人類解放戦線を名乗るテロリストの乗ったランドメイトが暴走事故を起こす。出撃命令が出された特殊部隊ES.W.A.T.の隊員であるデュナンとブリアレオスは、事件を解決することに成功する。しかしその後、作戦行動中のデュナンの勝手な行動に苦言を呈するブリアレオス。ふてくされたデュナンは家出をしてしまう。

超大型旅客機のハイジャック事件が起き、その機体はオリュンポスの街に向かっているらしい。犯人の監視の目をかいくぐり、飛行中の旅客機に乗り込むデュナンとブリアレオス。だが、中はまったくの無人だった。

様子がおかしいデュナンを不審に思ったブリアレオスは行動を監視することに。すると、デュナンが密かにラークなる男性と会っていることが判明する。そして、ラークはデュナンの亡くなった父親にそっくりな男性だった。バイオロイド自殺事件が多発している中、謎の男ラークと一連の事件との意外な接点が浮かび上がる。

群がる吸血鬼の群れ。そして人を食らう怪物ミノタウルス。夢とも現実ともつかぬ、幻想の迷宮をデュナンがさまよい始めたのは、エリス国の要人を警護する任務がきっかけだった。異常なまでの喉の渇きを覚え、自分が犯してしまうかもしれない行為におびえながらも真相に迫ろうとするデュナンの前に謎めいた女性が現れる。

アルケイデスの死後、廃墟と化したアルゴノーツから独立宣言が出された。武力行使をちらつかせるポセイドンに先んじて、デュナンが内偵捜査に向かう。外部より見守るしかないES.W.A.T.メンバー。だが唐突に心音センサーの停止が確認される。それは内部状況を把握するためにデュナンに設置されたものだった。

核爆弾が仕掛けられている巨大ランドメイト、ステュムパリデスが大空に飛び立った。アルゴノーツの要求を飲まなければ、機体がオリュンポスに墜落することは必至。大惨事を免れるため、ES.W.A.T.は迎撃に向かう。だが、ステュムパリデスはデュナンの心音を暗号コードに変換して操作されていることが判明する。

多国籍企業国家ポセイドンからの政府高官を潜水艦で護衛する任務に、同行することになったデュナン。しかし、高官の警備のために艦内にいるボディガードが一人また一人と謎の死を遂げていく。行き先を偽装・変更し、あらゆる組織の監視網から姿をくらませた潜水艦の中で、デュナンの生死を賭けた戦いが始まる。

ディアが生きていた。しかも、あろうことかポセイドンの大使として帰ってきた。ポセイドンは愛する夫アルケイデスを殺した憎き相手ではなかったのか。彼女の目的はいったい何なのか。ディアの真意を聞き出したいながらも、なかなかその機会がこなかった。ついにそのチャンスが訪れた時、大きな悲劇が起きてしまう。

アルケイデス遺伝子の継承者は、残り二人となってしまった。一人は人類を宇宙に向かわせる通称「方舟計画」を提唱する政治家エウリス。もう一人は彫刻家のポイアスである。ポイアスの警備をするデュナンは、ポイアスの作品制作の姿勢を聞き、それをヒントにディアの心中を推察する。その時、マグスから緊急連絡が入る。

ヘカトンケイルとして最大のパフォーマンスを発揮するべく、脳容量を増設するディア。真紅のランドメイトを駆り、最後のアルケイデス遺伝子の継承者、エウリスの命を狙う。デュナンとブリアレオスが一機のランドメイトの足止めに躍起になっている間、もう一機がエウリスの搭乗した専用機を超長距離射撃する体勢に入る。

明かされるディアの過去。アルケイデスの理想。そしてアルゴノーツに託された希望。しかし、ディアの脳は既に限界に達し、暴走を開始していた。アルゴノーツの行く末を深く憂うがゆえの行動。その想いは思わぬ形で幕切れを迎える。そして人類の新たな章を刻むがごとく、スペースプレーンは宇宙へと飛び立っていく。

多脚砲台が暴走事故を起こして以来、街全体を統治するガイア・コンピュータには、再三のチェックがかけられていた。その中、不意にガイアは施設全体を支配下に置き、新配備された巨大オートインセクタを起動させる。暴走事故の再来を怖れるデュナンとブリアレオスはガイアの機能を停止させるべく施設の中央に向かう。