旅客機の機長は、ベンケイの父・車大介だった。大介は一人でセスナを飛ばして調査に向かい、それを知ったベンケイもポセイドン号で後を追う。二人は秘密基地を発見するが、百鬼一族兵士に捕まってしまう。

メカ白骨鬼が出現し、ゲッターポセイドンを圧倒して去ってゆく。その様子は、百鬼一族の訓練生の講習のためにモニターされていた。訓練生の一人・リサは白骨鬼の娘。彼女は優しさのゆえに教師の怒りを買い、裏切り者として追われることになる。逃亡の末に崖から落ち、ミチルに救われた時には記憶を失っていた…。

嵐の夜、石油コンビナートが百鬼帝国戦闘機部隊の空襲を受けた。出動したゲッターロボは戦闘機部隊との交戦後、妨害電波によってレーダーや通信装置を使用不能にされてしまう。何とか研究所に帰還するが、その研究所自体が飛竜鬼の用意した偽物だった。ゲッターチームを閉じこめ、本物の研究所を襲う作戦だったのだ！

嵐に遭遇した貨物船が、必ず船が遭難するという魔の海域で謎の要塞島を発見した。貨物船は攻撃を受けて沈没。最後の通信を受け取ったゲッターチームは、その島こそ百鬼帝国の基地であると確信して出動。問題の海域で漂流していた遭難者を救助する。だが、遭難者は百鬼一族で、リョウが右腕を傷付けられてしまう。

自雷鬼の父である自雷将軍は、かつてヒドラーの奸計にかかって裏切り者として処刑されていた。汚名のもとに生きてきた自雷鬼は、一族の再興を期してゲッターロボ打倒に名乗りを上げる。彼は要塞島で東京を攻撃、ゲッターロボをおびきよせる。だが、自分の地位をおびやかされることを危惧したヒドラー元帥が…。

アメリカ西部でダイヤモンドだけを狙う宝石店強盗が多発、百鬼帝国が関係しているとみた連邦捜査局から、ゲッターチームに出動要請が届いた。調査におもむいた一同が荒野で野宿をしていると、ギャング団が襲いかかってきて、ゲットマシンの燃料タンクが破壊されてしまう。ギャング団は予想通り、百鬼一族だった。

紫電鬼の部隊が林を伐採したため、すみかをなくしたこうもりの大群が早乙女研究所に押し寄せた。追い払っても舞い戻り、ゲットマシン発射場に巣を作る。しかもこうもりの一匹ずつに、小型爆弾が仕掛けられていた。これでは発進した途端、ゲットマシンは爆発によって破壊されてしまう。出撃不能に陥ってしまったのだ。

元気は見知らぬ少年と友達になる。スイカや風鈴さえ見たことがないという、不思議な子供だった。その頃、早乙女研究所の地下では異常震動が感知され、出動したゲッターロボが地下に大空洞を掘りつつあるメカ地虫鬼を発見していた。元気と友達になった地虫鬼が、“つるべ落とし作戦”を進行させていたのだ。

女子水泳大会に飛び入り参加し、ミチルに勝利した美少女・胡蝶。彼女に一目惚れしたゲッターチームの三人は、誘われるままホタル狩りに出かけた。彼らが不在になった隙をつき、ヒドラー元帥率いる戦闘機部隊が早乙女研究所を急襲する。ところが、現れたメカ胡蝶鬼が行く手をはばみ、ゲッターロボは一人で倒すと宣言する。

サッカーの試合相手の応援団に逆恨みされ、腕を折られそうになったリョウを助けてくれた男は、いずれ正々堂々と戦おうと言って去る。その男こそ、百鬼一族の科学者・鉄甲鬼だった。彼は自ら開発したメカ鉄甲鬼でリョウに挑戦してくる。メカ鉄甲鬼は、ゲッターロボのあらゆる武器に対抗できるよう設計されていた。

