魔術都市「アーカムシティ」で、繁盛しない探偵業を営んでいる「大十字九郎」。ある日、九郎は街の実質的な支配者である覇道財閥の総帥「覇道瑠璃」から、魔導書探しの依頼を受けるのだが……。

「ブラックロッジ」の「破壊ロボ」が街を蹂躙する。「アル・アジフ」と出会った九郎は、覇道財閥が建造した「デモンベイン」を招喚して乗り込み、辛くも破壊ロボを撃退する。しかしそれは大きな戦いの幕開けに過ぎなかった。

九郎とアルは失われた魔導書の断片を捜していた。一方、ブラックロッジの「ドクター・ウェスト」は、人造人間の「エルザ」を完成させる。以前の雪辱を果たすため、ドクター・ウェストはエルザを引き連れ、九郎とアルに戦いを挑む。

戦闘で大きなダメージを負ったデモンベイン。ショックを受けた瑠璃は、九郎とアルを厳しく非難する。そんな状況の下、ブラックロッジの大幹部アンチクロスたちが覇道邸を襲撃する。

アーカムシティ近郊のリゾート地「インスマウス」で奇怪な事件が多発していた。その事態を危惧した瑠璃より、調査の依頼を受けた九郎たちは現地へと向かう。

街角で雨宿りをしていた九郎とアルは、記憶喪失の少女「エンネア」と出会う。九郎はエンネアを放っておくことができず、なりゆきで同居生活を始めるのだが、そこにアンチクロスのカリグラとクラウディウスが現れる。

「マスターテリオン」は、ついに「C計画」を発動させる。アーカムシティを蹂躙する破壊ロボの大軍勢。戦意を喪失している九郎は窮地に陥ってしまう。

アンチクロスとの戦いの末、デモンベインは大破し、アルは消滅した。デモンベインを動かすことのできない九郎は、なおも諦めず生身でアンチクロスに立ち向かおうとするが、そこに意外な人物が助っ人として現れる。

「カリグラ」の駆る鬼械神「クラーケン」を撃破したデモンベイン。しかし勝利の余韻に浸る間もなく、「クラウディウス」が基地を襲う。その侵攻を阻止すべく、九郎は生身のまま戦いに挑む。

戦闘の隙をついて「ティベリウス」は瑠璃をさらい、人質に取る。手を出せない九郎を執拗にいたぶるティベリウス。はたしてこの窮地を脱する術はあるのだろうか。

ルルイエの浮上を阻止すべく「デモンベイン」でクトゥルーの心臓部へと向かう九郎とアル。たどり着いた心臓部で彼らを待ち受けていたのはクトゥルーの力を手に入れた「アウグストゥス」だった。

「ヨグ＝ソトース」の門は開かれた。門の向こうへ消えたマスターテリオンを追って、九郎とアルも異界へと飛び込む。あらゆる時空を巡りながら、死闘を繰り広げるデモンベインとリベル・レギス。宇宙の命運を賭けた最終決戦の行方はいかに。