시내버스 자격 시험을 보기 위해 시험장을 찾은 타요는 처음엔 긴장했지만 꼬마택시 누리의 격려에 힘입어 멋지게 시험을 통과한다. 이층버스 씨투의 안내를 받아 차고지로 향하던 타요는 스피드의 꼬임에 넘어가 강변도로에서 위험한 질주를 벌인다. 결국 충돌사고를 내고 견인차에 실려가는 스피드. 타요는 경찰차 패트와 루키에게 주의를 받고 다시 차고지로 향한다. 차고지에 도착한 타요는 로기와 라니를 비롯한 여러 버스 친구들의 환영을 받으며 차고지에서의 첫날밤을 보낸다.

씨투를 따라 차고지 곳곳을 소개받는 타요. 정비소, 세차장, 충전소, 교육장 모두가 타요에게는 신기하고 재밌기만 하다. 마침 운행시간이 되어 씨투와 로기는 운행을 나가게 되고, 혼자 남겨진 타요는 호기심에 허락 없이 차고지를 벗어난다. 도시를 혼자 돌아다니던 타요는 그만 길을 잃게 되고, 타요가 없어진 걸 알게된 버스들은 타요를 찾으러 나서지만 계속 엇갈리고 만다. 결국, 루키와 패트의 도움덕에 타요는 다른 버스친구들을 만나게 되고 무사히 차고지로 돌아오게 된다.

열심히 운행연습을 해보지만 잘 되지 않는 타요. 그때 운행을 나가야 하는 버스가 고장이 나고, 아직 미숙한 타요가 대신 운행을 나가게 된다. 걱정했던대로 첫 운행이 쉽지 않은 타요는 실수를 연발한다. 자신감을 잃고 기운이 빠진 타요. 이때 나타난 라니의 격려를 받은 타요는 다시 힘을 내서 운행을 시작하지만 버스를 무서워하는 꼬마손님을 만나 난처한 지경에 이르게 된다. 이때 타요가 재치를 발휘에 자신의 특기인 재밌는 방귀연주로 꼬마손님를 달래는데 성공하고 훌륭히 운행을 마친다.

하루라도 빨리 정식 운행을 나가고 싶은 타요. 그런 타요의 마음을 헤아린 씨투의 제안으로 타요는 로기의 운행을 따라가게 된다. 운행중 자꾸 한눈을 파는 타요 때문에 곤란해 하던 로기. 설상가상으로 고장까지 나는 바람에 로기는 꼼짝 못하게 된다. 타요는 고장난 로기를 뒤에 매달고 다니면서 운행을 마칠 수 있도록 도와주겠다고 제안한다. 로기는 조금 불안하긴 하지만 타요를 믿고 타요에게 몸을 맡긴다. 서로 의지하며 무사히 운행을 마친 타요와 로기는 둘도 없는 친한 친구가 된다.

어느날 밤, 라니는 로기가 꾸며낸 전설의 자동차 이야기를 듣고 잔뜩 겁을 먹게 되고 악몽까지 꾼다. 어두운 것이 무서워진 라니는 운행중에 깜깜한 터널에서 뒤따라오던 빅을 전설의 자동차로 오해하게 된다. 다행히 오해를 풀고 빅과 함께 무사히 터널에서 빠져나온 라니. 차고지로 돌아온 라니에게 타요와 로기는 전설의 자동차는 모두 지어낸 이야기라고 고백하고 라니는 토라진다. 하지만 하나와 타요,로기가 연출한 그림자놀이로 기분을 풀게 되고 더 이상 어두운 것도 무서워하지 않게 된다.