元気はケガをした小犬を見つけて連れ帰り、コロと名づけて可愛がる。翌日、ゲッター線増幅炉分解点検のため、早乙女研究所は厳戒体制に入っていた。ところが、コロの開けた隙間から六匹の犬が研究所に入り込んでしまう。犬たちは百鬼一族の闇竜鬼に操られていたのだ。動物を手先に使う作戦に、ベンケイの怒りが爆発する。

伊豆半島沖に火山島が出現した。噴煙に有毒ガスが含まれているため、島に近付くのは容易ではない。実はこの火山島、百鬼帝国の科学要塞島がカモフラージュしたものだった。百鬼軍は日没とともに、火山島からの早乙女研究所への奇襲作戦を決行。メカ妖剣鬼が率いる大編隊の空爆を浴び、研究所は危機に陥ってしまう。

南国の火山島・竜王島で、秘密の国防会議が開かれることになった。早乙女博士は会議に出席するため、バカンスを装って島へ赴く。しかし、国防会議開催の情報はヒドラー元帥に察知されていた。指令を受けた金剛鬼が竜王島を占拠、博士たちを人質にゲッターロボを呼び寄せ、竜王島火山の噴火口に突き落とす。

日本近海に科学要塞島が現れたとの連絡を受け、ゲッターチームが出動する。彼らが到着した時には要塞島は既に北極海へ移動し、早乙女研究所総攻撃のためにメカ要塞鬼の最終調整をしていた。ところが百鬼帝国一の怪力の持ち主・大輪鬼が、仲間の復讐に燃えるあまり、一人でゲッターロボに戦いを挑んでしまう。

メカ要塞鬼率いる爆撃部隊の空爆を受け、早乙女研究所は崩壊。ゲットマシンも、合体途中をメカ半月鬼に狙われて墜落してしまった。リョウとベンケイは無事だったが、ハヤトは足に大ケガを負っていた。ゲッターロボは早乙女博士の開発した新しい武器・シャインスパークを身につけてメカ要塞鬼を追うが…。

ベンケイの当てた香港旅行券を譲り受け、ミチルと元気はジャンボ機で飛び立った。しかし百機帝国が、二人の行く手に罠を仕掛けていた。ジャンボ機はハイジャックされて行方不明になり、捜索のため出動したゲッターチームの前にメカ獣王鬼が現れ、ゲッターポセイドンが海溝の底に生き埋めにされてしまう。

アクロバットサーカスを見物に出かけた元気たちが山火事に巻き込まれ、危ういところをピエロに救われた。焼け出された観客やピエロたちを早乙女研究所に避難させ、ゲットマシンが出動して消火に向かう。ところがそのピエロたち、騒ぎにまぎれて研究所に忍び込むため変装した、命知らずの百鬼兵士たちだった！

哨戒中のジェット戦闘機が、無人島上空で巨大な触手に襲われて墜落した。漁師のカツヤとその父親は、瀕死のパイロットからボイスコーダーを託される。だが、二人も襲われ、父親が犠牲になってしまう。カツヤから情報を得たリョウたちは、百鬼帝国の水爆ロケットを発見。ミチルがゲットマシンを島に運ぼうとするが…。

中部山岳地帯に調査に向かった東山教授ら科学者の一団が行方不明となり、ミチルが捜索に出動した。ダム湖に漂う霧の中に入ったレディコマンドは、電撃を受けて不時着、ミチルが百鬼兵士に捕まってしまう。百鬼一族の大角鬼はミチルを人質に、東山教授たちに攻撃用の金属溶解液をあと１時間で完成させろと要求する。

新宿で車にはねられて死んだ紳士に、角がはえて消えるという事件が起こった。百鬼帝国のアジトがあるはずだと調査に出向いたハヤトは、幼なじみのイサムと再会する。住むところもないイサムだが、夢は大きかった。ケンカが強く度胸のある彼に目をつけたヒドラー元帥は、新宿支部長の二代目としてスカウトする。

