十二宮が見えるギリシャ、聖域（サンクチュアリ）にで、女神アテナは眠る赤子・光牙を見ていた。ところがそのとき、巨大な闇が生じ、爆発する。赤子の上に倒れてきそうになる、崩れた柱…。とそこへ、金色に輝く黄金聖闘士・星矢が現れた！　さらに、マントを羽織った邪悪な敵マルスも姿を現す。星矢VSマルス。果たしてその戦いの行方は!? そして光牙の運命は…!?

ペガサスの聖衣をまとい、必殺のペガサス流星拳を放った光牙だったが、マルスとの戦いに敗れてしまう。意識を取り戻した光牙は、行方不明となった沙織を探すため、シャイナや辰巳のもとから旅立った。その途中、光牙は子獅子座ライオネットの青銅聖闘士、蒼摩と出会う。聖闘士としての知識がとぼしい光牙に、蒼摩は聖衣石(クロストーン)や属性などについて詳しく教えた。そしておどろくべきことに、蒼摩はアテナのいる場所を知っているというのだ！

沙織の行方を追う光牙は、蒼摩の案内で聖闘士の訓練所であるパライストラへ向かう。しかし、そこで待っていたのは仮面の女聖闘士、鷲座アクィラのユナの攻撃だった。身を守るため、聖衣をまとう光牙。そこへ、かつて星矢と同じく青銅聖闘士だった激が現れ、戦いを中断させる。すべては、光牙がパライストラに入る資格があるのかを測るための試験だったのだ。結果は合格、こうしてパライストラの門をくぐることになった光牙だったが…

沙織がパライストラにいないことを知り、光牙は学園を飛び出そうとする。しかし、それをひとりの少年が止めた。その少年の名前は龍峰、龍座ドラゴンの青銅聖闘士だ。もともと体が弱い龍峰は療養のため故郷に戻っていたが、その実力は父である紫龍ゆずりであり、天性の才能を持っていた。聖闘士には珍しい心優しい龍峰と親しくなった光牙だったが、ペガサスとドラゴンの因縁がそうさせたのか、戦うことになってしまう！

デルタ山へとやって来た光牙たちパライストラの生徒。そこで待っていたのは、ヘルキャンプと呼ばれる過酷なサバイバルレースだった。聖闘士ファイトの出場権がかかっているとあって、誰もが闘志を燃やす。だが、このデルタ山では小宇宙を使えば、いつも以上に疲労してしまうという特殊な環境にあった。そこで光牙は蒼摩と協力してゴールを目指したが、ライバルである飛び魚座の聖闘士アルゴの妨害で、激流の中へと落とされてしまう！

聖闘士ファイトの話題で持ちきりのパライストラ。誰もが注目していたのは、ズバ抜けた才能を持つと言われている優勝候補、オリオン座のエデンだった。そのエデンに対して、光牙は一方的なライバル心をいだく。そんな光牙の前に、一回戦の相手であるコンパス座のフックが現れた。優勝することを目標にしている光牙は、フックの存在を軽く見て、打倒エデンのみを考えてトレーニングに励む。そして、ついに聖闘士ファイトが開催された！

聖闘士ファイト一回戦も終わり、二回戦に進むベスト8が決まった。その二回戦で、戦うことになった光牙と蒼摩。ふたりは軽口を叩きながらも、心の中で熱き炎を燃やす。その夜、眠れずトレーニングに励む光牙の前に激が現れ、星矢との戦いを語った。翌日、ついに始まった二回戦第一試合は、ユナがいるか座のギュネイを破って準決勝にコマを進める。そして、みんなが注目する中、ついに光牙と蒼摩の熱き戦いの幕が切って落とされた！

聖闘士ファイトも準決勝を迎え、光牙の対戦相手はエデンに決まる。その戦いの直前、アテナの乗る女神の馬車がパライストラに到着した。沙織の安否を一刻も早く知りたい光牙は、戦いの直前だというのに会いに行ってしまう。だが、その行く手に火星士ラーニョが立ちふさがる。どうにかラーニョを撃退した光牙だったが、現れたアテナは沙織ではなく、見知らぬ少女だった。おどろく光牙の前に学園長が現れ、その目前で山羊座の黄金聖衣をまとう！

突如、現れた火星士により占拠されたパライストラ。檄をはじめとする生徒の聖闘士たちが戦いを挑むが、パライストラを取り巻く闇の小宇宙の影響で自由に戦えず苦戦していた。そのころ、山羊座のイオニアに敗れ、牢獄に落とされた光牙は、ひとりの聖闘士と出会う。狼座ウルフの栄斗である。栄斗はイオニアの正体に気づいたため、この牢獄に幽閉されていたのだという。パライストラを救うため、光牙は栄斗と共に牢獄からの脱出をはかった！

パライストラから脱出して、聖域にやって来た光牙たち。だが、黄金聖闘士が守護する十二宮はすでに破壊され、その代わりに巨大なバベルの塔が建設されていた。光の小宇宙を持つ少女が心配な光牙は、一刻も早く先に進もうとあせる。そこで蒼摩は一計を案じ、龍峰と栄斗と共に陽動のため、ワザと火星士に戦いを挑んだ。蒼摩たちに気を取られているすきに、光牙とユナはバベルの塔へと潜入を果たす。はたして光牙は少女を救出できるのか？

絶体絶命の危機を星矢によって救われた光牙たち。一方、アリアと共にバベルの塔から脱出したユナは、光牙たちの無事を信じて逃走していた。聖域を完全に制圧したマルスは、大教皇として号令するため式典を計画、アリア奪還を娘のソニアに命じる。そして、ひたすら逃走を続けていたユナとアリアの前に、ついにソニアとその配下である白銀聖闘士、猟犬座ハウンドのミゲルと烏(カラス)座クロウのヨハンが立ちふさがった！

マルスの野望を阻止するべく、風の遺跡へと向かう光牙たち。そこへまたしてもミゲルが立ちふさがった。蒼摩たちにアリアを任せ、ひとりでミゲルに立ち向かった光牙だったが苦戦を強いられる。だがそこへ、かつて星矢と共に邪悪と戦っていた聖闘士、アンドロメダ瞬が現れ、光牙の危機を救う。瞬に案内され村に入った光牙は、そこで龍峰と再会した。偶然、瞬の身体に沙織と同じ傷を見かけた光牙は、それが何であるかたずねるのだったが…