오늘도 변함없이 관광객들을 태우고 열심히 일 하고 있는 씨투. 꼬마버스들이 운행을 잘 하고 있나 걱정이 된 씨투는 관광객들을 데리고 다니는 틈틈히 꼬마버스들을 살피러 간다. 씨투는 자동차들 틈에서 차선을 바꾸지 못하던 라니를 도와주고 공사 중인 길에 빠진 빅을 끌어주던 로기와 낡은 트럭의 실수로 위기에 빠질뻔한 타요를 구해주며 바쁜 하루를 보낸다. 하루종일 꼬마버스들을 돕는 일로 지친 씨투였지만, 꼬마버스들의 감사의 인사에 어느 때 보다 기분 좋게 잠든다.

서로 세차를 먼저 하겠다고 다툰 타요와 로기는 화해하지 않은 채로 운행을 나간다. 한편, 시내에 처음 나온 신참 트럭 으랏차는 실수로 싣고 있던 닭들을 쏟아, 시내에 심한 교통체증이 일어난다. 꽉 막힌 도로에서 마침 타요는 로기와 나란히 서게 되고, 화해하지 않은 둘은 서먹하기만 하다. 속으론 화해하고 싶지만 용기를 내지 못하고 있는 타요와 로기. 그 때 둘 앞에 닭 한마리가 나타난다. 닭을 잡아달라는 루키의 말에 타요와 로기는 협력해서 닭을 잡는데 일조한다. 멋진 팀워크를 보인 타요와 로기는 화해를 하고 앞으로 사이좋게 지내자고 약속한다.

로기의 새 타이어를 부러워 하는 타요. 하나가 타요의 새 타이어도 지금 배달중임을 알려주자 타요는 한껏 들뜬다. 한편 타이어를 차고지로 배달중인 오지랖 넓은 토니는 교통질서를 제대로 지키지 않는 차들에게 주의를 주느라 배달은 까맣게 잊어버린다. 타요는 운행을 마치고 설레는 마음으로 차고지에 도착하지만 아직 타이어가 배달되지 않았다는 소식에 실망한다. 밤늦도록 토니를 기다리는 타요와 친구들. 드디어 라니와 함께 토니가 새타이어와 함께 나타난다. 토니는 늦은 배달을 사과하고, 조금 늦었지만 새타이어를 받은 타요는 기분 좋아한다.

버스 차고지에 빨간 버스 가니라는 새 식구가 생긴다. 가니는 하나와 사이가 좋았던 베테랑 버스 ‘원’의 메모리칩을 이식받아 태어난 버스다. 새 친구가 생긴 타요는 신이 나서 가니에게 차고지 구경을 시켜준다. 자신보다 신참인 가니에게 이것저것 가르쳐주고 싶은 타요. 그런데 가니는 오히려 타요보다 모든 면에서 능숙하다. 타요는 가니와 함께 시내로 나갔는데 가니는 타요가 모르는 길까지 알려준다. 차고지로 돌아와 하나에게 가니가 이상하다고 말하는 타요. 하지만 하나는 가니도 타요 같은 다른 꼬마버스들과 다름이 없다며 타요의 말을 웃어 넘긴다.

버스차고지의 새식구 가니에게서 옛친구 ′원′의 흔적을 느낀 하나. 혹시 가니가 폐차된 버스 ′원′의 기억을 가지고 있는지 확인 해 보고 싶어진 하나는 가니의 운행교육을 자청한다. 하지만 하나의 예상과 달리 모든 것이 어설픈 가니. 자신의 생각이 지나쳤나 생각이 든 하나는 이번에는 가니와 함께 시내로 나가본다. 그런데 가니는 마치 예전에 ‘원’이 그랬던 것과 똑같이 어려운 사람을 돕는 일에 앞장서거나, 하나와 ′원′만이 알고있는 추억들을 알고 있는 것 처럼 행동한다. 그렇게 하나는 꼬마버스지만 기억 어딘가에 ‘원’의 모습을 간직한 가니의 비밀을 이해하게 된다.

