連邦軍のシロー少尉は、地球へ向かうシャトルの中で、苦戦する味方のジムを発見する。シローはボールに乗り込んで出撃し、パイロットのサンダース軍曹を救出するが、敵のザクと相打ちとなって宇宙を漂流。ザクの女性パイロット、アイナとシローは協力しながら救助を待ち、2人の間に敵味方を越えた愛情が芽生え始める。

地球へと降りたシローは、量産型ガンダム部隊「第08MS小隊」に隊長として配属される。着任早々第2小隊支援の命令を受けたシローは、仲間の信頼を得るために奮戦するが、慣れない地上での戦いに苦しみ、小隊の仲間とはぐれてしまった。1人ジャングルをさまようシローは、滝でキキという少女に出会う。

第08MS小隊に、ジオンの砲台陣地を攻撃せよとの命令が下る。敵のトーチカを挟撃するため、シローが単身敵の背後に回る作戦を取るが、そこはキキの父バレストが率いるゲリラが支配する地域。シローはゲリラに捕まってしまい、身動きのとれないまま作戦開始時間が刻々と迫る。

「隊を転出したい」と申し出たサンダース軍曹。これまで彼の所属してきた部隊が、死神に魅入られたかのように全滅してきたのを気にしてのことだった。弱気になるサンダースをシローは励ますが、ジオン軍の新型モビルアーマー・アプサラスが第08MS小隊に迫る。シローたちは死神のジンクスを打ち破ることができるのか？

アプサラスの情報収集に追われるシローたちだったが、そんなときエレドアが作った歌がメジャーデビューするとの報せが飛び込む。有頂天のエレドアは、待機命令を破ってミケルと一緒に街へ出かけてしまうが、街はジオン軍によって占拠されていた。2人はジオン軍に捕まってしまい、シローたちが救出に向かう。

第08小隊はキキの案内でジオン軍の射爆場と思われる砂漠地帯へ向かう。いつ現れるともしれない敵を小隊は待ち伏せするが、過酷な砂漠が隊員たちの神経をすり減らし、恋人から別れの手紙を受け取ったミケルはシローに当たり散らす。そして敵を待ち続けること5日、ついにアプサラスが姿を現した！

シローはアプサラスのパイロットがアイナであることに気づき、懸命に呼びかける。アプサラスとシローのガンダムはヒマラヤ連峰の谷底へと不時着し、猛吹雪が吹き荒れる中で互いの愛情を確かめ合う。そんな2人の思いとは裏腹に連邦とジオンの戦いは、さらに激しさを増してゆく。

第08小隊に敵基地特定のための偵察任務が命じられる。空挺降下の途中、カレンの搭乗するガンダムがガウの攻撃を受けシローが救援に向かうが、撃墜可能だったにもかかわらずシローはあえてガウを逃がしてやる。だが、殺戮を避けたいというシローの願いが仇となり、見逃したガウの艦長が小隊に襲いかかる！

連邦軍はジオン軍の秘密基地に総攻撃を開始する。連邦軍の物量作戦に対し、アイナにとって親代わりであるジオン軍のエースパイロット、ノリスは死を覚悟の奮戦でアイナたちを脱出させようとする。シローはEz-8でノリスのグフに立ち向かうが、ヒートロッドの直撃を受けて絶体絶命の窮地に追い込まれる。

隊を抜けることを宣言して、アイナの救出に向かうシロー。一方、アイナは傷病兵を乗せたケルゲレンを脱出させるため、我が身をさらして連邦軍に休戦を呼びかけるが、ギニアスが連邦軍に向けて発砲したためケルゲレンは撃墜されてしまう。そして、アイナに向けられるギニアスの銃口。シローはアイナを救えるのか？

『第08MS小隊』ラストエピソード。戦争終結後、ミケルとキキはシローを探してジャングルの奥地へと向かう。そこでジオンの子どもたちに出会った彼らは、亡くなった重病の子どもがシローの恋人と同じアイナという名前であることを知る。子どもたちとシローの間にはつながりがあるのか？そしてシローの行方は？