ソニアがアリア奪還のために指令を出している中、エデンは黄金聖闘士ミケーネから激しい指導を受けていた。一方、光牙たちは風のコアを目指して旅を続ける。その途中、つかの間の休息の中で光牙は幼い日のことを思い出していた。聖闘士になるよう光牙を諭していた沙織、はたしてその真意は？　そして現在、囚われの沙織の身には一体何が…

次なる遺跡に向かって旅を続ける光牙たちは、雪の積もる廃墟の街へと入った。廃墟を見て複雑な表情を見せるユナ。それはここがユナの故郷だったからだ。幼いころから身寄りのなかったユナだったが、たったひとり手を差し伸べてくれた恩人がいた。孔雀座ピーコックのパブリーンという女性白銀聖闘士である。幼いユナに生きるための道を示し、聖闘士として鍛えたパブリーン。そのパブリーンが、追っ手としてユナの前に立ちふさがった！

土の遺跡へと向かう光牙たちの前に栄斗が現れた。栄斗はさらに後ろから市が近づいていることを知らせる。パライストラ壊滅の際、偶然からマルスの手を逃れた市は、光牙たちを救うために駆けつけたというのだ。偶然出会った地元の少年グエンに案内され、土の遺跡に向かう光牙たち。行く手をさえぎるゴーレムに立ち向かおうとしたその時、蒼摩とユナが市の拳で倒れる。市は白銀聖闘士昇格を条件に、マルスに寝返っていたのだった！

旅を続ける光牙たちの前に、火星士ラジンスキー率いるアント隊が立ちふさがった。体調のよくないアリアの身を案じた光牙たちは戦いを避け逃げ出すが、途中で財布を落としてしまう。このままでは船に乗って、次の目的地へ向かうことができない。そこへパウロという老人が現れ、ペンションでバイトをすることを持ちかけてきた。やむを得ずバイトをする光牙たちだったが、なれない仕事で失敗ばかり、ついにバイトをクビになってしまう…

次のコスモクリスタルのある遺跡に向かう途中、光牙たちは羅喜というテレキネシスを使う少女と出会った。聞けば、師匠である聖衣の修復師、の為に、稀少な鉱石、スターダストサンドを取りに行くのだという。たったひとりで危険な場所へ向かわせられないと思った光牙は、羅喜と一緒にスターダストサンドのある場所へと向かった。だが、羅喜に迫る危機はほかにもあったのだ。師匠の居場所を探すため、白銀聖闘士ケルベロス座のドーレが羅喜を狙っていた！

火の遺跡に向かっていた光牙たちは、その途中にある蒼摩の故郷へとやって来ていた。出迎える懐かしい顔を見て、いつも以上にはしゃぐ蒼摩。だが、その心の中は父を倒した女火星士ソニアへの復讐に燃えていた。その翌日、火の遺跡に向かった蒼摩は、ソニアの小宇宙を感じてひとり飛び出してしまう。しかし、それは火の属性を持つ蒼摩をおびき出して倒すことで、火のコスモクリスタルの破壊を食い止めようと考えたソニアの企みだった！

龍峰のいる五老峰へとやって来た光牙たち。しかし、そこにはすでに龍峰の姿はなかった。龍峰は光牙たちに負担をかけまいと、ひとりで水の遺跡へと向かっていたのだ。その龍峰の前に、ドラゴンと因縁深きペルセウス座の白銀聖衣をまとったミルファクが立ちふさがる。水の属性に有利な土の属性の攻撃の前に苦戦する龍峰。遅れて光牙たちも駆けつけて戦いに加わったが、ペルセウス座の持つメドゥサの盾がその力を発揮する！

姉ソニアの負傷を知ったエデンは、自分の手でアリアを奪還しようと出陣した。父マルスのかかげた理想、平和な新世界を作るためにも自らが戦うことを決意するエデン。一方、光牙たちは最後のコスモクリスタルがある雷の遺跡に向かう。出会ったころはどこか寂しげだったアリアの表情も、光牙たちに笑顔を見せるように変わっていた。そんなアリアの心の変化をうれしく思う光牙。しかし、その平和な時間はエデンの襲来で終わりを告げる！

エデンの圧倒的な小宇宙の前に敗北し、光牙はアリアを奪われてしまう。屈辱的な敗北に自暴自棄になる光牙。アリアを奪還したエデンはマルスと謁見する。地上に起きている異変について聞くエデンだったが、マルスは逆にエデンのやさしさを咎めるのだった。一方、落ち込んでいる光牙を奮い立たせようと、自分の修行地であった氷原へと連れて来たユナ。だが、ユナの気持ちを受け入れられない光牙は、ケンカをしてクレバスの底へと落下してしまう！

栄斗を見失った龍峰は、樹海の中にある富士流忍者の総本山で栄斗の父、善三と出会った。そこで龍峰は、栄斗の身に起きた過去の出来事を善三から教えてもらう。かつて栄斗が兄と慕うひとりの忍者がいた。だが、彼は里を抜け出して聖闘士になってしまう。そして、ふたたび里に戻った彼は世界の異変を伝えにやって来たが、刺客によってその命を奪われたという。その時、まだ幼かった栄斗は男を見捨てて、その場から逃げ出したというのだ！

アリアを取り戻そうとする光牙とユナの前に、龍峰と栄斗が現れた。栄斗の情報をもとに、マルスの居城へ奇襲をかける一行。その光牙たちを盾座のエネアドが迎え撃つが、その鉄壁の防御を軽々と打ち破るほどの実力を身につけた蒼摩が合流した。再会を喜ぶ光牙たちに、蒼摩はこれまでのことを話す。ソニアを倒すため、ひとりになった蒼摩だったが、迷いから抜け出せず放浪していた。そこで蒼摩はひとりの男と出会ったという…！

エデンと一緒に雷の遺跡へ向かったというアリアを追う光牙たち。その途中、光牙はシャイナと再会する。光牙を一人前の聖闘士と認めたシャイナは、彼の過去に関する重大な秘密を教えた。その事実におどろきながらも、アリア奪還にさらなる闘志を燃やす光牙。そして、雷の遺跡に到着した光牙たちの前に3人の白銀聖闘士が立ちふさがる。蒼摩たちが白銀聖闘士を足止めしている間に光牙とシャイナが先に進むと、そこにはエデンとアリアが待っていた！

