『東京ビアトリス総合大学付属高校』に転入初日、吉村護を待っていたのはまさに運命の出会い。季節はずれの秋の桜という幻想的な景色の中に佇む、絶世の美少女、鷹栖絢子に突然告白されてしまう。しかし彼女は、世界的に有名なビアトリス使いであり、｢魔女ベアトリーチェ｣・｢ビアトリスの死天使｣等の異名を持ち、校内でも恐れられている存在だった。

絢子の開発した『アストラル・ファイア』が盗まれてしまった!もっと絢子のことを知るためにも…と、絢子と二人で犯人の捜索に乗り出すことになった護。犯人捜索のさなか、生徒会の面々による愛ある応援(?)を受けつつ、ファミレスで絢子が護に『あ～ん』してみたり、なにやらデートっぽい感じでドキドキな二人だったのだが…。

アストラル・ファイア奪還事件を乗り越え、晴れて校内公認カップルとなった護と絢子。絢子が護の家までお迎えに来たり、屋上で絢子の手作り弁当を食べたりと、なかなか恋人らしいシチュエーション満載の二人。しかし、そんなことでは納得しないおせっかいな奴等(生徒会)の魔の手が護と絢子の身に迫っていたのだった…。

もうすぐ学園祭、護は絢子と一緒に過ごす初めての学園祭を楽しみにしていた。そんな中、学園祭で公演予定の演劇『眠れる森の美女』のヒロイン役の部員が風邪で倒れた事で、生徒会役員兼演劇部の瑤子と杏奈から、ヒロイン代役として絢子、さらに絢子を納得させる為として、王子役の出演依頼をされる護。断りきれない護は、絢子の説得を任される破目に。

学園祭で公演する劇の練習中に突然熱を出して倒れてしまった絢子。医者から数日安静と告げられ、『眠れる森の美女』を演じることはおろか、護と学園祭を過ごす事も不可能になった絢子。護はビアトリスを使ったある解決策を思いつくが、その方法は絢子の身に大きなリスクを伴うものだった。

最近、絢子の態度がおかしい。日課の送り迎えもなくなり、妙によそよそしく隠し事でもあるようなそぶりまで垣間見える始末…。積み重なる不安に落ち込む護に、摩耶はスキー旅行を提案する。別荘に向うバスの中でこれを機に再び絢子との楽しい時を取り戻せればと秘かに想う護だが、その時謎の美少女とその手下がバスを尾行してきていた。

旅行を満喫していた護達を、突然猛烈な雪崩が襲う!雪崩を誘発させたのは、ドイツからやってきた欧州最高クラスのビアトリス使い｢凍れる魔女ビアトリクス｣エメレンツィアであった。護を人質にされて頭に血が上った絢子は、その隙を衝かれて、エメレンツィアの攻撃の前に倒れてしまう。

楽しいスキー旅行の帰り道、まだまだ遊び足りない面々は、摩耶の提案で山中の温泉に立ち寄ることに…。しかし、それは恐ろしく激しいサバイバルゲームの始まりだった。温泉に入っている無防備な女性陣にシャンプーを届けるという使命に燃える男性陣といくつもの罠を仕掛けて、男性陣の行く手を阻む女性陣。かたくなに参加を拒否する護であったのだが…?

いつも絢子の手作り弁当をご馳走になっている護は日頃の御礼の為、週末に自宅での食事会を申し出る。護の妹・逸美が手料理を振舞うことになったのだが、二人を応援したいと思う半面、嫉妬のような感情も抱えてどこか複雑な心境の逸美は、料理も上の空でミスを連発してしまう…

エメレンツィアに日本文化を教えて欲しいと頼まれた絢子。すったもんだあった仲だが、彼女の思い出作りのため引き受けることに。しかし、エメレンツィアの求める日本文化は、絢子の予想を遙かに上回るものだった。｢日本を知るにはまず女子高生を知れ!｣を謳い文句として、今、最強のジョシコウセイ達が街を練り歩く!!

世間はクリスマスムード一色。初めて二人で過ごすドキドキなクリスマスの予感に護も絢子も心躍らせていた。護は絢子から、クリスマスプレゼントは期末試験でいい成績をとってほしいと言われ、頑張るものの自信はない。そんな護の話を聞いて、協力を申し出たのはエメレンツィアだった。

エメレンツィアと特訓を重ねてきた護だったが、努力の甲斐もなく試験は散々な結果に終わってしまう。それとは別に、護に接近しているエメレンツィアにやきもきする絢子は、試験の結果など眼中にないそぶりを見せてしまい、さらに護を落ち込ませてしまう。お互い心のすれ違いを抱えたまま、クリスマスパーティーが始まるのだが……。

新学期早々、東ビ大附属に『プロイセンの魔王』こと、ヨハンが特別講師として赴任することになった! 学園に到着するなり絢子に堂々と愛の告白をするヨハン。動揺を隠せない絢子を見た護は、ヨハンに絢子の恋人が自分であることを認めさせなければならないと決意するのだが、ヨハンもまた護を叩き潰し、絢子を自分のものにする画策を練っていた。

