隻身來到京城找尋父親下落的雪村千鶴，突然遭到嗜血怪物的襲擊。此時救了千鶴一命的，正是讓人聞之色變的新選組成員——沖田總司、齋藤一與土方歲三。

來到新選組屯所的千鶴，漸漸地與隊士們打成一片。某天，與隊士一同在市內巡邏的千鶴被捲入一場騷動，他們也因此得知長州藩士的可疑行動。這就是歷史上著名的「池田屋事件」的開端。

以局長近藤勇為首的新選組，在以寡擊眾的情況下衝入池田屋，與尊王攘夷派的長州藩士展開激戰。在戰鬥中，沖田跟藤堂碰上兩名不尋常的神秘男子。另一方面，千鶴為了拯救沖田一行人，火速趕往土方所在的四國屋求援。

池田屋事件之後一個月，長州藩士為了攻入御所再次集結在京城。前往阻止他們的新選組，在戰鬥中碰上了阻礙。面對三個不同於常人的對手，齋藤、原田跟土方展開一場賭上信念的戰鬥。

服下秘藥後成為非人的山南，以及得知藥物是父親綱道所研發而感到錯愕的千鶴。從強行遷移屯所、伊東派勢力的抬頭，加上從江戶返京的平助也有些不對勁……一連串的情況，讓新選組籠罩在一股不尋常的氛圍下。

自稱為「鬼」，在二條城出現的三名男子——風間、天霧及不知火想將千鶴帶走，被及時趕到的土方一行人解救。但風間離開時所留下的話，卻讓千鶴充滿了不安與疑惑。在這個時刻，她在京城裡遇見了名為「千」的少女。

在新選組幹部的貼心安排下，千鶴終於恢復了精神。另一方面，新選組接下守護告示牌的任務，但出現在原田眼前的犯人，竟長得跟千鶴一模一樣？

得知山南還活著的事實後，伊東離開了新選組轉任御陵衛士。而跟近藤的想法出現落差的藤堂與齋藤，也與伊東一起離開新選組。隨後來訪的千姬與君菊，也帶來衝擊的真相。

大政奉還之後，新選組也被捲入多變的世局之中。得知伊東所帶領的御陵衛士即將有所行動，土方終於決定要暗殺伊東。為了挽救跟伊東在一起的平助，千鶴不禁加快了腳步…

在油小路事件身負重傷的藤堂，選擇走上羅剎之路。雖然在千鶴面前展現出堅強的一面，但藤堂仍為羅剎的吸血衝動所苦。而新選組也為了備戰將據點移往伏見奉行所，在此同時，近藤卻被不明人士狙擊…

鳥羽伏見之戰終於爆發，新選組因新政府軍持有的新型槍械陷入苦戰。在拼死的戰鬥中，千鶴跟井上前往淀城請求援軍，不料淀城卻早已向敵方倒戈。看著隊士不斷負傷倒下，與風間對峙的土方做出了重大的決定。