天保十四年、江戸。陸奥から南下しているという妖夷の存在を調べるため、「蛮社改所」の奇士たちが暗躍する。その頃、湯屋で湯汲みをしていた竜導往壓は陸奥から流れてきた農民の親子に出会う。たえと央太というその親子は、何かに追われている様子。往壓は二人を自分の長屋にかくまうが、央太は「異界」を求めて飛び出していってしまう。その思いに応えるかのように出現する「異界」。そこから、巨大な妖夷が姿を現す。

異界から現れた二体の妖夷。その争いに紛れて、往壓そしてたえと央太の親子は放三郎の屋敷に連行される。放三郎の目的は往壓を奇士に迎え入れることだった。だが、たえと央太を追って、屋敷に妖夷、山子が出現する。その最中、姿を消した央太。往壓は宰蔵とともに央太を探して町へ出る。そこで往壓は宰蔵から山子出現の背景を聞く。そこには、飢饉の続いた東北の農村で起きた、ある哀しい事件があった。

奇士たちに導かれ、日比谷の地下に存在する「蛮社改所」の本部に足を踏み入れた往壓。そこで、捕らえた山子を調理して食べる奇士たち。彼らは改めて、往壓に奇士となるよう勧めるのだった。一方、央太は往壓とともに暮らしたいと胸の内を語る。往壓は自分の行くべき道を定められないままだった。その頃、江戸の各地で鎧の妖夷が出現していた。ある具足屋で、狂った様に黄金の鎧を探す老人を見る往壓。その老人には異界の陰があった。

生き人形に乗り移った妖夷、倛倛を漢神で倒す往壓。格闘の最中、鳥居耀蔵の命によってアトルの馬、雪輪が捕らえられてしまう。往壓はアトルを匿うが、彼女は往壓の傍に悪魔の姿が見えると言う。その頃、岡引の玉兵がお篠という女性を連れて小笠原の屋敷を訪れる。往壓の昔馴染みだというお篠は、十五年前、往壓が犯した罪を訴えに現れたのだった。その罪とは……。

他の者には見えないという雲七。彼はいったい何者なのか。往壓は十五年前に犯した罪の記憶を取り戻していく。その頃、アトルの馬、雪輪は鳥居耀蔵の手によって捕らえられていた。鳥居は雪輪を異国の神であると言い、その妖夷を操る能力を見定めようとしていたのだ。鳥居の飼う妖夷の血に、昂ぶり暴れだす雪輪。変貌した雪輪を鎮めるために、アトルは自らを犠牲にしようとする。往壓はそれを止めようとするのだが……。

怒り昂ぶる雪輪を鎮めるため、立ち向かう奇士たち。 往壓は雪輪から漢神を取り出そうとするが、その名が見つからない。 雪輪の放つ冷気に、なす術のない往壓。 その苦境に、雲七は自分の体から漢神を取り出すよう往壓に言うのだった。 だが、漢神を取り出せば雲七は妖夷のように消えてしまうのではないかと往壓は躊躇する。 一方、アトルは奇士たちの攻撃から雪輪を必死に守ろうとする。

芝居町で面だけを残して人が消えるという怪事件が起きる。調査に動き出した奇士たちは、芝居町で金色に光る狐に取り囲まれてしまう。往壓の力で窮地を脱するが、芝居小屋で育った宰蔵は往壓の協力を拒み、一人で事件を解決すると言い出す。宰蔵は往壓の力を恐れていたのだ。一人訪れた芝居町で、豊川一座という女芝居の一行に出会う宰蔵。かつての宰蔵を知っているという豊川は、再び舞台に立つよう宰蔵に勧めるのだった。

宰蔵を救うため、芝居小屋へとやって来た往壓たち。宰蔵は狐たちに囲まれ、面の妖夷に取りつかれてしまっていた。面の妖夷と狐にはどのような関係があるのか。往壓は宰蔵を救うため、信頼できるか分からぬ狐たちに協力を頼む。外へと飛び出していった宰蔵は、その舞いで江戸市中の怪たちを目覚めさせていく。騒ぎの発端に宰蔵がいると鳥居耀蔵に知られた小笠原は、宰蔵を始末するという苦渋の決断を下す。往壓はそれを拒むが……。

