主人公・逢沢駆（中学２年生）は、中学サッカー部のマネージャー。駆の兄・傑（中学３年生）はU-15の代表にも選ばれる天才サッカー選手。ある日部活で紅白戦を行い、出場した駆は、あらためてサッカーが好きという自身の気持ちに気づいてしまう。さらに駆の中学に、幼馴染で初恋相手でもある美島奈々が転入してきて―。

ネオ・トータルフットボールの謎を解き明かした江ノ高。相模ヶ浦が巻き起こす台風の目を突き、怒濤の攻撃を仕掛ける！そして、ついに駆のゴールで同点に。ここで、相模ヶ浦は本当の全員攻撃全員守備の、トータルフットボールに戦術を切り替える。試合は終盤、一進一退の攻防が続く中、強烈な織田のシュートが炸裂する！

事故のあと、駆は心臓移植により一命をとりとめる。しかし意識を取り戻した駆に伝えられた残酷な現実・・・兄の死。２ヶ月後、退院し学校生活に復帰する駆だが、サッカー部をやめてリハビリをしながら、退屈な学校生活を送る日々。そんなある日、まるで駆の体に傑が乗り移ったかのような出来事が起こる。駆の身にいったい何が・・・！？

公園での練習の後、駆は奈々から心臓移植に関する衝撃の真実を知らされる。

現実を受け止めきれずに苦しむ駆。そんな時、傑が生前書き綴っていた日記を見つけてしまう。そこに記されていたのは駆が忘れかけていた傑との約束・・・そして、江ノ島高校に通う「荒木竜一」と言う男の名前だった。

江ノ島高校の入学式。駆は奈々とともに江ノ島高校FCに入部する。 しかし校内にはもう一つ、公認サッカー部の江ノ島高校SCが存在した。そして傑も認めるファンタジスタ、荒木竜一は現れぬまま公式戦の出場をかけたSCとの試合を迎えることに・・・

公式戦への出場をかけた、SC戦がついにキックオフ！！ 荒木不在のFCは、１１人ギリギリでSCとの戦いに挑む事に。試合は徹底した管理サッカーとフィジカルで勝るSCに押される展開。そんな中、三上が肩を負傷してしまう。交代選手のいないFCだが、そこへ急遽SCを退部したという公太がFC入部を決める。そして試合は後半残り２０分、苦しむFCメンバーの前に現れたのは！？

試合は残り２０分、FCは２点のビハインドをおう苦しい展開！そこへ登場したのは、王様・荒木竜一であった。太っていた体はしっかりと引き締められまるで別人に！その後ピッチへ投入されると、信じられない様なテクニックでSCを翻弄し、駆も素晴らしいプレイを連発！！そして試合は一進一退の攻防戦へ・・・。

荒木の活躍もあり、２点差から同点に追いついたFC。そして伝統の一戦は幕を閉じる。試合後、岩城と近藤が話し合い、出した答え・・・それはFCとSCを一つのチームにすること。そして新しい江ノ島高校サッカー部の指揮をとるのは岩城に決まる。間近に迫るインターハイ予選。SCとFCのメンバーは、一つにまとまることができるのか！？そして奈々の携帯電話から鳴り響く着信音・・・いったいなにが！？

チームを一つにまとめる意味もあり、強化合宿に向かう江ノ島高校サッカー部。そんな中、奈々はなでしこジャパンでの初戦で途中出場を果たす。相手はアメリカの強豪マイアミハリケーン。その試合で奈々は素晴らしいテクニックを披露し、一躍なでしこジャパンのスター選手に！一方、結束をはかるはずの強化合宿で駆たちサッカー部員は、恒例の肝試し大会などで大騒ぎ！　…江ノ高サッカー部、大丈夫！？