ふたたび拳を交えた光牙とエデンだったが、突如、現れた闇に飲み込まれる。さらに闇は周囲にいた蒼摩たちをも飲み込んでしまった。やがて目を覚ましたユナ、龍峰、栄斗の3人は「悔恨」「贖罪」と書かれた扉の前へとたどり着く。意を決して扉の中に入った3人は、ふたたび闇に包み込まれてバラバラに引き離されてしまう。闇が晴れて、3人が目にした場所、それは自分たちの心に残る光景、過去の世界だった！

闇の遺跡に落ちたソニアは、幼い日の自分を追体験する。それは初めて聖闘士を倒す事を命じられた日、仮面を付けるようになった運命の日でもあった。一方、蒼摩もまた闇に飲み込まれて過去の中で目を覚ます。そこにはまだ父である南十字座の白銀聖闘士、一摩が生きていた。しかし、蒼摩は目前の光景に愕然とする。それは一摩がソニアの手によって倒される日だったのだ！

闇の遺跡からの脱出を目指す光牙、アリア、エデンの3人。エデンは幻影によって作り出された幼いころの自分の姿を見る。光牙は自らの小宇宙に闇が秘められているかもしれないという疑念と向き合い苦しんでいた。そしてアリアもまたマルスに利用されてきた過去の幻にさいなまれる。一方、闇の遺跡の中枢には先に幻影から脱出した仲間達が集結する。しかし、そこに向けて巨大な闇の小宇宙を持つマルスが近づいていた！

必死の闘いも虚しく、マルスの手によりアリアを失った光牙たち…。だが、悲しみに暮れている時間はなかった。アリアが最期に遺した言葉、それは、今までの旅の中で光牙たちに抱いた素直な気持ち、そして、マルスを追い、その野望を打ち砕いてほしいという願いだった。一方、マルスはエデンを連れてバベルへと戻り、地球を滅ぼさんと動き出す。新たに作りだされた新十二宮には聖闘士の最高位、黄金聖闘士が集結していたのだ。

アリアの力を得たマルスによって生み出された十二の黄道星座を司る宮殿、新十二宮がバベルの塔の上に現れた。光牙たちは、アリアの意志を胸に新十二宮へと足を踏み入れる。その第一の宮、白羊宮で待っていたのは牡羊座アリエスの黄金聖闘士貴鬼だった。貴鬼から12時間後には、マルスによって軌道を動かされた火星によって地球が滅亡するという衝撃の事実を聞かされる光牙たち。そして、それを阻止することができるのは、光牙たち青銅聖闘士だけなのだ！

第二宮、金牛宮でアリアを失った悲しみを怒りに変えて戦う光牙だったが、その拳は牡牛座タウラスのハービンジャーには通用しなかった。反対にグレートホーンの一撃で倒れる光牙。代わって、駆けつけたユナたちがハービンジャーに戦いを挑む。だが、それさえ余裕で相手をするハービンジャーは、自らが黄金聖闘士になった経緯をユナたちに語る。そして、ついに炸裂したハービンジャーの一撃でユナたちが倒れたとき、光牙がふたたび立ち上がった！

ハービンジャーのグレイテストホーンにより光と共に消えた蒼摩たち。おどろく光牙に、ハービンジャーは蒼摩たちが光速の拳によって歪められた時空から何処かへと飛ばされたと言う。そして、龍峰は、金牛宮の次である双児宮へとひとり飛ばされていた。光牙を気にしながらも先に進む龍峰の前に、双児宮を守護する双子座ジェミニの女黄金聖闘士パラドクスが現れる。思わず身構える龍峰だが、何故かパラドクスは戦おうとはしなかった？！

第4の宮、巨蟹宮へと飛ばされたユナ。その中へと入ったユナを待ち受けていたのは、この巨蟹宮を守護する蟹座、キャンサーの黄金聖闘士シラーだった。シラーに対して果敢に挑んだユナだったが、苦戦を強いられる。しかも、シャリアは自らの手を汚すことなく、死者となった聖闘士を操ってユナを襲わせた。何度、倒しても立ち上がる聖闘士達に苦戦するユナ。そして、さらに現れた聖闘士の中にある人物の姿を見つけて、ユナは愕然とする！

シラーの攻撃で異なる世界へとユナが飛ばされていたころ、双児宮では意識を取り戻した龍峰にパラドクスはふたたび選択を迫っていた。そこへ金牛宮を突破した光牙が駆けつける。最初は光牙の攻撃に押され気味だったパラドクスだったが、その性格が変わった瞬間、消耗していた体力を回復させた。パラドクスは人格ごとに小宇宙を持っていたのだ。体力を回復させたパラドクスは光牙を一蹴、黒い笑みを浮かべながら龍峰に選択を迫る！

巨蟹宮に入った光牙と龍峰の前にシラーが立ちふさがる。ユナが冥界の入口に飛ばされたと聞いたふたりは、シラーへ果敢に挑む。だが、圧倒的な実力差から苦戦を強いられ、積尸気冥界波で冥界の入口に落とされそうになってしまう。しかし、光牙の機転によりシラーも一緒に冥界波の影響を受け、戦いはユナのいる冥界の入口へと移る。自らも死の世界に来たことを怒るシラーは光牙を容赦なく攻め立てるが、その時、光牙に異変が起こった！

光牙たちが巨蟹宮を突破したころ、エデンはいまだアリアを失った悲しみから抜け出せずにいた。そのエデンの前にメディアが現れる。光牙が放った闇の小宇宙に興味を持ったメディアは、その力を手に入れるか超えるようエデンに言う。だが、エデンはそんなことに興味を示さず、幼い日の自分とアリアのことを思い出していた。そんなエデンを立ち直らせようと、容赦なく拳を振るうソニア。そして、エデンを心配したミケーネも姿を現した！

獅子宮へと入った蒼摩と栄斗の前に立ちふさがったのは、因縁ある黄金聖闘士、獅子座、レオのミケーネだった。果敢に戦いを挑んだ蒼摩と栄斗だったが、ミケーネとの実力差は歴然、その必殺技の前に危機におちいる。だが何度、倒れても立ち上がるふたりを見ているうちに、ミケーネの心の迷いが大きくなっていく。マルスへの忠誠、エデンへの想い、そしてメディアへの不信。仲間を信じて戦う蒼摩と栄斗に対して、ミケーネは己のプライドをかけて戦う！

