Tokyo, 2120. Un drone de transport s'écrase, et les nouveaux inspecteurs de l'Unité Une, Arata Shindo et Kei Mikhail Ignatov, enquêtent. En découvrant que Asahi Rick, le comptable de la compagnie Hyper Transport, a disparu, Arata utilise la Traque Mentale pour le retrouver, mais il est mort. Arata et Kei suspectent une mise en scène de l'accident et partent à la recherche du meurtrier de Rick.

L'Unité Une poursuit un suspect de l'accident, un cadre de Hyper Transport, Takumi Yonehara, dans un quartier abandonné. Mais quand ils le trouvent, il est déjà mort. Arata et Kei ignorent les ordres de la chef Shimotsuki et partent après le cerveau de l'affaire, Sasagawa, à l'aéroport Ariake, où deux inconnus leur barrent la route : Shinya Kogami et Nobuchika Ginoza des Affaires Étrangères.

Après sa rencontre avec Karina Komiya, Arata sent quelque chose d'énigmatique en elle, mais n'arrive pas à résoudre l'affaire. C'est alors que Lee Aki, le secrétaire de son adversaire, Kosuke " Hercule " Yakushiji, est assassiné. L'Unité Une décide de se séparer pour enquêter à la fois sur les suspects et leurs victimes.

La journaliste indépendante Yayoi Kunizuka rejoint l'Unité Une en tant que consultante d'enquête pour combler l'absence de Kei suite à sa suspension. L'enquête progresse et l'Unité Une découvre le plus grand secret de Karina Komiya. Supposant que Karina sera la prochaine cible attaquée, ils se précipitent au débat politique qui a lieu à l'Arène Giga.

Une Zone Religieuse Spéciale est établie, où les immigrants peuvent pratiquer leur foi librement. Les leaders religieux se rassemblent pour un événement dans la Nouvelle Ville Mitake, le lieu de la Zone Spéciale, mais il devient la cible d'une attaque terroriste à la bombe par un homme avec des explosifs implantés dans l'estomac. L'Unité Une commence une enquête sur la faction anti-zone spéciale.

Arata et les autres viennent d'apprendre qu'il y a trois autres bombes humaines lorsqu'un troisième attentat-suicide dans le quartier des usines de New Town prend la vie de Joseph Auma. Pendant ce temps, Kei et Kisaragi ont infiltré Heaven's Leap à la recherche d'indices sur les attentats à la bombe perpétrés par les terroristes. Ils découvrent la preuve qu'ils cherchent, mais se retrouvent exposés et captifs.

À travers une trace mentale, Arata découvre que le Kurisu supposément mort est vivant et découvre la vérité derrière les attentats terroristes. Shimotsuki, quant à lui, a lancé une recherche forcée de Heaven's Leap et a amené l'unité deux pour localiser Kei. Torri, acculé, prend Maiko en otage et confronte Kei, mais Maiko profite d'une ouverture momentanée pour mettre fin à sa vie.

L'Unité Une commence à découvrir la vérité derrière la série d'incidents et s'associe avec la Section Comportement pour continuer l'enquête. Arata assure la sécurité de la gouverneure qui risque d'être visée à nouveau pendant que Kei organise un piège en utilisant Kisaragi comme appât.