駆は新聞記事で、以前奈々がアメリカの女子サッカー界で旋風を巻き起こしていたこと、そして今日行われるなでしこジャパンの試合に出場することを知る。なぜ自分に話してくれなかったのか・・・駆の中で悔しさと寂しさが入り交じる。そんな中、的場の誘いで奈々の応援に行くことに。今回のなでしこジャパンの相手は、女子ドイツ代表のエース、ミーナ・マイヤー率いるドイツリーグ王者SFフランクフルト！キックオフの笛が今鳴り響く―――

いつもの様に練習に勤しむ江ノ高サッカー部。しかしそこに荒木の姿はない。練習に遅刻をし、相変わらずの不摂生を続ける荒木を笑顔で迎える岩城であったが、規律を重んじる元SCメンバーがそれに反発。そしてついには練習をボイコットしてしまう・・・インターハイ予選を間近に控えた江ノ高サッカー部・・・その時、駆がとった行動とは！？

練習をボイコットした、元SCメンバーは河川敷での自主練習に勤しんでいた。沢村たちに戻ってもらいたいと願う駆は、毎日河川敷へと足を運び説得を続ける。そんな中、江ノ高サッカー部は岩城の提案で大学生のサッカーチームと練習試合をすることに・・・果たして岩城の思惑とは！？

ついに幕を開けた、インターハイ神奈川県予選！江ノ島高校の緒戦の相手は、前の県予選でベスト８まで残った慶早大付属湘南高校。観客席には、駆の中学時代のチームメイト、佐伯や国松の姿が。鎌倉学館のエースで、U-19日本代表の鷹匠も見つめる中、はたして駆はゴールを決める事ができるのか！？そして、新生江ノ高サッカー部の勝利の行方は！？

インターハイ神奈川県予選の緒戦を見事勝利で飾った江ノ高サッカー部。 駆は奈々との公園の練習中、偶然にもとんでもないフェイントを成功させる。わずかに残る感覚を頼りに、今回の対戦相手、武湘高校戦で何度もチャレンジを繰り返す駆。しかし、まだまだ未完成のフェイントを成功させる事ができず、チームの決定機を何度も潰してしまう。そしてそんな駆をベンチで見つめる岩城・・・彼のとった行動とは！？

辻堂学園の試合をビデオでチェックした江ノ高サッカー部一同は、レーザービームスローという超絶プレイを目撃する。そしてその辻堂学園との試合当日、１０番の金大順（キムデスン）から放たれるスローインは、まるでフリーキックの様な勢いで次々と江ノ高ゴールに迫り、前半のうちに２対０とリードを許してしまう。ベンチで戦況を見つめる駆に、果たして出番は訪れるのか！？

辻堂学園とのインターハイ神奈川県予選。交代で投入された駆だが、空中戦で相手選手と激突しピッチに倒れ込んでしまう。そして立ち上がった駆は、驚異的なドリブル突破とキラーパスで辻堂ゴールを脅かす。その姿はまるで別人・・・そんな駆の中に傑の存在を感じる荒木と奈々。しかし我に返った駆は、その時の事を全く憶えていない・・・果たして駆に何が起こっているのか！？

駆の中に宿る傑の存在を認めるべきだと訴える峰に、駆の心中を察する岩城は激高する。そして、自分の身に起きている不思議な出来事に心を乱される駆。その後、駆はいつもの様に夜の公園で奈々を待っていると、グレイマスクを被った謎の人物が現れる・・・ボールを奪われ、挑発される駆。果敢に挑む駆だが、グレイマスクの超絶プレイに全く歯が立たない。奈々ではない誰か・・・果たしてグレイマスクの正体とは！？

五島の代わりになでしこジャパンの監督代行として急遽招集された竹田。その竹田を監督として迎えた初戦、なでしこジャパンVSなでしこリーグ選抜。選手層で圧倒するなでしこジャパンであるが、舞衣のワンマンプレイがきっかけで思わぬ苦戦を強いられる・・・。そんな状況にも関わらず、のんきにかまえる竹田。そんな竹田に怒りをあらわにするキャプテンの一色。しかし、いい加減とも取れる竹田の発言が、試合の行方を大きく左右する事に！？

