Tony Stark arrive au Japon dans le but d'installer la Station Arc, première étape de son initiative pour la paix dans le monde. Devant tout le Japon, il annonce son nouveau modèle d'Iron Man, Iron Man Dio, dont il est lui-même le pilote. Mais lors de la démonstration, Dio s'écrase suite à un mystérieux bug dans le système d'exploitation.

Tony Stark apprend la vérité qui se cache derrière Zodiac. Iron Man doit rassembler toutes ses forces pour mettre fin aux ambitions néfastes de son plus grand adversaire.