獅子宮を突破した蒼摩と栄斗は第六の宮、処女宮に向かう。だが、強大な小宇宙を感じて歩みを止める。その小宇宙の持ち主こそ、処女宮を守護する乙女座バルゴの黄金聖闘士フドウだった。黄金聖闘士でも1，2を誇る実力者であるフドウは、黄金聖衣をまとうことなく蒼摩と栄斗を圧倒する。しかし、蒼摩と栄斗は臆することなく、何度倒れても立ち上がった。それは仲間を信じているからだ。そして、ついに光牙たちが処女宮に駆けつけた！

力を合わせてフドウと戦う光牙たちだったが力及ばず倒れてしまう。そんな時、エデンが処女宮に現れる。身構える光牙たちだったが、意外にもエデンの目的は十二宮を突破し、父マルスの野望を止めることにあった。こうして戦いが始まったが、光牙たち5人でも敵わなかったフドウを相手に、エデンは一歩も引かない実力を見せる。光牙たちも戦いに加わろうとするが、エデンの一撃が彼等に向けて放たれる！

フドウとの戦いを終えて処女宮をあとにするエデン。一方、水瓶座アクエリアスの時貞の強襲を受け、危機におちいった光牙たちだったが、不思議な力に包まれて天秤宮へとやって来てしまう。光牙たちを天秤宮へと導いたのは、この宮を守護する黄金聖闘士、天秤座ライブラの黄金聖闘士玄武であった。玄武の意外な言葉におどろく光牙たち。そして目の前で玄武と時貞の黄金聖闘士同士による千日戦争(ワンサウザントウォーズ)が始まった！

マルスに反逆したエデンを止めるようとするソニア。彼女の前に姿を現したメディアが与えたのは、蠍座スコーピオンの黄金聖衣！今、ソニアは蠍座スコーピオンの黄金聖闘士として天蠍宮で光牙たちを待ち受ける。その力の前に苦戦する光牙たち。だが、何かを感じた蒼摩が光牙とユナを先に行かせ、ひとりでソニアに挑む。因縁の戦いが再び始まるかと思いきや、何故か蒼摩は戦いを拒む！

時貞と共に見たこともない空間へと飛ばされた龍峰と栄斗。そこは時間の果て、時を超越した空間だった。ここから抜け出すため、龍峰と栄斗は時貞に戦いを挑む。だが、この空間の影響で時貞の時間を操る技は無限の力を持っていた。時貞は受けたダメージをすべて回復し、栄斗たちの動きを完全に封じてしまう。そのころ、十二宮を進む光牙とユナは人馬宮へとたどり着いていた。この宮は射手座サジタリアスの星矢が守護する宮だったが…

磨羯宮へとたどり着いた光牙とユナ。そこで待っていたのは、パライストラの学園長だった山羊座カプリコーンの黄金聖闘士イオニアだった。何故、アテナを裏切ったのかと尋ねられたイオニアは、光牙とユナに自分の過去を語る。イオニアは、沙織をアテナという存在から解放するために戦っているというのだ。その身勝手な理屈に怒りを燃やす光牙とユナ。だが、イオニアのドミネーションラングウェッジにより身体の自由を奪われてしまう！

ついに最後の宮である双魚宮へと到達した光牙たち。そこに待ち受けていたのは、最後の黄金聖闘士である魚座ピスケスのアモールだった。アモールは光牙を拘束すると、蒼摩、龍峰、栄斗を水の牢獄へと閉じ込め、マルス四天王とのデスマッチを強要する。さらに、残ったユナをいいようにいたぶった。そして、身動きができずくやしがる光牙に、アモールは拘束から逃れる唯一の方法を教える。それは闇の小宇宙に身をゆだねることだった！

アモールの策略によって、光牙はついに闇の小宇宙を発動させてしまう。闇の小宇宙を放つ光牙は襲い掛かるマルス四天王を圧倒する。しかし、セブンセンシズに目覚めたことでかろうじて意識を保っていた光牙だったが、奥底からあふれてくる闇の小宇宙をついに制御できなくなってしまう。そんな光牙を助けようと蒼摩たちは立ち上がり、光牙を先へと進ませた。だが、その光牙をアモールの仕掛けた闇が襲う！

双魚宮を突破した光牙は、ついにマルスのもとへとたどり着いた。戦いを挑む光牙に対し、マルスは戦うことの意味を問う。そこへ、父の野望を止めようとエデンが駆けつける。人を犠牲にする父のやり方に異を唱えるエデンに、マルスは自分の過去について語り始めた。それは、マルスとなる前、まだルードヴィグと呼ばれていたころの話…。平穏な生活を過ごしていたルードヴィグに、その人生を大きく変える事件が起こった！

仮面を外したマルスの素顔に驚愕する光牙とエデン。もはや言葉の届かないマルスと戦う事を余儀なくされる。エデンは光牙をアリアの杖がある頂上へと向かわせ、自分はマルスとの決着をつけるべく戦う。先に進んだ光牙は火星を引き寄せているアリアの杖を止めようとするが、闇の結界に阻まれて近づくことさえできない。なおもあきらめない光牙だったが、そこへマルスが現れた！

地球から火星への小宇宙移植が開始され、なすすべもない光牙とエデン。マルスから闇の小宇宙を回収したメディアは、ついに秘められた野心を開放。アモールに後を任せ自らは新天地である火星へと向かうのだった。メディアの狙いが光牙の闇の小宇宙だと気づいたエデンはひとりでアモールと戦う。だが、そんなエデンの気持ちを理解した光牙が戦いに加わる。二人を相手にするアモールは、自らの闇の小宇宙を存分に使える場所、火星に戦いの場を移した！

アモールにギャラクシーメイルの力を埋め込まれる光牙。しかし、光牙は闇に堕ちる事なく、むしろその力により、戦闘力はアモールを凌駕する。自分がメディアに騙されていたことに気づいたアモールは、すべてを抹殺するべく光牙に戦いを挑む。一方、地球では、火星に向かおうとするユナたちを助けるべく、貴鬼たち黄金聖闘士が力を合わせていた。そして、激しさを増す戦いの最中、火星で囚われていたアテナこと沙織の姿をついに光牙は目撃する！