神奈川ベスト８を賭けた戦い、江ノ島高校VS湘南大付属高校がついにキックオフ！この試合で江ノ高を待ち受けるのは、３年生の本田マイケルと、駆の幼馴染みの日比野を中心とした、神奈川ナンバー１の４バック、フォーアロウズ！そして攻撃では、強力な日比野のキャノンフリーキックが襲いかかる！駆と日比野・・・因縁対決の行方は！？

江ノ島高校VS湘南大付属高校、どちらも一歩も引かぬまま、前半戦を０対０で折り返す。そして試合は運命の後半戦へ・・・。湘南大付属高校は、琢磨に替えて、フォーアロウズ５本目の矢２年生の九十九を投入する。その九十九の驚異的な運動量とスピードで、陣形をかき乱される江ノ高。そして日比野のキャノンフリーキックが江ノ高ゴールを突き刺し、先制点を許してしまう・・・どうなる江ノ高！？

湘南大付属高校を破り、ついに神奈川県ベスト８まで駒を進めた江ノ島高校サッカー部。岩城の計らいで練習が急遽休みになり、駆たち江ノ高メンバーは、たまたま立ち寄ったお祭りで、奈々や舞衣の浴衣姿にテンションを上げる！そして、射的の景品で見つけた幻のサッカーシューズ！舞衣の積極アピールに尻込みする駆！それを見つめる奈々の視線・・・江ノ高サッカー部、練習よりも大忙し！？

湘南大付属高校を見事破り、ベスト８に進出した江ノ島高校。そして準々決勝の相手は、皇帝・飛鳥享が率いる葉蔭学院！前半開始早々に、的場からの絶妙なアーリークロスを高瀬が得意のヘッドで葉蔭ゴールに叩き込むが、まさかのオフサイド……これは飛鳥が巧妙に仕組んだオフサイドトラップだった！江ノ高は、葉蔭学院の鉄壁の守りを突き破ることができるのか…！？

前半も残りわずか。１対１の同点に追いつかれてしまった江ノ高は、なんとか葉蔭学院を引き離そうとするも、皇帝・飛鳥 享にことごとくチャンスを潰されてしまう・・・そんな中、起死回生を狙い投入された公太の働きで一度はチャンスかと思われた江ノ高だが、一瞬の隙をつかれ葉蔭学院に勝ち越し点を許してしまう。絶体絶命の大ピンチ！果たして、江ノ高に勝機は！？

葉蔭学院との戦いもいよいよ残り２０分！スコアは２対１で葉蔭学院のリード。そして駆が放った魂のシュートは飛鳥に阻まれ、さらにそれを起点に３点目の追加点を奪われてしまう。鉄壁の守備を誇る葉蔭学院に対し、決定的とも言える２点のビハインド。その時・・・心臓の鼓動とともに駆が目覚める！？

試合は終盤戦。駆からのパスを、荒木が葉蔭ゴールに叩き込み、見事同点に！試合は残り４分弱・・・勢いに乗った江ノ高の総攻撃が葉蔭ゴールに襲いかかる！そして、荒木から駆へ試合を決定づけるラストパス！仲間達の思いとともに、駆のシュートが放たれる！！

インターハイ東京大会決勝。レオナルド・シルバ率いる東京蹴球学園の試合を観戦に来た駆たち。試合開始のホイッスルの直後、歓声は熱狂へと変る！ボールはリカルドからシルバへ、そしてシルバからジェンパへと完璧なパスがわたり、ジェンパが放ったシュートは、放物線を描きゴールへと吸い込まれていく。超高校級のプレイを目の当たりにした駆。その、視線の先には・・・