寒さで弱ったツバメを小笠原へ運んだ元気とベンケイは、漂着した亀吉少年に出会う。カヌーを漕いでいて遭難した彼は、巨大な渦が大型運搬船を呑み込むのを目撃したという。ベンケイは単身ポセイドン号で調査に向かい、海底に百鬼帝国の工場を発見。そこでは鋼頭鬼が、件の運搬船の鉄鉱石から百鬼特殊鋼を製造していた。

偵察飛行をしていたミチルは、黄色く濁った川を発見する。地上に降りてみると、川の周囲の草木は枯れ、土地は荒れ果てていた。上流を調べたミチルは廃坑を発見するが、殴られて気を失ってしまう。気がついたミチルが見たのは、鉱山が流した黄色い毒で家族を殺した人間への復讐を誓い、百鬼一族となった旧友の姿だった。

ハヤトの父親は、ゲッター線を平和利用するための研究所を、極秘で富士山麓に作っていた。パリから帰国した姉アスカを喜んで迎えに行ったハヤトは、父の研究所を訪れるのには同行しなかった。仕事人間で家庭のことを省みなかった父親に反発していたのだ。だが研究所は百鬼帝国に襲われ、アスカが重傷を負ってしまう！

浅間山麓に大雪が降り、喜んだ元気はベンケイとスキーに出かけた。だが、リフトとジャンプ台の新設工事で立入禁止。実は百鬼一族の鉄丸鬼が、ドライスノー作戦の準備をしていたのだ。熱湯でも溶かすことの出来ないドライスノーＸ-82によって、早乙女研究所は氷漬けにされ、ゲットマシンは発進不能になってしまう。

居合い抜きの達人・流竜作の最後の模範試合が、東京で行われることになった。敬愛する父の最後の剣を見届けようと、会場に出向いたリョウ。彼の眼前で、父は飛び入り参加した大剣流を名乗る男に敗れてしまう。相手の動きを封じる特殊電波を放つ男の正体を、リョウは百鬼一族の大剣鬼と見抜いて追跡する。

海洋開発計画基地と潜水艦が、攻撃を受けて爆発した。百鬼帝国の仕業らしいが、攻撃方法が全くわからない。その頃、元気は静養に来ている少女・マリアと知り合っていた。彼女はどういうわけか、青いビー玉が光るのを見て急に怖がりだす。早乙女博士のアドバイスを受け、元気はマリアに恐怖を克服させようとするが…。

青い光線を浴びた人々が、突然常軌を逸した行動を取り始める事件が続発した。メカ恐角鬼がクレイジー・ビームの実験を行っているのだ。早乙女博士はゲッターチームの出動を禁止し、東京へ調査に向かう。しかしリョウはメカ恐角鬼の本格的無差別攻撃に激怒し、禁を破って出動。ベンケイとハヤトも後に続く。

浅間学園の野球部に、清水一角と名乗る学生が一人で挑戦してきた。他の部員が倒された後に１対１の勝負をしたベンケイは、強さに惚れ込んで意気投合、早乙女研究所に連れてくる。だが、一角の正体は角面鬼三兄弟の長男だった。二男の盗んだゲッターロボの内部構造情報を参考に、正体を現して攻撃を仕掛けてくる。

新造戦艦シーフォース号の進水式に、百鬼帝国の爆撃機部隊が奇襲攻撃をかけてきた。初陣の牛餓鬼はヒドラー元帥とのコンビ攻撃に成功、シーフォース号のバリヤーを破る。さらに、ゲッタードラゴンに単独で攻撃をかける牛餓鬼。無鉄砲な若いパイロットを脅かすだけのリョウだったが、シーフォース号が撃墜してしまう。

早乙女研究所をメカ電光鬼が急襲。出撃したゲッターポセイドンとの戦いの中、メカ電光鬼が放った流れ弾で、少女チコの愛犬が死んでしまう。悲しむチコにワラビ採りの老人が声をかけ、子ウサギを抱かせて一緒にベンケイに文句を言いに行くことに。だがその老人こそ電光鬼で、チコに持たせた子ウサギは爆弾ロボットだった！