メディアの策略により闇の神アプスに憑依されてしまった光牙。アプスの支配に落ちた光牙は自分の意思とは裏腹に沙織の命を奪おうとする。その前に立ちふさがったエデンだったが、圧倒的な闇の小宇宙の前に苦戦し、その身体に魔傷を受けてしまう。蒼摩たちもアプスを止めようとするが、その容赦ない攻撃の前に次々と倒れていく。その歩みを沙織に向けるアプス。若き聖闘士達に逆転の手立てはあるのか！？

アプスに憑依された光牙によりエデンたちは倒され、最後の希望であるアリアの杖も破壊されてしまう。沙織を守る聖闘士はもはやユナひとりだけだった。しかし、沙織の言葉に励まされたユナは希望を失うことなく、光牙を元に戻そうとアプスと戦う。だが、その実力差は埋めることができず、魔傷を受けて倒れてしまった。邪悪な笑みを浮かべて沙織に迫るアプス。すべての希望が失われたとおもったその瞬間、あの伝説の聖闘士が現れる！

星矢から射手座の黄金聖衣を借り、沙織を助けるためにアプスを追った光牙。そこはアプスの支配する、光さえ輝くことのない闇の世界だった。だが、あきらめない光牙は闇の海を抜け、沙織が囚われた闇の城へとたどり着く。そして、希望を捨てない光牙の光の小宇宙が輝き、最後の戦いが始まった。すべての光を消し去ろうとするアプスの攻撃で何度、倒れようとも立ち上がる光牙だったが、ついに射手座の黄金聖衣が破壊されてしまう！

闘いが終わり平和が戻った地上…

奇妙な夢を見た沙織は、星矢をある場所へと向かわせた。そこで星矢は強大な小宇宙を持つ少女パラスと、謎の男タイタンと出会う。そのころ、故郷の島で静かな生活を送っていた光牙の前に、ひとりの少年が現れた。少年の名前は昴、科学の力で戦う鋼鉄聖闘士だ。そんなふたりの前に不気味な戦士が姿を現す。自分が女神パラスの戦士「パラサイト」だと名乗ったタルヴォスは光牙に襲いかかる。だが、光牙は聖衣をまとえない…ペガサスの聖衣はこれまでの闘いで傷つき死んでしまっていたのだ！

新たな戦いが始まったことを知った光牙と昴は、島を出て聖域へと向かった。聖域に着いた光牙は、沙織から仲間の青銅聖闘士たちを集めるように言われる。そこで光牙達は蒼摩のいるパライストラを目指す。再建されたパライストラで蒼摩は、先輩として聖闘士候補生の指導にあたっていたのだった。久しぶりの再会を喜びあう光牙と蒼摩だったが、突然の侵入者が姿を現す。その侵入者こそ、聖闘士抹殺を命じられた三級パラサイト、スピア使いのロゲだった！

光牙と蒼摩は仔獅子座の聖衣を修復するため、修復師の貴鬼がいるジャミールへと急ぐ。そのジャミールでは、一足早く聖衣を修復するためユナがおとずれていた。だが、修復された鷲座の聖衣を装着できずおどろくユナ。貴鬼から心に迷いがあるから聖衣を装着できないと言われ、ユナは自分が戦うことを恐れていることに気づく。そんなユナをなぐさめようとふたりだけで出かけた羅喜だったが、そこへ姉弟パラサイトが刺客として現れた！

龍峰を迎えに五老峰に向かった光牙たちをパラサイトが襲う。パラサイトの次なる標的は龍峰だったのだ。そのころ龍峰は父・紫龍から廬山の大瀑布を生身で逆流させるという厳しい修行を受けていた。マルスとの戦いも終わり、家族と平穏な日々を送れると思っていた龍峰は、厳しすぎる紫龍に不満を隠せない。そして、ついにもう戦いたくないと聖衣石を手放そうとしてしまう。そのやり取りを見て、隠れていたパラサイトが不気味な笑いを浮かべる…

栄斗を探しに日本へ来た光牙だったが、手がかりもなく途方にくれていた。しかし、ひょんなことから栄斗の消息をつかんだ。栄斗はロックバンドのボーカルになっていたのだ。アテナの危機とパラサイトの暗躍を説明し、一緒に戦おうと説得する光牙だったが、ロックに新しい自分の道を見つけた栄斗はもう戦わないとその誘いを断る。だが、密かにその話を聞いたパラサイトのハティは、栄斗の隙を突くべくコンサートを襲う計画を立てる！

消息を絶った白銀聖闘士、盾座のエネアドの捜索を命じられた光牙と昴。しかし、それはパラサイトの仕掛けた罠だった。しかも、パラサイトの一員となったエデンが現れ、光牙に戦いを挑む。パラサイトのエウロパから、アリアを生き返らせることを条件に、エデンがパラサイトになったと聞いておどろく光牙。そして光牙の心に、自分さえ倒されればアリアが復活できるという迷いが生まれ、エデンに抵抗することもなく大地に倒れてしまう…

パラサイトの時間侵略によって、停止されて動けなくなった人々や街が増えていった。この事態を受けて黄金聖闘士たちも聖域に全員集合、沙織にパラスとの全面戦争を訴える。悩みながらも沙織はついに戦いを決意、全聖闘士を聖域に招集した。光牙と昴も聖域に向かい、離ればなれだった青銅聖闘士たちと再会する。その一方、アテナの力を吸収して少しずつ成長を遂げていたパラスの前に、パラサイト最強である四天王が駆けつけていた！

パラサイトに時間停止させられてしまった村へとたどり着いたユナ、蒼摩、龍峰は、そこで人々を守るため、たった一人で三級パラサイトのハリメデと戦うアンドロメダ瞬と再会する。しかし、兄フィリップを目の前で時間停止されてしまった少年レイは、聖闘士を信用できず、その激しい怒りを瞬にぶつけていた。そんなレイを優しく諭すユナ。だが、そんなレイのすさんだ心を利用しようと、ハリメデはある取引を持ちかけていたのだった…

光牙と昴は三級パラサイトのハティと戦っていたが、その撤退を許してしまう。そこへ昴と同期の鋼鉄聖闘士エルナが現れ、光牙と昴を鋼鉄聖闘士たちのもとへと案内した。そこで光牙は、元青銅聖闘士で現在は鋼鉄聖闘士の指導者を務める蛮と那智から、パライストラ防衛に向かう鋼鉄聖闘士と同行してほしいと頼まれる。こころよく引き受けた光牙だが、聖衣を失っていら立つ昴が心配だ。そんな光牙に、エルナは昴の過去について語った…

