Un truand, Spencer Spencer, décide de se glisser dans la peau de Superman pour commettre des crimes. Loïs et Clark s'avouent leur amour...

Un étrange fait divers attire l'attention de Loïs et Clark. Plusieurs couples sans histoires disparaissent de Metropolis après avoir été en contact avec un célèbre thérapeute et avoir assisté à ses séminaires de relaxation. Les deux journalistes décident de se faire passer pour d'heureux jeunes mariés afin de participer à l'un des séminaires du psychothérapeute et de mener à bien leur enquête. Horrifiés, ils découvrent que Larry Smiley est un véritable fanatique, désireux de fonder une nouvelle société avec les personnes qu'il a enlevées. Loïs et Clark vont tout faire pour l'empêcher de mener à bien son funeste projet...

Mindy Church, nouveau chef suprême d'Intergang, a décidé de lancer une terrible offensive contre Superman pour prendre le contrôle de la ville. Pour cela, elle compte neutraliser le super-héros en lui inoculant un virus inconnu qu'elle a découvert sur la planète Krypton grâce au «Bricoleur». Pendant ce temps, les parents de Loïs, Ellen et Sam Lane, décident de rendre une petite visite à leur fille. Ils apprennent alors que Clark et Superman ne sont qu'une seule et même personne et qu'il est sur le point de sombrer dans le coma...

Juste avant son mariage, Loïs est enlevée par Lex Luthor en personne. Pour que Clark ne se doute de rien, il remplace Loïs par un clone. Toujours amoureux de la jeune femme, il la séquestre dans un bunker en espérant réussir à la séduire. Clark, de son côté, est à cent lieues d'imaginer que celle qu'il s'apprête à épouser n'est pas Loïs. Dans le bunker, l'ambiance est tendue et Luthor injecte une drogue à sa prisonnière...

Ching et Sarah semblent être liés à un dénommé «Assassin», un ténébreux individu déterminé à éliminer Superman. Celui-ci dispose d'un sérieux atout : il a les moyens de combattre les pouvoirs du super-héros. Les parents de Clark et Loïs deviennent les cibles de sa fureur. Superman doit prendre la décision la plus difficile et la plus poignante de sa vie. Ses relations avec Loïs s'en trouvent à jamais changées...

Peu après son arrivée sur Krypton, Superman apprend que Lord Nor et ses sbires ont envahi la Terre et qu'ils sont désormais détenteurs de nouveaux pouvoirs. Les humains ont été réduits à l'esclavage. Dans le but d'empêcher Nor de coloniser la planète entière, Clark et quelques-uns de ses amis de Krypton retournent sur Terre pour un ultime combat, dont l'enjeu n'est autre que l'indépendance de l'humanité. Loïs souhaite aider Clark dans son combat et, ensemble, ils prennent la place de deux esclaves de Smallville. Malheureusement, Lord Nor découvre la supercherie et Clark est contraint de l'affronter directement...

Clark est accusé d'avoir trahi le peuple de Krypton et risque d'être banni à tout jamais. Cependant, Loïs parvient à convaincre les Kryptoniens de l'innocence de Clark. On lui accorde finalement une deuxième chance et l'opportunité de sauver la planète de la tyrannie de Lord Nor...

Après que son jugement a été prononcé, Loïs est totalement démoralisée. Elle se retrouve accusée d'un meurtre qu'elle n'a pourtant pas commis et croupit dans une cellule. Alors qu'elle pense être abandonnée de tous, Superman se manifeste. Pour la première fois, le super-héros prend le risque de s'opposer à la justice de son pays. Il parvient sans trop de peine à faire évader la jeune journaliste. Ensemble, ils prennent la fuite et se mettent immédiatement à la recherche du véritable assassin. Il leur faut faire vite. Le temps presse : tous deux savent que ce criminel est prêt à sacrifier des millions de vies humaines, sans aucun état d'âme...

Emprisonné par Tempus, le dictateur venu du futur, désormais maître du pays, Superman désespère de revoir un jour celle qu'il aime. Le super-héros continue de s'activer afin de trouver l'appareil utilisé par Tempus pour laver les cerveaux. De son côté, Loïs reçoit une aide inattendue, celle de HG Wells, le voyageur du temps. Selon lui, l'unique solution serait d'explorer un monde parallèle à la recherche d'un Superman alternatif. Mais les minutes sont comptées car, si le véritable Clark n'est pas retrouvé dans les 48 heures, son espace temporel se rétrécira et il sera réduit à néant...

Loïs et Clark, mariés depuis peu, pensent que le moment est venu pour eux d'avoir des enfants. Mais la nature extraterrestre de Superman ne lui permet pas de procréer avec une Terrienne. Selon le médecin personnel de Superman, leur union est vouée à rester stérile. Loïs, bouleversée, se tourne vers son père, un scientifique excentrique, à qui elle demande de trouver une solution. Pendant ce temps, le docteur Klaus Mensa, un criminel télépathe, est libéré de prison et, ivre de vengeance, décide de s'attaquer aux parents de Loïs...