世界の六大都市が、突如百鬼ロボットに襲われた。街を破壊した後、六機のメカロボットは忽然と姿を消し行方不明となる。しかし雷雲にまぎれて伊豆大島地下に潜るメカロボットが目撃された。ブライ大帝は一大決戦を決断、残った六機の性能を確認し、合体メカロボットに改造するため、大島地下の秘密基地に集結させたのだ。

大島島民の避難作戦は成功し、ゲッターロボはメカ雷電鬼を倒した。だが合体メカロボットは、シャイン・スパークを受ける直前に分離して逃れていた。そのことに気づかなかったリョウたちは、東京湾から上陸した合体メカロボットを見て驚愕する。分離したメカ甲角鬼を戦わせている隙に、メカ闇虫鬼は研究所を急襲する。

早乙女研究所を襲ったメカ闇虫鬼に、ハヤトは単身乗りこみ内部から破壊、ヒドラー元帥とともに爆発の中に消えた。東京を占拠した百鬼帝国に対し、日本政府は徹底抗戦を決断。陸海空の国防軍が同時攻撃をかけ、合体メカロボットを三体に分離させる。そこを、ミチルが乗りこんだゲッターロボが攻撃するが…。

狂気の科学者プロフェッサー・ランドウが、巨大ロボット・メタルビーストで全世界への侵略を開始した。対抗できるのは、G鉱石で作られた宇宙開発用メカ・ゲッターロボだけ。開発者である橘博士が戦闘への参加に難色を示す中、正義感を燃やすパイロットの一文字號は、丸腰のゲッターロボで出撃しようと試みる。

最初の戦闘に勝利したものの、ゲッターロボは大きなダメージを負ってしまった。破損した左手の修理には、かなりの時間がかかるという。しかもＧ鉱石の量は限られているので、新たな武器を開発する余裕はない。整備班を率いる翔もサポートに回る信一や剴も、対応に追われる中、初めての戦死者が出てしまう。

戦死者が出たのを機に、橘博士はプロフェッサー・ランドウとの全面対決に乗り出す決意を固めた。ためらっている間に犠牲者を出すくらいなら、ベストの状態で戦わせてあげた方が良いからだ。博士はゲッターロボの武器・ハンディミサイル砲の開発に取りかかる。だが、完成を待たずして、またもやメタルビーストが現れる。

ハンディミサイル砲に続き、ナックルボンバーがゲッターロボの右手に装着されることになった。片手だけではと物足りない翔は、由自の言葉とボクシング中継をヒントに、左腕にもナックルボンバーを装備しようと思いつく。彼女は昼夜を問わずに作業を進めるが、疲労と睡眠不足がたたって倒れてしまい…。

ゲッターロボでの激しい戦闘によって、號の身体はボロボロになっていた。コックピットにガスを放たれた時の後遺症も、まだ色濃く残っている。絶好の勝機が到来したとばかりに、襲い来るメタルビースト。休息が必要な號に代わって剴がゲッターロボで出撃するが、慣れない機体での戦いにピンチに追い込まれてしまう。

政府首脳との会議に向かっていた橘博士が、ランドウの右腕・ラセツ伯爵に連れ去られてしまった。捜索と救出に専念したくとも、メタルビーストが姿を現せば、戦いを優先せざるを得ない。新装備・ネット捕獲砲を携えて戦場に向かう號たちの前に、橘博士を人質に取ったラセツが出現。無条件降伏を迫ってくる。

戦いに備えて特訓を重ねる號たちのもとに、剴の弟・大道哲が訪ねてきた。剴は長い間会っていなかった哲を、冷たくあしらって追い返そうとする。彼とは正反対に、由自は喜んで遊び相手を買って出る。ひとりっ子の由自には、哲が弟のように思えたのだ。彼らは剴をよそに、本当の兄弟のように意気投合する。

橘博士は旅客機の墜落事故を不審に思い、翔を現場へ偵察に差し向ける。案の定、そこにはメタルビーストが待ち構えていた。急遽派遣されたゲッターロボは、ランドウの降伏勧告をはねのけて戦いを挑む。ところがメタルビーストは空から攻撃を仕掛けてきた。地上でしか戦えないゲッターロボは、絶体絶命の窮地に陥る。