パライストラに着いた光牙たちは、各地で聖闘士たちに救出され、ここへ集まった避難民の多さにおどろく。また避難民だけでなく、蒼摩たち聖闘士の多くもここへ集結していた。そして、ここで指揮を執る玄武に会った光牙たちは、今までの聖衣に頼った戦いを叱責される。厳しい玄武の言葉に反抗的になる光牙。だが、それはパラサイトの動きを警戒したからだった。パラサイトの真の目的、それは聖闘士を一同に集めて抹殺することにあったのだ！

パライストラに侵攻してきたエーギルを撃退した玄武。しかし、エーギルはハイぺリオンから聖剣『天地崩滅斬』を授かり、ふたたび玄武に戦いを挑んできた。圧倒的な小宇宙を秘めたその破壊力の前に、玄武は一撃で吹き飛ばされてしまう。さらにエーギルは、天地崩滅斬の威力を見せつけるべく、パライストラにいる人々の時間を切り裂いた。人々の時間を取り戻すため、玄武はついに天秤座のソードを引き抜き、エーギルに戦いを挑む！

命をかけてパライストラを守った玄武。その死は様々な影響をもたらした。玄武の意思を継いでパラサイトと戦う決意を新たにする光牙たち。だが、多くの聖闘士たちは意気消沈し、戦う気力を失っていた。その不安な心を聞き取ったハティは、この好機にパライストラを陥落させようとパラサイト兵を率いて進軍する。その圧倒的な物量の前にしても、ひるまず立ち向かう光牙たち。その戦いが始まろうとしたその時、黄金の光が飛来した！

沙織の命を懸けた探索でパラスの居場所がわかった。ついに本拠地であるパラスベルダへと向かう光牙たち。途中、吊り橋を渡っていた光牙たちの前に三級パラサイトのキュレーネが現れる。橋を壊そうとするキュレーネだが、単独行動していた栄斗が姿を現して危機を救った。だが、無謀にも引き返した昴がキュレーネにより谷底へ突き落とされてしまう。谷底に向かった栄斗に助けられた昴だが、そこへキュレーネともう一つの影が襲ってきた！

門を破壊した聖闘士たちは、パラスベルダの街へと突入した。パラスのいる城へと続く道を求め、聖闘士たちはそれぞれの道を進む。パラサイトのもっとも多い道を進み、囮となる星矢。その真意をくみ取って光牙たちも先に進むが、行く手に三級パラサイトのタルヴォスが立ちふさがる。重装甲刻衣をまとったタルヴォスの圧倒的な力を見た光牙は、蒼摩たちを先に進ませるために一人で戦う。こうして光牙とタルヴォスの戦いが始まったが…

パラスベルダで繰り広げられる聖闘士とパラサイトの戦い。そこには大勢の鋼鉄聖闘士たちもいた。その鋼鉄聖闘士の一人、ケリーとエマも必死でパラサイトと戦っていたが危機におちいる。その危機を助けに現れる蒼摩と昴。しかし助けられたことで、エマは自分たち鋼鉄聖闘士がこの戦いに参加していることに疑問を抱く。自分たちが足手まといではないかと悩むエマの前に、三級パラサイトのロゲと、そのしもべのパラサイトビーが現れた！

進撃する光牙を倒すため、タイタンは2級パラサイトのエウロパを刺客として差し向けた。その途中、エウロパは何かに導かれるようにこの戦場へと足を踏み入れたエデンと出会う。さらに二人を遮るように現れる星矢。黄金聖闘士の実力を測ったエウロパはその場から撤退、あとに残った星矢は、戦うことに疑問を感じていたエデンに、自分自身で答えを出すよう諭す。そして青銅聖闘士を一掃するべく、エウロパは光牙たちの前に現れた！

ただ待つことに飽きたパラスは、タイタンの目を盗んで城を抜け出し、聖闘士とパラサイトが戦う街の中へと飛び出してしまう。偶然、街中で遊んでいたパラスと出会った光牙は、普通の少女だと思い込みパラサイトの攻撃から彼女を守って戦った。その姿を見て、パラスは光牙のことを気に入ってしまう。その無邪気な姿に光牙もすっかり心を許してしまっていた。しかし、パラスのゆがんだ愛は、光牙が気づかないうちに忍び寄っていたのだ…

パラスベルダを進む光牙たちの前に一人のパラサイトが現れた。その男の名はミラー、階級もなく、刻衣も拳にまとっただけの風変わりなパラサイトだ。しかし、その実力はケタ違いで、昴を一撃で倒す。その光速の動きに絶対の自信を持つミラーは、自分に一撃を入れることができれば退くという条件でゲームを始める。それを受けて立つ光牙、龍峰、栄斗。果敢に攻める光牙たちだが、その攻撃はミラーの前ではむなしく空を斬ってしまう…

パラサイトに追われていた少女セレーネを助けた光牙たちは、小馬座エクレウスのケレリスと出会った。ケレリスの案内で、まだ時間停止されていない人々の暮らしている場所へと向かう光牙たち。その途中、昴は小馬座が呪われた聖闘士と呼ばれていることを知る。小馬座の聖闘士は強大な力を得る代償として、戦いの中で死ぬ運命にあると言うのだ。一方、これ以上の聖闘士の侵攻を許さぬタイタンは、テーベとハティに青銅聖闘士抹殺を命じた！

パラス城を目指し、地下通路を進むことにする光牙たち。しかし、ケレリスは人々を守るため、この場に残ることにした。だが、ケレリスへの復讐を誓うハティは、光牙たちがいなくなったことを知り攻撃を仕掛ける。そこへケレリスを心配した昴が戻ってきた、ケレリスは昴に小馬座の聖衣に選ばれたときのことを話す。それはまだケレリスが普通の人間だったころの話、パラサイトから彼を救ったのが先代の小馬座の聖闘士キタルファだった…

地下通路をパラサイトに破壊され、光牙たちはふたたび地上を侵攻することになった。聖闘士とパラサイトの激しい戦いが続く中、光牙は懐かしい小宇宙を感じて引き返す。それは貴鬼の指示で戦場に駆けつけた羅喜のものだった。ハリメデに襲われて危機一髪の羅喜を助ける光牙と昴。だが、小馬座の聖衣が思うように動かず昴はいら立つ。そのころ聖域では、意を決した沙織が戦いの準備をするべく、巨大なアテナ像の前へとやって来ていた！