面の妖夷に取りつかれたまま、芝居町に向かう宰蔵。面の妖夷「無慈儺(むじな)」は、別の者になりたいという人の願望を喰っているという。女でありながら男として育てられた宰蔵が抱く願望とは……。妖夷「無慈儺(むじな)」を倒すため、宰蔵から漢神を取り出そうとする往壓。だが、宰蔵はそれを頑なに拒む。自分の名に込められた意味を暴かれることを恐れていたのだ。自分を罪人だという宰蔵の、秘められた過去が明らかになる。

将軍の日光参詣に先立って、日光街道の妖夷退治を命じられた往壓。小笠原と二人で日光へと旅立つが、そこには種々の妖夷がはびこっていた。同じく妖夷退治に動く鳥居耀蔵の手下である本庄たち。小笠原のかつての友人、加納政之進は日光まで本庄を追いかけ、仇討ちを果たす機会を窺っていた。小笠原は加納を止めようとするのだが……。それぞれの思いが交錯する中、謎の男たちが現れ不穏な動きを見せる。

日光街道で妖夷退治をする本庄らは、怪しい力を持つという石の欠片を手にしていた。だが、それを謎の集団「西の者」たちに奪われてしまった。日光東照宮で巨大な妖夷を出現させる西の者たち。往壓は漢神で戦うが歯が立たない。雲七と合体した雪輪に、自分を食えと往壓は告げる。その頃、本庄に仇討ちをするという加納を斬れと命じられた小笠原は、抜刀しかつての友人である加納と対峙する。

江戸吉原の遊女屋に身を隠しているアトル。その遊女屋で、遊女を侍らせ豪遊している少年の絵師がいた。彼の名は河鍋狂斎。狂斎は、遊女屋で岡引の玉兵と出会う。玉兵は、奇士たちを追って吉原へとやって来ていた。玉兵は往壓ら奇士の行動を探っているのだった。庶民には知られていない奇士の話に興味を持つ狂斎。そして、奇士と関わりがあると思われるアトルの美しさに目を奪われ……。

江戸の吉原で、遊女が何者かに殺害されるという事件が起きた。その容疑者として狂斎の名があがり、仲間と疑われたアトルともども捕らえられてしまう。この事件に妖夷が関係しているとは知らずに、往壓たち奇士はアトルを助け出すため吉原へと急ぐ。そこで、新たに殺人事件が発生。見つかった遊女の遺体を見て、狂斎はあることに気づく。発見された遊女の遺体には、共通点があったのだ。それは蝶の彫り物だった……。

吉原で発生した連続殺人事件。その謎を解く鍵として、遺体から消えた蝶の彫り物を調査する奇士たち。だが、その混乱に乗じて本庄ら鳥居の手下は、異人であるアトルを捕らえようと画策する。殺人の濡れ衣を着せられ、追われるアトル。狂斎はアトルを救うと往壓に宣言する。お歯黒溝から逃げ出そうとしたアトルは、そこで遊女の清花と出会う。清花の部屋に匿われるアトルだが、そこへ火盗改の市野が現われアトルを斬ろうとする……。

勘定奉行跡部良弼が何者かに命を狙われた。同じように、山崎屋という薬種問屋では洋学嫌いの狼藉者が現われていた。同一犯の可能性を疑い、奇士たちは調査に乗り出す。その頃、アビは町で機の民マスラオと再会する。古き民の掟を破り、妖夷を倒しているアビに怒りを露にするマスラオ。「気砲」という銃をアビに向けるが、アビはマスラオを往壓の追っ手から庇おうとする。そして、山の中で消えた姉ニナイの話を聞かせるのだった。

火薬の匂いもしない銃声もしない「気砲」という銃を山崎屋に売ったというマスラオ。蘭学者側であるはずの山崎屋がなぜ跡部を狙ったのか。また、姉ニナイが山崎屋に身を寄せていることを知ったアビは山崎屋へと急ぐ。一方。山崎屋に用心棒として雇われた宰蔵と元閥は主人の成川から妖夷の肉を食わされる。成川は言う。自分たちの目的は鳥居耀蔵なのだと。それを知った小笠原は……。山崎屋に到着したアビは、そこで姉と対面するのだった。

