江戸に戻った土方は薩長との再戦に臨むべく動く。羅刹の身で日中も働き続ける土方を心配する千鶴。山南は怪しい行動を見せ始め、沖田は銃創が癒えずに静養していた。そんな中、新選組は甲府城で敵を迎え撃つよう命じられるが、原田や永倉は任務に懐疑的で……。

新選組は甲陽鎮撫隊として甲州へ進軍するが、甲府城にはすでに新政府軍が入城していた。先を越されたと知り、新参隊士の多くが脱走。原田たちは撤退を主張するものの、近藤は一切応じようとしない。土方が援軍を呼びに戻るものの、その間に戦いは始まってしまう。

甲州勝沼の戦いに敗れて撤退を始めた新選組は、陽の下でも動ける新政府軍の羅刹たちから攻撃を受ける。羅刹たちを率いていたのは雪村綱道だった。一方、千鶴は土方と交わした約束どおり、近藤を逃がそうと奔走していたが、二人の前に立ちはだかる者がいて……。

初めて敗戦を経験した近藤は、意気消沈していた。土方は江戸に残っていても戦いの機会を得られないと考え、会津へ向かうことを提案する。新たな隊士を募り、市川で彼らに新式装備の演習をさせる中、流山に移転した近藤たちは新政府軍に取り囲まれてしまう。

江戸城の無血開城が決まり、土方たちも伝習隊を中心とした旧幕府軍の脱走部隊に加わる。旧幕府軍兵たちが新選組の陰口を叩く中、歩兵奉行の大鳥圭介から先鋒軍の参謀に指名された土方は、自ら先頭に立って新政府軍に恭順する宇都宮城を攻め落とそうとするが……。

宇都宮で負傷した土方は、新選組本隊と合流するため、千鶴とともに会津へ向かう。しかし、会津で出迎えた斎藤たちから、近藤が斬首に処せられたと聞かされる。一方、不知火の話が気になり江戸へ戻った原田は、彰義隊が新政府軍から攻撃を受けていることを知る。

負傷した土方に代わり新選組の指揮を執っていた斎藤は、会津候から命を受けて会津藩士たちとともに戦うことになる。しかし、彼らは斎藤が洋装であることや、刀を右差しにしていることを理由に反発する。斎藤たちは白河口に布陣する新政府軍へ攻め込むが……。

仙台へ着いた土方を、旧幕府海軍の榎本武揚が訪ねて来る。彼から仙台で辻斬りが横行していると聞いた土方は、連絡の途絶えている山南たちが事件に絡んでいるのではないかとの疑念を持つ。土方が辻斬りの情報を求めて探索に出る中、千鶴の前に藤堂が現れ……。

土方は千鶴を仙台に残したまま、榎本たちとともに蝦夷へ渡っていた。松前藩を陥落させた彼らは、旧箱舘奉行所である五稜郭を基点とし、徳川家遺臣たちによる領地を蝦夷に築こうとしていた。入札による選挙も行われ、土方には陸軍奉行並という役職が与えられる。