駆たち江ノ高メンバーは、夏休みを利用して、八雲の親戚が営む海の家でアルバイトをすることに。灼熱の太陽と水着ギャルに心はずませる一同。しかしそこに待っていた海の家オーナーの忍には、驚愕の事実が！？そして忍の娘、桃花にメロメロになる荒木・・・その時、織田がとった行動とは！？

いよいよ、高校の頂点を決める戦いが始まる。日本のユース世代を代表するフォワード鷹匠瑛率いる鎌倉学館と、ブラジルの至宝、レオナルド・シルバ率いる東京蹴球学園の試合が今キックオフ！！ワールドクラスの選手を揃える蹴学を相手に、鎌学は怒濤の攻撃を仕掛ける。日本高校サッカーの威厳のため。傑の思いとともに・・・

なでしこジャパンVSロシア代表の一戦。舞衣は自身のゴールで、見事にチームを逆転勝利へと導く。しかし、相変わらずのワンマンプレイを貫く舞衣は、ますますチーム内で孤立してしまう。一方の江ノ高サッカー部は、岩城が考案した、地獄のトレーニングの真っ最中！そして、逃げ惑う荒木に忍び寄る人影・・・その正体とは！？

U-16日本代表合宿に合流した駆と荒木。しかし駆は葉蔭戦での傑の様なプレイを評価され、フォワードではなくミッドフィルダーとして招集されていた。そんな駆に荒木は、自分らしいプレイをしろと言葉をかける。超高校級の選手達の中で、駆はストライカーとしての力を発揮する事ができるのか！？

U-16アメリカ代表との親善試合のベンチ入りメンバー20名が発表された。そこには駆や荒木、さらに佐伯、日比野、鬼丸、世良たち神奈川高校選抜メンバー6名全員が残った。そして試合はいよいよキックオフ！途中出場ながら、自分の持ち味を発揮する駆。桜井監督が格上だと言うアメリカ代表に、見事勝利できるのか！？

毎年恒例の江ノ高文化祭。サッカー部は公太を中心にメイドカフェを開店することに。メイドには奈々たち女子マネージャーの他に、人手不足でかり出される駆や織田たち男子部員の姿も。そして、演劇部部長の明智の頼みで、なぜか舞台劇をやることになるサッカー部。開演まであとわずか！どうするサッカー部！？

高校選手権がついに開幕！江ノ島高校の相手は、U-18日本代表の経験もある秋本が率いる経政大付属湘南高校。試合開始早々、火野と荒木が見事にゴールを決める！そして、荒木と八雲に代わって、駆と公太がピッチへ。織田からのロングフィードにすかさず反応する駆。φトリックでディフェンダーをかわし3点目のゴール！江ノ高の攻撃はまだまだ止まらない！

選手権神奈川予選、厚樹北高校と江ノ島高校の一戦。駆の決勝ゴールで見事勝利し、10年ぶりに準々決勝進出を決めた江ノ高イレブン！その後、荒木はU-16日本代表アジア遠征に出発。荒木不在の中で、強敵相模ケ浦高校を迎え撃たなければならない江ノ高。そんな江ノ高の前に、強力な練習相手が訪れる！？

神奈川県予選準々決勝まで駒を進めた江ノ島高校。相手は、神奈川で旋風を巻き起こしている相模ヶ浦高校。試合が進むにつれ、ネオ・トータルフットボールの術中に落ちていく。そして、李の好セーブもあり何とか無失点で前半を折り返すと思ったその時、天童次英のシュートが江ノ高ゴールへ襲いかかる！

ネオ・トータルフットボールの謎を解き明かした江ノ高。相模ヶ浦が巻き起こす台風の目を突き、怒濤の攻撃を仕掛ける！そして、ついに駆のゴールで同点に。ここで、相模ヶ浦は本当の全員攻撃全員守備の、トータルフットボールに戦術を切り替える。試合は終盤、一進一退の攻防が続く中、強烈な織田のシュートが炸裂する！