絢子をドイツに連れ帰り、ビアトリス研究に参加させたいと宣言するヨハン。そんな誘いなど断ってくれると信じた護だったが、絢子は考えさせてくれと言葉を濁した。自分の意思とは関係なく、ビアトリスがヨハンを求めてしまうという絢子、その返答に 護返す言葉を失ってしまうのだったが……

いつも通りに平凡な朝を迎えた東ビ大附属…であるかのように見えたのだが、なにやら不吉な出来事の予感が立ち込めていた…!奇妙奇天烈・破天荒なスタイルがトレードマークの周藤汐音がなんと、何の変哲もない さらさらストレートヘアに大変身!生徒会役員をはじめ、全校生徒、果てはビアトリスまでもが大混乱の非常事態になってしまう。

絢子が唯一頭の上がらない相手、祖父｢鷹栖尚幸｣がやってくる…!またまた大波乱が確定の東ビ大附属。豪胆で何をしでかすかわからない祖父の反応を恐れて、護との交際を未だ報告できないでいる絢子。二人の関係を秘密にする為、生徒会役員たちも全面的に協力(?)全校をあげて、秘密厳守の体制をとることに。

生徒会の面々たちは、絢子の祖父の計らいで南の島“パラオ”でバカンスを満喫中! 初めて見る絢子の水着姿にドキドキの護。ショッピングやバーベキューと大はしゃぎの中、ガイドブックで見つけた永遠の恋が成就するという"虹の岬"に二人で行こうと約束した絢子と護だが、なかなか皆の輪から抜け出せないでいた。そんな時、二人の前に現れたマリィという名の少女。虹の岬に通じる秘密の近道を教えてくれるというのだったが……!?

虹の岬に向かう途中、突如陥落した洞窟の中に閉じ込められてしまった護と絢子。 さらにビアトリスも封じられており、なすすべもなく誰かの助けがくるのを待つしかなかった。一方、護と絢子がいないことに気がついた生徒会の面々の前に絢子の叔父"鷹栖正樹"が現れ、彼の口から絢子たちが今、ヨハン、絢子に並ぶ世界最高のビアトリス使い『銀のマリア』の手によって危機的状況に陥っていると聞かされるのだった…!

最近の絢子はなんだか上の空。それもそのはず!もうすぐ恋する女の子にとって一年に一度の大イベント、『バレンタイン・デー』が近づいていたのだ。護のための手作りチョコに気合十分な絢子に期待一杯の護。 そんな中、生徒会による『誰が一番盛り上がるシチュエーションで護にチョコを渡せるか!?』という、はた迷惑な企画が持ち上がり、生徒会員たちの個性的な演技で脚色されたバレンタイン・デーが繰り広げられるのだった。

衝撃のバレンタイン・デーから一夜明け、揺れていたエメレンツィアの心は一変して決意と覚悟に満ちていた。絢子の心にも一抹の不安がよぎるが、護のまっすぐな微笑みに二人の絆を再確認したのだった。 その矢先、エメレンツィアから絢子に『果たし状』が渡された。絢子とエメレンツィアのお互いに引くに引けない決闘が繰り広げられることになったのだった! しかし、その影で、もう一人の人物の思惑が人知れず動いていて……?

ビアトリスを封じられてしまった絢子。このままではビアトリスの力を永遠に失ってしまうという。しかし、ドイツにある研究所に行けばなんとなるかもしれないという正樹の言葉にドイツ行きを決心した絢子。護も当然のようについていくことを決めていたのだが、護の身を心配する逸美の猛反対を受けてしまう。 悩んだ末にドイツ行きを取りやめてしまう絢子だったが、日が経つにつれて衰弱し、ついに倒れてしまうのだった……。

ドイツにやって来た絢子と護。しかし到着早々、銀のマリアの手荒い歓迎を受け、連れ去られてしまう護。 護を救出するためビアトリスを早く取り戻そうと焦る絢子に、正樹は、『原初への帰還』をヨハンとともに起動させることで、ビアトリスは再び覚醒するだろうと告げる。 一方、銀のマリアにさらわれた護は、彼女の口から『原初への帰還』意外な事実を聞かされるのだった…!

『原初への帰還』の中に取り込まれてしまった絢子。あまりにも強大なそのビアトリスの力は、絢子を取り込んだまま暴走し始める。結界でかろうじて外に出るのを食い止めることが出来たものの、もはや誰にも止められない状態になってしまっていた。 ビアトリスの意思に圧され、弱まってゆく絢子を感じながら、護はマリアとともに正樹の研究所へと急ぐ。そしてたどり着いた先で護が見たのは、変わり果てた絢子の姿だった……

各国が『原初への帰還』による異常状態に気付いた今、世界中の"アレ"が、絢子に照準を合わせて発射されようとしていた。生徒会の面々も、まさかの展開に大騒ぎ!東ビ大附属高校のいざと言うときの秘密兵器も発動!?はたして護は、手遅れになる前に『原初への帰還』に取り込まれてしまった絢子を助けることが出来るのか?絢子と護、世界中を巻き込んだ二人の愛のクライマックス!