夏休みを祖父の家で過ごすために田舎へとやってきた中学一年の少年・八坂一。道に迷って困り果てていた彼は、ひと休みしようと喫茶店・方舟に入る。そこでウェイトレスとして働いている“あらし”という年上の女の子に一目惚れをする。たまたま隣の席に座っていた地元の中学生・上賀茂潤にあらしの素晴らしさについて熱弁を振るっていると、店にサングラスを掛けた強面の男やってきた。私立探偵だと名乗るサングラスの男は「身内の人が探している」と告げると、無理矢理あらしを連れ去ろうとする。

あらしに連れられ過去の世界を目の当たりにした一だが、それでも時を超えたという実感がなく、また彼女の自分は幽霊だという言葉にも半信半疑。ひょんなことから潤とともに方舟でアルバイトすることになったものの、仕事中もずっとあらしのことが気になっていた。そんな一は、潤に「見ず知らずの人にいきなり居候させてくれというなんておかしい。女には裏があるんだから気を付けろ」と忠告され、ますますあらしのことが気になってしまう。

相性の合った相手と“通じる”と、その力を借りて時間を跳ぶことができるあらし。そんなあらしの秘密を知り、彼女の力になることを誓った一だったが、いまだに彼女が幽霊だということは信じられずにいた。そんなある日、一たちは、黒髪の女の子を主役にした自主映画を撮影したいという学生達に協力することになる。あらしとともに撮影場所となる大倉山高等女子校を下見に行った一と潤は、そこで戦時中に写された１枚の写真を見せられる。そこにはあらしと、カヤという金髪の少女が写っていた。

カヤは60年前のあらしの友人だった。彼女もあらしと同じくタイムトリップの能力を身につけ、現在にやってきていたのだ。再会した彼女は、あらしと同じく喫茶店・方舟でウェイトレスとして働くことになる。一は、あらしとは違う落ち着いた大人の魅力にあふれたカヤが方舟で働く姿を見て浮かれていたが、潤の方は一に着替えを見られたせいで、機嫌が悪い。そんな折、潤は頭からミルクを被ってしまい着替えることになる。マスターが用意した服に着替えた潤。その衣装とは！？

女性を冷めた目で見つめ、常に一定の距離を置いて接している潤。触れられることを嫌がった潤に対し、カヤは「男のくせに情けない」と無理矢理その手を握り、自分の方へ引き寄せる。次の瞬間、繋いだ手から閃光が走り、２人は昭和20年の喫茶店・方舟へとタイムトリップしていた。カヤは、自分と“通じて”時を越えるためには、ある条件を満たさなければならないことから、これまで潤が隠していた秘密に気づく。

潤は男装した女の子だった。彼女はカヤから「皆には女だってこと、隠したままでいるつもり？」と問われ、言葉に詰まってしまう。その頃、あらしと一は方舟の前で雑巾をボールに、ひしゃくをバットにして野球をしていた。一はあらしに向かって渾身の球を投げるが、あらしは、その球を見事打ち返す。ところが打球は勢い余って方舟の屋根の上にある風見鶏を壊してしまう。その風見鶏は戦前から方舟の屋根に設置されているもので、あらしやカヤにとって思い出の品だった。

スイカの買い出しに出かけた一と潤は、帰り道に神社の階段で休憩していた。そこでジュースの自動販売機を見つけたが、手持ちのお金が120円しかなく、１本しかジュースを買えない。一はジュースを分け合って飲もうとするのだが、一と間接キスとなることを気にした潤は気にして飲もうとしない。ところがそれを遠慮していると勘違いした一が無理に飲ませようとするので、潤は必死に抵抗。揉み合いになった末に、２人一緒に階段から転げ落ちてしまう。幸い大したケガもなく起きあがった一と潤だったが、なんとお互いの心と身体が入れ替わってしまったことを知り衝撃を受ける。

方舟でマスターからある頼み事をされる一たち。頼みの内容は、賞味期限が切れたサバの刺身をタイムトリップで過去に戻って食べられるようにしてくれというものだった。カヤは無理だと断るが、マスターはサバの刺身に未練があるようで、なかなか諦めようとしない。潤は、過去に行けるからといって何でも出来るわけではないと説得する。そんな中、一はふとある疑問を抱くのだった。その疑問とは自分たちが過去でなにかをした場合、歴史そのものが変わるのではなく、自分たちが別の世界に跳んで来ているのではないかということであった。

方舟のバイトを終え帰路につくあらしと一の前に、山崎加奈子という女が現れた。加奈子は、なんとあらしの胸に手を刺すと、彼女の体からエネルギーを吸い取りはじめる。あらしを助けようとする一だったが、目の前にボウガンを突きつけられ、身動きが取れない。しかし加奈子にエネルギーを吸われ、どんどん弱っていくあらしを見て我慢できず、一は身の危険も省みず加奈子に飛びかかる。冷酷な目でためらいもなくボウガンの引き金を引く加奈子。ボウガンの矢が一に迫る！　この絶体絶命のピンチを助けたのは、なんとグラサンだった。

力を奪われ昏睡状態に陥ったあらしを助けるため、加奈子の住む屋敷に忍び込んだ一とグラサン。しかし加奈子に見つかってしまい攻撃を受ける。加奈子のナイフをよけようとしたはずみで、加奈子と同居していた少女・やよゐに触れた一は、彼女と通じて、戦時中にタイムトリップしてしまった。町外れの丘にたどり着いた一とやよゐは、当時の加奈子と出会う。そこへ米軍機が近づいてきて、彼らに攻撃を仕掛けてきた！

加奈子とやよゐから存在を維持するためのエネルギーを戻してもらい、目を覚ましたあらし。一方であらしにエネルギーを返した２人の姿は急速に薄れていき、今にも消えようとしていた。それを見て一たちは慌てるが、加奈子とやよゐは、あらしの力を奪ったことを謝罪すると、消えてしまうのはあらしの力を奪った罰だと、自らの運命を受け入れようとする。しかしあらしとカヤが、それぞれ一と潤の手を取り、加奈子とやよゐに存在の力を分け与えると、２人の姿は見る見る元に戻るのだった。

とある夏の日の朝。自分を起こしにきたあらしに、学校の自由研究として作ったサクランボ爆弾の解説をする一。しかし方舟へ行く途中であらしから、爆弾はイヤだから“キューティーチェリーちゃん”に名前を変えようと提案される。恥ずかしいからイヤだと抵抗する一だが、結局あらしに押し切られ、名前を変更することに。方舟に着くと一は、 “キューティーチェリーちゃん”を小皿に載せ、完璧な出来栄えに満足していた。するとどこからか「赤木圭一郎よ！」という女の声が。声を聞いた一は、他の面々とともに、赤木圭一郎を見ようと方舟の外に出るのだが……。