1930年代の上海で、日本人の財閥が誘拐されるという事件が起こった。駐留する日本軍との武器取引を目論む地方軍閥の仕業らしい。人質を救出すべく、軍閥の本拠に潜入する四人の若者たち。葵、葛、棗、雪菜、とそれぞれに花の名を冠し、桜井機関と呼ばれる諜報機関に属する彼らは特殊な能力を持っていた…。

演奏旅行で上海を訪れたユダヤ人ヴァイオリニスト、クライネフ。彼が某国の諜報員だという疑いがあり、その証拠を掴むために行動を起こす桜井機関の四人。そして彼の握っている情報を能力で探ろうとする葛と棗。そんな一方、雪菜と葵はヴァイオリンを教わるという口実で彼に近付くが、やはり情報は簡単に掴めず…。

ビッグフォーと呼ばれる上海の四つの大きなデパート。その一つである永安デパートで、兄の勲からの手紙が届いた雪菜は、棗と兄を待っていた。同じ頃、四つのデパートのどこかに爆弾を仕掛けたという犯行声明が届いた葵と葛もビッグフォーへと向かっていた。その直後、予告通りにデパートの一つで大きな爆発が起こり…。

ライバル店が精巧な食品サンプルを店頭に展示して大繁盛。対抗心を燃やす風蘭に、葵と葛はメニューに載せる食品写真の撮影を頼まれた。だが、二人の息が合わずに撮影は上手く進まない。そんな時、他の顧客の依頼で撮影した写真のフィルムが無くなったことに葵が気づき、葵と葛は手分けしてその写真の行方を捜すが…。

葛の旧友、西尾。何故か西尾に固執し、その行方を追っていた葛は自分も尾けられていることに気づく。追っていた女、愛玲もまた西尾の姿を追い求めているらしい。そんな彼女に巻き込まれる形で、国民党の諜報機関に捕らえられてしまう葛。国民党が追っている相手もやはり西尾だった…。一体、西尾とは何者なのか？

上海在住の日本人哲学者、三木の邸に書生として潜り込んでいた葵。そこに右翼の大物と目される老人が訪れる。二人はアジア各国の独立運動家を上海に極秘裏に集めようとしていた。詳しい情報を探ろうと潜入を続けていた葵は、突然その姿を消してしまう。何か事件に巻き込まれたのか？ あるいはどこかへ拉致されたのか？

南満州鉄道に乗り込んでいた二人の新聞記者はそこで将校、石原完爾と出会った。1931年9月、満州で歴史の歯車が動き出そうとしていた。日本が戦乱の泥沼に足を踏み入れるきっかけの一つとなった満州事変。そこに至る過程で何が起きていたのか？ 満州に集った日本人たちの視点を通し、事変勃発に至る道のりを描く。

満州事変の勃発からわずか半年。日本は中国東北部に満州国の建国を宣言した。その実情を調べるため、国際連盟はリットン伯爵を長とする多国籍の調査団を満州国に送り込む。だが、その一行が姿を消すという事件が起こる。それが高千穂勲の仕業によるものではないかと推測した桜井の命を受け、葵と葛は北へと向かい…。

満州国の国都である新京で葛は、古来から日本の歴史を裏で操っていたと言われる女性の警護にあたっていた。そこで奉天に向かっていた筈の葵の姿を目撃し、驚く葛。一方、雪菜と棗は奉天のヤマトホテルで高千穂勲の計画と関係があると思われる物理学者、市ノ瀬を探ろうと張り込んでいた。だが、そこに現れたのは…。

預言者との面会が叶わなかったことで溥儀の不興を買った満州国政府。その頃、葵たちはドイツから大連を通って兵器が国民党に運ばれているという情報の裏を取るため、大連港にいた。だが、そこに現れた高千穂勲によって葛が拉致される。その先で、葛は勲の野望の一端を聞かされる。そして、そこで葛が見たものは…。

高千穂勲と葛の行方を追う葵たちは、大連で身柄を確保したイギリス人スパイから得た情報と棗の調査によって、勲たちが計画の準備作業を行っている場所を突き止める。だが、葵たちの行動が洩れてしまい、勲たちは計画の中核となる兵器を運びだそうとしていた。彼らの逃走を阻止するため、葵たちは必死に追うが…。

皇帝即位の式典を数日後に控え、溥儀は奉天にある祖先の陵墓を訪れていた。高千穂勲たちが行方を絶ってから、すでに数ヶ月。溥儀の赴く先に勲が現れるのではないかと僅かな可能性に賭け、葵たちもその地にいたが収穫は無かった。そして遂に式典当日の夜。大勢の群衆が集まる中、突然、会場が闇に包まれる…。

高千穂勲の野望を食い止めるべく国務院へ向かう葵たち。そこで明らかになる勲の目的と真意。預言者、桜井、市ノ瀬が思惑を秘め、破滅へ向かう歯車は勲もあずかり知らぬ所で廻り出す。最悪の未来を回避するため、葵と葛は新京の飛行場へ向かう。災厄をもたらす兵器を乗せた飛行機は今彼らの前で飛び立とうとしていた…。