飛行型のメタルビーストは撃退したものの、號たちの焦りは頂点に達していた。的確に弱点を突いてくるランドウの攻撃を退けるためには、大幅なパワーアップが必要だ。ポチ博士とタマ博士は独自に基地防衛用シールドの開発に着手し、翔はゲッターロボに飛行能力を持たせるための専用ブースターを作り始める。

ゲッターロボの大改造が始まった。橘博士も今や戦いへの覚悟を決め、ＮＩＳＡＲ基地の人間は一丸となってパワーアップに取り組んでいる。だが、作業が完了する前に、ラセツの潜水艦が猛攻撃を仕掛けてきた。基地は激しい砲火にさらされ、メタルビーストの迎撃に出たゲッターロボも海底で苦戦を強いられてしまう。

プロフェッサー・ランドウは今こそ好機と判断し、ＮＩＳＡＲを陥落させんと猛攻撃を加えていた。焦る號は改造途中のゲッターロボで出撃しようと格納庫に駆け込むが、そこにあったのはガードロボット一体のみ。博士はどこで大改造を行っているのか？　號は基地を守ろうと、無謀にもガードロボットで出撃し…。

三機のマシンが合体しする戦闘用のゲッターロボが誕生し、新しいＮＩＳＡＲの基地も完成した。號、翔、剴はチームを組んで戦うことになり、それぞれゲッター１、ゲッター２，ゲッター３に搭乗することが決まる。だが、翔の表情は曇ったまま晴れない。ゲッター２には本来ならば、兄の信一が乗るはずだったのだ。

剴は人知れず苦悩していた。ゲッター剴のメインパイロットを任されたのはいいものの、どうしても自信を持てずに不安感に苛まれていたのである。かつて彼は、ゲッターロボを操縦しようとして危うく命を落としかけたことがあった。いくら訓練を重ねても不安は拭えず、唇をかみしめながらメタルビーストに挑むのだが…。

整備班に所属する中野少年は、ゲッターロボに憧れ、メンテナンスをすることに誇りを持っていた。だが、合体訓練中に警告ブザーが鳴り響き、お前の整備ミスが原因だと號に怒鳴られてしまう。落胆する中野に、ランドウの放った不気味なスライムが忍び寄る。その物体は、相手の姿をコピーする特殊能力を備えていた。

カナダの子供が発進したＳＯＳを、由自がパソコンで受信した。住んでいる町が侵略者に乗っ取られてしまったのだという。由自はゲッターロボを出撃させて欲しいと博士に直談判するが、カナダ政府に問い合わせている最中だからと取り合ってもらえない。彼はしびれを切らし、バトルヘリに乗り込んで単身カナダへ向かう。

マレーシアの沖合で、未知の物質が発見された。アメリカのウィリー博士によると、ゲッターロボの主材料であるG鉱石に近い物質らしい。相談を受けた橘博士は、さっそくポチ博士とタマ博士を派遣して共同調査を開始する。だが、ランドウの幹部・ヤシャ男爵が、物質を奪うべくメタルビーストを差し向けてくる。

近ごろ剴はなぜかイライラした様子で、號が提出しようとした休暇の申請書類を破り捨てる。いさかいを始めた二人はメタルビーストが出現しても和解せず、合体を阻止しようとするヤシャの作戦をみすみす成功させてしまう。チームワークを失った號たちに勝ち目はあるのか？　剴の苛立ちの理由がようやく明かされ…。

ポチ博士の息子・アキラがＮＩＳＡＲ基地に遊びに来ていた。大のプロレスファンである彼によると、ゲッターロボもプロレス技を覚えれば一段と強くなるらしい。ヤシャが挑戦状を叩きつけてくると、ゲッターロボは出撃。今回のメタルビーストは、世界各地で無差別破壊を繰り返す、格闘戦に特化した強敵だった。

