Tony Stark arrive au Japon dans le but d'installer la Station Arc, première étape de son initiative pour la paix dans le monde. Devant tout le Japon, il annonce son nouveau modèle d'Iron Man, Iron Man Dio, dont il est lui-même le pilote. Mais lors de la démonstration, Dio s'écrase suite à un mystérieux bug dans le système d'exploitation.

Tony Stark est accusé par le ministre de la Défense Kuroda d'avoir tenté d'éviter la controverse en introduisant clandestinement du plutonium au Japon à bord d'un cargo non défendu. Ce navire a été attaqué et le plutonium volé, ce qui constitue une grave menace. Tony revêt l'armure d'Iron Man et jure de récupérer le plutonium et de laver son nom.

Nanami tente de faire toute la lumière sur la série d'ouragans exceptionnels qui ont tué deux scientifiques de renom. Ses recherches la mènent au professeur Sakamoto et à son ancien étudiant, le Dr Tanaka. Sakamoto et Tanaka faisaient autrefois partie du projet Tesla, qui visait à contrôler la météo. Le projet Tesla est-il à l'origine de l'étrange climat qui attaque le Japon, et même s'ils le découvrent, comment peuvent-ils l'arrêter ? Iron Man peut-il vaincre la météo ?

Tony Stark soutient une course de charité afin de redorer l'image de Stark Industries. Pendant ce temps, Kawashima, un pilote de course qui a subi des blessures mettant en péril sa carrière, est séduit par A.I.M./Zodiac qui lui promet de guérir ses blessures s'il élimine Tony Stark.

Le docteur Tanaka informe Tony qu'une mystérieuse épidémie s'est déclarée près de la station Arc. La maladie rampante et mortelle semble inarrêtable, et Tony entame sa propre enquête pour en trouver la cause. Pendant ce temps, les satellites de reconnaissance des Forces d'autodéfense font des siennes. Nagato Sakurai rend visite à Iron Man pour lui demander de l'aide. Ils unissent leurs forces lorsqu'ils découvrent que Zodiac Mech Aquarius pourrait être à l'origine de ces deux problèmes.

Lorsque la station Arc connaît une série de dysfonctionnements, Tony et le Dr Tanaka découvrent qu'un virus informatique Zodiac a infecté les systèmes d'exploitation de la station. Le virus se propage aux ordinateurs des guichets automatiques bancaires de la ville, aux ordinateurs de navigation des trains et aux contrôles de la circulation, provoquant le chaos. Tony décide que le seul moyen de combattre le virus est de l'attirer vers un autre ordinateur... son ordinateur de bord Iron Man !

Tony et le Dr Tanaka se réveillent sur une île isolée, sans savoir comment ils sont arrivés là et sans espoir de quitter l'île. Privés de leur réacteur à arc salvateur et de leur armure d'Iron Man, comment Tony et Chika vont-ils pouvoir s'échapper ? Et qui les a mis là en premier lieu ?

En rentrant à son appartement, Tony manque de renverser une petite fille, Aki, qui, lui révèle-elle, s'est échappé de ZODIAC. Cette petite possède un pouvoir de télékinésie. Le ZODIAC veut s'en servir pour contrôler un robot géant auquel la fillette est raccordée. Heureusement, Iron Man est là pour mettre un terme à ces projets.

Le plutonium nécessaire à l'amorçage de la station Arc est volé et Tony doit revêtir l'armure d'Iron Man pour combattre Dio. Les deux Iron Men doivent se battre jusqu'à la mort, le sort du Japon étant en jeu.

"Iron Man est mort ! Le Dr Chika Tanaka entend ces mots stupéfiants de la bouche même de Yinsen. Pendant ce temps, Tony Stark, gravement blessé, survit grâce à l'aide de Nagato Sakurai et doit trouver un moyen de vaincre Dio une fois pour toutes. Mais ce qui attend l'arrivée d'Iron Man, ce n'est pas seulement Dio, mais aussi quatre modèles Iron Man Sigma. Comment Tony Stark va-t-il surmonter la situation désespérée dans laquelle il se trouve ?

Tenu pour responsable de l'événement survenu à la station Arc, Tony Stark est arrêté par le gouvernement japonais. Mais alors qu'il est transporté, des explosions secouent le bâtiment du parlement de la Diète, et l'on soupçonne Tony Stark d'être à l'origine de l'attentat. Tony Stark parviendra-t-il à se disculper et à éliminer la véritable menace qui se cache derrière l'attentat à la bombe de la Diète ?

Tony Stark apprend la vérité qui se cache derrière Zodiac. Iron Man doit rassembler toutes ses forces pour mettre fin aux ambitions néfastes de son plus grand adversaire.