小学生6年生の綾瀬千早が出会ったのは、福井から来た転校生・綿谷 新。大人しくて無口な新には、意外な特技があった。それは、小倉百人一首競技かるた。千早は、夢中になって札を払う新の姿に衝撃を受ける。

千早の一言で、転校生の新を除け者にする真島太一らクラスメイトと新はかるた大会で勝負をすることになった。負けず嫌いな太一は、千早と親しくなった新への対抗心から、大会の途中で新のメガネを盗んでしまう。さすがの新も、メガネ無しでは札が思うように取れず、代わりに千早が太一と戦うことに。

千早と太一、新の三人は地元のかるた会の「白波かるた会」を訪れ、責任者の原田や同年代の木梨浩（ヒョロくん）らに出会う。ヒョロくんと源平戦で戦う三人の姿を見た原田は、千早の才能を見抜き、入会を勧める。原田から「百人友達ができたと思って仲よくなりなさい」と教えられた千早は自分の夢を見つめ始める。

新から「かるたはもうやってない」と告げられた千早は、太一と二人で新の故郷、福井へ。そこで新に会えた喜びから、また三人でかるたをしようと提案する千早に対し、冷たくつき放つ新。そこには昔の新はいなかった。

５人集まれば部として認めるという宮内先生の言葉を胸に、千早は部員を集め始める。ある日、古典が大好きで呉服屋の娘である大江奏がかるた部を訪れる。優美な宮廷遊びとしてのかるたと競技かるたの差に愕然とする奏。千早は、そんな奏に競技かるたの楽しさを知ってもらいたいと思った。

奏が３人目の部員となり、千早は更なる部員獲得に動き出した。まずスカウトしたのは同じクラスで学年２位の駒野勉。彼を『机くん』と呼び勧誘する千早。しかし、彼はかるたを遊びだと批難し勉強を理由に興味を示してくれない。１回やればわかると千早は机くんを無理やり部室へ連れてくる。

ついに正式な部として認められるまであと1人。千早たちは勧誘活動を続けていたがなかなか入部希望者が見つからない。そんなある日、小学生のときにかるたで対決した肉まん君をみつける。肉まん君はテニス部に入っていて、かるた部には入らないという。しかし、肉まん君が本当はまだかるたが好きだと見抜いた千早はかるた勝負を持ちかける。

正式に部として認めてもらえたかるた部。千早は5人で全国大会に出ると宣言。初心者の奏ちゃんと机くんは戸惑うが、千早は手加減なしで二人の相手をする。「かるた部のみんなとチームになりたい。」という千早の強い思いの元、更なる上達を目指し、5人は合宿を行うことに。

瑞沢高校かるた部初の公式戦、全国大会の東京予選が始まった。順調に予選を勝ち抜いていく瑞沢高校。予選を通して1人だけ1勝もできなかった机くんは、自分は必要ないのではないかと落ち込み、試合に出ないと言い出した。机くんの心情を察した太一は1つの決断をする。部長としてチームを一つにするために。

決勝戦へ進み、全国大会常連の北央学園と対戦することになった瑞沢高校かるた部。試合開始序盤、瑞沢高校は思うような攻めができずにいる中、千早は対戦相手須藤の挑発にも苛立っていた。しかし、仲間たちのかるたに触れ、1枚取ることがチームの1枚になっていくことを知る。

全国大会出場を決め、それぞれの弱点克服のために千早と太一は 白波会、

肉まん君、机くん、奏ちゃんは翠北かるた会の練習に通うことに。プレッシャーから不安になっていた千早を勇気づけたのは、意外な人たちの応援だった。

近江神宮で必勝祈願のお参りをして試合に臨む瑞沢高校かるた部の面々。しかし、試合中千早の様子がおかしい。そんな中、かるたから離れていた新は、祖父との過去を思い返しながら、千早達の試合が行われている近江神宮へ向かっていた。

体調を回復させ個人戦へ出場する千早。階級別で行われる個人戦、A級の試合には史上最年少「クイーン」若宮詩暢が出場していた。2回戦でクイーンと当たった千早はクイーンの圧倒的な強さに札を取らせてもらえない。諦めかけたそのとき、新とかるたをしている小学校のときの自分を思い出す。

手も足も出なかったクイーンから札を抜く千早。クイーンとの試合で本当の強さの答えに近づいていく。一方、Ｂ級で決勝戦へ進んだ太一は優勝をかけて試合に臨んでいた。そんな太一の姿を応援するかるた部メンバー達。前に進むことを恐れず戦う太一は勝利を手にすることができるのか。

総集編と4コマ劇場

全国大会が終わり、それぞれの課題が見えてきた瑞沢高校かるた部。太一と肉まんくんはA級への昇格を、奏ちゃんと机くんは段位取得を、そして千早は東日本予選優勝を目指して練習に励んでいた。そんなある日、千早は原田先生に「速くとるのをやめなさい。」といわれ、自分のかるたと向き合うことに。

千早はA級初の、千早以外の部員は昇級かけての公式戦が遂に訪れた。

千早の相手はかるた暦35年の金井桜。速さでは上手の千早が、なかなか札を取らせてもらえない。更には、千早の苦手な配置へと試合を展開していく様子にA級の強さを痛感する。桜のかるたに翻弄され千早は何を見出すのか。

ついに決勝戦。D級は奏ちゃんと机君、B級は太一と肉まん君の瑞沢高校同士の対戦となった。仲間でありつつも、お互いにライバルとして戦う四人の姿に、千早は様々な強さがあることを知りながら試合の行く末を見守る。

順調に試合で実戦を積んでいた瑞沢高校かるた部だったが、あまりに学業の成績が悪い千早はテスト勉強のため大会へ出場できなくなってしまう。一人、大会に出場していた太一は、かるたの世界へ帰ってきた新と出会う。

再びクイーンと対決するために、クイーン位東日本予選に出場する千早。一回戦の相手は天才と呼ばれる小学生・梨理華。千早は、速くとるかるたをする梨理華と向き合うことで、速く取らないかるたの意味を理解していく。

千早の次の対戦相手は前クイーンの山本由美。過去にみたクイーン戦での由美の粘り強い試合が印象的に残っている千早。強い相手との戦いに気持ちも引き締めて試合にのぞんだが、明らかに気の入っていないかるたをする由美に対し、千早の心は燃え上がる。

由美に4枚差で負けてしまった千早。悔しい思いはしたものの、原田先生や坪口の活躍に励まされ、自分の未熟さを知る。一方、新は西日本予選で4回戦敗退していた。かるたから離れてしまった時間を後悔し、更に熱心に練習に打ち込む新。それぞれがまた一つ成長し、新たな一歩を踏み出し始める。

太一の家でクイーン戦、名人戦を観戦することになった瑞沢高校かるた部。そこには変貌を遂げたクイーンの姿が。太った身体でうまく動けず、由美に札をとられるクイーン。このまま勝負は決まってしまうのか。

28枚もの一字決まりをもつ名人、周防のかるたにショックを受ける千早達。千早、新、太一、かるた部の皆はそれぞれが想いを胸に抱き、かるたへと向き合っていく。