パラスベルダ内部に前線基地を作った聖闘士たち。そこには傷ついた聖闘士たちが集まり、その傷をいやしていた。さらに貴鬼による聖衣修復も行われ、羅喜の導きで光牙たちも合流する。シャイナや激など、懐かしい顔ぶれと出会いホッとする光牙たち。だが、そこへ貴鬼に敗れた屈辱を晴らそうとディオネが大軍を引き連れて襲撃する。光牙たちの聖衣を修復して手が離せない貴鬼の代わりに戦うシャイナたち。そして頼もしき援軍も現れた！

パラサイトとの闘いが続く中、スニオン岬の牢獄に囚われていたパラドクスの前に、パラサイト四天王のガリアが姿を現わす。そのころパラスベルダでは、貴鬼に聖衣を修復してもらった光牙たちが戦線に復帰した。だが、龍峰一人だけが謎の空間に迷い込んだ。そこに待っていたのは2級パラサイトとなり刻衣をまとったパラドクスだった。龍峰に復讐しようと襲い掛かるパラドクス。危機におちいった龍峰だが、意外な人物が助っ人に現れた！

ついにパラスの城が見える場所までたどり着いた光牙たち、しかし、その前にふたたびミラーが現れた。炎で周囲を囲まれ、逃げ場を失った光牙たちは苦戦を強いられる。だがこの危機に、業火を平然と歩きながら一人の男がやって来た。男の名は鳳凰座フェニックス一輝。その登場を歓迎する光牙たちを、一輝は惰弱と呼び憤慨して拳をふるう。そして一人で戦うと言う一輝に興味を持ったミラーは、その聖衣を壊そうと戦いを挑んだ！

パラスの城へと続く道の最後にして最大の難関『刻の門』。四天王タイタンの力によって時間停止された門には、どんな攻撃も通用しないと言う。その門を開けるため、青銅聖闘士たちは次々に襲い掛かるパラサイトの精鋭部隊を足止めし、光牙を先へと進ませた。そして、仲間たちの手助けで、ようやく刻の門へとたどり着く光牙。はたして光牙はこの門を開け、パラスの城へと続く道を確保することができるのか！？

刻の門を突破し、ついにパラスの城へと突入するアテナ軍。内部の構造がわからず戸惑う一同を尻目に、一輝とインテグラが先行する。後方から襲い掛かるパラサイト兵をシャイナたちに任せ、光牙たちは城内部へと歩を進めた。その行く手に現れたエウロパは、パラスのもとへ行くには4つの選択肢があることを告げる。すなわち、アルフへイム、ニブルヘイム、ドヴェルグ、ヴァナヘイムの4つの道から正しい道を選ばなくてはならないのだ！

パラスのもとへと急ぐ光牙、蒼摩、ユナたちの前に新たなパラサイトが立ちふさがった。四天王アイガイオンの命を受けたミスティックストーンのスルトである。強引に突破しようと果敢に攻め入る光牙たちだが、スルトの放つ究極の障壁『コスモ・リフレクト』の前にすべての攻撃は防がれた上に跳ね返されてしまう。だが、この危機を救うべく瞬が光牙たちのもとへ駆けつけた。はたして星雲鎖(ネビュラチェーン)は究極の障壁を突破することができるのか？！

パラサイト兵の迎撃を氷河に任せ、パラスのもとに急ぐ昴、栄斗、エデン。しかし、その途中で憶えのある小宇宙を感じた栄斗は、時計の並ぶ怪しげな部屋へ足を踏み入れる。そこに待っていたのは二級パラサイトとなった時貞だった。栄斗への復讐に燃える時貞は、刻衣に秘められた力で自らを時間停止させ、あらゆる攻撃から身を守る。エデンは時貞が時間停止を解いた瞬間に攻撃のチャンスがあると見る！

パラスを探す光牙たちの前へ、ついに一級パラサイトである四天王が姿を現した。その名も重爆雷斬刃のアイガイオン。いさんでアイガイオンに挑む光牙、蒼摩、ユナだが、重力を操る聖剣の前に近づくこともできずに倒されてしまう。光牙たちを守るため、鎖を駆使して戦う瞬。しかし、刻衣（クロノテクター）の最高位、重爆刻衣（グラビトンテクター）をまとったアイガイオンには星雲鎖すら通用しなかった！

四天王アイガイオンの持つ聖剣・重爆雷斬刃の攻撃で傷ついた瞬の前に一輝が駆けつけた。一輝はアイガイオンと一人で戦うことを決め、光牙たちをパラスのもとへと進ませる。こうして始まった一輝とアイガイオンの戦いは互いの小宇宙をぶつけあい、一進一退の激しい攻防を繰り返す。そして、重爆雷斬刃の重力をはねのけた一輝だったが、アイガイオンは最大級の雷撃を放つ。その衝撃は鳳凰座の聖衣を破壊、一輝はついに地に伏してしまう！

四天王アイガイオンを道連れにして壮絶に散った一輝。その最期に聖闘士たちは涙した。一方、四天王の一角をくずされたタイタンは、この世のすべてを貫く神の槍『ゲイボルグ』をその手に宿す二級パラサイト・レアに紫龍と龍峰の抹殺を命じる。一人で戦いを挑むレアに、龍峰を下がらせて一対一で応じる紫龍。その右手に宿りし聖剣『エクスカリバー』でレアのゲイボルグに挑んだ紫龍だが、一瞬の隙によってその一撃を食らってしまった！

パラスの居場所を求め、城の中にある4つの道を進む光牙たち。しかし、3つの道は出口のない無限回廊だった。唯一の正しい道をおびき寄せられるように進む沙織と黄金聖闘士達の前にパラドクスが立ちふさがる。そこに姉と決着をつけるため、双子の妹であるインテグラが駆けつけた。加勢しようとする星矢達を静止するインテグラ。双子座を司る姉妹に課せられた宿命の闘いが始まる！

パラドクスとインテグラの宿命の戦いに、突如、乱入してきた四天王ガリア。聖剣『武神光臨剣』でパラドクスに致命傷を与え、怒りに任せて反撃するインテグラを黄金聖衣ごと切り裂いた。そして、自分の力に絶大の自信を持つガリアは、その戦いを水晶に映して光牙たちに見せつける。奮戦する黄金聖闘士たちだったが、聖剣の前に必殺の一撃は次々とかき消されてしまう。だが沙織に危機が迫った時、戦いを止めるようにと謎の声が響いた！

