John e Chris sono riluttanti nel confrontarsi con i propri sentimenti, in questo episodio di apertura della sesta stagione. Nel frattempo, Chris è furiosa per il conto, esageratamente salato dell'ospedale e cerca di ottenere uno sconto, intrufolandosi nell'ufficio dell'antipatico (Paul Dooley), amministratore dell'ospedale. Jake deve vendere i suoi dreadlocks (le treccine rasta) , al parrucchiere, per pagare l'affitto.

Chris fa pressione a John in modo che si decida a darle una data e un posto per il loro primo appuntamento, solo per vederselo interrotto da una emergenza medica; Hector insegna a Jake come fare un po' di soldi extra, partecipando ad un test di farmaci sperimentali che provocano terribili effetti collaterali, Linda fa sentire Margaret in colpa, perché ha filtrato con un poliziotto per non farsi dare una multa.

John cerca di pianificare il primo romantico appuntamento con Chris, ma ostacoli ed imprevisti continuano a saltar fuori, Jake riceve notizie sconvolgenti sulle cause della morte della nonna, deceduta alla casa di riposo per infarto.

Jakes piange per la perdita della sua nonna, Becker e Chris le provano tutte per consumare la loro relazione; Linda,dopo una serata passata a bere cocktail in compagnia di un monaco, ha deciso di arredare l'ufficio in stile feng shui, che a detta di John sembra che una banda di gay asciatici abbia rubato tutto e riarredato.

Chris si sente frustrata non riuscendo ad instaurare una conversazione con John, Linda sostiene di aver incontrato l'uomo della sua vita, ma ben presto cambierà idea e bersaglio, Hector cerca di convincere Jake ad investire sui future del caffè in previsione di un ondata di freddo che investirà il sud America prima del tempo.

Chris vorrebbe che Becker esprimesse i suoi sentimenti, ma lui non è sicuro di poterlo fare, Hector inganna Jake vendendo riviste porno a sua insaputa, Margaret su suggerimento di Linda, per racimolare qualche dollaro extra, va a lavorare di notte in un call center, ma rimane sconvolta quando scopre che si tratta di una linea erotica.

Quello che doveva essere una tranquilla cena del ringraziamento tra Becker e Chris si trasforma in una movimentata festa, quando Chris invita, oltre la sorella che non vede da mesi, anche Jake, Linda, Margaret e Louis.La banda venuta a conoscenza del fatto che la sorella ha scontato una pena per tentato omicidio, quando servendo suo marito, in un impeto di rabbia, gli ha tagliato il dito mignolo, osserva nervosamente la sorella durante la cena ed ai primi segni di una ricaduta collerica, non esita a nascondere coltelli e forchette.

Quando strani individui cominciano a invadere lo studio medico di Becker e lo snack bar di Chris, Margaret scopre che il centro di accoglienza nelle vicinanze è stato chiuso. Becker decide di radunare i suoi nuovi eccentrici amici e far valere i suoi diritti, organizzando una marcia per la giustizia verso il municipio. Nel frattempo, Jake eredita $ 25.000 dalla defunta nonna e mentre pensa a cosa fare con i soldi, spende 500$ per una bottiglia di vino d'annata.

Chris si arrabbia quando a John viene offerto un viaggio gratis a Las Vegas per presiedere ad un convegno medico, ma non la invita ad andare con lui, rifiutandosi di permutare il biglietto aereo di prima classe con uno per due posti in pullman. Inoltre Becker è tentato da una incantevole e sensuale dottoressa che gli sussurra paroline dolci all'orecchio durante il volo, fugando ogni dubbio sulle sue intenzioni, presentandosi nella sua stanza la sera stessa. Nel frattempo, un chirurgo plastico sostituisce Becker durante la sua assenza allo studio medico, cercando di convincere Margaret a lavorare da lui con un offerta piena di zeri.

Margaret è depressa e si rifiuta di lavorare, quando viene a sapere che la sua migliore amica del liceo è riuscita a sfondare come stilista, guadagnando milioni di dollari creando borsette da donna. Questo la porta a riflettere sulla sua vita e se lei ce l'avrebbe fatta a diventare una cantante professionista se avesse perseguito il suo sogno. Tornato allo studio medico, John cerca di insegnare a Linda come si somministra il vaccino influenzale, facendogli fare pratica con siringhe ed arance.

Arriva una tempesta di neve a New York, proprio quando Chris prenota una vacanza alle Bermuda con Becker, una sensitiva annuncia a Linda che sta per incontrare l'uomo dei suoi sogni, Margaret si appresta a trascorrere un fine settimana da sola.

L'agenda di Johns è zeppa d'impegni in questa giornata, in pratica dovrà digiunare, tra una conferenza medica da tenere a Manhattan e una commissione in centro per Jake, dovrà poi tornare in tempo per una cena nel Bronx. Sulla via del ritorno aiuterà una signora anziana, che ovviamente non conosce New York, a raggiungere la stazione della metropolitana Street Chambers, che è proprio sotto il World Trade Center.

Nel finale della serie, Becker si accorge di essere felice, ma Chris teme che John stia per rompere con lei dopo aver ricevuto un inaspettato invito a cena in un bel ristorante, Jake ha finalmente deciso come usare l'eredità della nonna, andrà a studiare alla Northwestern University di Chicago, Linda trova un nuovo ragazzo francese in metropolitana che non parla ne capisce una solo parola d'inglese.