『聖チェリーヌ学院』に通う水無月遥と、神無月葵。幼なじみで大の親友のふたりの、誰にも言えない秘密……それは、『快盗天使ツインエンジェル』に変身して、悪を戦い奪われた宝物を取り返すことだったのです! ツインエンジェル華麗に登場!!

学校から女生徒の制服やはやりの携帯ゲーム機などが盗まれる事件が続発! 犯人と思われる怪しい男を目撃した遥だったが、その姿はあこがれの如月先輩だった!?

『聖チェリーヌ学院』の姉妹校『聖ベルナルディ学院』からの転校生・葉月クルミは、飛び級で入学を許された天才少女。しかも、遥と葵がツインエンジェルと知っているようで……!?

新聞部の新聞(しんもん)やよいは、ツインエンジェルの姿をスクープしたいと常にカメラ片手に走りまわる毎日。遥、葵、クルミはそんなやよいにブレーキをかけるべく行動を一緒にするが、そんな時に事件が発生し……!?

教職の合間に｢ブラックファンド｣という会社でアルバイトを始めた西条先生。上司であるブラックファンドの社長に恋愛感情を抱いた時、PTA会長からお見合いの話がやってきて……。

なにかと衝突する遥とクルミ。そんな2人を仲良くさせようと、突然謎のくま“ミスティクマ”が突如現われる。ミスティクマが用意した地獄の特訓に2人は耐えられるのか!?

常にザリガニを持って廊下を走ってはこける戸持娘。彼女が向かう先は学校の裏の大きな池だった。その大きな池に怪獣が現れるという噂がされるようになり、学校中を巻き込んだ大騒ぎになってしまう。

海にあそびにいった遥たちチェリーヌの生徒一行。その先で、美しい双子の姉妹、テスラとナインに出会う。テスラとナインにはなにか秘密があるようだが……。

ついに学校を襲いはじめたブラックファンド。大騒ぎの最中に遥たちツインエンジェルとテスラとナインのコンビ『ツインファントム』が対峙することになるが……。

学校を襲ってくるブラックファンドのメカ軍団との戦いのなかで、巨大な爆弾が学校に取り付けられてしまう。遥はなんとか爆弾を解除しようと奮闘するのだが……。

学校の被害も大きく、犠牲も多かった戦いのはてに失意の底へ落ち込む遥。しかし、その間にもブラックファンドの恐ろしい計画は進んでいく。遥は立ち直ることができるのか!?

いよいよ最終決戦! ブラックファンドの首領・ブラックトレーダーの恐ろしい計画を止められるのはツインエンジェルしかいない! 遥・葵・クルミはすべてをかけて最後の戦いに挑む!!