L'équipe de base-ball du lycée Futakotamagawa Gakuen a été suspendue à la suite d'une bagarre lors d'un match. Un nouveau professeur passionné, Koichi Kawato, est nommé à l'école. Très vite, il devient le référent du club afin de tendre la main aux membres qui ont été depuis abandonnés par leurs professeurs et méprisés de toute part.

Grâce à Koichi, Toru Mikoshiba et Shuta Sekikawa redeviennent des membres du club de baseball Nikogaku. Mais le temps est compté pour le prof, qui a réussi à trouver un adversaire pour un match amical. Il doit réunir au moins 9 joueurs le jour J, sinon il devra démissionner. Et cela part mal puisque Tomochika Wakana semble préférer le football.

Avec 4 joueurs de plus, le club de baseball est bien parti pour disputer le prochain match amical. Mais l'embelli est de courte durée. Afin de protéger Keiichi Aniya et Kei Shinjo, les joueurs se battent contre les anciens membres du club. De nouveau en sursis, Kawato doit convaincre les derniers membres de revenir, notamment l'ancien as Keiichi.

Keiichi rejoint finalement le club de baseball Nikogaku, qui a désormais assez de membres pour jouer le match amical. Les préparatifs se poursuivent difficilement, notamment pour Tomochika qui peine dans son nouveau rôle de receveur. Ce dernier décide de se mettre en retrait et ne va plus à l'entrainement, laissant ainsi le doute s'installer.

Après quelques imprévus, le club de baseball de Futakotamagawa dispute son premier match contre les 1ères années du lycée Yougadaiichi. Grâce à Keiichi, le début de match se passe bien. Mais l'endurance de l'as a ses limites, surtout après une grosse période d'inactivité. De plus, le n°1 a fait une promesse au principal, rendant la défaite impossible.

Avec leur nouvel entraîneur, le vice-principal Shunsaku Ikebe, les membres de Nikogaku poursuivent leur rêve de Koshien. Pour y parvenir, ils vont affronter en amical le redoutable lycée Megurogawa, qui possède de grands joueurs, dont Hayato Enatsu un ancien de Nikogaku responsable de l'accident. Cette réputation déstabilise les yankees.

Malgré les bases pleines, le lycée Futakotamagawa ne parvient pas à marquer des points. C'est à son tour d'attaquer, l'occasion pour Keiichi de montrer son nouvel atout, notamment à Hayato. Du côté des adversaires, le talent est là mais pas le travail d'équipe, ce qui a le don d'énerver Koichi. Le match prend alors une tournure imprévue.

Alors que Nikogaku vient de remporter son match d'entrainement contre Megurogawa et que le tirage au sort pour le tournoi d'été approche, les vieux démons du passé reviennent toujours hanter les joueurs. Kamisaka, un 1ère année, et sa bande cherche notamment à les provoquer. De même, les autres écoles ne les prennent pas au sérieux.

Le tournoi de qualification pour le Kōshien débute enfin. Nikogaku remporte ses deux premiers match. Malgré leur belle victoire, les journaux restent sceptiques. Pire, un article sur Koichi fait scandale, obligeant l'intervention de la ligue inter-lycées de baseball. Malgré tout, le prof fait tout en son pouvoir pour que ses joueurs puissent réaliser leur rêve.

L'heure de la revanche a sonné pour Megurogawa, qui affronte un Nikogaku diminué : Koichi est interdit de stade à la suite de ses erreurs passés, Tomochika et Keiichi se sont blessés quand ils se sont faits agressés par des lycéens dans les gradins. Pour autant, les joueurs de Futakotamagawa jouent crânement leur chance mais sans leur prof...