소풍을 가는 로기를 보자 부러운 타요. 그런 타요에게 스피드는 토토와 함께 셋이서 소풍을 가자고 제안한다. 일을 나가야 돼서 소풍을 갈 수 없는 타요. 다음날 타요는 소풍에 가기 위해 꾀병을 부려 가니에게 일을 떠넘기고 스피드와 토토와 함께 소풍을 가게 된다. 소풍을 나온 타요, 토토, 스피드는 강변도로에서 고장난 자동차를 보게 된다. 쉬는 날임에도 불구하고 책임감있게 고장난 차를 견인 해 가는 토토. 그런 토토를 본 타요는 꾀병을 부리고 가니에게 일을 떠넘긴 자신을 반성하고, 다시는 맡은바 일을 소홀히 하지 않겠다고 다짐한다.

정비소에 정비를 받으러 온 고급자동차 샤인은 꼬마버스들의 관심에 우쭐해 한다. 그때 타요가 비눗방울을 달고 나타나자 관심이 모두 타요에게 몰린다. 자존심이 상한 샤인. 이를 만회하기 위해 샤인은 타요를 따라다니면서 잘난 척을 해 보지만 오히려 번번히 망신만 당한다. 결국에는 타요에게 멋있게 보이려고 무리해서 공사 중인 길을 달리다가 공사장에 갇혀버린 샤인. 샤인은 공사 중인 길에 갇힌 채 연료가 떨어져 정신을 잃고 만다. 타요의 목소리에 정신차린 샤인. 먼저 간 줄 알았던 타요는 토토를 데려와 샤인을 구하고, 타요와 샤인은 좋은 친구가 된다.

꼬마택시 누리는 꼬마버스들과 버스 차고지에서 ‘달려라 파이어볼’ 이라는 TV프로그램을 함께 보기로 약속한다. 열심히 손님들을 목적지로 나르는 누리. 누리는 운행 뿐만 아니라 길잃은 아이에게 엄마를 찾아주는 등 착한 일도 한다. 약속시간이 가까워지자 버스 차고지로 향하는 누리는 자동차 도둑처럼 보이는 수상한 손님을 태우게 된다. 사실 그 수상한 손님은 극성팬을 피하기 위해 변장한 파이어볼이었다. 파이어볼을 목적지까지 친절하게 태워준 누리는 파이어볼과 함께 TV에 출연하게 되고, TV에서 누리를 발견한 꼬마버스들은 누리를 부러워한다.

새로 나온 엔진 오일이 탐난 로기는 하나 몰래 친구들 몫까지 모두 먹어 버린다. 엔진오일을 모두 먹은 로기는 딸꾹질을 하기 시작하고 딸꾹질때문에 운행까지 망친다. 로기가 걱정이 된 타요는 딸꾹질을 멈추게 하는 방법을 찾기 위해 로기를 데리고 척척박사 지하철 ‘메트’를 찾아간다. 자초지종을 들은 메트는 경적을 울려 로기를 깜짝 놀라게 하고, 로기는 딸꾹질을 멈추게 된다. 딸꾹질이 멈춘 로기는 자신을 걱정해준 타요에게 자신이 엔진 오일을 독차지 한 것을 고백하고 용서를 구한다. 타요는 그런 로기를 다독이고 둘의 우정은 더욱 깊어진다.

하나의 심부름으로 공사장을 찾은 타요는 중장비들에게 너무 멋있다며 호들갑을 떤다. 그러자 서로 자신이 더 멋있다며 티격태격하는 중장비들. 결국 타요를 심판으로 최고의 중장비를 가리는 시합을 하기로 한다. 그런데 타요가 중장비에는 어울리지 않는 퀴즈와 방귀 뀌기 같은 엉뚱한 시합만 시키자 중장비들은 . 마지막으로 타이어로 드럼통을 쓰러트리는 시합을 하게 되는데, 시합이 과열되는 바람에 공사장 벽이 무너지고 주변 도로가 난장판이 된다. 그러자 신속하게 힘을 합쳐 상황을 복구하는 중장비들. 타요와 중장비들은 서로 협동 할 때가 가장 멋지다는 것을 깨닫는다.

