L'histoire se passe environ 25 ans après les derniers événements de Saint Seiya. Le personnage principal est le nouveau Chevalier Pégase : Kôga.

Lorsque celui-ci n'était encore qu'un bébé, Athéna (Saori Kido) fut attaquée par un personnage étrange du nom de Mars. Cette apparition mis également la vie de Kôga en danger, mais il fut cependant sauvé grâce à l'intervention de Seiya, qui scella Mars.

Treize ans plus tard, Kôga élevé par Athéna est entrainé par Shaina pour devenir un futur chevalier. Mais le sceau s'est affaibli et Mars, libre, se remet en quête de Saori. Pour la protéger, Kôga revêt alors l'armure de Bronze de Pégase et, avec l'aide de ses amis, part au secours de la Déesse.