文久三年、冬。父の行方を探して京の都にやって来た雪村千鶴は、血を求める化け物に襲われそうになる。千鶴に迫る化け物を斬り伏せたのは、｢人斬り集団｣と恐れられる新選組の幹部たち土方歳三、沖田総司、斎藤一だった。舞い散る雪の夜、千鶴は運命の出会いを果たす。

父・綱道を探すという名目のもと新選組の屯所で暮らすことになった千鶴は、次第に隊士たちとも打ち解けていく。屯所に来てから半年後、やっと巡察にも同行させてもらえるようになるが、綱道を見かけたという情報を得て向かった桝屋で千鶴は騒動に巻き込まれてしまい……。

山南の命を受け、土方たちのもとへひた走る千鶴。その頃、近藤たちは既に長州人を始めとする勤王の志士たちが会合する宿 池田屋に踏み込んでいた。そこで沖田と藤堂は、只ならぬ気配を漂わす怪しげな二人の浪士に遭遇し、それぞれ一戦を交えるが……。

池田屋への討ち入りからひと月、京には長州藩の藩兵たちが集結していた。御所に攻め入ろうとする長州藩兵を追い返すため、新選組も出陣する。斎藤は蛤御門、原田は公家御門、土方は天王山へと分かれる中、三人は各地で薩摩や長州に与する者たちに出会う。

近藤らが江戸でおこなった隊士募集に応じ、伊東が新選組に入隊する。総長でありながら剣客の道を絶たれていた山南は、伊東が参謀の座に就いたことで身の置き場を失くしてしまう。千鶴はそんな山南を気に掛けるが、やがて事態は思いもかけない惨事に発展し……。

綱道が改良したという薬を飲み、人ならざる者へと変貌する山南。土方は伊東派から山南の存在を隠すため、西本願寺への屯所移転を断行する。移転後、藤堂が江戸より帰京。父親探しの進まない千鶴を明るく励ます藤堂だったが、千鶴は彼の様子がおかしいことに気付く。

二条城に現れた三人の男たち風間、天霧、不知火は自らを｢鬼｣と名乗り、千鶴を連れ去ろうとする。駆けつけた土方、斎藤、原田によって千鶴は窮地を脱するものの、風間たちの残した言葉は謎に包まれたままだった。そんな中、千鶴は｢千｣という名の少女と出会う。

風間から綱道の動向を聞かされた千鶴は、父が新選組と敵対する勢力にいるのではないかと思い悩む。元気のない千鶴を心配する永倉や原田たち。時は過ぎ、京では制札を引き抜く事件が相次いでいた。新選組は制札警護の任を受け、犯人を捕らえようとするが……。

しばらく京を離れていた風間が、再び上洛していた。また、伊東は何者かと密会し、怪しい動きを見せ始める。ある日、羅刹となった隊士が千鶴に襲い掛かるという事件が起き、その惨状を見た伊東は近藤たちに｢新選組から分離し、御陵衛士を拝命する｣と告げる。

薩摩・長州の両藩兵が京に集結して軍備を整える中、新選組も不動堂村から伏見奉行所へ拠点を移し、臨戦態勢をとることとなる。奉行所に詰めてから数日後、局長である近藤が軍議から帰る途中で何者かに狙撃される事件が起こり、新選組に激震が走る。

近藤と沖田が大坂に護送されて直ぐ、新政府軍との争いが勃発。永倉率いる二番組は敵の本陣に斬り込むが、射程の長い銃に太刀打ちできない。斎藤、原田らも同様に成す術がなく、土方は伏見から撤退することを決意する。井上と千鶴は淀城まで援軍要請に赴くが……。