もうすぐ不吉な13日の金曜日がやってくる。折しも號たち研究所の面々は、数日前からメタルビーストの亡霊を目撃していた。そして13日の金曜日の夜、翔が問題の亡霊に襲われてしまう。もともと異様なまでに怯えていた彼女は、ショックからか心身ともに衰弱してゆく。コックピットに座っているだけで精一杯の彼女は…。

タンカーの沈没事件が続発。防衛庁の依頼を受けて調査を開始したゲッターチームは、事件の背後に潜んでいたコウモリ型とタコ型のメタルビーストと戦闘状態に突入した。しかしゲッター１が最初の戦闘でダメージを受け、合体すれば爆発する不具合が生じてしまう。合体成功か爆発か。ゲッターチームの運命は…？

ラセツがＮＩＳＡＲ基地をミサイルで破壊する作戦を立案。成功させるためには、基地を包むシールドシステムを突破しなければならない。そこでラセツは、レーザー研究の第一人者・レイナー博士を連れ去り、孫を人質にして無理やり協力させようと考えた。企みを見抜いたゲッターチームは、二人を奪回しようと試みるが…。

国連平和軍の切り札・サイレントドラゴンは、敵に気付かれることなく核ミサイルを撃ち込むことの出来る潜水艦だ。この最新鋭の兵器が突如として反旗を翻した。ハートランド艦長が世界の支配者を名乗り、核ミサイルを盾に全面降伏を突きつけてきたのだ。艦長は誇り高い軍人にして、橘博士の学生時代の親友だった。

ゲッターチームに新たな仲間が加わることになった。“ミラクル・ガイ”の異名をとる国連平和軍のエースパイロット・シュレンドルフだ。面会のため、ドイツへと飛んだ橘博士。シュレンドルフも空港で博士の到着を待っていた。そこにラセツの差し向けたメタルビーストが出現し、二人を抹殺しようと攻撃を仕掛けてくる。

號たちは整備班の中野から、不思議な相談を持ちかけられた。野外美術館・アートウッドでガードマンをしていた親友が、何の前触れもなく消失してしまったというのだ。しかも行方不明になった人間は、今まで表沙汰になっていなかっただけで他にもいた。探偵気分で調査を開始した號たちが、中野と共に現場を訪れると…。

剴の弟・哲がＮＩＳＡＲ基地にやって来た。夏休みを利用し、基地の仲間たちと海水浴に行く予定になっていたのだ。しかしその日の深夜、メタルビーストがハワイ島に上陸し、島全体を巨大な繭で包むという事件が発生する。急遽、現場に向かうことになった剴たち。楽しみを台無しにされ、哲はヘソを曲げてしまう。

ゲッターチームが出撃している隙を狙い、ヤシャがメタルビーストでＮＩＳＡＲ基地に侵入した。ラセツが囮になって號たちを遠ざけている隙をついて、地下から突撃したのだ。ヤシャはシールドシステムを誤作動させてゲッターチームを基地から締め出すと、中枢部の破壊を目指して着々と作戦を進めてゆく…。

ゲッターチームに埋立地の地盤を調査するよう命令が下った。調査対象の北九州玄海ベイシティは国連平和軍の研究部門を受け持つ重要な施設で、最近多発している地震の影響が懸念されていたのである。ところが、ベイシティ計画の責任者・望月里美は、安全システムを過信するあまり、調査の受け入れを拒否する。

見知らぬ戦闘ロボットがゲッターロボの助太刀に現れ、脅威的な力を持つ武器・ソードトマホークで、あっという間にメタルビーストを切り伏せた。搭乗者の名は吉井レミ。橘博士と同様にG鉱石の研究を進めていた、吉井博士のひとり娘だ。ついにG鉱石製の剣の開発に成功したか…感慨に浸る橘博士だったが…。

翔の従姉妹の姉・佐恵子が、沖縄で結婚式を挙げた。幼い頃は母親代わりとして面倒をみてくれた女性だ。その彼女が、ヤシャの襲撃に巻き込まれてしまった。現場に急行した號たちは、佐恵子たちが人質に取られていると知って一時撤退。人質の中に紛れ込むという翔の作戦を採用し、潜入した彼女のサポートに回る。