전국을 돌며 공연하는 마술사 조이가 이번에는 버스차고지에서 공연을 하기로 했다. 누리의 안내를 받은 조이는 차고지로 가기 위해 정류장에서 타요를 기다린다. 그런데 타요는 마술공연을 빨리 보고 싶은 마음에 조이가 기다리는 정류장을 지나치고 차고지로 먼저 가버린다. 누리의 말을 듣고 뒤늦게 조이가 기다리고 있다는 사실을 안 타요는 서둘러 조이를 데리러 간다. 정류장에서 한 소녀에게 마술공연을 보여주며 타요를 기다리던 조이는 서둘러 달려온 타요를 타고 차고지로 향한다. 조이는 뒤늦은 마술공연을 멋지게 해내고 타요는 아무리 급해도 맡은 바 일을 소홀히 하지 않겠다고 다짐 한다.

화재현장의 프랭크와 앨리스가 너무 멋있게 보인 타요와 로기는 둘을 차고지로 초대한다. 우상으로 여기던 프랭크와 앨리스가 차고지로 오자 즐거운 시간을 기대하는 꼬마버스들. 하지만 오히려 프랭크와 앨리스에게 잔소리를 듣고 하고 싶은 것을 못하게 되자 꼬마버스들은 실망하게 된다. 그런데 그 때 정비소에서 갑자기 불이 난다. 신속하게 화재를 진압하고 하나를 구해내는 프랭크와 앨리스. 그 모습을 본 꼬마버스들은 다시 프랭크와 앨리스가 좋아지게 된다.

뭐든 열심히 잘 하는 라니를 보며 흐뭇하게 생각하는 씨투. 하지만 그런 씨투의 마음과는 달리 사소한 오해들이 쌓여 라니는 씨투에게 섭섭한 마음이 든다. 결국 정기 시험을 망친 라니를 씨투가 다그치자 라니는 화가 나서 운행을 나가버린다. 라니는 운행을 맟치고도 공사장, 소방서등을 전전하며 차고지로 돌아가지 않고 배회한다. 결국 연료가 떨어져 멈춰 서버린 라니. 라니가 아무도 없는 꽃길에서 무서움에 떨고 있을 때 씨투가 나타난다. 라니를 끌어주며 따뜻하게 건네는 씨투의 말에 라니는 오해를 풀고 씨투의 소중함을 깨닫는다.

앨리스에게 정비순서를 양보 받고 운행을 나온 타요는 앨리스가 출동에 늦은 것 때문에 프랭크와 싸우는 관경을 목격 하게 된다. 싸움의 발단이 자신 때문이라고 자책한 타요는 둘을 화해시키기 위해 친구들과 꾀를 낸다. 가니를 프랭크로 변장시켜 앨리스에게 프랭크가 사과하고 싶어 한다고 전하는 타요. 그리고 프랭크에게는 앨리스로 변장한 토니를 보여주며 앨리스가 사과 하고 싶어 한다고 말한다. 결국 가니의 실수로 변장 한 것이 들통 나고 타요 일행은 혼나지만 프랭크와 앨리스는 타요의 엉뚱한 노력 덕에 다시 화해를 하게 된다.

친구들과 함께 별똥별을 본 타요는 우주여행을 바라며 잠이 든다. 하나의 목소리에 잠에서 깬 타요. 하나는 우주여행을 할 수 있는 로켓을 타요에게 장착 해 준다. 신나서 우주여행을 떠난 타요는 우주해적 불리를 피해 도망치던 레이공주를 만난다. 레이를 태운 타요는 치열한 추격전 끝에 불리를 물리치고 레이를 무사히 클로버별까지 데려다 준다. 레이에게 클로버 스티커를 선물 받고 지구로 돌아오던 타요는 로켓의 연료가 떨어져 추락하고 만다. 깜짝 놀라며 잠에서 깨는 타요. 타요는 모든 게 꿈이 었다고 생각하지만 타요의 차체에는 여전히 클로버 스티커가 붙어있다.