姉ニナイとともに現われた妖夷、於偶。往壓は漢神を導き出そうとするが、その名が取り出せない。ニナイとともに異界へと消えていく於偶。アビの前には、涙孥という妖夷だけが残される。山崎屋に雇われていた青年米吉は、山の民に憧れ妖夷を神と崇めている。涙孥は妖夷とニナイの子、ニナイは於偶の妻となったのだと語る米吉。奇士たちは涙孥を小笠原の屋敷に隠すが、そこへ妖夷の肉の虜となった成川の手下たちが襲撃してくる。

江戸市中に竜導往壓を名乗る男が現われた。偽者の往壓の正体を探るため、小笠原は往壓の生まれ育った家を訪ねるという。だが、二十五年もの間、家を棄てて生きてきた往壓は、家に近づくことができない。その頃、アトルと狂斎は竜導往壓を名乗る少年に出会う。三人目の往壓が現われ驚く一同。彼の本当の名は、土方歳三。往壓の名を語る理由とは……。そして、歳三の持つ刀から妖夷が出現する。

二十五年ぶりに母親と再会を果たす往壓。姿を消した養子に代わって、再び家に戻るよう勧められる。家を守るためにも、その申し出を受け入れるよう小笠原は往壓を説得する。その頃、奇士たちは竜導往壓を名乗る少年を捕らえようとしていた。彼の本当の名は、土方歳三。歳三の持つ刀から出現した妖夷は、竜導家の養子の後を追いかける。妖夷に立ち向かうため、往壓は姿を変え戦うと言うが……。

新潟湾に浮かぶ船の中、異国からの積荷に妖夷が潜む。ある集団によって目覚めた妖夷は、江戸へ向かい、娘たちを次々と化け物に変えていく。妖夷を捕らえるため出動する奇士たち。だが、鳥居耀蔵はこの事件の背後にいる「西の者」の存在を隠蔽しようとしていた。「西の者」とは何者なのか。そして彼らが妖夷を生み出す目的とは。美しい娘ばかりを狙う妖夷を引き寄せるため、囮になる宰蔵とアトル。そこへ妖夷と「西の者」が現われる。

井戸の水が酒に変わるという事件が起こり、奇士たちが出動する。江戸市中の水道に入り込んだ水の妖夷が原因だが、地下に潜っているためなかなか追い詰められない。その頃、アトルは吉原で一人の男と出会う。武士である彼は、藩の不祥事の責任を取って切腹を言い渡される状況にあるという。この世では生きられないその男を、異界へ導こうとするアトル。異界の入り口を探すため、奇士や豊川狐と共に水の妖夷を生み出した発端を探すが。

下総の国、印旛沼の工事中に相次いで事故が発生していた。それは、黒坊主という妖怪の仕業だという。工事を中止させるため、江戸へやって来た太作という少年から、黒坊主の噂を聞く奇士たち。だが、小笠原は妖夷退治に動こうとしない。工事が中断すれば、鳥居耀蔵の失脚に繋がるのだという。小笠原の制止を聞かずに、印旛沼へ向う往壓。そこで遭遇したのは、人々を蝦蟇に変える妖夷だった。その陰には、西の者たちの姿が……。

この世を拒んだアトルは、異界から祗影という巨大な妖夷を生み出した。その出現に、印旛沼は土石流に飲み込まれていく。混乱の中、奇士たちの前に西の者たちが姿を現す。札を使い、妖夷を意のままに動かすことができるという彼らの正体とは……。駁へと姿を変える往壓。その時、西の者たちと行動をともにしていた元閥が思わぬ行動に出る。

前島聖天に西の者たちが踏み込んでくる。その中に元閥の姿もあった。前島聖天から、その真上に存在する江戸城を陥落させることが目的だという。小笠原を逃し、前島聖天に留まる宰蔵。小笠原は妖夷を倒すため、幕府を守ろうとする鳥居耀蔵とともに、蛮社改所へと戻る。前島聖天の地下水脈から百足の妖夷を出現させた西の者。そこへ、現われたのは……。