迷宮から脱出し、黄金聖闘士とガリアがいる戦場へと駆けつけた光牙たち青銅聖闘士。ガリアは戦いの場を変え、聖闘士の一掃を図るが、光牙たちはこの場は自分たちだけで戦うと、黄金聖闘士と沙織を先に進ませた。その行動に怒り心頭のガリアは、残った青銅聖闘士たちを次々と倒していく。圧倒的な力を見せつけたガリアは、人間を虫けら呼ばわりして勝利を確信する。しかし、ガリアに立ち向かおうと立ち上がった昴に異変が起こった！

黄金聖闘士抹殺のため、四天王ハイぺリオンが動き出した。その聖剣『天地崩滅斬』は黄金聖闘士たちを圧倒する。天地崩滅斬には、原子を構成する陽子までも崩壊させる力があったのだ。そして、余裕のハイぺリオンは自分の目的が、沙織とパラスの二人の神が共倒れになることだと明かす。それを聞いて、一人でパラスに会いに行こうとする沙織。だが、それまで沈黙を守っていたフドウは沙織を止めると、ついに自らが戦うことを決意した！

大きな小宇宙の爆発を感じた光牙たちは、その場所へと足を踏み入れる。そこにはアテナエクスクラメーションによる凄惨な爪痕が残されていた。紫龍たちの命をかけた行動に言葉を失う光牙たち。しかし、ハイぺリオンはまだ倒れていなかった。聖剣を破壊されたものの、ハイぺリオンは刻衣に守られて大きなダメージを受けずにいたのだ。聖剣を失った怒りをぶつけるハイぺリオンに、光牙たちはオメガの片鱗を見せて戦うのだったが…

ハイぺリオンのクロノカタストロフィーによって昴の時は奪われてしまった。光牙たちは昴を元に戻すため、ハイぺリオンを倒そうと立ち上がって戦いを挑む。そのころ、昴の魂は精神世界で謎の男と出会っていた。謎の男から人間について質問される昴。一方、果敢にハイぺリオンに挑んでいった光牙たちだったが、その実力差は歴然、苦戦を強いられていた。そしてハイぺリオンの攻撃が、ついに光牙たちの聖衣を粉々に破壊してしまった！

ついにパラスのいる王座の間までたどり着いた沙織たち。そこにはパラスと最後の四天王であるタイタンが待ち受けていた。いきなり先制攻撃をパラスに仕掛けたハービンジャーだが、その一撃はタイタンに阻止され、反対に吹き飛ばされてしまう。自分が敵と認めるのは星矢だけだと言うタイタンに、ハービンジャーはアテナの聖衣をかけた一騎打ちの勝負を挑んだ。その勝負を受けたタイタンは、ついに聖剣『天神創世剣』を引き抜いた！

ついに対決の時を迎えた沙織とパラス。代わりに戦おうとする星矢を下がらせ、沙織はパラスの傍へと近づく。神話の時代、アテナの愛を自分だけのものにしようと人間を滅ぼそうとしたパラス。地上の平和のため、そのパラスをやむを得ず倒したアテナ。何とか話し合いで解決しようと説得を試みる沙織だったが、パラスのゆがんだ愛にその言葉は届かなかった。意を決した二人の女神は、聖衣と刻衣を身にまとい、最後の戦いの時を迎える！

新生黄金聖衣（ニューゴールドクロス）を纏った星矢とタイタンが激突！アテナとパラスという己の信じる女神のために戦う二人。その戦いの最中、星矢はタイタンにあることを告げる。その言葉を聞き、タイタンは思わず笑みを浮かべる。互いの力量も心も認め合った星矢とタイタンは戦士ではなく、男と男として決着を付けようと拳を交える！

今まで昴の中で眠っていた時の神サターンがついに目覚めた。変貌してしまった昴に必死で呼びかける光牙たちだが、その声はサターンには届かない。刻衣をまとい、聖剣を手にして臨戦態勢に入るサターン。そして、昴として自らの記憶を封印して人間を観察していたサターンは、あらためて人間の愚かさを知ったと言うと、その抹殺を宣言する。地球規模で行われた時間停止で、その動きを止める人々。そして天空よりサターン城が現れた！

サターンを追って天空を駆ける光牙たち。一方、地上にはサターン出現に呼応して、直属の精鋭軍が現れていた。必死でその侵攻を食い止める鋼鉄聖闘士たち。しかし、そこへ倒されたはずのエーギルが現れ、天地崩滅斬の欠片により強化された武器で襲ってきた。間一髪、その危機をオリジナル鋼鉄聖闘士の翔、潮、大地が救う。エーギルを圧倒し、必殺のスチールハリケーンがさく裂したかに思えた瞬間、不運にも鋼鉄聖衣が限界を迎えた！

アテナとパラスを抹殺するべくエウロパとミラーが迫る。それを阻止するべく戦う氷河と瞬だったが、本気を出した二人に苦戦していた。一方、サターンのもとへとたどり着いた光牙たちは戦いを挑むが、神の力の前に圧倒されてしまう。何度でも立ち上がり戦いを挑もうとする光牙だが、それを星矢が止めた。サターンの中にいる昴を見て、光牙たちは本気になれずにいると言うのだ。そう言うと星矢は、一人でサターンに戦いを挑んだ！

黄金の短剣で星矢が戦いを終わらせたかに思えたが、寸前でサターンに止められてしまう。力尽きた星矢に容赦なく攻撃をするサターン。光牙たちは星矢の意思を引き継いでサターンに挑む。しかし、オメガの力を見切ったサターンの前に次々と倒れていく。最後に残った光牙が渾身の一撃を放つが、それすら通用しなかった。そして、サターンの放った最大の奥義が、残された聖闘士たちの時間をも止めてしまう！

みんなからの小宇宙を受け、ペガサスのΩ聖衣はさらなる進化を遂げた。あらためてサターンに戦いを挑む光牙。その力はΩを見切ったと豪語していたサターンを驚愕させる。そして、この戦いの中、サターンは奇妙な高揚感を感じる。それは永遠の時を生きてきた神の身で味わったことのない感覚、熱い思いだった！