타요와 함께 강변을 달리던 스피드와 샤인은 서로 자신이 더 빠르다며 말싸움을 하다가 경주를 하게 된다. 하지만 과속을 하며 위험한 경주를 하던 스피드와 샤인은 루키와 패트에게 혼나게 된다. 승부를 가리지 못한 스피드와 샤인은 매트에게 고속열차가 세상에서 가장 빠르다는 소리를 듣고 고속열차와 경주를 하기로 한다. 그런데 시합에서 이기기 위해 불법 개조한 샤인의 엔진이 고장 나면서 샤인은 위기에 처하게 된다. 결국 스피드는 혼날 것을 감수하고 패트와 루키에게 도움을 청하고, 다시는 위험한 경주를 안 하겠다고 맹세한다.

쉬는 날 라니는 아침 일찍 소풍을 떠난다. 소풍을 가던 라니는 고장 난 유치원차를 만나고 유치원차를 대신해서 유치원생들을 태워주기로 한다. 한편 타요와 로기는 라니가 소풍을 가서 즐거운 시간을 보내고 있을 거라고 상상의 나래를 펼친다. 그들의 상상과는 달리 라니는 유치원생들의 말썽과 장난을 받아주느라 정신이 없다. 피곤한 하루를 마치고 유치원생들을 유치원에 내려준 라니. 유치원생들은 라니에게 고맙다는 말을 전하고, 그 말을 들은 라니는 보람찬 생각에 기분 좋게 차고지로 돌아간다.

운행을 마친 타요, 로기, 라니는 서로 자신의 운행 코스가 더 어렵다며 말싸움을 시작한다. 가니의 제안으로 서로 운행코스를 바꿔 나가기로 한 타요, 로기, 라니. 셋은 각자 바꿔나간 코스에서 자신들의 장기를 뽐내 보지만 오히려 승객들의 불만만 듣게 된다. 힘들게 운행을 마친 셋은 차고지로 돌아가는 길에 고장 나서 멈춰버린 가니를 보게 된다. 가니의 승객들은 꼬마버스들에게 가니 대신 태워다 줄 것을 부탁하고 꼬마버스들은 서로가 서로를 추천한다. 서로의 장점을 인정한 꼬마버스들은 다시는 싸우지 않기로 한다.

차고지로 돌아오던 가니는 으랏차가 기침 하며 내 뿜는 매연을 뒤집어쓴다. 가니는 엔진 세척주사를 맞으며 괴로워하는 으랏차를 보고 주사가 무서워진다. 다음 날 꼬마버스들도 주사를 맞아야 된다는 소식을 들은 가니는 무서운 마음에 도망치 듯 운행을 나가게 된다. 그런데 운행을 나온 가니는 몸에 이상을 느끼고 결국 오르막길에서 정신을 잃고 만다. 다행히 하나와 타요의 도움으로 가까스로 사고를 면한 가니. 정비소로 돌아간 가니는 엔진 세척주사를 맞고, 이제 주사를 피하지 않겠다고 약속한다.

1년에 한번 열리는 버스들의 축제인 버스의 날 행사에 장기자랑을 하기로 한 타요. 열심히 엽습한 타요는 정작 축제 당일 운행을 마치고 차고지로 돌아가던 중 길 잃은 아이와 임산부를 도와주다가 축제에 늦고 장기자랑도 못 하게 된다. 축제가 끝난 텅빈 차고지로 쓸쓸히 들어서는 타요. 이때 무대의 불이 켜지더니 여러 자동차친구들이 타요를 반기고 급기야 타요가 올해의 최고의 버스로 뽑히는 영광을 누리게 된다. 여러 자동차 친구들의 축하 인사 속에 타요도 앞으로도 모든 일에 최선을 다하고 앞장서서 남을 돕겠다는 다짐을 한다.