Même revêtu de l'armure de Pégase, Koga demeure impuissant face à Mars, qui enlève Saori. Lorsque l'adolescent se réveille, Shaïna est si gravement blessée qu'elle ne peut poursuivre son éducation. Désespéré mais déterminé, Koga décide de partir seul à la recherche de Saori, guidé par la pierre que lui a remise la déesse avant de disparaître. Bientôt, il fait la rencontre de Sôma, un chevalier du même âge que lui et qui maîtrise le feu.

Athéna est arrivée à la Palestre. Au même moment, le directeur surgit, révélant bientôt qu'il est en fait Chevalier d'Or, une nouvelle qui remet tout en cause...

Mycène poursuit la formation d'Eden et lui fait subir un entraînement difficile. De leur côté, les jeunes chevaliers de Bronze arrivent au Vestige du vent. A l'intérieur, un chevalier d'Argent assez singulier monte la garde.

Son orgueil meurtri après avoir été vaincu, Méthone désire devenir plus fort pour se venger. Europe lui fait don d'un sablier aux terribles pouvoirs qui lui permettra d'assouvir sa soif de vengeance. Prêt à tout pour parvenir à ses fins, Méthone déclenche les pouvoirs du sablier en prenant la vie de sa soeur et en récupérant sa puissance.

Les chevaliers découvrent qu'Aria et Eden sont partis au Vestige de la foudre. Ils décident de s'y rendre à leur tour. Sur le chemin, ils croisent la route de Shaina. Elle leur révèle l'origine du pouvoir des éléments de la lumière et des ténèbres...

Yuna est aux prises avec Schiller, chevalier d'Or du Cancer. Celui-ci utilise les corps des camarades de la jeune fille comme des marionnettes pour la plonger dans la plus grande confusion...

Dans la Maison de la Vierge, Koga et ses compagnons sont malmenés par le gardien des lieux, Fudo. C'est alors qu'apparaît Eden, déterminé à rendre visite à son père, Mars, pour lui ouvrir les yeux sur ses fautes.

Koga et ses compagnons découvrent le maître de la dernière maison : Amor, chevalier des Poissons. Le puissant chevalier d'Or a préparé une petite mise en scène pour ses adversaires. Le petit spectacle terminé, il se dérobe en ressuscitant les redoutables seigneurs de guerre de Mars...

Après avoir rejoint Koga qui est en train d'affronter Mars, Eden lui demande de poursuivre son ascension pour récupérer le sceptre d'Aria, afin de sauver le monde. Il affrontera seul son père...

Eden tente en vain de tenir tête à Koga, qui est possédé par les ténèbres. Il est sauvé in extremis par sa mère Médée, qui le transporte à côté du sceptre d'Aria.

Subaru et Koga arrivent enfin à la Palestre. Là, ils y retrouvent Soma, Yuna et Ryuho, ainsi que Geki, Ban et Nachi. Le centre d'entraînement est envahi de réfugiés, rescapés des attaques de Pallassins. Pour éviter la panique, Geki fait croire à la population que les Chevaliers maîtrisent la situation alors que la réalité est tout autre...

Seiya, Koga et leurs amis ont réussi à s'infiltrer dans la forteresse de Pallas Verda. Seiya essaie d'attirer les Pallassins pour que les autres Chevaliers aient la voie libre. Ils tombent alors sur Tarvos, plus imposant que jamais et doté d'une nouvelle chrono-armure. Koga ordonne à ses amis de poursuivre leur route pendant qu'il s'occupe de Tarvos. Le combat s'annonce difficile...

Sélène, une fillette appartenant à un groupe de survivants recherché par les Pallassins, est sortie de sa cachette pour chercher des pansements. Elle est repérée par des Pallassins. Koga et ses amis interviennent. Alors que Subaru se retrouve en difficulté, surgit Celeris, Chevalier du Petit Cheval. Débordés, les Pallassins battent en retraite...

Paradox, l'ancienne Chevalier des Gémeaux, fait son retour, cette fois en tant que Pallassin, pour combattre Ryuho. Mais Integra, sa soeur jumelle et nouvelle Chevalier des Gémeaux, intervient pour la combattre...

Arrivés à l'intérieur du château de Pallas, Athéna et ses Chevaliers se retrouvent face à Europe. Ce dernier fait des reproches par rapport aux agissements de certains dans cette bataille, s'attirant la colère des défenseurs de la déesse, puis leur présente quatre routes, dont une seule mène à Pallas. Le groupe se divise et s'engage sur les différentes voies...

Koga et ses amis se retrouvent face à un Pallassin de rang 1, Egéon. Malgré les assauts consécutifs des Chevaliers de Pégase, du Petit Lion, de l'Aigle et d'Andromède, le formidable adversaire tient bon et triomphe, déterminé à massacrer le groupe...

Paradox, qui intercepte Athéna et les Chevaliers d'or et tente de s'en prendre directement à la déesse, est contrée par sa soeur Integra, bien décidée à mettre un terme à leur rivalité...

L'assaut de Seiya contre Saturne se révèle inefficace, et le Saint Légendaire s'écroule, vaincu. Les Bronze Saints tentent à leur tour un ultime assaut, mais sans plus de succès. Le dieu du temps fige alors toute l'humanité et tous les Saints, proclamant sa victoire finale. Mais Athéna, bien que prisonnière de l'attaque de Saturne, éveille sa conscience pour appeler le cosmos de tous les Saints...