静止衛星軌道上に現れたメタルビーストが、宇宙空間からレーザー攻撃をしかけてきた。次の攻撃は、軌道を一周する90分後。それまでにゲッター翔にロケットブースターを取り付け、大気圏外へ打ち上げなければならない。翔は宇宙飛行士の訓練を受けておらず、無重力での行動経験もないまま、極めて困難な作戦に挑む。

アラスカに展開していた国連平和軍が全滅した。Ｇ鉱石の反応がないのは、第三の敵が出現した証拠なのか？　事件に困惑しているのは、ゲッターチームだけでなくランドウたちも同じだった。彼の前に謎の少年・ナルキスが現れ、右腕になると宣言。ナルキスはゲッターチームを襲撃すると、超能力で異空間に閉じ込める。

新たなパワーアップ計画のため、吉井レミがＮＩＳＡＲ基地に呼ばれていた。エネルギー増強プロテクター・Gアームライザーを開発するためには、Ｇ鉱石不足を補うことと、吉井博士の研究成果を組み込むことが不可欠だった。しかしそれを阻止するかのように、ランドウに子爵の位を与えられたナルキスが攻撃をしかけてくる。

Gアームライザーは完成し、ゲッターロボはスーパーゲッター號へのパワーアップを遂げた。それを知ったヤシャは、ソードトマホーク封じの作戦をランドウに提案。外出中の由自を捕らえると、洗脳によってゲッターチームへの憎悪を植えつけ、メタルビーストに乗せて攻撃させる。同士討ちさせようというのだ！

世界各国の潜水艦が次々と消息を絶った。搭載火器には核ミサイルも含まれており、悪用されたら世界は破滅してしまう。ゲッターチームは緊急出動して調査を開始するが、想像もしなかった事態に遭遇する。消息を絶っていた潜水艦が、メタルビーストを守るように展開してゲッター剴に襲いかかってきたのだ！

大型台風が北海道に居座り、一向に衰えることなく猛威をふるい続けていた。ＮＩＳＡＲ基地司令室に現れたナルキスは、異常気象がメタルビーストの仕業であることを明かし、まるでゲームを楽しむかのように號たちに挑戦状を叩きつける。出撃したゲッターチームは合体を封じられ、ゲッター翔のまま水中戦を強いられる。

ゲッターロボとは一心同体、どんな困難もゲッターとなら乗り越えられる。それが號の信条だった。しかしGアームライザーでパワーアップしたはずのゲッターには違和感があり、なぜか思うように動いてくれない。解決しないまま出撃することになった彼は、メタルビーストにソードトマホークを奪われてしまう。

万里の長城の北に住む騎馬民族を、戦いに巻き込まないよう南に移動させてもらいたい…国連平和軍の依頼で現地に飛んだゲッターチームは、白馬を駆る少女・セレンと出逢う。勇猛果敢な彼女や村人たちは、神の導きがなければ移動しないと主張。しかも悪いことに、メタルビーストこそ神だと思い込んでいた。

国連平和軍の調査によって、ネパールにランドウの前線基地があることが判明した。共同作戦を提案する軍上層部に対し、橘博士は不参加を申し出る。前線基地をひとつ潰したところで、何の解決にもならないからだ。結局、国連平和軍はネパールを、ＮＩＳＡＲは敵本拠地のある北極を攻撃することになるが…。

ゲッターチームは北極の敵本拠地の奇襲に向かったものの、ナルキスの超能力でネパールの前線基地へと瞬間転移させられてしまった。彼らは国連平和軍をサポートしながら、メタルビーストと戦闘状態に入る。ところが、ゲッターロボのパワーがみるみる低下してゆく。メタルビーストの盾に特殊な仕掛けが施されていたのだ。

メタルビースト出現の報せを受け、ゲッターチームが現場に急行。罠に気付いて離脱しようとした號が、ゲッター１ごと捕らわれてしまった。翔と剴は橘博士から一時帰還を指示されるものの、それを拒否して號の救出作戦を強行。だが、剴まで人質になったばかりか、ゲッター２とゲッター３を奪われてしまう。

