水原誠の通う県立東雲高校の地下から正体不明の遺跡が発掘された。その遺跡の第一発見者に名乗りを上げる生徒会長・陣内克彦は、誠のことを勝手に宿命のライバルだと決めつけ、一人盛り上がっていた。そんな陣内が軟禁目的に、誠を夜の学校へ呼び出した時、不思議な光があたりを包み込み、全ての時間が静止した。

不思議な力によって神秘の世界エルハザードに放り込まれた誠たちだが、誠はその容貌が行方不明のファトラ王女にうり二つだったため、彼女になりすますハメに。そして目指すはマルドゥーン山。「神の目」の封印を解くために必要な三人の大神官が住む神聖な山である。藤沢先生、アレーレは一路マルドゥーン山へ向かう。

マルドゥーン山でようやく出会えた三神官に、あっさりと肩すかしされた誠たち。みそぎの儀へ出かけてしまった三神官を追いかけ、誠たちは旅を続ける。彼らが広大な砂漠を越えてたどり着いたのは、アーリマンの泉と呼ばれる聖地だった。そこでようやく三神官とめぐり会えた誠たちはとりあえず温泉につかることに……。

「伝説の鬼神」が眠る禁断の島に向かう陣内をくい止めるために……。激突するバグロム軍と三神官、陣内兄妹の運命の再会、誠をめぐる嫉妬の嵐……。最終兵器を前に事態はますます大混乱。そして、ついに目覚めた伝説の鬼神・イフリータ。それを誠にエルハザードへ呼び寄せた謎の美女であった!?

ついに復活した伝説の鬼神・イフリータは、ゼンマイの主である陣内の命令のもと、エルハザード全土で破壊の限りを尽くす。戦力の激減した同盟は、対抗する最後の手段である「神の目」の封印解除を決定。そして、バグロム軍の最高司令官に任命された陣内は、ロシュタリア侵攻のため、王宮へ進撃を開始する。

ロシュタリア王宮で破壊の限りを尽くすイフリータ。彼女に対抗するべく立ち向かう三神官であったが、最強の鬼神の前にことごとく敗れ去っていく。三神官にとどめを刺そうとするイフリータに誠が飛びついた瞬間、二人の意識が交錯し、さまざまな記憶がまじり合う。その間にも陣内のエルハザード侵攻作戦は進み……。

幻影族が「神の目」を発動させた。だがそこにイフリータが乗り込んできて、制御の要であるファトラ王女を連れ去ってしまう。王女を手中にした陣内はそれをネタに同盟国を脅迫し降伏を迫る。ファトラ奪還のため三神官とともにバグロム要塞に乗り込む誠たち。イフリータは陣内に命じられるまま誠に武器を向けるが……。

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平穏な日々のロシュタリア。今日は結婚により水の大神官を引退するミーズの後任の大神官が着任する日。遺跡で発掘したジャイロの発光する針の指す方向を辿って河の岸辺までやってきた誠は、意識を失ったまま河に流されていた少女の姿を見つける。実は、誠の救った少女こそが、新たな水の大神官クァウールであった。

クァウールに大神官は役不足、と思い彼女を試すが裏目、裏目に出てしまうシェーラ。そしていよいよ、クァウールの就任式が始まった。だが、シェーラの姿は誠の研究室に。一人研究室で誠の悪態をつくシェーラ。荒れる彼女は周りに当たり散らしその時、偶然次元装置のディスプレイが点滅し、辺りは光に包まれ始めた……。

次元装置の発動によって誠たちは光に吸い込まれ、異次元の世界へ……。そして誠の飛ばされたところは、巨大な城郭を持つ町の周囲がクレーターで囲まれた都市クレタリアであった。クレタリアの装甲兵に取り囲まれてしまった誠と菜々美は、抵抗虚しく城に連れていかれる。その頃、すでに助けられていたクァウールは……。

氷の世界へと飛ばされていた陣内とカツオは倒れているシェーラに遭遇する。その時、陣内はシェーラの下に埋もれている次元装置を発見。この世界に飛ばされる直前、誠の部屋で見た光景から強力な武器だと勝手に確信した陣内。シェーラの手元にある次元装置を奪取すべく、あの手この手で奪いにかかるが……。

空中農園クランドールへと次元移動した藤沢とミーズ。アフラと再会した二人は、人気のある所へと移動する。村はずれの畑にきた三人は農夫のチャービルと出会う。一行が向かった彼の家には、台所で家事をするルーン王女の姿が……。空中農園へと落ちてきたルーン王女はチャービルに助けられ、恋心が芽生えたのだった。

動力低下を続けるクレタリアの「命の泉」。そんな時、クレタリア王宮で菜々美が出来立てほっかほかのお弁当を城内の兵士たちに売る商売を始めた。さらに菜々美は、クァウールとの仲をとりもって欲しいと頼むダルに交換条件を持ちかけ、ダルの私室を改造した「レストラン東雲クレタリア店」をオープンしてしまい……!!

クレタリア王宮にたどり着いたファトラ、アレーレ、パルナス。美女好きファトラは、さっそく城内で見かけたギルダに目をつけた。やっとの思いで王宮内に入った三人だったが、兵士に追いかけ回される始末。その時、一人だけはぐれてしまったファトラは、ギルダを発見。空腹もなんのその一路、ギルダを追って……。

次元移動の謎が解明できずに悩む誠は、菜々美が何を言ってもウワの空。そんな時、パルナスが武器庫で不思議な光を見たと言い出し、誠は武器庫へ急ぐ。またしても誠にかまってもらえず、菜々美はご機嫌ナナメ。一方、「全宇宙の支配者に…」の殺し文句をアルージャから言われた陣内は、渋々シェーラを助ける羽目に……。

「命の泉」の謎の解明に奔走する誠。地下近くの武器庫に「命の泉」から漏れる強力な光を発見。何かを気づく誠だが、待ち伏せしていたギルダたち装甲歩兵に捕らわれ晒し牢へと閉じ込められてしまう。実はクレタリア各地の反乱を鎮めるために「命の泉」の秘められた力を今こそ開放しようとギルダは考えていて……。

ついにギルダが謀反を起こす。だが肝心の皇帝・ダル拘束に失敗したギルダ。「命の泉」の制御パスワードはダルのみが知っているのであった。一方、未だ晒し牢に囚われの身の誠。脱出を試みる誠だったが、牢をつるしている鎖がちぎれ、牢ごと真っ逆さまに急降下。だが間一髪クァウールの法力によって救われる。

「命の泉」の第一の封印が解かれた。その内部は、「神の目」とまったく同じ構造であった。ついに姿を現したアルージャは、誠の異能力を使って「命の泉」の制御パスワードを解けと命じる。仲間の命を盾にとられた誠は、仕方なく「命の泉」と一体化しパスワードに近づく。そして、封印された最後の扉が今、開かれた!!

クレタリア城の上空を覆う巨大な影。ついに「命の泉」が本当の姿を現した。三神官が協力して行うべき「神の目」の封印を一人で行う決心をしていたクァウール。それを知ったシェーラは急ぎ「神の目」に向かい、上空からはアフラの姿も……。果たして誠たちは無事、「神の目」の発動を止め、元の世界へ帰還できるだろうか？

無事に異次元の旅から帰ってきた誠たち一行を待ち受けていたのは、三神官のみそぎの儀式。というと聞こえはいいが、いわゆる温泉旅行だ。美少女好きのファトラがこのチャンスを逃すわけがない。なんとかクァウールに近づくべく、アレーレと二人で練った作戦とは……?!