大学の旧校舎で幽霊に遭遇した小沢晴香は映画研究同好会の斉藤八雲という人物に相談をもちかけた。八雲には不思議な能力があるとのうわさがあったのだ。「自分には死んだ人の魂が見える」と言う八雲の言葉を、果たして信じてよいものか…真相解明に動き出した八雲と行動を共にした晴香は、事件の裏側に潜む驚くべき真実とともに、八雲が抱える「ある秘密」を知ることとなる…

事件解決の報酬を八雲に払うため、晴香はアルバイトにいそしんでいた。そのバイト先の近くに、移築工事中の古い神社があった。ところが、神社に幽霊が度々出没、さまざまな怪奇現象が起きるため、工事は難航していた。幽霊と遭遇した晴香は、逃げる途中で見知らぬ僧侶と出会う。その僧侶の左目は八雲と同じく赤い瞳であった。一心と名乗る彼と、八雲の関係は？

北東新聞の記者・土方真琴が、事件の現場で撮影した写真に心霊が映っていた。その写真を見た後藤刑事は八雲を捜査に巻き込もうと決意する。一方、晴香は幽霊が出現するというトンネルで怪事件に遭遇し、八雲のもとをたずねていた。心霊写真と幽霊トンネル。二つの怪奇現象が、八雲の推理によって一つにつながったその時、晴香の身に、かつてない危機が迫ろうとしていた…

連続女子高生殺害事件の取材をおこなっていた真琴が、霊に憑依されてしまった。一方、晴香は、友人の真由子から幽霊を目撃したと相談を受けるが、八雲に話を持ちかけずに単独で行動を開始する。後藤の依頼を受けて真琴と面会する八雲。確かに真琴には霊が取り憑いていた。その霊の正体を探るうちに、八雲は、忌まわしき過去と対面することに…

事件の捜査に復帰した八雲は、晴香や後藤とともに行動を開始する。だが彼らの行動は「ある人物」にマークされていた。人の心の闇をかぎつけ、言葉巧みに誘導し、相手に罪を犯させる。その男の両目は赤い…両目の赤い男の画策によって死の危機が晴香に迫る。一方、男の存在に気づいた八雲と後藤が現場に急行する。果たして八雲は晴香を守れるか？そして、両目の赤い謎の男の正体は！？

晴香は友達の影響もあって、八雲と自分の関係についてあれこれ考え始める。友達？恋人？それとも…そんな折、不気味な女の幽霊が現れるという不動産物件の相談が舞い込む。微妙な思いを胸に、謎解きに挑む晴香は、幽霊が出るという部屋で八雲と二人きりで過ごすことに。怖さとは別の緊張感を覚える晴香。と、その時、八雲が近づいてきて…

１５年前に発生した『七瀬邸一家四人殺害事件』。時効制度の廃止に伴い、容疑者が逮捕に至らずのこの未解決事件に、特別捜査本部が設置されることになった。捜査から外されてしまった後藤と石井の二人は、事件現場で撮影されたビデオに幽霊が映っているという真琴の情報から、幽霊映像を八雲に見せて捜査本部とは別に捜査しようと考える。ところが、映像を見た八雲は、にわかに動揺。晴香と電話で話した直後に失踪してしまう。果たして八雲が見たものとは？

『七瀬邸一家四人殺害事件』の容疑者・武田俊介が突如現れた。警察がその検挙に躍起になる一方、晴香たちは、行方不明となった八雲と後藤の消息をつかむために一心のもとに集まった。八雲と後藤、心の拠りどころを失った晴香と石井がはからずも衝突してしまう。かたや一心は、八雲の母・斉藤梓に関する忌まわしい過去を語る。そして晴香は、自分と八雲の縁（えにし）を実感する事実に直面する…

武田俊介と遭遇したことによって八雲の居場所を察知した晴香は、一人その場所へ急行する。一方、石井と真琴もまた、独自の捜査によって後藤の所在に近づきつつあった。全ての謎が解明される。しかし、それは同時に、八雲と両目の赤い男の直接対決を意味していた。八雲の父であるというその男の本当の狙いは何か？そして、彼によって命の危機に直面した晴香の運命は！？

最新医療の取材で大学病院を訪れていた真琴が、医師から聞かされたのは、奇妙な幽霊話だった。その病院では幽霊が夜な夜な現れては患者に「あなたはいつ死ぬの？」とたずねるという。その話を真琴から聞かされた八雲は、調査に乗り出すことに。病院の調査のために車を借りようと一心のもとをたずねる八雲と晴香。そこで八雲は、一心から、驚くべき事実を知らされるのだった…

病に侵された一心の余命はあと一年であった。事実を知った八雲は、そのことを晴香や真琴に語ることなく、幽霊が現れるという病院の調査を開始する。一方、逮捕された七瀬美雪から「あの人が一心を殺す」と宣言された後藤と石井は一心の身を守るために彼の元へ急行する。幽霊に遭遇する八雲たち。その直後、一心が刺されたという報せが飛び込んできた。果たして一心の運命は！？

晴香の存在によって失意のどん底から復活した八雲だったが、一心を襲った犯人に対する怒りをあらわに行動を開始する。そんな八雲を心配した晴香は、自分の不安な気持ちを後藤に打ち明ける。晴香の気持ちにほだされた後藤は、中学時代の八雲について語るのだった。命あるもの、死んだもの、生死の境をさまようもの。八雲をめぐる人々の縁（えにし）が、ついに一つの形になる。描き出されるのは、光か、闇か？

両目の赤い男、八雲の実の父である斉藤雲海の仕掛けた壮大な計画によって、八雲は、別なる存在へと変わりつつあった。現場に居合わせた晴香たちは、目の前で起きている現実を、ただ見ていることしか出来ない。彼女たちに銃をむけた美雪が勝利を確信して微笑む。そして、ついに、その時が来た。八雲の肉体が雲海によって完全に支配されたのだ。果たして、八雲の運命は！！