由自は號たちに比べて体力では劣るが、戦いに臨む勇気にかけては勝るとも劣らない。そんな彼が、苦戦する號たちを救うためにＮＩＳＡＲ基地を飛び出した。今回のメタルビーストは、重力を操る特殊能力を持っている。由自は落下したＧアームライザーを再起動させるため、倍加された重力の中を墜落現場へと急ぐ。

ヤシャの操る要塞型メタルビーストが、ヨーロッパの都市を蹂躙していた。まるで巨大なローラーのように市街地を踏み潰しては、フランス軍の核ミサイル基地をめざして直進してゆく。號たちは橘博士の命令に背いて強行出撃を敢行する。刻一刻と核ミサイル基地に接近するメタルビースト。人類に未曾有の危機が迫る！

ラセツがエネルギーを吸収する植物を開発した。これを応用したメタルビーストなら、東京の全エネルギーを奪うことだって可能だろう。ところがラセツの手柄を快く思わないヤシャが、彼女が乗り込むはずだったメタルビーストを使って、勝手に東京占領作戦を開始してしまう。機体にある細工が施されているとも知らず…。

ギリシャで続発する謎の人間石化事件は、ヤシャの弔い合戦を口実に出撃したナルキスの仕業だった。彼の目的は、世界各地の遺跡に存在する神秘のパワーを集め、神そのものになること。駆けつけたゲッターチームは襲いかかってきたメタルビーストと戦うが、超能力によってゲッターロボを石に変えられてしまう。

かねてからナルキスを警戒していたランドウは、ついに彼を葬るべく動いた。自分の魂をメタルビーストに宿らせ、ナルキスの超能力の源であるペンダントを奪い取ったのだ。そしてゲッターチームと戦闘開始。一方のナルキスは、ランドウを葬ってペンダントを取り戻すため、あえてメタルビーストの弱点を號に教えようとする。

ランドウを倒したナルキスがついに軍団の実権を握り、ヤシャもやむなく服従を誓った。ゲッターチームにとっては、誰が相手だろうと敵は敵。挑戦を受けて出撃した彼らを、冷気を自在に操るメタルビーストが迎え撃つ。自己再生能力を持つばかりか、武器を作り出すこともできる強敵だ。しかも、驚きの姿に変身を遂げる。

爆弾を内蔵したメタルビーストが、世界各地の市街地を一斉に占拠。排除すれば半径50kmを破壊すると宣言する。ナルキスがその気になれば、世界の主要都市は食い止める間もなく廃墟と化すだろう。国連はやむなく全面降伏を決議。ＮＩＳＡＲに対し、すみやかな武装解除とゲッターロボの明け渡しを要求してくる。

ＮＩＳＡＲ基地は、国連平和軍が送り込んできた作戦部隊に制圧されてしまった。號たちは脱出に成功するが、今やすっかり逃亡者となっていた。こうなったら、敵の本拠地・ベガゾーンに直接乗り込むしかない…。彼らは、ベガゾーンに捕らわれた経験を持つ吉井レミに助言を仰ぐが、レミは自分も一緒に行くと言い出す。

ランドウがラセツの身体を借りて復活した。ランドウは機動要塞に憑依すると、ナルキスとゲッターチームの戦いに介入し、両者をまとめて滅ぼそうとする。一方、ベガゾーン内に単身潜入したレミは人質の救出に奔走。號が止めるのも聞かず、最後の最後まで生存者がいないか探し続け、取り残されたヤシャに遭遇する。

北極での最終決戦は熾烈を極めていた。ナルキスに立ち向かうゲッターチームは、超能力メタルビーストに苦戦。ソードトマホークを無力化されたうえ、Gアームライザーのプロテクターを脱ぎ捨て、ゲッター號、ゲッター翔、ゲッター剴の三つの姿だけで戦わざるを得なくなる。果たして、全てを賭けた戦いの行方は…？